分子技术革新了微生物生态系统的调查,但结果,忽视了培养方法。解释的高通量测序获得的巨大的数据量需要精确的分类和功能分类的关键隔离。大规模的种植主要集中在人类肠道的细菌1,2。然而,小鼠模型允许功能的见解能得到进入宿主交互测试微生物群的因果作用在健康和疾病。然而,小鼠肠道微生物群的特点非常差,细菌分离与参考基因组老鼠是稀缺的。提高可用性的代表隔离小鼠肠道微生物组使用无菌老鼠对于未来的研究是至关重要的,特别是因为第一参考基因小鼠肠道微生物群的目录显示非常有限的重叠与人类肠道微生物基因的多样性3。此外,细菌的宿主物种产生影响殖民过程和影响宿主的生理机能4- - - - - -6。因此,共同行动,存档并描述细菌隔离在一个寄主专一性的时尚结合适当的基因组数据库的迫切需要7,8。开创性工作在1960年代关注隔离小鼠小肠肠道细菌的9,但仅限于表型分类特性,大多数菌株获得在这些和随后的研究已经失去了多年来。很少的物种保持可用(例如,所谓改变Schaedler植物群的成员,ASF),但只有在受限制的条件下。

在目前的工作,全面建立了小鼠肠道细菌收集和提供给科学界,包括相应的基因组草案。该领域的重要问题也解决了:“是物种多样性寄主专一性的?“在多大程度上做培养细菌的生态系统多样性评估通过分子方法吗?”

结果

全面收集小鼠肠道的细菌

工作的主要目的是建立小鼠肠道细菌收集(miBC)和提供给科学界。

总共有大约1500纯文化孤立从小鼠的小肠,菌株的基础上选择的殖民地和细胞形态以及16 s rRNA基因序列覆盖尽可能多的多样性在物种水平。为了统一信息分散在整个文学,我们还增加了8个自己以前发表的mouse-derived细菌物种10- - - - - -17和四个物种发表的人18- - - - - -21。

miBC成员的多样性提出了基于分类谱系图1。集合包含100株来自26科76种属于门放线菌,拟杆菌门,厚壁菌门、变形菌门和Verrucomicrobia (补充表1)。它是由厚壁菌门株(74%),反映这门在小鼠小肠的统治地位。隔离都沉积在德国的微生物和细胞培养(DSMZ),以确保长期存储和可用性。一个特定的列表与metadatabase BacDive22创建允许用户快速查询集合的(www.dsmz.de miBC)。因此,miBC是一个独特的工具,可以作为参考培养小鼠肠道微生物群的分数。

图1:miBC的多样性。
图1

所有76个物种的进化分枝图演示了分类学分类miBC到家庭的水平。根据类群进化分枝图是颜色,所示的盒子。小说分类单元中描述目前的研究与他们的候选人的名字出现在黄金。物种的基因组生成草案表示与钻石之前物种的名字。

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培养努力带来新颖的细菌多样性和功能

这个项目的第二个目的是孤立和描述新的小鼠肠道微生物群的成员。

基于16 s rRNA基因测序,15株是特征值< 97%认同任何物种描述到目前为止,和基因组草案被生成。整个proteome-based phylogenomic分析表明,隔离是遥远的从已知的亲属提供基因组信息(补充图1)。Genome-derived 16 s rRNA基因在网上背景:DNA杂交(DDH)估计(见方法)低于了解阈值(98.1% 16 s rRNA基因序列的身份或DDH的价值70%,分别)(补充图2,补充表2和3)23。这证实了小说所代表的隔离细菌类群,包括四个物种,10属,一个家庭。提议的名称显示在引号整个手稿和提供了详细的分类说明如下。显微照片所示补充图3,酶的概要文件补充表4。详细描述透露,“Flintibacter butyricus”可以生长在氨基酸谷氨酰胺和谷氨酸(但不白氨酸、天冬酰胺、赖氨酸、精氨酸和天冬氨酸),生产到7毫米丁酸衬底从20毫米。此外,miBC提供了第一个可培养的“Muribaculaceae”(家庭S24-7)的成员,这是占主导地位的小鼠肠道细菌群6。确认后观察和评估所有小说的发生miBC中的细菌,草案的基因组相比,宏基因组物种(毫克)24从一个全面的鼠标肠道metagenome的鸟枪测序研究3。

爆炸搜索显示,5的15分离有许多强大的比赛用鼠标基因目录(补充图4和补充表5)。其他十个隔离< 200基因支安打(补充表5),这表明他们要么代表下属音人口在这群老鼠,或者没有可检测小鼠肠道中使用最先进分子的方法。五个小说隔离在鼠标目录显示高基因覆盖(85 - 99%的基因序列的身份)95%,允许评估他们的患病率在184只老鼠的粪便(补充图4)。两个物种被发现在大多数老鼠:“Flintibacter butyricus的患病率(98%)和“Enterorhabdus缪里斯”(76%)。只有“Flintibacter butyricus”是出现在所有八个鼠标菌株从所有六个动物设施(5商业供应商),提出一个普遍的殖民的小鼠肠道的amino-acid-degrading丁酸生产国。

总之,大规模培养工作开展创造miBC演示了孤立的相关性和描述细菌,因为它允许的描述新物种可以主导和/或功能很重要。

miBC捕获大部分目前培养小鼠肠道里的细菌

第三工作的目的是测试miBC的相关性评估高通量的报道16 s rRNA基因扩增子库存。因此,我们使用盲肠的样本93只老鼠住在欧洲和美国的各种设施(补充表6和7)。

系统配置文件根据动物设施(占主导地位的细菌种群的集群图2一个),在类群丰富度具有显著差异,拟杆菌门和壁厚菌门的相对丰度(图2 b)和物种的存在指标(补充表8)。这强调使用的原理进行的多中心数据集测试集合的代表性。当我们孤立的第一个培养家庭成员S24-7并评估其微型(下一节),我们调查的分布读取列为S24-7成员。他们发现在86年93小鼠(补充图5),表示一种普遍分布,与MGS数据所示(补充图4和补充表5)。

图2:代表性miBC基于16 s rRNA基因序列分析。
图2

小鼠盲肠的样品(n= 93)的高通量测序分析16 s rRNA基因扩增子(V5/6地区,∼250个基点)。一个、多维的广义UniFrac距离。动物设施(F1-F8)占主导地位的细菌的不同的系统组成的社区。b,类群丰富和相对丰度分为拟杆菌门和厚壁菌门在设施。类群丰富度显示为箱线图(中位数、四分位范围(差)和胡须扩展到最后数据点在+ /−1.5×差)。个人价值表现为灰色的点。c,覆盖772个分子物种的成员收集鼠标的OTU(直方图)数量和比例的读取(饼图)。d系统发育树的核心辣子鸡miBC成员和他们的比赛。F,动物设施;创,属水平(95%序列标识);OTU操作分类单位;Sp,物种水平(97%序列的身份)。

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当地爆炸772检测到操作分类单位的分析(辣子鸡)对miBC透露46支安打在物种水平身份(≥97%),和105年在属级(≥95%),代表23.5%的序列读取(图2 c)。尽管相对严格的质量检查和过滤用于生成最终的16 s rRNA基因短的读取数据集和相应OTU表,这些百分比可能低估了培养分数由于存在虚假的辣子鸡的高通量序列数据。看着最常见,占主导地位的物种分子(称为核心辣子鸡从这里),42个辣子鸡≥50%的小鼠中发现平均相对丰度≥0.5%代表总数的56.8%。其中9辣子鸡匹配miBC菌株在属级(图2 d),占30%的核心。当寻找额外培养细菌(鼠标肠道以外的环境),代表任何miBC辣子鸡没有匹配,21和确定了48种和属的水平,分别仅占7.5%额外的序列丰富(图2 c)。33的核心辣子鸡miBC没有比赛,六个匹配其他培养细菌(一个属的物种和五个水平;图2 d),占5.7%的核心。

这些数据表明,细菌收集创建已经覆盖重要的占主导地位的血统,虽然大多数小鼠肠道细菌仍有待培养。

肠道细菌的寄主专一性的物种多样性

发表的研究表明,细菌殖民化过程影响的起源和主机生理学4,5,但只有少数报道的宿主特异性肠道细菌类群在人类和老鼠3,25。第四个项目的目的是调查miBC物种的存在在不同的生态系统,尤其是肠道环境,基于整个池的样本序列使用IMNGS读取存档(SRA) (www.imngs.org)。提供了原始输出数据补充表9。

我们第一次看到的报道主要SRA样本类别(环境,n= 17884;宿主肠道,n= 21755;其他主机的栖息地,n= 15414)基于整个miBC的多样性。数据集的比例,所有物种的集合代表> 1%总读主机gut-derived样本(最高图3),支持常识细菌发生取决于主要环境特性在不同的生态系统。的分辨率分析然后提纯,老鼠和人类肠道样本。几乎三分之一的6001鼠标样品(28.6%)表现为累积丰富覆盖率> 50%(也就是说,miBC物种的序列匹配的总和超过50% > 97%的身份是总读/样本)。这对人类是两倍样品(11705)的16.6% (图3 b)。这些人类样本似乎含有较高比例的短16 s rRNA基因扩增子16 s rRNA基因miBC菌株相似的身份(97%)和可能不对应代表人类肠道生态系统,而是特定的饮食——或健康情况有限数量的类群占主导地位。总之,这些数据说支持更好地报道16 s rRNA的基因数据集从孤立的老鼠比人类肠使用菌株从老鼠到查询数据库。

图3:16 s rRNA基因的元搜索短读miBC成员的患病率和大量研究。
图3

物种集合中被用来查询所有16 s rRNA基因扩增子数据集存储在使用IMNGS SRA (www.imngs.org),详细描述文本。一个比例的样本主要生态类型,累积丰富的miBC物种覆盖> 1或10%的总读。b,如一个,包括人类和小鼠肠道样本。额外累积丰富的类别。c特有的患病率,分析人类和小鼠肠道样本。黑色单杠表示中位数的值。收集的76个物种被归类为所描述的方法。18细菌选择创建最小Bacteriome (MIBAC-1)标有星号。这些物种选择根据他们的患病率和大量使用MGS——与通用16 s rRNA基因amplicon-based调查中所描述的文本,也根据他们的系统发育多样性。引号表明小说提出了目前研究细菌的名字。

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接下来,确定某些物种可能是宿主专一性的,我们76年miBC物种分类根据其患病率在人类和小鼠肠道样品(详细信息请参阅方法)。我们确定了32共享物种(存在于人类和老鼠)小鼠肠和16个特征(图3 c)。有趣的是,三个以前公布mouse-derived物种(Enterorhabdusspp。Acetatifactor缪里斯)10,13,17和五个小说分类单元隔离在目前的研究中(“Acutalibacter缪里斯”,“Enterorhabdus缪里斯”,“Turicimonas缪里斯”,“Muribaculum intestinale’,‘Flintibacter butyricus”)确实发现丰富的使用IMNGS小鼠肠。其余28种罕见或低流行率的特征。16 mouse-enriched物种中,9也在考虑总读相对丰度> 1%,表明这些物种中占主导地位的小鼠肠道微生物群。

这些发现表明,某些细菌的入侵物种,或者至少他们发生在占主导地位的社区被测序,寄主专一性的。18共享或mouse-enriched物种的选择建立一个最小bacteriome (MIBAC-1)模型小鼠肠道生态系统显示星号图3 c。这个细菌财团是利用基因组方法进一步研究。

