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多中心研究

全基因组关联研究酒精依赖

Jens Treutleinet al。 拱创精神病学。 2009年7月。
免费的PMC的文章

文摘

背景:酒精依赖是一种非常严重的、常见的公共卫生问题。完善,遗传因素扮演了重要的角色在这种疾病的发展。识别的基因有助于酒精依赖将会改善我们的理解机制,是这种疾病的基础。

摘要目的:识别易感基因对酒精依赖通过全基因组关联研究(GWAS)和后续研究在德国人口的男性患者发病年龄有提前趋势。

设计:GWAS测试524396个单核苷酸多态性(snp)。所有的单核苷酸多态性与P < 10(4)受到后续研究。此外,名义上重要的snp基因也显示表达变化在老鼠大脑长期饮酒被选为后续步骤。

设置:5大学医院在德国南部和中部。

参与者:GWAS包括487名男性酒精依赖患者所定义的dsm - iv和发病年龄小于28年和1358年以人群为基础的个人控制。后续研究包括1024名男性住院病人和996例年龄男性控制。所有的参与者的德国血统。

主要结果测量:全基因组关联和后续研究重大协会发现相同的等位基因。

结果:产生121个snp GWAS名义P < 10 (4)。一起,这些额外19个snp同系物的老鼠基因显示微分表达式,在后续的基因样本。15个snp显示重要协会GWAS的相同的等位基因。综合分析,2基因间的snp遇到全基因组意义密切相关(rs7590720, P = 9.72 x 10 (9);rs1344694, P = 1.69 x 10 (8))。位于染色体区域2 q35,已涉及连锁研究酒精表型。九个snp是位于基因的SNPs和CDH13和ADH1C基因,包括已报告是与酒精依赖有关。

结论:这是第一个GWAS和后续研究确定一个全基因组酒精依赖的重要关联。进一步需要独立的研究来证实这些发现。

数据

图1
图1
前后质量控制QQ情节测试假定值的常染色体snp阿米蒂奇的趋势。snp的检验统计量超过30日,由三角形顶端的阴谋。
图2
图2
全基因组GWAS研究成果的概述。snp的检验统计量超过30日,由三角形顶端的阴谋。
图3
图3
插图的假定值+ /−1 mb间隔周围最重要的发现2 q35: rs1344694, rs7590720 rs705648。从UCSC的RefSeq基因,基因注释LD-maps从人类基因组单体型图。
图4
图4
插图的假定值+ /−1 mb间隔约5点最重要发现rs1864982问。从UCSC的RefSeq基因,基因注释LD-maps从人类基因组单体型图。
图5
图5
插图的假定值+ /−1 mb间隔的最重要发现rs12388359 Xp22.2。从UCSC的RefSeq基因,基因注释LD-maps从人类基因组单体型图。
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