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附言
附言
原发性硬化性胆管炎患者肠道菌群的特点是增加Trichocladium griseum而且假丝酵母物种
  1. 马尔特Christoph Ruhlemann1，
  2. 米里亚姆·埃米·莱尼·索洛夫耶娃1，
  3. 罗马Zenouzi2，
  4. 帖木儿Liwinski2，
  5. 马丁Kummen3.，4，
  6. 沃尔夫冈Lieb5，
  7. 约翰内斯Roksund共3.，4，
  8. Christoph施拉姆2，6，
  9. 安德烈因特网1，
  10. 科琳娜爆炸1
  1. 1临床分子生物学研究所，Christian-Albrechts-Universitat祖茂堂基尔，基尔、德国
  2. 2内科，汉堡埃本多夫大学医学中心，汉堡、德国
  3. 3.挪威PSC研究中心，奥斯陆大学医院，奥斯陆、挪威
  4. 4临床医学研究所，奥斯陆大学的，奥斯陆、挪威
  5. 5流行病学和生物样本研究所，Christian-Albrechts-University的基尔，基尔、德国
  6. 6马丁·蔡兹罕见病中心，汉堡埃本多夫大学医学中心，汉堡、德国
  1. 对应到科琳娜·邦博士，基尔christian - albrecht大学临床分子生物学研究所，基尔24105;c.bang在{}ikmb.uni-kiel.de

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2019-320008

来自Altmetric.com的统计

    给编辑的信

    我们饶有兴趣地阅读了Lemoinne最近在Gut上发表的文章等描述了原发性硬化性胆管炎(PSC)患者粪便中真菌肠道群落的失调。1尽管一些报告，包括我们自己之前的数据，支持在PSC中肠道菌群和肝脏炎症之间的功能和潜在的致病联系，2 3这种疾病的病因在很大程度上仍然未知。

    我们在此报告来自德国北部的真菌菌群结果，该队列获得了当地伦理委员会(A148/14和MC-111/15)的批准，包括66名健康对照(HC)受试者的粪便样本，65名特征良好的PSC患者(包括一个伴有结肠炎的亚组(PSC- ibd)， n=32)和38名UC受试者。3.如前所述，对真菌特异性的内部转录间隔2基因组区进行PCR和测序4在Illumina MiSeq机器上使用引物对5.8S-Fun和ITS4-Fun。测序数据采用开源软件包DADA2 (V.1.10)进行质量控制。5在R (V.3.5.1;https://github.com/mruehlemann/ikmb_amplicon_processing)．利用UNITE ITS数据库(V.7.2)对扩增子序列变体进行分类注释。6

    与法国小组的研究结果不同，1根据Shannon物种等效(图1一个)．没有任何疾病组在社区组成上明显偏离健康个体(所有p阿多尼斯> 0.05;图1 b)．门水平上的真菌组成以子囊菌属(图1 c)，尤其是属酿酒，假丝酵母而且Dipodascus（图1 d)的reads丰度相对较高等．1虽然我们的结果基本上验证了之前描述的粪便中真菌的整体组成，但我们无法检测到该属Exophiala在仅来自法国的5名PSC患者中发现。这是由于方法上的差异(引物集的选择、数据分析工具和采样深度)，还是由于这种真菌只存在于德国队列中未采样的PSC患者的一个子集中，需要确定。

    Mycobiome of individuals with primary sclerosing cholangitis (PSC) and UC as well as healthy controls (HC) (all of northern German origin). Rarefaction curves for Shannon diversity of sequence variants reached plateau between 50 and 100 sequences per samples, thus samples were normalised to 100 random reads per sample. (A) Alpha diversity as presented by Shannon species equivalents (all p>0.05). (B) Beta diversity ordination of the Bray-Curtis dissimilarity based on genus-level fungal abundances (all padonis >0.05). (C) Phylum-level and (D) genus-level mean abundances of all taxa with >1% mean abundance and present in at least 10 samples. (E) Group-wise box-and-whisker plots for significant genus level annotations tested for differential abundances with individual values represented as data points. (F) Differences in group-mean abundances of patients with PSC and UC, as compared with HC. *q<0.05, **q<0.01.
    " data-icon-position="" data-hide-link-title="0">图1
    图1

    原发性硬化性胆管炎(PSC)和UC患者以及健康对照(HC)患者的真菌菌群(均来自德国北部)。序列变异的Shannon多样性稀疏曲线在每个样本50到100个序列之间达到平台，因此样本归一化为每个样本100个随机读取。(A)由香农物种等价物表示的Alpha多样性(所有p>0.05)。(B)基于属水平真菌丰度的Bray-Curtis不相似度的Beta多样性排序(所有p阿多尼斯> 0.05)。(C)门级和(D)属级的平均丰度，平均丰度为>1%，至少存在于10个样品中。(E)显著属级注释的组明智的盒须图，用数据点表示的单个值测试差异丰度。(F)与HC相比，PSC和UC患者的组均值丰度的差异。* * * q < 0.05, < 0.01。