基因组新奇和培养小鼠肠道细菌的代表性

评估miBC的相关性和18个物种的最小的财团(MIBAC-1)宏基因组水平,草案76 miBC物种的基因组相比,出版猎枪从老鼠基因组(n= 15)和人(n= 21)肠道(补充表10)和生成两个基因组内部(盲肠和粪便的无特定病原体(SPF)野生型老鼠)。第一,本地数据库miBC基因组和基因组的存在/没有二进制代码(1/0)蛋白家族(包含)创建。确定性增量选择最佳适合基因组显示12到15种足够了∼80%的已知功能基因组的多样性(图4)。也表明,累积miBC基因组的信息趋于稳定在大约90%的覆盖率,老鼠和人类基因组的报道更高(P= 1.66平台以及,Kolmogorov-Smirnov测试)。

图4:宏基因组覆盖率。
图4

覆盖率计算三个互补的方法:在蛋白质水平的家庭(包含),同源蛋白(≥80%的覆盖率,E< 10−5BLASTp搜索)后,接近的比赛(≥80%序列相似性)。一个从鼠标,PFAM-based报道粪便基因组(蓝色;n= 17)或人工(红色;n= 21)。数据意味着南达科他州±。基因组的老鼠收集(x轴)排名根据下降的贡献包含在每个metagenome的池。b,保险的老鼠基因组(n= 17)通过三种方法已经提到整个集合(miBC),本研究中描述的最小的财团(MIBAC-1),改变Schaedler植物(ASF)和简化人类肠道微生物群(SIHUMI)。箱线图显示值,差和胡须扩展到最后数据点在+ /−1.5×差。值对于一个给定的分析类型是所有类别之间明显不同(t以及Benjamini-Hochberg校正)。c、雷达情节显示覆盖17个老鼠基因组(外环)MIBAC-1和10的随机集18株miBC (MIBAC-R)(如每个分析水平b)。随机集显示为平均值。保险显示的百分比(灰色网格中的数据),包含了序列同系物或关闭覆盖整个集合(miBC值匹配b)。P获得的价值t以及。

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接下来,我们研究了老鼠基因组覆盖率(n= 17)通过比较miBC和最小bacteriome MIBAC-1从文学与财团,ASF26和简化人类肠道微生物群(SIHUMI)27。覆盖率分析不仅包括包含了方法,而且通过爆炸分析蛋白质序列覆盖(即独立功能注释)的同源性(覆盖长度≥80%,E< 10−5)和关闭序列匹配(≥80%覆盖率和序列相似性)。正如所料,这两个和序列包含了保险最高整个集合,和覆盖率减少物种的数量包括在最小的财团(18 MIBAC-1和8的ASF和SIHUMI) (图4 b)。测试的相关性MIBAC-1(通过数据驱动的选择),我们分析了10的18株选择随机选择miBC (MIBAC-R1 10) (补充表11)。设计最小bacteriome MIBAC-1被覆盖率高于均值的随机特征集序列同系物和密切匹配但不包含(图4摄氏度)。这加强了在选择这些菌株的基本原理,强调已知时浅的分辨率分析看广泛的功能类别和更详细的特异性时,例如,在基因3。

最后,包含多样性调查的热图和系统树图分析。鼠标收集和距离最小的基因组形成集群bacteriomes (补充图6)。此外,尽管∼10%的PFAM-derived信息被猎枪测序并没有包含在miBC (图4),437集合中包含了检测和最小bacteriomes(代表总数的2.7% 16231包含了所有的数据集)缺席从基因组——129 miBC独有的(图4摄氏度)。这些包含了(补充表12)并没有被宏基因组,可能是因为他们来自类群下属音或样品制备过程中丢失。

讨论

小鼠模型的广泛使用与此形成鲜明对比的是,从小鼠肠道缺乏参考菌株。在目前的工作中,我们已经创建了一个公开收集小鼠肠道的细菌和宿主专一性的细菌多样性和功能提供重要的见解。

除了提供一组小鼠肠道细菌的研究社区,miBC包含小说分类单元的代表菌株,代表15%的收集(∼1.0%的原始隔离测试)。因此,细菌大量的小说仍然可以发现甚至通过古典细菌学的方法,这些细菌是显然的特定功能的相关性。例如,老鼠是由细菌的进化枝殖民秩序细菌性的,最初称为MIB(鼠标肠道细菌)28现在误导列为家庭S24-7或Porphyromonadaceae种虫害取决于数据库。目前的工作是第一个报告一个孤独的培养这一重要的家庭成员在小鼠肠道(“Muribaculum intestinale”),打开功能研究途径。每个物种的收藏还包括一个应变Intestinimonas butyriciproducens”和“Flintibacter butyricus能够产生丁酸盐不仅从糖类,而且氨基酸。一个人孤立的即butyriciproducens通过代谢途径是迄今为止未知的肠道环境中29日的价值,强调隔离细菌解开功能新奇。

调查机制背后的肠道细菌殖民化的特异性是重要的理解与弹性相关的种群动态,抵抗入侵者,或外生菌株用于治疗目的的生存。后发生的分析76种miBC大规模16 s rRNA基因扩增子的方法显示,20%被浓缩在老鼠,包括所有主要类群的成员。这些结果精度添加到最近的调查在人类和小鼠基因组之间的分类比较,建议在厚壁菌门(包括乳酸杆菌和几个属Coprobacillus和Turicibacter在Erysipelotrichaceae种虫害,Anaerotruncus在Ruminococcaceae,Marvinbryantia在Lachnospiraceae,Pseudoflavonifractor梭菌属的内)是老鼠的特点3,25。

我们发现该小说的家人Muribaculaceae特定于小鼠的肠道,尽管他们的存在在人类已经被其他人使用报道定量聚合酶链反应(qPCR)30.。这种差异可能与引物特异性,需要额外的工作来评估这些细菌的发生在其他哺乳动物物种,包括猪31日。最近的数据比较人类和小鼠微生物群mouse-specific殖民报道了这个家庭6。通过殖民无菌的小鼠微生物群落的哺乳动物,昆虫和环境样品,作者参考。6证明殖民成功(保持类群丰富度和相似的输入样本)最高为肠道样本,表明ecosystem-selective微生物群落的压力6。竞争性微生物群与人类和小鼠实验显示瞬时殖民由人类指示物种,但肠道生态系统是由鼠标物种后14天的社区(> 99%),尤其是家庭成员S24-7(提议被重新命名为“Muribaculaceae”)。这些观察是依照我们的发现支持寄主专一性的肠道殖民的概念。

与文献中常见的语句绝大多数的肠道细菌不讲究的,古德曼和他的同事工作32报道说,大约56%的16 s rRNA基因序列在人类粪便样本中发现属于容易培养的种类。最近也报道说,大多数最优势种分子分析探测到有讲究的代表33。高通量分析16 s rRNA基因扩增子从一只老鼠群覆盖不同设施显示一组42核心小鼠肠道细菌辣子鸡,覆盖到21% (OTU多样性;9的42)和30%(读取)miBC在属水平。这是迄今为止最有效的,但仍低于人类的参考价值32。最近的一项研究报告说,大多数的人类排泄物的细菌可以被培养1。这凸显了需要进一步的工作来隔离和描述小说老鼠肠道细菌,33核心辣子鸡不匹配miBC代表“通缉类群”。此外,这些数据支持的存在大量的肠道细菌多样性和成分差异鼠标设备,可对主机表型有戏剧性的后果34。这强调需要更好的描述复杂的肠道微生物群落和标准化基于当前研究中所获得的知识和菌株和其他自1960年代的开创性工作35,36。

培养细菌的代表在miBC也在宏基因组水平评估。整个集合覆盖60 - 90%的老鼠粪便基因组的功能潜力。高覆盖率反映的局限性分析已知功能或同源蛋白质序列。18种水稻财团MIBAC-1缩小测量,可以用作本地代理小鼠肠道生态系统,揭示了保险的55 - 75%(包含和序列同系物)和20%(关闭序列匹配)。最小的细菌财团在文献中已经存在,但菌株选择基于猜测或为特定目的,起源于人类的肠道或并不容易26,27,37。相比之下,这里给出的最小bacteriome包含菌株,源自鼠标肠,是公开的,选择的基础上综合序列的方法,并整体较高的老鼠粪便覆盖基因组的特征。因此,它代表了重要的小鼠模型的标准化进程,所强调的35,38。然而,额外的工作需要成立财团在活的有机体内。展示稳定殖民,可以受到许多生态因素的影响,的确是非常重要和具有挑战性的,但超出本研究的范围。

总之,我们工作的意义领域和更广泛的社区是多方面的:(1)它提供了基因研究的基础,最终将提高分辨率meta-omics小鼠肠道微生物的分析;(2)不受限制地访问miBC菌株研究社区是一个很大的进步,特别是对于功能研究实验室之间的因果关系和标准化实验;和(3)收集包括mouse-enriched类群,与特定菌株的代谢功能,如丁酸盐生产、允许生态学研究和评估特定菌株的影响宿主的生理和疾病发作。我们承认这一事实miBC不是一个详尽的集合;重要的细菌类群失踪(例如,分段的丝状细菌或物种类群TM7和Deferribacteres)和其他微生物如真菌和古生菌、病毒、调查也很重要39,40。此外,关键的胆汁酸代谢等功能转换需要更详细的调查。同时,应变多样性是最有可能在肠道环境中非常重要41,但是收集提供应变水平的分辨率只有少数物种(特别是乳酸杆菌),当目标是覆盖尽可能多的多样性在物种水平。然而,最近的宏基因组的工作41还强调需要获得参考基因组,从而造福隔离和描述细菌,广泛在目前的工作。因此,知识的小鼠肠道细菌多样性可用通过miBC可以看作是一个基础,现在需要努力,整个社区的肠道微生物研究的进一步发展。

方法

鼠标样品种植

老鼠的使用是由当地政府负责批准(动物福利授权32 - 568,Freising地区办公室;弗莱堡Regierungsprasidium T05-28)。实验室老鼠住在传统的或特定的无菌设施WZW生命科学学院(TU慕尼黑),医学微生物学和卫生研究所(弗莱堡Universitatsklinikum)或啮齿动物中心(苏黎世联邦理工学院)。老鼠在野外捕获得到样本如前所述42。起始材料细菌隔离包括新鲜粪便收集从住老鼠,粘膜样本,以及小肠、盲肠的或结肠内容来自小鼠安乐死被有限公司2吸入或颈部位错。细菌的来源(包括那些最终集合)的老鼠提供了基因型和内脏位置补充表1。工作区域和解剖组清洗和老鼠丰富喷洒80%乙醇(卷/期)在解剖,以避免污染。在某些情况下,小鼠解剖在厌氧工作站,以防止任何内脏样品与氧气的接触。

文化传媒

所有的量都是每升的媒介。

二:脑心浸液(BHI), 18.5克;酵母提取物、5克;trypticase酱油汤,15克;K2HPO4,2.5克;氯高铁血红素10µg;葡萄糖,0.5克;氯化钯,0.33克;琼脂,15克。高压灭菌后,添加Na2有限公司342毫克;半胱氨酸,50毫克;甲萘醌,5µg;胎牛血清(complement-inactivated), 3%(卷/期)。改编自Aranki和烦恼43。

BAC: WCA (Oxoid;CM0643;见制造商的说明);琼脂,1.5克;PdCl, 1毫克,在盐酸溶解第一;phenosafranine 2.5毫克;pH值设置为7.0。在高压灭菌(121°C, 15分钟)、添加卡那霉素,µg 50毫升1;半胱氨酸(0.05% wt /卷)、二硫苏糖醇(DTT)(0.02%)、羊血(5% /卷)卷,1瓶(厌氧菌补充(Oxoid SR0108)每475毫升的媒介。

