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附言
信
具体贡献的节段交通次肠道微生物群组成
  1. Nele Steenackers1,
  2. 格温Falony2,3,
  3. 帕特里克Augustijns4,
  4. Bart Van der Schueren1,5,
  5. 蒂姆Vanuytsel6,7,
  6. 莎拉Vieira-Silva2,3,
  7. 卢卡斯“6,7,
  8. 珀斯Raes2,3,
  9. 克利斯朵夫Matthys1,5
  1. 1慢性疾病和代谢、临床和实验内分泌学,KU鲁汶,鲁汶、比利时
  2. 2微生物学和免疫学,君威研究所,KU鲁汶,鲁汶、比利时
  3. 3微生物学中心,VIB,鲁汶、比利时
  4. 4制药和药理学系、药物传输和处理,KU鲁汶,鲁汶、比利时
  5. 5内分泌系,鲁汶大学医院,鲁汶、比利时
  6. 6慢性疾病和代谢,转化研究中心胃肠疾病,KU鲁汶,鲁汶、比利时
  7. 7胃肠病学和肝脏病学,鲁汶大学医院,鲁汶、比利时
  1. 对应到克利斯朵夫Matthys教授,慢性病和新陈代谢,临床和实验内分泌学、KU鲁汶鲁汶比利时;christophe.matthys在{}uzleuven.be

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl - 2021 - 325916

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    我们怀着极大的兴趣读Asnicar及其同事的研究描述肠道微生物群组成的探索与肠道运输时间使用蓝色染料的方法。1与之前的研究相一致,作者提供了令人信服的证据,更长的肠道运输时间与增加微生物物种的相对丰度(即Akkermansia muciniphila,拟杆菌属。和Alistipes spp。)。1 - 3然而,尽管实际的优势,蓝色染料的方法不允许区分节段运输时间。

    在最近的一项研究中,我们调查了节段运输时间和passage-related压力和pH值的变化在22个个人(11科目与正常体重和11与肥胖受试者)使用无线运动性胶囊(SmartPill©)。4在胶囊,参与者被要求收集粪便样本。样品受到根据Valles-Colomer 16 s rRNA基因扩增子测序等。5临床和SmartPill之间的关联©变量和粪便微生物群社区变化评估使用单一和逐步多元基于距离冗余分析(dbRDA)。接下来,我们探索了微生物之间的关联不确定和参与者的菌群利用克鲁斯卡尔-沃利斯检验因果成对邓恩的测试。6最后,属的相对丰度之间的相关性和显著的变量使用斯皮尔曼相关系数进行评估。双面的p值调整为多个测试使用Benjamini-Hochberg方法。

    作为单一的解释变量,我们发现了一个重大的关联粪便社区变化和身体质量指数(BMI),小肠过境、pH值小肠和结肠运输(单一dbRDA, p < 0.05;图1一个;表1)。然而,只有BMI和小肠pH值观察提供重要的冗余贡献genus-level微生物多样化的11.78%和3.36%,分别(逐步dbRDA,错误发现率(罗斯福)< 0.05)。协变量所有重要的社区变化被发现与菌群分类却能合成更多形成粪便样本(克鲁斯卡尔-沃利斯检验,富兰克林·德兰诺·罗斯福< 0.05;图1 b)。更具体地说,两两比较显示Ruminococcaceae(朗姆酒)-enterotyped样本与结肠运输比他们的长普氏菌(上一页)同行(邓恩,罗斯福= 0.04)。此外,个人举办拟杆菌2 (Bact2) -enterotyped微生物群的特征是高BMI(邓恩,罗斯福= 0.02)和短小肠运输(邓恩,富兰克林·德兰诺·罗斯福= 0.02)拟杆菌1 (Bact1)- - -运营商。

    Faecal microbiota community variation among the SmartPill© cohort. (A) Visualisation of the faecal microbiota community variation among the SmartPill© cohort coloured per enterotype and projected on the FGFP background. Clinical and SmartPill© variables that have a significant explanatory power on community variation are depicted by arrows. The size of the arrow represents their effect size (single dbRDA). (B) Visualisation of the association between the significant covariates and enterotype classification of the faecal samples. (C) Visualisation of the association between the significant covariates and genera relative abundances. The colour gradient represents the Spearman Rho correlation coefficient, while marker size is linked to the significance level (large marker: FDR<0.05; small marker FDR>0.05. Bact1, Bacteroides1; Bact2, Bacteroides2; BMI, body mass index; CTT, colonic transit time; dbRDA, distance-based redundancy analyses; FDR, false discovery rate; FGFP, Flemish Gut Flora Project; Prev, Prevotella; Rum, Ruminococcaceae; SmartP, SmartPill©; SI pH, small-intestinal pH; SITT, small-intestinal transit time.
    " data-icon-position="" data-hide-link-title="0">图1
    图1