    对平均丰度为>1%且至少存在于10个个体的所有属的arcsin-平方根转换相对丰度进行Student 's t检验，研究真菌分类单元的疾病相关差异丰度。分析结果显示该属的含量增加了假丝酵母而且Humicola(物种级别注释建议h .盘菌与HC相比，PSC合并或不合并结肠炎的患者(所有q黑洞< 0.05;图1E和F)和UC(都是q黑洞< 0.1;图1 e)人。h .盘菌最近重新归类为Trichocladium griseum，7属于真菌类sordariomyetes，因此我们的结果再现了PSC患者中这类菌的显著增加，正如Lemoinne和同事之前所描述的，但在分类分辨率增加。先前的研究t . griseum表明它最常从土壤和植物中分离，但偶尔也在腹膜炎患者中发现。8此外，验证增加假丝酵母在PSC患者中发现的菌种认为这些真菌具有免疫原性作用，特别是与早期发现有关，这些发现证明了它们在T细胞中诱导Th17反应的高度潜力。9此前曾报道过PSC患者中Th17数目增加，最近被证实与PSC的发病机制有关。10

    综上所述，两种真菌类sordariomytes明显增多，可能性较大t . griseum以及…假丝酵母现在在两个独立的和地理位置不同的PSC患者组中发现了这种真菌，并采用不同的方法进行了分析，这强烈要求对这些真菌及其在PSC中的作用进行额外的分析。

    致谢

    我们要感谢IKMB微生物组实验室的Ilona Urbach女士、Ines Wulf女士和Tonio Hauptmann先生的出色技术支持。

    参考文献

    1. ↵
      2. Lemoinne年代，
      3. Kemgang一个，
      4. 本BelkacemK，等
      ．真菌参与原发性硬化性胆管炎患者肠道菌群失调．肠道2020；69：92- - - - - -102．doi: 10.1136 / gutjnl - 2018 - 317791pmid:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31003979
    2. ↵
      2. Kummen米，
      3. 河中沙洲K，
      4. Anmarkrud晶澳，等
      ．原发性硬化性胆管炎患者的肠道微生物谱与无胆道疾病的溃疡性结肠炎患者和健康对照组不同．肠道2017；66：611- - - - - -9．doi: 10.1136 / gutjnl - 2015 - 310500
    3. ↵
      2. Ruhlemann米，
      3. LiwinskiT，
      4. Heinsen一，等
      ．原发性硬化性胆管炎患者粪便微生物群的一致改变与相关结肠炎无关．食物药物杂志2019；50：580- - - - - -9．doi: 10.1111 / apt.15375
    4. ↵
      2. 泰勒戴斯。莱纳姆:，
      3. 沃尔特斯佤邦，
      4. 列侬新泽西，等
      ．通过改良的针对Illumina扩增子测序的家系特异性引物准确估计真菌多样性和丰度．:环境Microbiol2016；82：7217- - - - - -26．doi: 10.1128 / AEM.02576-16
    5. ↵
      2. 卡拉汉BJ，
      3. McMurdiePJ，
      4. 罗森乔丹，等
      ．DADA2:来自Illumina放大器数据的高分辨率样本推断．Nat方法2016；13：581- - - - - -3.．doi: 10.1038 / nmeth.3869
    6. ↵
      2. 尼尔森RH，
      3. 拉赫松k - h，
      4. 泰勒AFS，等
      ．真菌分子鉴定联合数据库:处理暗分类和平行分类．核酸Res2019；47：D259- - - - - -64．doi: 10.1093 / nar / gky1022
    7. ↵
      2. 王XW，
      3. 杨财政年度，
      4. 梅耶尔米，等
      ．毛蕨科小绒蕨及其相关属的再定义．螺栓Mycol2019；93：65- - - - - -153．doi: 10.1016 / j.simyco.2018.07.001
    8. ↵
      2. 伯恩斯N，
      3. 亚瑟我，
      4. 梁米，等
      ．作为腹膜透析相关腹膜炎的原因．中国Microbiol2015；53：3081- - - - - -5．doi: 10.1128 / JCM.01253-15
    9. ↵
      2. KattJ，
      3. SchwingeD，
      4. SchoknechtT，等
      ．原发性硬化性胆管炎患者T辅助性17型对病原体刺激的反应增加．肝脏病学2013；58：1084- - - - - -93．doi: 10.1002 / hep.26447
    10. ↵
      2. 纳库姆托N，
      3. 佐佐木N，
      4. 青木R，等
      ．原发性硬化性胆管炎肠屏障功能障碍和肝T辅助性17细胞免疫应答的肠道病原体．Nat Microbiol2019；4：492- - - - - -503．doi: 10.1038 / s41564 - 018 - 0333 - 1

    脚注

    • 推特@mruehlemann, @hov_jer

    • AF和CB贡献相当。

    • 贡献者AF和CB设计了这项研究。CS和AF获得了资金。RZ, CS和WL采集和质量控制患者样本和数据。CB和MELS监督样品处理和测序。MCR进行了统计分析。MCR, MELS, RZ, TL, MK, JRH, CS, AF和CB对数据进行解释，并根据所有作者的输入和批判性修改起草手稿。所有作者都修改并批准了最终版本的手稿。

    • 资金本研究得到了德国forschunggemeinschaft (DFG) 306临床研究组原发性硬化性胆管炎(编号:KFO306)和1743研究培训小组的支持，并得到了DFG卓越集群“界面炎症”(http://www.inflammation-at-interfaces.de，编号:EXC306和EXC306/2)和德国教育与研究部(BMBF)项目e:Med sysINFLAME (http://www.gesundheitsforschung-bmbf.de/de/5111.php,没有:01 zx1306a)。

    • 相互竞争的利益没有宣布。

    • 病人同意发表不是必需的。

    • 来源和同行评审不是委托;外部同行评议。

    • 数据可用性声明本研究中使用的患者样本的测序和临床数据可通过Popgen生物银行(德国基尔克里斯蒂安-阿尔布雷希茨大学流行病学研究所)申请。

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