仓库:1×σ盐(M6030);酵母提取物,0.5克;麦芽糖,1 g;琼脂,15克;PdCl22毫克;phenosafranin;pH值设置为7.6。在高压灭菌(121°C, 15分钟)、添加青霉素(25µg毫升1),万古霉素(20µg毫升1),卡那霉素(50µg毫升10.05%)、半胱氨酸(wt /卷),微量元素和维生素的解决方案(见104 PYG DSMZ介质)。

嗨:DSMZ中等215 c和15克琼脂(补充)。

比尔:1×σ盐(M6030);胨,2 g;酵母提取物,200毫克;琼脂,1.5克;PdCl(1毫克;首先在盐酸溶解);phenosafranine(2.5毫克)。在高压灭菌(121°C, 15分钟)、添加牛胆汁(1.5% /卷卷;丙烯酰胺ref。B3883),氨基乙磺酸(200µM),半胱氨酸(0.05% wt /卷),TUDCA(100µg l1;生物科技圣克鲁斯》,引用sc296449)。

美国劳工统计局:血琼脂和10毫克l1硫酸粘菌素和5毫克l1奥索利酸。

心脏:1×σ盐(M6030);渐变80(1毫升);猪粘蛋白类型III(σ)(250毫克;σM1778);琼脂(1.5% wt /卷);PdCl(1毫克;首先在盐酸溶解);phenosafranine(2.5毫克)。在高压灭菌(121°C, 15分钟)、添加精氨酸、甘氨酸、组氨酸、赖氨酸(每个2.5 g),胆汁盐(0.5% wt /卷;丙烯酰胺ref。48305),半胱氨酸(0.05%)、德勤(0.02%)、羊血(5% /卷卷)。 For COR2 agar, add ampicillin and neomycin (50 µg ml1每个)在高压灭菌法(121°C, 15分钟)。

ECSA:发起17.0 g胰腺消化酪蛋白;3.0 g消化性消化酪蛋白;5.0克酵母提取物;10.0 g牛胆汁;5.0克氯化钠;1.0 g七叶树素;0.5克铁铵(三世)柠檬酸;0.25 g sozium叠氮化;柠檬酸钠1.0克;13.5 g琼脂。

mOs-SRB: 11.28 g M9最小盐介质σ(6030);20.0 g琼脂;2.0 g Na2所以4anhydr。75毫克酵母提取物;75毫克Li-lactate。高压灭菌后,添加半胱氨酸(0.05% wt /卷)、德勤(0.02%)。

MT10: 1×σ盐(M6030);猪粘蛋白类型III(σ)(250毫克;σM1778);PdCl22毫克;巯基乙酸,0.1克;phenosafranin;50毫升瘤胃液体;琼脂,15克;pH值设置为7。在高压灭菌(121°C, 15分钟)、添加利福平(20µg毫升10.05%)、半胱氨酸(wt /卷),2-mercaptoethanol(50µM),微量元素和维生素的解决方案(见104 PYG DSMZ介质)。

1963年Postgate (Postgate之后,达成Microbiol, 11:265): KH2警察丁,0.5克;NH4Cl, 1 g;Na2所以4,2 g;CaCl2.6H2啊,0.1克;MgSO4.7H2啊,1 g;Na-lactate, 3.5克;酵母提取物,1 g;巯基乙酸,0.1克;FeSO4.7H2啊,0.5克;琼脂,15克;NaHCO3,2 g;PdCl22毫克;phenosafranin;pH值设置为7.6。在高压灭菌(121°C, 15分钟)、添加青霉素(25µg毫升1),微量元素和维生素的解决方案(见104 PYG DSMZ介质)。

PYF: Peptone-yeast提取肉汤为4%(卷/期)菲尔德斯的消化(消化器官消化的马血)19。

PYG: DSMZ中等104;15 g琼脂。

TA-BHI:单宁酸洗嗨琼脂,准备如裁判所述。44。

板:巯乙酸介质啤酒修改(Becton, Dickinson和公司的猫。不。5211716);15克琼脂;0.5毫升l1巯基乙酸(AppliChem;猫。不。A3533)。

WCA: Wilkins-Chalgren厌氧菌(Oxoid ref。CM0643)。

通车:WCA (oxoid) + 25µg毫升1青霉素(钠盐)。

力:WCA (Oxoid), 33 g;葡萄糖,4 g;氯高铁血红素10µg;l胱氨酸,0.4克;琼脂,15克。高压灭菌后,添加去纤维蛋白的羊血(Oxoid) 5%(卷/期)。

菌株隔离

肠道样本re-suspended (1:10 wt /卷)在减少缓冲解决方案或肉汤媒体(见上面的组成部分“文化传媒”)。粘膜样本准备如前所述10。十倍稀释的一系列肠道悬浮液镀在琼脂媒体(见上面的成分)和细菌被允许种植2 - 30天在有氧条件下,或在厌氧室含氢的混合物,氮气和二氧化碳(5:10:85)或氢和氮(10:90)。单一的殖民地有至少三次到新鲜的琼脂板转移到肉汤媒体之前。细菌涂片后形成低稀释的增长也re-streaked获得单菌落观察细菌。文化纯洁是确保通过观察菌落形态以及革兰氏染色后细胞形态由光学显微镜。识别和隔离的系统发育分析、DNA提取纯文化和16 s rRNA基因扩增和测序如前所述15。Electropherogram质量检查和使用Bioedit叠连群建成45。使用EzTaxon序列被确定46。97%的价值16 s rRNA基因序列的身份,这是一个广泛使用的和普遍接受,而保守的阈值,选择以一致的方式描绘小说分类群在细菌类群23。菌株的进一步描述在下一节中有详细描述。日常媒体用于接种菌株包括减少威尔金斯Chalgren厌氧(WCA)肉汤(Oxoid)补充与半胱氨酸(0.05% wt /卷)和德勤(0.02%)减少代理。Cryo-stocks从刚准备种植文化通过混合细菌悬浮液1:1与filter-sterilized甘油培养基(40% /卷卷)在冻结−80°C。隔离的生活和cryo-cultures运往德国的微生物和细胞培养(DSMZ),股票长期储存在哪里准备和详细的分类进行了表征。应变信息(包括文化条件)是网上www.dsmz.de miBC。

应变特征

分析包括了显微镜的细胞形态学、酶测试细胞脂肪酸、二氨基庚二酸、自动使用MALDI-biotyper ribotyping和质谱分析(力量)。Matrix-assisted激光解吸/电离时间飞行(MALDI-TOF)根据协议执行样品制备3所描述的舒曼和迈尔47。Ribotyping进行了使用自动Riboprinter微生物鉴定系统(杜邦、Qualicon)。样品制备和分析进行根据制造商的指示和EcoRI限制性内切酶被用来生成DNA片段。协议1,舒曼发表的48应用于屏幕的革兰氏阳性细菌细胞对二氨基庚二酸的存在。两个循环湿生物质添加200µl 4 N HCl 2毫升玻璃安瓶,这是高温密封并保持16 h在100°C。冷却后,玉米胚芽蛋白酶解物通过炭床使用吸管按灯泡和干在温柔的气流35°C,直到所有的痕迹酸被消除。玉米胚芽蛋白酶解物溶解在100µl蒸馏水和一卷2µl被发现的基线纤维素薄层色谱法(TLC)板(默克公司P / N 1.05577)使用玻璃毛细管。二氨基酸的分离,溶剂系统是根据参考使用。49(32毫升甲醇4毫升吡啶7毫升蒸馏水和盐酸1毫升12 N;所有从Sigma-Aldrich)。薄层色谱板与茚三酮试剂喷洒后的发展。点后成为可见的加热(100°C, 5分钟)。从细胞生长细胞脂肪酸测定血琼脂平板或从预收集液体媒体。脂肪酸分析作为甲酯衍生品从10毫克干电池saponication材料,甲基化和提取使用Kuykendall的修改等。50米勒的方法51。共鉴定了脂肪酸甲酯使用微生物识别系统(MIDI)夏洛克6.1版本(TSBA40数据库)。酶测试是根据制造商的指示(Biomerieux)。细胞形态学检查使用相差显微镜检查(蔡司Axioscope背书,×100 Plan-Neofluar油浸物镜,Ph3;蔡司Axiocam MRc;Axiovision软件)。幻灯片被涂上一层一层的高纯度琼脂(2%)。

高通量16 s核糖体RNA基因分析

分析基于16 s rRNA的小鼠肠道微生物群的基因扩增子测序与随后的核心小鼠肠道细菌,测定盲肠的样本获得总共93只老鼠住在八个不同的设施在欧洲和美国(补充表6)。目标是获得一个数据集不是特定于一个设施,从而尽可能代表细菌社区在远端鼠标肠。

老鼠被杀,盲被立即删除,放置在cryo-vials snap-frozen液氮。样本储存在−80°C到装上干冰内布拉斯加州大学林肯和存储在−80°C,直到进一步的处理。一旦所有样本收集,他们在厌氧条件下解冻,在无菌磷酸盐10%甘油稀释1:10。整除(200µl)每个样本用于DNA提取程序描述了其他地方52。16 s rRNA基因标记排序(MiSeq Illumina公司)V5-V6地区进行明尼苏达大学基因组学中心使用引物784 f (5′-RGGATTAGATACCC′)和1064 r (5′-CGACRRCCATGCANCACCT)53。

原始序列读取处理使用IMNGS (www.imngs.org基于UPARSE)与管道内部开发54。细节描述的分析已经在别处55。辣子鸡、集群在97%序列的身份出现在一个相对丰度≥0.1%总读至少一个样本进一步进行分析。分析交付14906121质量和chimera-checked读取每个样本(160281±60686)772年集群辣子鸡(344±45辣子鸡/样本)(补充表7和补充序列文件)。

系统发育分析,推断了进化的历史使用最大似然方法的基础上,一般时间可逆的模型,使用200年MEGA6引导复制(ref。56)。最高的树对数似(代表最可能的树拓扑)被选中。相关类群的百分比的树聚集在一起展示了旁边的树枝(树是凝聚值≥50%)。所有职位< 70%的站点覆盖率被淘汰。对齐差距不到30%,缺失数据和模棱两可的基地被允许在任何位置。总共有261个职位在最后的数据集。

集成16 s rRNA基因扩增子的研究

评估miBC成员的患病率和丰富在肠道微生物群,其他host-derived生态系统和环境样品,我们使用一个集成的宏基因组平台内部开发和使用在以前的工作(www.imngs.org)16日,57岁。所有16 s rRNA基因扩增子研究SRA中可用58提取和组织在sample-specific数据库。IMNGS构建1510用于本研究包含55073样本,包括6001年和11705年的老鼠和人类肠道,分别。相应的数据库是使用UBLAST搜索59基于近全长16 s rRNA 76 miBC物种的基因序列查询来确保良好的覆盖所有研究,独立于16 s rRNA的基因区域。结果根据长度过滤(> 200元),覆盖(> 70%读取长度)和相似(> 97或99%)。

确定某些物种寄主专一性的,我们看着SRA-derived阳性样本的数量每一物种包括在收集,也就是说,那些鼠标或人类样本序列匹配相应的16 s rRNA基因序列的相似性水平的97%。值得注意的是,每个OTU miBC匹配收集通过IMNGS随后被分配给一个最亲密的序列miBC参考集为了避免冗余问题的情况属与密切相关的物种(例如,乳酸杆菌,enterococci,葡萄球菌)。流行必须至少有5%在小鼠肠道样品以便物种被认为是人类和老鼠之间的区别的分析。参数用于物种分类如下:(1)罕见:物种有一个流行的<鼠标样本的1%;(2)低流行率:< 5%鼠标样品;(3)共享:人类肠道的阳性样本的比例至少是一样高的老鼠;(4)共享和优势:定义在3级只适用也在考虑SRA-derived辣子鸡发生总读取的序列相对丰度> 1%(占主导地位的辣子鸡);(5)mouse-enriched:积极的小鼠的肠道样本的比例至少两次,从人类主体;(6)mouse-enriched和主导:给定的物种也丰富了只老鼠当考虑主导SRA-derived辣子鸡(如类别(4)中定义)。

