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食管腺癌(EAC)很差的结果,和靶向治疗试验到目前为止一直令人失望的由于缺乏强劲的分层方法。全基因组测序(WGS) 129例的分析表明,这是一个异构癌症由拷贝数变化频繁大规模重组。Co-amplification的受体酪氨酸激酶(rtk)和/或下游促有丝分裂的激活几乎无处不在;因此定制组合RTK抑制剂(RTKi)可能需要治疗,我们将演示在体外。然而,突变签名显示三种不同的分子亚型与潜在治疗相关性,我们验证了在一个独立队列(ngydF4y2Ba= 87):(i)浓缩BRCA签名与普遍缺陷的同源重组途径;(2)主导T > G突变模式与高突变负荷和neoantigen负担;和(3)C > / T突变模式与老龄化的影响的证据。这些子类型可以确定使用临床适用的测序策略(低覆盖率)为基础的治疗选择。
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2016年9月19日
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确认
本文致力于Nadeera de Silva,不幸和意外死亡在本文进行修订。他本研究做出了重要贡献,尤其是他临床肿瘤学的角度对平动搜索结果的相关性。
全基因组测序的食管腺癌标本进行了符合国际癌症基因组协会(ICGC)通过奥卡姆财团是由来自英国癌症研究项目资助(RG66287, RG81771 RG84119)。我们感谢ICGC成员的输入验证标准作为基准的一部分运动。我们感谢人类研究组织银行支持的国家卫生研究所(NIHR)剑桥大学生物医学研究中心,从阿登布鲁克医院和伦敦大学学院。我们还要感谢南安普顿大学医院的信任;南安普顿,伯明翰,爱丁堡和伦敦大学学院实验癌症医学中心;和QEHB慈善机构。R.C.F.由一个NIHR教授(RG67258)和接收来自英国医学研究理事会的核心资助(RG84369)和基础设施支持生物医学研究中心(RG64237)和实验癌症医学中心(RG62923)。我们承认剑桥大学的支持,英国癌症研究中心(C14303 / A17197)和和记黄埔有限。我们感谢p . Van厕所提供捷版本ASCAT拷贝数的调用。我们感谢所有的病人提供书面同意参与这项研究,在所有参与中心工作人员。
的一些工作进行UCLH /伦敦大学学院,获得一定比例的资金从卫生部NIHR生物医学研究中心资助计划。的观点是作者和出版不一定是卫生部。工作在UCLH /伦敦大学学院也支持的CRUK UCL早期癌症医学中心。
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R.C.F.构思总体研究。硕士,X.L.and P.A.W.E. analyzed the data. R.C.F., M.S., X.L., N.d.S., P.A.W.E. and A.G.L. conceived and designed the experiments. M.S. performed the statistical analysis. X.L., G.C., S.M., M.O., A.M., J.C. and N.G.-D. performed the experiments. M.D.E. performed benchmarking studies on the variant calls, and implemented and ran several variant-calling and analysis pipelines. G.C. contributed to the structural variant analysis. J.B. contributed expression data and curated the clinical data collection. S.M. and N.G. coordinated sample processing with clinical centers and was responsible for sample collections. T.-P.Y. performed the BFB analysis. L.B. ran the variant-calling pipelines. H.C. contributed to the RTK analysis. A.G., J.S. and T.U. contributed cell lines. N.W. and A.P.B. contributed sequencing data for validation. B.N. coordinated data and tissue collection from centers for the study. A.A. helped develop the copy-number-calling pipeline. R.C.F. and S.T. jointly supervised the research. M.S., N.d.S., X.L. and R.C.F. wrote the manuscript. All authors approved the final version of the manuscript.
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Secrier, M。李,X。,de Silva, N.et al。在食管腺癌突变签名定义病因不同的子组与治疗的相关性。Nat麝猫48岁的1131 - 1141 (2016)。https://doi.org/10.1038/ng.3659
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