recast-jats-build ec6cccc6e1 gutjnl 肠道 肠道 肠道 肠道 肠道 0017 - 5749 1468 - 3288 BMJ出版集团有限公司和胃肠病学的英国社会 gutjnl - 2019 - 320008 10.1136 / gutjnl - 2019 - 320008 31653787 / gutjnl 69/10/1890.atom 附言 信 开放获取 肠道 特殊的集合 开放获取 附言 肠道mycobiome原发性硬化性胆管炎患者的特点是增加了 Trichocladium griseum和 假丝酵母物种 http://orcid.org/0000 - 0002 - 0685 - 0052 Ruhlemann 马尔特•克里斯托弗 1 Solovjeva 米利暗艾美奖莱妮• 1 Zenouzi 罗马 2 http://orcid.org/0000 - 0002 - 1041 - 9142 Liwinski 帖木儿 2 http://orcid.org/0000 - 0001 - 9660 - 6290 Kummen 马丁 3 4 Lieb 沃尔夫冈 5 http://orcid.org/0000 - 0002 - 5900 - 8096 共 约翰内斯Roksund 3 4 施拉姆 Christoph 2 6 http://orcid.org/0000 - 0003 - 1530 - 5811 因特网 安德烈 1 http://orcid.org/0000 - 0001 - 6814 - 6151 爆炸 科琳娜 1 临床分子生物学研究所, Christian-Albrechts-Universitat祖茂堂基尔, 基尔, 德国 内科, 汉堡大学医学中心, 汉堡, 德国 挪威PSC研究中心, 奥斯陆大学医院,Rikshospitalet, 奥斯陆, 挪威 临床医学研究所, 奥斯陆大学的, 奥斯陆, 挪威 流行病学和生物研究所POPGEN, Christian-Albrechts-University的基尔, 基尔, 德国 马丁Zeitz罕见疾病中心, 汉堡大学医学中心, 汉堡, 德国 科琳娜博士,临床分子生物学研究所Christian-Albrechts-University基尔基尔24105年,德国; c.bang@ikmb.uni-kiel.de 10 2020年 25 10 2019年 6 9 2020年 25 10 2019年 25 10 2019年 69年 10 1890年 1892年 04 10 2019年 10 10 2019年 11 10 2019年 ©作者(年代)(或他们的雇主(s)) 2020。CC通过数控允许重用。没有商业重用。看到的权利和权限。BMJ出版的。 2020年 http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ 这是一个开放的分布式条依照创作共用署名非商业性(4.0 CC通过数控)许可证,允许别人分发,混音,适应,建立这个工作非商业化,和许可他们的衍生产品在不同的协议,提供了最初的工作是正确地引用,给出合适的信用,任何更改表示,非商业使用。看到的: http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/。 原发性硬化性胆管炎 mycobiome http://dx.doi.org/10.13039/501100001659 德意志Forschungsgemeinschaft 临床研究小组306年‚主要硬化性 卓越的炎症接口的集群 http://dx.doi.org/10.13039/501100002347 Bundesministerium毛皮陶冶和大幅减退 艾凡:地中海sysINFLAME,不。:01 zx1306a 特色 解锁 has-earlier-version 是的 信给编辑

我们阅读兴趣最近肠道Lemoinne文章 等描述生态失调的真菌肠道粪便的社区患有原发性硬化性胆管炎(PSC)。 1虽然一些报告,包括我们自己的以前的数据,支持功能和潜在的致病性之间的联系肠道bacteriota PSC和肝脏炎症, 2 3疾病的病因学在很大程度上仍是个未知数。

我们这里的真菌mycobiome结果报告队列从德国北部经当地伦理委员会批准(A148/14和MC-111/15)组成的粪便样本66名健康控制(HC), 65名患者特征明显PSC(包括子群与伴随的结肠炎(PSC-IBD), n = 32)和加州大学38个科目。 3PCR和测序fungus-specific内部转录间隔区2基因组区域如前所述 4使用底漆对5.8有趣和ITS4-Fun Illumina公司MiSeq机器。测序数据进行质量控制通过使用开放源码包DADA2 (V.1.10) 5在R (V.3.5.1; https://github.com/mruehlemann/ikmb_amplicon_processing)。扩增子序列变异是分类学的注释使用统一的数据库(V.7.2)。 6

在分歧发现在法国队列, 1德国总体真菌α多样性群体既不改变在PSC还是在加州大学和HC香农物种等效计算( 图1一个)。没有明显疾病组在社区组成偏离健康个体(所有p阿多尼斯> 0.05; 图1 b)。真菌成分在门水平被发现主要由子囊菌类( 图1 c),尤其是属 酿酒, 假丝酵母和 Dipodascus( 图1 d)丰度较高的读取与Lemoinne的结果相比 等。 1尽管我们的结果一般验证前面描述的整体真菌成分在凳子上,我们不能检测属 Exophiala,它被发现于五个专门从法国PSC患者。是否这是由于方法论上的差异(引物的选择集,数据分析工具和采样深度)或存在的真菌只有一个子集的PSC患者并不是德国群抽样需要确定。