解释的结果,重要的是要记住,上述分析是基于短16 s rRNA基因扩增子,可影响相似性结果相比,全长基因分析。此外,尽管它是合理的假设的大规模分析(包括成千上万的许多不同的研究样本)保证一定程度的代表性、样品描述SRA当然可以不精确,分析生态系统包括离群值对于一个给定的样本(例如,从主持人特有的病理生理条件)。

基因组测序和处理

共有53个草案在目前的研究中得到了基因组(EBI项目加入。PRJEB10572)。53株选择以下三个标准:(1)新奇;(2)根据IMNGS, MGS相关性分析(mouse-enriched、流行或主导);和(3)需要填补多样性空白(物种没有基因组可用)。miBC收藏还包括12株,小说基因组已经沉积,将发表在另一项研究提供了(SRA登记入册补充表1)。集合中的11个其他物种的基因组从NCBI检索(补充表1)。相应的原始序列文件处理的基因组序列生成的内部。

基因组DNA得到从纯粹的文化沉淀后机械裂解后协议之前出版60。DNA库准备使用TruSeq DNA PCR-Free样品制备设备(Illumina公司)。协议进行优化(DNA剪切片段大小选择)来提高装配质量61年。图书馆是测序使用Illumina公司MiSeq系统根据制造商的指示。

读是组装用黑桃v3.6.1激活BayesHammer工具误差校正和MismatchCorrector模块post-assembly失配和indel修正62年。使用Quast v3.1 (ref总成进行了评估。63年)。预测和注释的开放阅读框(orf)叠连群> 1000元进行与prokka v1.11 (ref。64年)。基因组序列被提交给欧盟加入核苷酸存档和可用数据中提供补充表1。

Genome-based分析

16 s rRNA基因序列提取来自两个鼠标隔离使用RNAmmer基因组和参考基因组(ref。65年)。所有这些序列两两之间的相似性计算的准确使用推荐设置两两序列比对23。

数字DNA: DNA杂交(dDDH) Genome-to-Genome距离计算器2.0 (GGDC), web服务免费http://ggdc.dsmz.de,提供了一个(子)物种的基因组序列描述报告dDDH估计和置信区间66年。这种方法被证明有几个优势替代物种界定方法66年,67年,没有模仿传统DDH的陷阱。

一个全基因组的发展史(基于蛋白质组数据)使用最新版本的推断Genome-BLAST距离发展史(GBDP)方法66年,68年。这里,成对蛋白质组的比较(包括pseudo-bootstrap复制)下进行greedy-with-trimming算法,进一步推荐设置69年。最后的树是推断使用FastME v2.07后处理与创业70年。d5 GBDP设置修剪算法,公式和一个价值10 e-8的阈值。树在中点扎根71年和数字高于分支greedy-with-trimming pseudo-bootstrap支持值从100年复制。只支持在60%以上。

的差异基因G + C含量被用来描述物种。当从基因组序列,计算G + C含量变化差异不超过1%的物种67年。

相似性搜索对老鼠基因目录

老鼠基因目录3分别对每个搜索15基因组数据库,使用BLASTn (ref。72年)。基因匹配的标准身份在100个基点≥95%或更多的百分比和价值≤10×105(非常相似的结果使用80%的覆盖率阈值≥95%的身份。基因匹配的数量分配给宏基因组物种(毫克),前面定义3,24数(见补充表5详情)。5毫克通过鼠标的事件队列在参考采样。3,有85%的基因匹配的小说隔离,被用来生成补充图1 b。

Metagenome分析

宏基因组DNA提取小鼠肠道为纯粹的文化内容如上所述60。图书馆300个基点插入大小是准备从500 ng片段DNA (Covaris S220阿发系统;占空因数10%,峰值入射功率175 W, 200周期/破裂,40年代)为每个示例使用NEBNext超DNA库准备工具包Illumina公司(E7370S,新英格兰生物学实验室)根据制造商的指示。样本条形码和测序TruSeq快速PE flowcell (PE - 402 - 4001;Illumina公司)使用一个Illumina公司HiSeq 2500编曲TruSeq快速SBS化学(fc - 402 - 4001)和2×100个基点paired-end读模块。实时分析(等)软件(1.17.20)是用于图像分析和基本要求。序列文件(.fastq)生成的树薯粉BCL2FASTQ转换软件(1.8.3)。Paired-end测序读被组装到宏基因组叠连群使用热卖73年。重叠群的长度> 500元分类与海怪74年和这些分为细菌进行进一步分析。

三种互补方法随访确定由培养细菌宏基因组覆盖率。首先,创建一个本地数据库所有miBC基因组和基因组的存在/没有二进制代码(1/0)蛋白家族(包含)。确定性增量选择最佳拟合的基因组进行评估覆盖所有miBC物种的基因组(n= 76)或最小的物种包括bacteriome MIBAC-1 (n= 18;这项研究),SIHUMI (n= 8)27和ASF (n= 8)26。第二,在宏基因组叠连群orf选择和初始与prokka进行注释64年。miBC和三个最小的预测metaproteome bacteriomes被用于创建爆炸的蛋白质数据库。基因组的序列覆盖率计算基于BLASTp搜索。显著的orf(期望值E< 10−5)与一个数据库条目蛋白质在最小长度覆盖率≥80%被用于功能覆盖率的计算(即同源蛋白质)的水平。第三,从羊痘疮保留在步骤(2)中,只有≥80%序列相似性被用于计算匹配序列覆盖。值得注意的是,在目前使用的所有新生成的或database-derived基因组分析完全独立的样品用于应变隔离。

小说描述的细菌

描述是基于基因组序列分析,酶检测和生化分类(细胞脂肪酸和检测内消旋二氨基庚二酸)。Genome-based分析包括整体proteome-based phylogenomic GBDP分析,dDDH、16 s rRNA基因序列分析和DNA G + C含量的差异。首先,相对子树高度(RSH)内的任何假定的小说细菌phylogenomic树相对于相关物种的RSH允许可靠的结论小说分类属性的菌株。第二,dDDH值< 70%表示归属隔离的一种新的物种。第三,≤94.5%的16 s rRNA基因序列的身份被认为是强有力的证据为截然不同的家庭不同的属和≤86.5%75年。第四,因为物种内部genome-based G + C含量的差异DNA几乎只< 1%,强烈支持不同的物种的地位更大的差异。最后,守恒的蛋白质的比例(POCP)分析是使用IMG软件工具属定义完成的76年,77年,考虑到属描述POCP值< 50%。

小说细菌类群包括(1)四个物种:I48 caecimuris多形拟杆菌的压力T(= DSM 26085T= KCTC 15547T),“Blautia caecimuris应变SJ18T(= DSM 29492T= KCTC 15541T),“Enterorhabdus缪里斯的应变wac - 131 - coc - 2T(= DSM 29508T= KCTC 15543T”)和“巴斯德菌caecimuris应变aa - 424 cc - 1T(= DSM 28627T= KCTC 52216T);(2)十个属:“Longicatena caecimuris的应变pg - 426 cc - 2T(= DSM 29481T= KCTC 15535T),“Longibaculum缪里斯的应变mt10 - 315 cc - 1.2 - 2T(= DSM 29487T= KCTC 15536T),“Extibacter缪里斯的应变JM-40T(= DSM 28560T= KCTC 15546T),“Muricomes intestini的菌株2 - pg - 424 cc - 1T(= DSM 29489T= KCTC 15545T),“Turicimonas缪里斯的应变YL45T(= DSM 26109T= KCTC 15542T),“Frisingicoccus caecimuris的应变pg - 426 cc - 1T(= DSM 28559T= KCTC 15538T),“Flintibacter butyricus应变BLS21T(= DSM 27579T= KCTC 15544T),“Cuneatibacter caecimuris的应变谷仓- 424 cc - 10T(= DSM 29486T= KCTC 15539T),“Acutalibacter缪里斯的应变KB18T(= DSM 26090T= KCTC 15540T2),“Irregularibacter缪里斯的pg - 426 cc - 4.2T(= DSM 28593T= KCTC 15548T);和(3)小说家族的一个成员:“Muribaculum intestinale”YL27压力T(= DSM 28989T= KCTC 15537T在“Muribaculaceae”)。

的描述Acutalibacter将军11月

(A.cu.ta.li.bac不。l . adj。acutalis锥形尖;N.L. n。bacter杆;N.L.德文。n。Acutalibacter锥形头的杆状细菌,用于修饰或说明细胞形态学的模式菌株类型物种)。

最接近phylogenomic邻居sporosphaeroides梭状芽胞杆菌。它们都基因组集群leptum梭状芽胞杆菌。他们不代表成员中梭状芽胞杆菌美国这篇集群。dDDH 23%, POCP是41%,表明不同属的状态,这个名字Acutalibacter提出了。dDDH值KB18基因组之间的压力T和瘤胃球菌属bromiil2 - 63是25.6%。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为54.6摩尔%。种类型Acutalibacter缪里斯。

的描述Acutalibacter缪里斯sp. 11月

Acutalibacter缪里斯(μ'ris l . gen . n。缪里斯鼠标)。与锥形细胞长棒结束。严格厌氧。α-galactosidase阳性,β-galactosidase、β-galactosidase-6-phosphateβ-glucosidase,α-arabinosidase,β-glucuronidaseα-fucosidase(快速ID32A)和七叶灵水解20 (Api)。

D-xylopyranose可以由木糖转化为d木酮糖,木糖异构酶的活动。D-xylulose随后磷酸化d木糖5-phosphate(提到过2.7.1.17 xylokinase, 01104),磷酸戊糖途径的中间。半纤维素是由木聚糖,与糖侧链(阿拉伯糖、半乳糖)。阿糖基木聚糖可以转化为木聚糖arabinofructofuranose(提到过3.2.1.55,00023)。木糖苷酶可以水解木聚糖。3.2.1.37(00237、02775)或提到过3.2.1.54 dextrinase (03478)。基因组内几种酯酶检测。

C的主要细胞脂肪酸组成16:0(22.1%),C16:0直接存储器存取(21.7%)、iso c15:0(16.8%)、anteiso-C15:0(9.8%)和C18:1ω9c(12.2%)。氨基酸肽聚糖类型的诊断内消旋二氨基庚二酸。菌株KB18类型T(= DSM 26090T= KCTC 15540T)。

的描述拟杆菌caecimurissp. 11月

拟杆菌caecimuris(cae.ci.mu 'ris。l . n。盲肠盲肠;l . gen . n。缪里斯一只老鼠;n . l . gen . n。caecimuris从一只老鼠的盲肠)。最接近phylogenomic邻居拟杆菌acidifaciens基因组和dDDH值是40.2%。

它是严格厌氧革兰氏阴性,形式的短棒。是积极的α-和β-galactosidaseβ-galactosidase 6-phosphate,α,β-glucosidaseα-arabinosidase,β-glucuronidase,α-fucosidase,碱性磷酸酶,亮氨酸arylamidase和丙氨酸arylamidase(快速ID 32)。它是正七叶灵水解和酸化d葡萄糖,d乳糖、蔗糖、d麦芽糖,水杨苷,d木糖,l阿拉伯糖,d纤维二糖,d甘露糖,d棉子糖,l鼠李糖和d海藻糖20 (Api)。

