2型糖尿病患者肠道菌群宏基因组范围的关联研究

肠道菌群的评估和表征已成为人类疾病的主要研究领域，包括全球最普遍的内分泌疾病2型糖尿病。为了对2型糖尿病患者的肠道微生物含量进行分析，我们制定了一项宏基因组全关联研究(MGWAS)方案，并基于345名中国个体的肠道微生物DNA深度鸟枪测序进行了两阶段MGWAS。我们鉴定并验证了大约6万个2型糖尿病相关标记，并建立了宏基因组连锁群的概念，从而实现了分类物种水平的分析。MGWAS分析显示，2型糖尿病患者的特征是肠道微生物的中度失调，一些通用的丁酸盐产生细菌的丰度下降，各种条件致病菌的增加，以及其他微生物功能的丰富，赋予硫酸盐还原和氧化应激抗性。对另外23名个体的分析表明，这些肠道微生物标志物可能对2型糖尿病的分类有用。

主要登记入册

序列读归档

• SRA045646

• SRA050230

存款数据

所有368个样品的原始Illumina读取数据已存放在NCBI序列读取档案中，并按登录号保存SRA045646而且SRA050230．组装数据、更新的宏基因组基因目录、注释信息和mgl均发表在GigaScience数据库,GigaDB³⁵．

我们感谢L. Goodman编辑手稿并提供评论。本研究得到国家科技部863计划(2012AA02A201)、国家自然科学基金(30890032、30725008、30811130531、31161130357)、深圳市政府(ZYC200903240080A、BGI20100001、CXB201108250096A、CXB201108250098A)、丹麦战略研究委员会基金(2106-07-0021)、丹麦自然科学研究委员会Ole r æ mer基金、Solexa项目(272-07-0196)、欧盟委员会FP7批准HEALTH-F4-2007-201052。Lundbeck基金会应用医学基因组学在个性化疾病预测、预防和护理中心http://www.lucamp.org)．诺和诺德基金会基础代谢研究中心是哥本哈根大学的一个独立研究中心，部分资金由诺和诺德基金会(http://www.metabol.ku.dk)．我们也要感谢华大基因深圳分校的其他教职员工，他们为这项工作做出了贡献。

1. 秦俊杰，李英瑞，蔡志明，李胜辉，朱剑峰和张帆:这些作者对这项工作做出了同样的贡献。

作者及隶属关系

1. 深圳华大制药有限公司，广东深圳518083

   秦俊杰、李英瑞、李圣辉、朱剑锋、梁穗沙、张文伟、关元林、沈东倩、彭扬青、张东亚、杰竹野、吴文贤、秦友文、薛文彬、李俊华、李小平、陈伟能、徐然、王明邦、冯强、龚美华、俞静、张艳艳、张明、张兆熙、陈华、杨瑞夫、郑维默、李松刚、杨焕明、王健、Karsten Kristiansen和王军

2. 深圳市第二人民医院，深圳大学第一附属医院，深圳518035

   蔡志明，孙晓娟，李泽松，唐爱法

3. 北京大学深圳医院，深圳518036

   张帆，韩凌川，吕东辉，吴培贤，戴雅丽

4. 广东省医学科学院广东省总医院医学研究中心，广东广州510080

   石龙钟

5. 诺和诺德基金会基础代谢研究中心，哥本哈根大学健康科学学院，丹麦哥本哈根，DK-2100

   Torben Hansen, Oluf Pedersen & Jun Wang

6. 加州大学伯克利分校综合生物学系和统计学系，伯克利，94820，加州，美国

   加斯顿·桑切斯和拉斯马斯·尼尔森

7. 结构生物学，VIB, 1050布鲁塞尔，比利时，

   杰伦·雷斯，格温·法洛尼和奥田硕次郎

8. 布鲁塞尔自由大学应用生物科学系，比利时布鲁塞尔1050

   杰伦·雷斯，格温·法洛尼和奥田硕次郎

9. 法国国立农学研究所，法国茹伊昂约萨斯78350号，

   Mathieu Almeida, Emmanuelle LeChatelier, Pierre Renault, Nicolas Pons, Jean-Michel Batto和S. Dusko Ehrlich

10. 北京市微生物与流行病学研究所病原与生物安全国家重点实验室，北京100071

    Ruifu杨

11. 哥本哈根大学生物医学研究所和奥胡斯大学健康科学系，丹麦奥胡斯DK-8000

    彼得森Oluf

12. 哈格多恩研究所，丹麦根托夫特，DK-2820

    彼得森Oluf

13. 哥本哈根大学生物系，丹麦哥本哈根DK-2200

    Karsten Kristiansen & Jun Wang

贡献

项目的构思和设计是由juw。， k.k.， o.p.， R.N.和S.D.E.;J.Q, Y.L, Sh.L。和Ju.W。管理项目。F.Z, Z.C, R.X, Su.L。，L.H., D.L., P.W., Y.D., X.S., Z.L., A.T., S.Z., M.W., Q.F. and T.H. performed sample collection and clinical study. Wen.Z., M.G., J.Y., Y.Z. and W.X. performed DNA experiments. Ju.W., K.K., O.P., R.N., S.D.E., J.Q., Y.L., Sh.L. and J.Z. designed the analysis. J.Q., Y.L., Sh.L., J.Z., Su.L., Y.G., Y.P., D.S., X.L., W.C., D.Z., Y.Q., M.Z., Z.Z., Z.J., G.S., J.L., J.R., S.O., H.C. and W.W. performed the data analysis. J.Q., Sh.L., J.Z., Y.G., Y.P., M.A., E.L., P.R., N.P. and J.-M.B. worked on metagenomic linkage group method. J.Q., D.S., Su.L., Y.Q., J.R., G.F. and S.O. did the functional annotation analyses. J.Q., Sh.L., D.S., J.Z., Y.P. and Y.L. wrote the paper. Ju.W., O.P., K.K., R.N., S.D.E., Ji.W., H.Y., So.L., Wei.Z. and R.Y. revised the paper.

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对应到6月王．

相互竞争的利益

作者声明没有相互竞争的经济利益。

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