跳转到主要内容

谢谢你访问nature.com。您使用的浏览器版本支持有限的CSS。为了获得最好的体验,我们建议您使用更最新的浏览器(Internet Explorer或关闭兼容性模式)。同时,为了确保继续支持,我们网站没有显示样式和JavaScript。

快gapped-read符合领结2

文摘

随着测序速度的增加,更大的吞吐量要求从读准仪。全文分指标常被用来使对齐非常快和节约内存,但是这种方法不适合发现更长,缺口对齐。领结2结合了全文分指标的优势和硬件加速的灵活性和速度动态规划算法来实现高速、敏感性和准确性。

这是一个预览的订阅内容,通过访问你的机构

相关的文章

开放获取文章引用这篇文章。

访问选项

买条

时间有限或全文访问ReadCube。

32.00美元

所有价格是净价格。

图1:使用HiSeq对齐比较2000年、454年和离子激流。
图2:使用模拟读取灵敏度和定位的准确性。

加入代码

登记入册

顺序读取存档

引用

  1. 麦肯纳,a . et al。基因组Res。20.,1297 - 1303 (2010)。

    文章中科院谷歌学术搜索

  2. 杰尔c . et al。生物科技Nat。》。28,511 - 515 (2010)。

    文章中科院谷歌学术搜索

  3. Langmead B。,Hansen, K.D. & Leek, J.T.基因组医学杂志。11R83 (2010)。

    文章谷歌学术搜索

  4. 李,h &荷马,N。简短。Bioinform。11,473 - 483 (2010)。

    文章中科院谷歌学术搜索

  5. Ferragina p & Manzini G。Proc。第41届年会在计算机科学的基础390 - 398 (IEEE第一版。Soc。2000)。

  6. Langmead B。,Trapnell, C., Pop, M. & Salzberg, S.L.基因组医学杂志。10R25 (2009)。

    文章谷歌学术搜索

  7. Lam t . et al . IEEE国际会议上生物信息学和生物医学31-36 (2009)。

  8. 李,h &杜宾,R。生物信息学25,1754 - 1760 (2009)。

    文章中科院谷歌学术搜索

  9. 李,h &杜宾,R。生物信息学26,589 - 595 (2010)。

    文章谷歌学术搜索

  10. 李,r . et al。生物信息学25,1966 - 1967 (2009)。

    文章中科院谷歌学术搜索

  11. Ajay,轮,Parker, S.C., Ozel Abaan, H., Fuentes Fajardo, K.V. & Margulies, E.H.基因组Res。21,1498 - 1505 (2010)。

    文章谷歌学术搜索

  12. 1000人基因工程财团。自然467年,1061 - 1073 (2010)。

  13. Rothberg J.M. et al。自然475年,348 - 352 (2011)。

    文章中科院谷歌学术搜索

  14. 李,h . et al。生物信息学25,2078 - 2079 (2009)。

    文章谷歌学术搜索

下载参考

确认

这项工作是支持部分由美国国家卫生研究院资助R01-HG006102 R01-GM083873 S.L.S.和Amazon Web服务在教育研究授予文学士在2011年7月。

作者信息

作者和联系

作者

贡献

文学士写软件并进行了实验。文学士和S.L.S.写的手稿。

相应的作者

对应到本Langmead

道德声明

相互竞争的利益

作者声明没有竞争的经济利益。

补充信息

补充文本和数字

补充图1 - 4、补充表1 - 2、4 - 6,补充,补充的结果(PDF 1017 kb)

补充表3

数量的正确和不正确的校准灵敏度和精度比较。(XLS 121 kb)

辅助软件

领结2源代码(邮政编码5453 kb)

权利和权限

再版和权限

关于这篇文章

引用这篇文章

Langmead B。,Salzberg, S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.Nat方法9,357 - 359 (2012)。https://doi.org/10.1038/nmeth.1923

下载引用

  • 收到了:

  • 接受:

  • 发表:

  • 发行日期:

  • DOI:https://doi.org/10.1038/nmeth.1923

本文引用的

搜索

快速链接

自然简报

报名参加自然简报通讯-重要的科学,每天免费发送到您的收件箱中。

一天中最重要的科学故事,自由在你的收件箱。 报名参加自然简报