应变能降解果胶polygalacturonan和rhamnogalacturonan组成。最终的产品d-galactopyranuronate和4-deoxy -l-threo-hex-4-enopyranuronate。可以解聚果胶酯酶的活动。酶包括提到过3.1.1.11 Prokka_03269;提到过3.2.1.82、galacturonisidase Prokka_03292;提到过4.2.2.23,rhamnogalacturonan endolyase Prokka_03307;提到过4.2.2.24,rhamnogalacturonan exolyase Prokka_03311;提到过3.2.1.172,rhamnogalacturonyl水解酶,Prokka_03310。

β-l-rhamnopyranose可以转换为l可以进入糖酵解-lactaldehyde和二羟丙酮磷酸(L-rhamnose异构酶,提到过5.3.1.14 Prokka_01322;提到过2.7.1.5、L-rhamnulokinase Prokka_01323;提到过4.1.2.19、phosphate-aldolase Prokka_01320)。可以转化为木糖d木酮糖5-phosphate,可以输入磷酸戊糖途径(提到过5.3.1.5,dProkka_03917木糖差向异构酶;提到过2.7.1.17激酶,Prokka_03916)。磷酸戊糖途径包括提到过5.3.1.6 Prokka_01016;提到过5.1.3.1 Prokka_00323;提到过2.2.1.1 Prokka_01617;提到过2.2.1.2 Prokka_03873;提到过2.2.1.1 Prokka_01617)。最终的产品是d3 -磷酸甘油醛。

海藻糖可以转化成α-d葡萄糖和β-d吡喃葡萄糖。后者可用于形成β-d可以进入糖酵解葡萄糖6-phosphate(提到过3.2.1.28 Prokka_00582;提到过5.1.3.3 Prokka_01268;提到过2.7.1.2 Prokka_01994)。蜜二糖可以转化成α-d半乳糖和α-d葡萄糖。β-淀粉可以退化形式d葡萄糖6-phosphate和β-d吡喃葡萄糖,它可以进入糖酵解(提到过3.2.1之上,α-amylase Prokka_03907;提到过2.4.1.1 Prokka_00503;提到过5.4.2.2 Prokka_01849;提到过2.4.1.25 Prokka_00656;提到过5.1.3.3 Prokka_01994)。

谷酰胺可以转换为l谷氨酸(提到过为3.5.1.2 Prokka_01943),它可以使脱氢2-oxoglutatarate(提到过1.4.1.2 Prokka_02968)或转化为铵和延胡索酸酯(提到过2.6.1.1 Prokka_01814;提到过4.3.1.1 Prokka_02293)。

主要细胞脂肪酸anteiso-C15:0(33.7%)、iso c17:0 3-OH(15.9%)、iso c15:0(13.3%),C16:0 3-OH(7.5%)和C16:0(4.8%)。基因组DNA的G + C含量是42.6%。菌株I48类型T(= DSM 26085T= KCTC 15547T)。

的描述Blautia caecimurissp. 11月

Blautia caecimuris(cae.ci.mu 'ris。l . n。盲肠盲肠;l . gen . n。缪里斯一只老鼠;n . l . gen . n。caecimuris从一只老鼠的盲肠)。最接近phylogenomic邻居Blautia wexlerae基因组和dDDH值是25.6%。应变SJ18 G + C含量不同T和Blautia wexlerae是1.6%。

细胞球菌样的,椭圆形的。它是一种革兰氏阳性,严格厌氧细菌。它是积极的α-和β-galactosidase,α-glucosidase,α-fucosidase、精氨酸arylamidase和亮氨酸arylamidase(快速ID32A)。它产生的酸d葡萄糖,d乳糖,d蔗糖,d麦芽糖,水杨苷,d木糖,l阿拉伯糖,d棉子糖,d海藻糖和l鼠李糖20 (Api)。

9α淀粉酶,可以分配给糖苷水解酶家族GH13和催化苷的糖苷键,可以通过在基因组内。所有负责糖原的降解酶/淀粉存在:GlgX,糖原分支酶(提到过2.4.1.18;几张),glycogenphosphorylase(提到过2.4.1.1 Prokka_03262) maltodextrinphosphorylase(提到过2.4.1.1 Prokka_02645)和phospoglucomutase(提到过5.4.2.2 Prokka_01686)。第二个为糖原降解途径d-glycopyranose 6-phosphate也存在:前两个步骤是相同的,但后来maltotetraose转化为麦芽三糖(提到过2.4.1.1 Prokka_02645),这是退化d-glycopyranose 6-phosphate: amylomaltase(提到过2.1.4.25 Prokka_02646);葡糖激酶(提到过2.7.1.2 Prokka_03476)。海藻糖的葡糖激酶也参与降解。海藻糖的吸收是由trehalose-specific磷酸转移酶系统(分;Prokka_03240)。压力也拥有进口海藻糖蛋白质(Prokka_02649, 00179),交通系统通透酶(Prokka_0062, 0067)和操纵子阻遏tr (03239)。

壳二糖也可以运输,随后磷酸化N,N6′′-diacetylchitobiose磷酸(提到过2.4.1.280;几张),脱去乙酰基(Prokka_03287)和水解糖基水解酶d葡萄糖胺和N乙酰-d葡萄糖胺6-phosphate(提到过3.2.1.86 Prokka_00121)。N乙酰-d葡萄糖胺6-phosphate可以进入Nβ-乙酰氨基葡萄糖降解我通路转换d可以进入糖酵解-fructofuranose 6-phosphate(提到过3.5.1.25,N乙酰氨基葡萄糖6-phosphate脱乙酰酶,Prokka_00134;葡萄糖胺6-phosphate脱氨酶,Prokka_03782)。

木糖可以绑定和进口XylF和XylG蛋白质(Prokka_01553, 01554)结合运输通透酶XylH (Prokka_01554)。木糖操纵子是由XylR (Prokka_03489)。D-xylopyranose转化为d的木酮糖异构酶(Prokka_02659)和磷酸化d-xylulose-5-phosphate激酶(Prokka_01743)。后者化合物可能进入磷酸戊糖途径形成d-glyceraldehyde-3-phosphate(差向异构酶。5.1.3.1 Prokka_00665;异构酶。5.3.1.6 Prokka_02662;转酮醇酶。2.2.1.1,几个副本;transaldolase提到过2.2.1.2 Prokka_01937)。

由β-乳糖可以水解d牛乳糖(提到过3.2.1.23 Prokka_03707)。几个氨基酸可以退化:精氨酸脱羧酶(提到过4.1.1.19 Prokka_03783),l丝氨酸氨裂解酶(提到过4.3.1.17 Prokka_02259)、苏氨酸氨裂解酶(提到过4.3.1.19 Prokka_03091),蛋氨酸γ-lyase(提到过4.4.1.11 Prokka_00824)和d半胱氨酸(提到过4.4.1.15 Prokka_02595)。

主要细胞脂肪酸组成C18:0(26.9%),C12:0(22.5%)、iso我19:1(15.5%),C16:0(13.1%)、iso - c:1/ anteiso-C:1(8.8%)和C14:0(4.8%)。氨基酸肽聚糖类型的诊断内消旋二氨基庚二酸。基因组DNA的G + C含量为43.0摩尔%。菌株SJ18类型T(= DSM 29492T= KCTC 15541T)。

的描述Cuneatibacter将军11月

Cuneatibacter (Cu.ne.a.ti.bac不。L的cuneatus楔形;l:德文。n。bacter杆;N.L.德文。n。Cuneatibacter杆状细菌与楔形结束)。最近的phylogenomic邻国clostridioforme梭状芽胞杆菌和symbosium梭状芽胞杆菌。它被放置到Lachnospiraceae集群,除了属的物种类型梭状芽胞杆菌,butyricum梭状芽胞杆菌。POCP之间c . butyricum和c . clostridioforme或c . symbosium分别是39.9%和39.7%。这些低值确认都没有的成员梭状芽胞杆菌美国这篇集群。POCP的基因组之间c . clostridioforme和c . symbosium36.5%,dDDH是22.2%。dDDH值应变谷仓- 424 cc - 10之间T和c . clostridioforme或c . symbosium分别是21.6%或22.3%。G + C含量的差异比较的DNA是1.4%。所有这些值确认单独属孤立的状态。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为49.1摩尔%。种类型Cuneatibacter caecimuris。

的描述Cuneatibacter caecimurissp. 11月

Cuneatibacter caecimuris(cae.ci.mu 'ris。l . n。盲肠盲肠;l . gen . n。缪里斯一只老鼠;n . l . gen . n。caecimuris从一只老鼠的盲肠)。与锥形细胞小棒结束,2 - 3µm长。这是革兰氏阳性和严格厌氧。是积极的α-和β-galactosidaseβ-glucoronidase,α-和β-glucosidaseα-arabinosidase(快速ID32A)、七叶灵水解和酸化l鼠李糖20 (Api)。

β-d半乳糖UDP-glucose可以退化形式。在第一步中,aldose-1-epimerase将β-d半乳糖α-d半乳糖(提到过5.1.3.3 Prokka_02857),随后由galactokinase磷酸化(提到过2.7.1.6 Prokka_00204)。由于半乳糖1-phosphate uridinyltransferase活动(提到过2.7.7.12 Prokka_00203) UDP-α-galactose形成和重新安排UDP-glucose (。00996;Prokka_0096)。

N乙酰-d葡萄糖胺可以退化形式d果糖6-phosphate:N-acetyl-glucosamine 6-phosphate脱乙酰酶(提到过3.5.1.25 Prokka_01387);葡萄糖胺6-phosphate异构酶(提到过3.5.99.6 Prokka_01388)。

L-arabinose可以退化d木酮糖5-phosphate由于l阿拉伯糖异构酶(提到过5.3.1.4 Prokka_00574)和活动l-ribulose-5-phosphate 4-epimerase(提到过5.1.3.4;Prokka_01532)。通过退化D-xylulose 5-phosphate也可能形成d木糖(提到过5.1.3.1.5 Prokka_01741;提到过2.7.1.17 Prokka_01860),这可能进入磷酸戊糖途径产生d转酮醇酶,果糖6-phosphate(提到过2.2.1.1 Prokka_00573;提到过2.2.1.2 transaldolase Prokka_00768)和d赤藓糖4-phosphate。后者可以转化成d甘油醛3 -磷酸转酮醇酶活性,这可能是转换成磷酸烯醇丙酮酸(提到过1.2.1.12 Prokka_02031;提到过4.4.1.12 Prokka_02034;提到过2.7.2.3 Prokka_02032;E.C.5.4.2.12 Prokka_02345;提到过4.2.1.11 Prokka_02345)。磷酸烯醇丙酮酸可以转换l乳酸(提到过2.7.1.40、丙酮酸激酶、Prokka_01764;脱氢酶,提到过1.1.1.27 Prokka_00578)。D-erythrose 4-phosphate也可以进入chorismate生物合成途径(所有酶菌株的基因组这个途径存在的谷仓- 424 - cc - 10):提到过2.5.1.54,Prokka_00306;提到过4.2.3.4 Prokka_0226;提到过4.2.1.10 Prokka_00678;提到过1.1.24 Prokka_00680;提到过2.7.1.71 Prokka_03116;提到过2.5.1.19 Prokka_00308;提到过4.2.3.5 Prokka_00530。

家庭GH 28的糖基化水解酶(提到过3.2.1.15 polygalacturoronase) GH 78(α-l-rhamnosidase)和GH105(提到过4.2.2.23 rhamnogalacturonyl水解酶)参与果胶的降解途径的开始跟着YesY活动(提到过3.1.1 Prokka_02705)和YesR(提到过3.2.1.172 Prokka_00382)。结果4-deoxy -l-threo-hex-4-enopyranuronate可以降解作用。5.3.1.17,异构酶,Prokka_01284;脱氢酶,提到过1.1.1.67 Prokka_00822;提到过2.7.1.45激酶,Prokka_00327和醛缩酶(Prokka_00328)。最终的产品d甘油醛3 -磷酸丙酮酸。