    粪便微生物群社区SmartPill之间的变化©队列。(A)可视化的粪便微生物群社区SmartPill之间的变化©群每菌群和预计FGFP却能合成更多形成彩色背景。临床和SmartPill©变量有显著的解释力社区变异箭头所示。箭头的大小代表它们大小(单dbRDA)的影响。(B)可视化的协变量之间的关联显著和菌群的分类却能合成更多形成粪便样本。(C)可视化的重要的协变量和属相对丰度之间的联系。颜色梯度代表斯皮尔曼相关系数ρ,虽然标记大小与显著性水平(大标志:罗斯福< 0.05;小罗斯福> 0.05标志。Bact1,Bacteroides1;Bact2,Bacteroides2;体重指数、体重指数;结论结肠转运时间;dbRDA,基于距离冗余分析;罗斯福,错误发现率;FGFP,佛兰德肠道菌群项目;上一页,普氏菌;朗姆酒Ruminococcaceae;SmartP, SmartPill©;如果pH值、小肠pH值;SITT,小肠转运时间。

    把这个表:
    表1

    粪便微生物群社区SmartPill之间的变化©队列

    16属观察与微生物群社区的协变量显著相关成分标识(枪兵,富兰克林·德兰诺·罗斯福< 0.05;图1 c)。虽然12属与BMI的相对丰度,两个观察与小肠的pH值负相关(拟杆菌罗斯福= 0.03Flavonifractor,富兰克林·德兰诺·罗斯福= 0.03)。虽然没有类群与小肠转运显著相关,积极6属与结肠运输,5 (Alistipes罗斯福= 0.03;四梭状芽胞杆菌罗斯福= 0.003;Faecalicoccus罗斯福= 0.02;Methanobrevibacter罗斯福= 0.01;Phascolarctobacterium,罗斯福= 0.03)和一个消极的(Parasutterella,富兰克林·德兰诺·罗斯福= 0.03)。在前,Methanobrevibacter和四梭状芽胞杆菌另外发现BMI较低有关。

    总之,我们发现粪便微生物群社区变化与BMI和胃肠道(GI)条件。在我们的群体中,较短的小肠运输与Bact2-enterotype相关联,而不再结肠运输与Rum-community类型有关。此外,我们的研究结果显示两个属与小肠结肠运输pH值和6个属。这些发现符合Asnicar和他的同事们发现,和之前的出版物。1 3然而,尽管他们链接的肠道微生物群whole-gut交通,我们的研究结果提供见解与节段运输时间。此外,这些发现强调其他胃肠道疾病包括小肠pH值的重要性。

    伦理语句

    病人同意出版

    伦理批准

    研究根据赫尔辛基宣言及其后来的修正案;并研究伦理委员会批准的鲁汶大学医院(S60930)。书面知情同意得到包含之前所有的参与者。

    引用

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    脚注

    • NS和女友共同第一作者。

    • 小和CM是联合的资深作者。

    • 推特@NeleSteenackers

    • 贡献者NS有助于研究范本,研究设计、数据收集、数据分析、数据解释和起草了手稿。女朋友帮助在研究构想中,数据分析,数据的解释和修订手稿。爸爸帮助的研究构想和修订手稿。内衣有助于研究范本,研究监督修订手稿。电视帮助研究范本,研究监督、数据解释和修改的手稿。sv帮助在数据分析、数据解释和修改的手稿。LW帮助在数据解释和修改的手稿。小帮助修改的手稿。CM有助于研究范本,研究设计,数据的解释和修订手稿。NS和GF同样作为第一作者。 JR and CM contributed equally as last authors to this paper.

    • 资金这项研究是由一个KU鲁汶研究格兰特(C32/17/046)。SmartPill的购买©设备支持的弗兰德斯研究基金会(1520617 n)。电视是由佛兰德斯的高级临床研究奖学金支持研究基金会(1830517 n)和LW博士奖学金(1190619 n)的佛兰德斯研究基金会。

    • 相互竞争的利益没有宣布。

    • 病人和公众参与病人和/或公众没有参与设计,或行为,或报告,或传播本研究计划。

    • 出处和同行评议不是委托;内部同行评议。