糖原的降解的途径是检测和包括以下反应:磷酸化酶(提到过2.4.1.1 Prokka_02446);4-α-glucanotransferase(提到过2.4.1.25 Prokka_03092);α-glucosidase(提到过3.2.1.33;Prokka_02446);磷酸化酶(提到过2.4.1.1 Prokka_02446)和phosphoglucomutase(提到过5.4.2.2 Prokka_02715)。最终的产品是d葡萄糖6-phosphate,进入糖酵解。

主要细胞脂肪酸是C16:0(43.4%)。其他脂肪酸与MIDI系统检测到iso c:1/ anteiso-C:1(10.1%)、iso c15:1/ C13:0哦(9.0%),C1ω8c(8.3%)和C14:0(6.2%)。内消旋二氨基庚二酸是缺席。应变类型谷仓- 424 cc - 10T(= DSM29486T= KCTC 15539T)。

的描述Enterorhabdus缪里斯sp. 11月

Enterorhabdus缪里斯(μ'ris l . gen . n。缪里斯鼠标)。Phylogenomic分析地方应变wca - 131 - coc - 2T到Enterorhabdus集群。的基因组之间的dDDH价值大肠mucosicola和大肠caecimuris是35.3%和应变之间wca - 131 coc - 2T,大肠mucosicola和大肠caecimuris分别是43.1%和38.3。这些值显然证实应变wca的单独的物种地位- 131 - coc - 2T。

细胞是棒,5µm长度,并严格厌氧。底物在20 Api工具包是负的。精氨酸水解酶活性检测与快速ID 32。精氨酸可以de退化有限公司2通过下面的酶的活性:提到过3.5.3.6,脱氨酶,Prokka_01275;提到过2.1.3.3、carbamoyltransferase Prokka_01150;氨基甲酸酯激酶,提到过2.7.2.2 Prokka_00063。L-serine可以降解丙酮酸:提到过4.3.1.17 Prokka_02086。甲酸可以转化成5,10-methylenetetrahydrofolate或股份有限公司2(连接酶,提到过6.3.4.3 Prokka_01739;提到过3.5.4.9、cyclohydrolase Prokka_01741;提到过1.5.1.5还原酶;提到过1.2.1.2 Prokka_00906)。可以代谢Alkylnitronate亚硝酸盐(提到过1.13.12.16 Prokka_00873)。L-rhamnose可以退化形式l(提到过5.3.1.14 -lactaldehyde二羟丙酮磷酸异构酶,Prokka_00371;提到过2.7.1.5、rhamnulokinase Prokka_00372;醛缩酶,提到过4.1.2.19 Prokka_00370)。磷酸戊糖途径的酶存在:提到过5.3.1.6,Prokka_01108;提到过5.3.1.1 Prokka_01187;提到过2.2.1.1 Prokka_02151;提到过2.2.1.2 Prokka_00123;提到过2.1.1 Prokka_02151。

主要的细胞脂肪酸C18:1ω9c(14.3%)、iso c:1/ anteiso-C:1(12.1%)、anteiso-C15:0(12.3%)、iso c15:0(7.9%),C16:0(13.8%),C18:0(7.5%)、iso c14:0(5.1%)和C14:0(3.7%)。氨基酸肽聚糖类型的诊断内消旋二氨基庚二酸。基因组DNA的G + C含量为65.1摩尔%。类型应变应变wca - 131 - coc - 2所示T(= DSM 29508T= KCTC 15543T)。

的描述Extibacter将军11月

Extibacter(Ex.ti.bac不。l .中性粒细胞。n。extum肠子或者动物内脏;N.L.德文。n。bacter杆;N.L.德文。n。Extibacter杆从肠道分离)。最近的系统发育的邻居hylemonae梭状芽胞杆菌。POCP的基因组之间c . hylemonae和butyricum梭状芽胞杆菌,属的物种类型梭状芽胞杆菌,仅为14.3%,表明不同属的地位c . hylemonae。dDDH值之间梭状芽胞杆菌基因组之间的28.4%和c . hylemonae和应变40 cc-b5824-areT23.8%。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为47.9摩尔%。类型的物种Extibacter缪里斯。

的描述Extibacter缪里斯sp. 11月

Extibacter缪里斯(μ'ris, l . gen . n。缪里斯鼠标)。细胞染色革兰氏阳性,严格厌氧棒3µm长。β-galactosidase阳性和脯氨酸arylamidase(快速ID32A)和酸化d葡萄糖,d乳糖,l鼠李糖和木糖(Api20A)。

果糖6-phosphate可以通过磷酸烯醇丙酮酸转化为乙酰辅酶a。ABC转运蛋白对Na+、磷、钴、生物素、棉子糖和蜜二糖。海藻糖可以通过磷酸烯醇丙酮酸转化为乙酰辅酶a(提到过2.4.1.64 Prokka_03664)。β-galactosidase(提到过3.2.1.23 Prokka_01478)可能水解乳糖、木糖的所有组件操纵子存在:木糖异构酶(Prokka_02910);12份xylB(激酶);运输结合蛋白XylF (Prokka_02319)和XylG (Prokka_02978);和膜转运体XylH (Prokka_02977)。积极受XylR xylFGH操纵子(Prokka_03195)。

糖原的降解/淀粉始于glycogenphosphorylase(提到过2.4.1.1;释放α- Prokka_00499, 02735)d吡喃葡萄糖1-phosphate。1、6-glucohydrolase(提到过3.2.1之上,Prokka_02220)产生一个debranchedα-limit糊精和短maltotetraose单位。然后转换成α-D-glucopyranose 1-phosphated-glucopryanose 6-phosphate由于phosphoglucomutase的活动(提到过5.4.2.2 Prokka_00906)。α-一个麦芽糖糊精磷酸化酶裂解麦芽糊精d葡萄糖1-phosphate经过几个步骤(提到过2.4.1.25 amylomaltase;Prokka_03040)和葡糖激酶活动(提到过2.7.1.2 Prokka_01911)。

几个氨基酸可以降解和酶是高度特定的底物:精氨酸脱羧酶(提到过4.1.1.19 Prokka_00457),l丝氨酸氨裂解酶(提到过4.3.1.17 Prokka_00547),d丝氨酸氨裂解酶(提到过4.3.1.18 Prokka_01317)、苏氨酸氨裂解酶(提到过4.3.1.19 Prokka_03487),蛋氨酸γ-lyase(提到过4.4.1.11 Prokka_01328)。

主要的脂肪酸是C16:0(25.3%),C14:0(23.7%)、iso c:1/ anteiso-C:1(14.0%)和iso c15:1/ C13:0哦(10.0%)。内消旋二氨基庚二酸是缺席。应变类型是40建行- 5824T(= DSM 28560T= KCTC 15546T)。

的描述Flintibacter将军11月

Flintibacter(Flin.ti.bac不。N.L. n。弗林特弗林特名称;l:德文。n。bacter杆;N.L.德文。n。Flintibacter杆状细菌命名教授哈里·j·弗林特从阿伯丁一个微生物学家,英国,他专门职业调查的肠道细菌,尤其是丁酸生产商和他们的角色在健康和疾病)。最近的phylogenomic邻国Intestimonas butyriciproducens,Pseudoflavonifractor capillosus和Flavonifractor plautii。相应dDDH值是24.4,24.7和24.7%,分别。各自的差异在G + C DNA含量是1.4,1.1和3.0%。dDDH值之间p . capillosus和f . plautii(POCP是42.7%),26.6%的基因组之间和dDDH即butyriciproducens和f . plautii是23.3%。G + C含量的模式菌株的基因组DNA 58摩尔%。种类型Flintibacter butyricus。

的描述Flintibacter butyricussp. 11月

Flintibacter butyricus(bu.ty 'ri.cus。N.L.德文。adj。butyricus与黄油,奶油的,指的是生产短链脂肪酸丁酸)。它是严格厌氧,non-motile non-spore成型,过氧化氢酶和氧化酶阴性,污渍革兰氏阴性。它生长在温度30 - 40°C和RCM汤含有1%氯化钠。它形成长的细丝,分成小的不规则的针状的棒。都为阴性反应Api 20,和在快速ID32Aα-galactosidase阳性。它产生醋酸丁酸和在氨基酸谷氨酰胺和谷氨酸的存在,但没有增长亮氨酸、赖氨酸、精氨酸、谷氨酸和天冬氨酸。

L-glutamate crotonyl-CoA hydroxyglutarate可以发酵的途径,并进一步butanoate(丁酸)和醋酸。下列反应都包含在这个途径:提到过1.4.1.2,脱氢酶,Prokka_00142;提到过2.8.3.12转移酶;Prokka_01566, 01567;脱羧酶,提到过4.1.1.70 Prokka_02670;E.C.1.1.1.157 3-hydroxybutyryl-CoA脱氢酶,Prokka_00188、01591、01835。丙酮酸可以转化成乳酸(提到过1.1.1.27 Prokka_00634)或使脱氢(Prokka_00041)形成乙酰辅酶a,可以用来形成乙酸(乙酰转移酶,提到过2.3.1.8 Prokka_00599)。

棉子糖可能是水解(提到过3.2.1.22α-galactosidase)形成α-d半乳糖和β-d葡萄糖。蜜二糖也可以水解α-d半乳糖形成β-d醛糖差向异构酶,葡萄糖6-phosphate:提到过5.1.3.3 Prokka_02811;提到过2.7.1.6、galactokinase Prokka_0072;提到过2.7.7.12、uridyltransferase Prokka_0773;提到过1.3.2,UDP-glucose-4-epimerase Prokka_01687;提到过5.4.2.2、phosphoglucomutase Prokka_00685, 00705年。

N可以脱去乙酰基-acetyl-glucosamine提到过3.5.1.25 (Prokka_01697)和转化为β-d被提到过3.5.99.6 -fructofuranose 6-phosphate (Prokka_01696)。Fructofuranose 6-phosphate也可以形成的d甘露糖,它是由一个分体系。到D-mannose 6-phosphate转换fructofuranose - 6 -磷酸异构酶通过提到过5.3.1.8 (Prokka_01350)。

纤维素酶组成纤维二糖是基因组检测(提到过3.2.1.4 Prokka_02188),可以转换为吡喃葡萄糖和纤维二糖甙酶活性(提到过3.2.1.21 Prokka_02301)。

糖原、淀粉可降解形成α-d从maltotetraose或β-葡萄糖6-phosphated葡萄糖6-phosphate。第一反应包括提到过2.4.1.1 (Prokka_00610, 02033)和提到过3.2.1 (Prokka_03259),随后又提到过2.4.1.1 phosphoglucomutase活动(提到过5.4.2.2 Prokka_00685)。可以转化为β-麦芽三糖d葡萄糖6-phosphate葡糖苷酶活动(提到过3.2.1.20 Prokka_03810) 4-α-glucotransferase(提到过2.4.1.25,Prokka _02266, 00609)和葡糖激酶K活动(提到过2.7.1.2 Prokka_01053, 01439)。

主要细胞脂肪酸iso C:1/迷人C:1(16.1%)、iso c19:1(14.8%),C18:1ω9c(13.5%),C12:0(12.2%),C14:0(11.4%),C16:0(11.2%)和C18:0(8.8%)。G + C含量的基因组DNA是58摩尔%。菌株BLS21类型T(= DSM 27579T= KCTC 15544T)。

的描述Frisingicoccus将军11月

Frisingicoccus(Fri.sing.i.coc 'cus。l .有限元法。n。FrisingaFreising的罗马城市的名称;N.L.德文。n。球菌球菌;N.L.德文。n。Frisingicoccus;类型的应变类型物种随着coccobacilli和原本孤立的德国城市Freising)。在phylogenomic树中,应变pg - 426 cc - 1T分支机构在组织组成的Cuneatibacter缪里斯DSM 29486T,clostridioforme梭状芽胞杆菌和symbosium梭状芽胞杆菌。之间的dDDH两梭状芽胞杆菌基因组是22.2%。dDDH应变pg - 426 cc - 1T对坎昆。缪里斯是21.9%和c . clostridioforme和c . symbosium分别为22.5%和23.3。各自的差异基因G + C含量是5.4,5.4和4.0%,分别。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为43.7摩尔%。种类型Frisingicoccus caecimuris。

的描述Frisingicoccus caecimurissp. 11月

Frisingicoccus caecimuris(cae.ci.mu 'ris。l . n。盲肠盲肠;l . gen . n。缪里斯一只老鼠;n . l . gen . n。caecimuris从一只老鼠的盲肠)。细胞棒分离成球菌样的形式,并严格厌氧。所有Api 20反应是负面的。它是积极为精氨酸和亮氨酸arylamidase快速ID 32。它能够利用各种氨基酸的脱羧或non-oxidative脱氨基作用:精氨酸(提到过4.1.1.19 Prokka_01494);天冬氨酸(提到过4.1.1.11 Prokka_00650);丝氨酸(提到过4.3.1.17 Prokka_00515);和苏氨酸(提到过4.1.3.19 Prokka_02055)。L-glutamate可以退化l天冬氨酸氨基转移酶活性(e . 2.6.1.1 prokka - 02564),这是延胡索酸酯代谢和北半球3(天冬氨酸氨裂解酶,提到过4.3.1.1 Prokka_00708)。

共有50 ABC转运蛋白能被探测到的菌株基因组的pg - 426 cc - 1,包括磷酸盐、铁、支链氨基酸、寡肽和d蛋氨酸。阿洛糖可以转化为β-d进入糖酵解-fructofuranose 6-phosphate(提到过2.7.1.55,d阿洛糖激酶,Prokka_00524;提到过5.3.1。- - - - - -,是omerase Prokka_00367).N乙酰氨基葡萄糖6-phosphate可能进入细胞,随后可以转换为分体系d-glucosamine-6-phosphate脱乙酰作用和β-d通过脱氨基作用-fructofuranose 6-phosphate(提到过3.1.5.25 Prokka_00143;Prokka_00706 PTS磷载体蛋白;分磷酸化组件,Prokka_00564;提到过3.5.99.6 Prokka_00155)。β-d-fructofuranose 6-phosphate可以进入糖酵解。

细胞脂肪酸C18:1ω9c(22.3%),C16:0(22.1%)、iso c:1/ anteiso-C:1(10.3%)和C18:0(10.0%),较低的C14:0(7.5%)、iso c15:1/ C13:0 3-OH(4.6%)和一个未知的组件(4.7%;RT 14.949)。内消旋二氨基庚二酸是缺席。基因组DNA的G + C含量为43.7摩尔%。应变类型pg - 426 cc - 1T(= DSM 28559T= KCTC 15538T)。

的描述Irregularibacter将军11月

Irregularibacter(Ir.re.gu.la.ri.bac不。l . adj。irrgeularis不规则的;N.L.德文。n。bacter杆;N.L.德文。n。Irregularibacter一个不规则的杆状细菌)。Phylogenomic分析地方菌株2 pg - 426 cc - 4.2T在厚壁菌门到一个单独的血统。dDDH值相比,最近的三个phylogenomic邻国(Anaerofustis stercorihominis,真细菌limosum和Pseudoramibacter alactolyticus)是25.5、28.5和31.5%,分别。各自的差异在G + C DNA含量是2.4,11.7和15.9%。让组内RSH大于已经包含三个不同的属。因此,我们建议将倒入小说属。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为35.8摩尔%。种类型Irregularibacter缪里斯。

的描述Irregularibacter缪里斯sp. 11月

Irregularibacter缪里斯(μ'ris l . gen . n。缪里斯鼠标)。细胞是棒可以形成长的10µm细丝。吲哚阳性生产(快速ID 32)和七叶灵水解20 (Api)。所有其他的反应是负面的。

谷氨酸可退化n-butanoate包括以下反应:提到过1.4.1.2,脱氢酶,Prokka_00372;E.C.2.8.3.12、CoA-transferase Prokka_02420;CoA-dehydratase Prokka_0065;提到过1.1.1.157、butyryl-CoA-dehydrogenase Prokka_02002, 02766;提到过2.8.3.8,醋酸CoA-transferase Prokka_02840 00642。甘油可以转化成glycerol-3-phosphate(激酶,提到过2.7.1.30 Prokka_02919, 00840),进一步代谢形成磷酸glycerone,可能进入糖酵解(3 -磷酸甘油脱氢酶,提到过1.1.1.94 Prokka_00228)。

从ADP -糖原合成d葡萄糖是可能的,包括以下酶活性:提到过2.4.1.21,Prokka_02946;提到过2.4.1.18 Prokka_02943;提到过2.7.7.27 Prokka_02944;提到过5.4.2.2、phosphoglucomutase Prokka_02192。

它能够发酵氨基酸:精氨酸(提到过4.1.1.19 Prokka_00095);苏氨酸(提到过4.3.1.19 Prokka_00046);l丝氨酸(提到过4.3.1.17 Prokka_00048)。半胱氨酸可能转化为丙酮酸,NH3和H2(提到过4.4.1.1 Prokka_01832)。色氨酸也可能是代谢吲哚,丙酮酸和铵(提到过4.1.99.1;Prokka_00116)。

细胞脂肪酸概要文件包含C18:1ω9c(23.0%),C16:0(19.6%),C14:0(18.5%)和C18:0作为主要组件(12.8%);C12:0(8.7%),C16:1 w7c/ iso c15:0 2哦(5.3%)和C10:0(4.9%)也会发生。内消旋二氨基庚二酸是缺席。应变类型是2 pg - 426 cc - 4.2T(= DSM 28593T= KCTC 15548T)。

的描述Longicatena将军11月

Longicatena(Lon.gi.ca.te 'na。l . adj。长肌长;l .有限元法。n。系列链,N.L.有限元法。n。Longicatena类型的应变类型物种生长长链)。最接近phylogenomic邻居应变pg - 426 cc - 2T是innocuum梭状芽胞杆菌和相应的dDDH是21%。之间的dDDH隔离和属的物种类型梭状芽胞杆菌,butyricum梭状芽胞杆菌,是27.8%。各自的差异基因G + C含量是9.3%。真细菌dolichum是应变的远亲pg - 426 cc - 2T,属的物种类型真细菌,真细菌limosum,应变pg - 426 cc - 2T股价dDDH仅30.7%。相应的差异基因G + C含量是9.7%。这个值支持建立一个小说属适应应变pg - 426 cc - 2T。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为37.8摩尔%。种类型Longicatena缪里斯。

的描述Longicatena caecimurissp. 11月

Longicatena caecimuris(cae.ci.mu 'ris。l . n。盲肠盲肠;l . gen . n。缪里斯一只老鼠;n . l . gen . n。caecimuris从一只老鼠的盲肠)。细胞是棒,形成长的细丝。所有反应快速的ID 32是消极的,但它是正七叶灵水解的Api 20。

甲醛氧化的完整路径存在,开始d核酮糖5-phosphate到甲醛形成hexulose - 6 -磷酸:提到过4.1.2.43,hexulose 6-phosphate合成酶,Prokka_00565;提到过5.3.1.27、hexuloisomerase Prokka_00566;提到过5.3.1.9,6-phosphate葡萄糖异构酶,Prokka_01514;提到过1.1.1.49 6-phosphate葡萄糖脱氢酶,Prokka_02255;提到过1.1.31 phosphoglucanolactonase Prokka_02253;提到过1.1.1.343 phosphogluconate脱氢酶,Prokka_02254。

丙酮酸可以转化成乳酸(提到过1.1.1.27 Prokka 01579)。L-serine和l苏氨酸可以发酵(1.17提到过43岁,Prokka_02192;提到过4.3.1.19 Prokka_01200)。有几种酶参与糖原的降解:提到过2.4.1,磷酸化酶,Prokka_01627, 02537;转移酶,提到过2.4.1.25 Prokka_01628;提到过5.4.2.2、phosphoglucomutase Prokka_01780。

主要的脂肪酸是C18:1ω9c(77.4%)和小脂肪酸C18:1ω7c(5.7%),C16:0(4.6%)、iso c19:0(2.9%),C18:1-2OH(2.0%)和C18:0(1.9%)。内消旋-二氨基庚二酸是缺席。应变类型是pg - 426 - cc - 2T(= DSM 29481T= KCTC 15535T)。

的描述Longibaculum将军11月

Longibaculum(Lon.gi.ba 'cu.lum。l . adj。长肌长;l .中性粒细胞。n。阴茎骨棒,棒;N.L.中子弹。n。Longibaculum长杆,用于修饰或说明的能力增长细胞,纤维)。Phylogenomic分析地方应变mt10 - 315 cc - 1.2 - 2TErysipelotrichaceae集群,集群的所有其他成员的远亲。应变的RSH mt10 - 315 cc - 1.2 - 2T比让组内,包括四个不同的属(Catenibacterium mitsuokai,Kandleria vitulina,Sharpea azabuensis和Eggerthia catenaformis)。最近的邻居是Stoquefichus massiliensis’,目前没有站在命名,因此不包括在分析中。我们因此建议应变mt10 - 315 cc - 1.2 - 2T代表一个新的属。基因组DNA的G + C含量为30.8摩尔%。种类型Longibaculum缪里斯。

的描述Longibaculum缪里斯sp. 11月

Longibaculum缪里斯(μ'ris l . gen . n。缪里斯鼠标)。它能够形成长纤维> 20µm长度,并严格厌氧。是积极的β-galactosidaseβ-glucoronidase,N乙酰氨基葡萄糖和pyroglutamic酸arylamidase(快速ID 32)。所有反应酸化的碳水化合物- 20 (Api)。

基因组包含30个家庭gh的葡糖苷酶。熊果苷和水杨苷可以转化为β-dProkka_00070 -glucose-6-phosphate(提到过2.7.1.69磷酸转移酶;葡糖苷酶,3.2.1.86 Prokka_00223)。蔗糖可以退化形成β-dProkka_01036 -fructofuranose-6-phosphate(提到过3.2.1.26水解酶;提到过2.7.1.2、葡糖激酶Prokka_00474;提到过5.3.1.9 Prokka_00116;或直接由果糖激酶活动(提到过2.7.1.4;Prokka_00908)。可以转换为鼠李糖l可以进入糖酵解-lactaldehyde dihydroacetone(异构酶,提到过5.3.1.14 Prokka_00519;提到过2.7.1.5激酶,Prokka_00518;醛缩酶,提到过4.1.2.19 Prokka_00520)。β-d半乳糖可以转化为葡萄糖6-phopshate,还可以进入糖酵解(差向异构酶,提到过5.1.3.3 Prokka_02823;提到过2.7.1.6、galactokinase Prokka_02824;转移酶,提到过2.7.7.12 Prokka_02822)。β-乳糖可用于形式d半乳糖和β-d葡萄糖(提到过3.2.1.23 Prokka_00851)。

II型分泌途径包括eps E、F、H。以下酶糖原的降解也存在:提到过2.4.1.1,磷酸化酶,Prokka_02190;提到过2.4.1.25、glucotransferase Prokka_01371;提到过3.2.1.10 1 6-glucosidase Prokka_02259, 03135;E.C.5.4.2.2、phosphoglucomutase Prokka_02540。

主要的脂肪酸是C16:0(30.1%),C18:1ω9c(15.4%),C18:1ω7c(9.9%),C16:1ω7c/ iso c15:0-OH(8.9%),C18:0(6.6%)和C16:1ω11c(5.4%)。氨基酸肽聚糖类型的诊断内消旋二氨基庚二酸。应变类型mt10 - 315 cc - 1.2 - 2T(= DSM 29487 T = KCTC 15536T)。

的描述Muribaculum将军11月

Muribaculum(Mu.ri.ba 'cu.lum。l:德文。n。亩,缪里斯鼠标;l .中性粒细胞。n。阴茎骨棒,棒;N.L.中子弹。n。Muribaculum杆状细菌从一只老鼠)。

应变YL27 Phylogenomic分析的地方T到一个单独的血统附近属Coprobacter和Barnesiella。最近的系统发育的邻居由16 s rRNA基因序列分析Barnesiella intestinihomis,显示只有86.2%的序列相似性,提出了阈值为86.5%以下的家庭75年。YL27 dDDH值之间的压力T的基因组Coprobacter fastidiosus,b . intestinihominis和Barnesiella viscericola分别是23.8、23.4和23.4%。相应的差异基因G + C含量是11.6,6.0和1.7%。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为49.9摩尔%。种类型Muribaculum intestinale。

的描述Muribaculum intestinalesp. 11月

Muribaculum intestinale(in.tes.ti.na前甲板。N.L.中子弹。adj。intestinale用于修饰或说明肠道)。严格厌氧。是积极的α-galactosidaseβ-galactosidase,N碱性磷酸酶,-acetyl-β-glucosamidase leucyl甘氨酸arylamidase和丙氨酸arylamidase(快速ID 32),和是负反应Api 20。

可以降解形成β-半乳糖d差向异构酶,葡萄糖6-phosphate(提到过5.1.3.3 Prokka_01653;提到过2.7.1.6激酶,Prokka_01654;差向异构酶,提到过5.1.3.2 Prokka_02048;提到过5.4.2.2、phosphoglucomutase Prokka_00248)。

果胶可以解聚dProkka_02543 -galactopyranuronate(提到过3.1.1.11果胶酯酶;提到过3.2.1.82、galacturonidase Prokka_02522;提到过4.2.2.2,果胶酸裂解酶PL10 Prokka_00090)。

主细胞脂肪酸anteiso-C15:0(59.9%);C16:0-30H(8.3%)、iso c15:0(5.6%),C14:0(3.9%)和C15:0 3-OH(3.3%)检测到轻微。内消旋二氨基庚二酸是缺席。菌株YL27类型T(= DSM 28989T= KCTC 15537T)。

的描述Muricomes将军11月

Muricomes(Mu.ri。co'mes, L.n.亩,缪里斯鼠标;L.n。来了一个同伴;N.L.德文。n。Muricomes一只老鼠的同伴)。Phylogenomic分析地方菌株2 - pg - 424 cc - 1T到一个单独的血统与RSH明显大于内让集团控股从两个不同的物种属:oroticum梭状芽胞杆菌,真细菌contortum和真细菌fissicatena。这些物种分享dDDH值的20.1、20.0和20.1%,菌株2 - pg - 424 cc - 1T,分别。这些数据表明,菌株2 - pg - 424 cc - 1T代表一个新的属。c . oroticum特点是dDDH值的21.0和21.2%大肠contortum和大肠fissicatena,分别。这两个真细菌物种显示dDDH 27.6%。他们远亲属的物种类型真细菌(真细菌limosum),必须重新分类。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为43.1摩尔%。种类型Muricomes intestini。

的描述Muricomes intestinisp. 11月

Muricomes intestini(in.tes 'ti.ni。l . gen . n。intestini原产地的肠道,指的是生态系统类型的应变)。

细胞是革兰氏阳性棒能够在厌氧条件下生长,并积极α-glucosidase和脯氨酸arylamidase(快速ID32A)。它能够利用l阿拉伯糖,d葡萄糖,d甘露醇,d麦芽糖,d甘露糖,l鼠李糖、d山梨糖醇,d木糖20 (Api)。

碳水化合物绑定模块(CBM) carbohydrate-binding活动检测基因组内木聚糖、甘露聚糖(CBM 35个家庭;Prokka_00901)和几丁质(CBM 50个家庭,Prokka_01736)。可以降解几丁质N乙酰氨基葡萄糖由diacetylchitobiase(提到过2.4.1.280 Prokka_01771)。随后,N-acetyl-glucosamine 6-phosphate是由磷酸转移酶系统的活性,可以转换为d葡萄糖胺6-phosphate由于脱乙酰酶活动(提到过3.5.1.25 Prokka_02773)。脱氨基作用(提到过3.5.99.6 Prokka_01084)导致的形成d-fructofuranose 6-phosphate。可以降解纤维素(提到过3.2.1.4 Prokka_00599)形成更多的可溶性成分。arabinofuranidase(提到过3.2.1.55 Prokka_02409)可以提取阿拉伯糖和木聚糖xylodextrin和随后xylotriose xylobiose(提到过3.2.1.54,dextrinase Prokka_02684)。

所有的酶降解中可检测到的糖原α-glucose - 6 -磷酸基因组:glycogenphosphorylase(提到过2.4.1.1 Prokka_01745);α-1 6 glucohydrolase(提到过3.2.1.111 Prokka_00827);maltodextrinphosphorylase(提到过2.4.1.1 Prokka_02991);和一个phosphoglucomutase(提到过5.4.2.2 Prokka_01606)。第二个为糖原降解途径d-glycopyranose 6-phosphate也存在:前两个步骤如上所述,但maltotetraose然后转换成麦芽三糖(提到过2.4.1.1,磷酸化酶;Prokka_02991)退化d-glycopyranose 6-phosphate(提到过2.1.4.25 amylomaltase Prokka_02987;提到过2.7.1.1、葡糖激酶Prokka_0362)。

β-d葡萄糖6-phosphate和β-d-fructofuranose 6-phosphate可以转化成磷酸烯醇丙酮酸,丙酮酸通过糖酵解。磷酸烯醇丙酮酸,丙酮酸可以利用在混酸与醋酸发酵,有限公司2和H2最终产品:丙酮酸激酶(提到过2.7.1.40 Prokka_03100);丙酮酸formate-lyase(提到过2.3.1.54 Prokka_00010);甲酸hydrogenlyase提到过1.2.1.2 Prokka_03349);磷酸乙酰转移酶(提到过2.3.1.8 Prokka_00287);醋酸激酶(提到过2.7.2.1 Prokka_00288)。

脂肪酸概要文件包含C16:0(40.7%),C14:0(15.7%)、iso c15:1/ C13:0 3-OH(12.2%),C19:010-methyl(7.6%)、iso c:1(5.2%)和C18:1ω7c(5.2%)。氨基酸肽聚糖类型的诊断内消旋二氨基庚二酸。类型菌株2 - pg - 424 cc - 1T(= DSM 29489T= KCTC 15545T)。

的描述巴斯德菌caecimurissp. 11月

巴斯德菌caecimuris(cae.ci.mu 'ris。l . n。盲肠盲肠;l . gen . n。缪里斯一只老鼠;n . l . gen . n。caecimuris从一只老鼠的盲肠)。最近的phylogenomic邻居巴斯德菌pneumotropica。dDDH菌株基因组之间的aa - 424 cc - 1T和p . pneumotropica是30.8%,证实了单独的物种状态的应变aa - 424 - cc - 1T。这是革兰氏阴性。这是积极的resorufin-β-d-galactopyranoside、β-galactosidaseα-galactosidase,碱性磷酸酶,海藻糖,麦芽糖,脲酶、硝酸钾、葡萄糖和细胞色素氧化酶(快速ID32喉炎和Api 20 ne)。它有弱的反应d核糖,d乳糖,d棉子糖、丙酮酸钠、蜜二糖和蔗糖。

N乙酰基d可以转化为β-葡萄糖胺6-phosphatedProkka_02486 -fructofuranose 6-phosphate(提到过3.5.1.25脱乙酰酶;脱氨酶,提到过3.5.99.6 Prokka_02485)。糖原脱支酶存在:提到过3.2.1.33α-glucosidase, Prokka_02499;提到过2.4.1.1,磷酸化酶,Prokka_02298;提到过5.4.2.8、mannomutase Prokka_02405;提到过2.4.1.25、glucanotransferase Prokka_02299;提到过2.4.1.60激酶,Prokka_02482。可以转化为β-蔗糖d-fructofuranose,包括下列反应:提到过2.7.7.9,转移酶,Prokka_00902;提到过2.7.1.4、果糖激酶Prokka_01004;提到过5.4.2.8、mannomutase Prokka_02405;异构酶,提到过5.3.1.9 Prokka_01476。可以转化为木糖d木酮糖5-phosphate,进入磷酸戊糖途径:提到过5.3.1.5,木酮糖异构酶,Prokka_01918;木酮糖激酶,提到过2.7.1.17 Prokka_01919。

混合酸发酵的酶检测。磷酸烯醇丙酮酸可以代谢形成琥珀酸,但也从丙酮酸形成乳酸。也可以转化为丙酮酸甲酸和有限公司2醋酸或通过乙酰辅酶a:提到过2.7.1.40激酶,Prokka_01479;脱氢酶,提到过1.1.1.28 Prokka_00386;转移酶,提到过2.3.1.54 Prokka_02383;Prokka_02157提到过2.3.1.8磷酸转移酶;提到过2.7.2.1、醋酸激酶Prokka_02158;提到过4.1.1.31,pep羧化酶,Prokka_01077;脱氢酶,提到过1.1.1.37 Prokka_01374;提到过4.2.1.2、延胡索酸酯脱氢酶Prokka_02131;提到过1.3.5.4、延胡索酸盐还原酶Prokka_01183。

脂肪酸概要文件包含C16:0(31.0%),C14:0(29.4%),C16:1ω7c/ iso c15:0 2哦(24.4%)和iso c16:1/ C14:0 3-OH(8.2%)。基因组DNA的G + C含量为40.2摩尔%。应变类型aa - 424 cc - 1T(= DSM 28627T= KCTC 52216T)。

的描述Turicimonas将军11月

Turicimonas(Tu.ri.ci.mo 'nas。l .中性粒细胞。nTuricum苏黎世的罗马城市的名称;Gr.有限元法。n。单孢体一个单位,一个单子;N.L.有限元法。n。Turicimonas苏黎世Turicum /单位;类型的应变类型物种被隔离在瑞士苏黎世城市)。最接近phylogenomic邻居Parasutterella excrementihominis。dDDH值和16 s rRNA基因序列之间的身份两个细菌是21.4和93.9%,分别。氨基酸之间的身份(AAI)值66.1%,区别是两个细菌基因组G + C含量是4.1%。基因组DNA的G + C含量的模式菌株为44.0摩尔%。种类型Turicimonas缪里斯。

的描述Turicimonas缪里斯sp. 11月

Turicimonas缪里斯(μ的. ri。l . gen . n。缪里斯鼠标)。它生长成一个,直,杆状细胞,1 - 2µm长。所有的反应都是负面Api 20和快速ID 32。它能够降低l天冬酰胺(E.C.5.1.1 Prokka_02303)和l丝氨酸(提到过4.3.1.17 Prokka_01696)。菌株YL45类型T(= DSM 26109T= KCTC 15542T)。

加入代码

基因组和metagenome序列获得欧洲核苷酸在目前的研究中是可用的项目加入没有下存档。PRJEB10572和序列读取档案加入nos。SRX1092347,SRX109234,SRX109235255,SRX1092357到62年。这些数字和16 s rRNA基因的基因库id列出miBC隔离补充表1。