F1

Mycobiome个人原发性硬化性胆管炎(PSC)和加州大学以及健康对照组(HC)(德国北部的起源)。香农多样性稀疏曲线序列变异达到高原在50到100每样本序列,因此样本正常化100随机读取/样品。(一)α多样性是香农提出的物种等价物(p > 0.05)。(B)的β多样性祝圣礼Bray-Curtis不同基于genus-level真菌丰度(所有p阿多尼斯> 0.05)。(C) Phylum-level和(D) genus-level意味着所有类群的丰度> 1%意味着富足和出现在至少10个样本。(E) Group-wise box-and-whisker情节重大属级注释进行微分检测丰度与单个值表示为数据点。(F)的PSC患者群平均丰度的差异和加州大学,而HC。* * * q < 0.05, < 0.01。

疾病有关的微分丰富的真菌类群是通过调查学生的学习任务arcsin-squareroot-transformed相对丰度的属平均丰度> 1%,出现在至少10个人。这一分析显示增加了属的水平 假丝酵母和 Humicola(物种级别注释说明 h .盘菌在PSC患者和没有伴随结肠炎与HC(所有q黑洞< 0.05; 图1 e和F)和加州大学(问黑洞< 0.1; 图1 e)人。 h .盘菌最近重新归类为 Trichocladium griseum, 7Sordariomycetes属于真菌类,因此我们的结果重现这个类在PSC患者的显著增加,由Lemoinne和同事如前所述,但增加分类解析。先前的研究 t . griseum表明它是最常分离从土壤和植物,还偶尔发现在腹膜炎患者的手术。 8此外,增加了进行验证 假丝酵母物种在PSC患者主张这些真菌的免疫原性的作用,尤其是对早期的发现,证明了高潜力引起Th17反应在T细胞。 9增加Th17数字曾被报道在PSC患者和最近被证明参与PSC发病机理。 10

总之,真菌类Sordariomycetes的显著增加,可能 t . griseum以及 假丝酵母物种在PSC患者的粪便样本,现在发现在两个独立的和地理上不同的PSC患者面板与发散分析方法论的方法,强烈要求额外的分析在PSC这些真菌及其作用。

我们要感谢Ilona Urbach女士,女士Ines沃尔夫和托尼奥豪普特曼先生IKMB微生物实验室的优秀的技术支持。

@mruehlemann, @hov_jer

房颤和CB同样起到了推波助澜的作用。

房颤和CB设计研究。CS和房颤获得资金。RZ, CS和西城和品质管理患者样本和数据。CB和梅尔·监督样品处理和测序。MCR执行统计分析。MCR,梅尔,RZ, TL,可JRH、CS、房颤和CB解释数据输入和至关重要的修订和起草手稿从所有作者。所有作者修订和批准的最终版本的手稿。

这项研究得到了德意志Forschungsgemeinschaft (DFG)临床研究小组306年‚原发性硬化性胆管炎”(没有:KFO306)以及研究培训集团1743年收到DFG集群基础设施支持卓越的炎症在接口”( http://www.inflammation-at-interfaces.de没有:EXC306和EXC306/2)和德国的教育和研究项目(BMBF) e:地中海sysINFLAME ( http://www.gesundheitsforschung-bmbf.de/de/5111.php,没有:01 zx1306a)。

没有宣布。

不是必需的。

不是委托;外部同行评议。

测序和病人的临床数据样本用于这项研究可以申请通过Popgen生物(流行病学研究所Christian-Albrechts-University基尔,德国)。

 引用 Lemoinne 年代 , Kemgang 一个 , 本Belkacem K , 等 。 真菌参与生态失调患者的肠道微生物群的原发性硬化性胆管炎。肠道 2020年; 69年: 92年- - - - - - 102年。 doi: 10.1136 / gutjnl - 2018 - 317791 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31003979 Kummen 米 , 河中沙洲 K , Anmarkrud 晶澳 , 等 。 肠道微生物在原发性硬化性胆管炎患者明显不同于溃疡性结肠炎患者无胆道疾病和健康对照组。肠道 2017年; 66年: 611年- - - - - - 9。 doi: 10.1136 / gutjnl - 2015 - 310500 Ruhlemann 米 , Liwinski T , Heinsen 一 , 等 。 一致的原发性硬化性胆管炎患者的粪便微生物变化独立于相关结肠炎。食物药物杂志 2019年; 50: 580年- - - - - - 9。 doi: 10.1111 / apt.15375 泰勒 戴斯。莱纳姆: , 沃尔特斯 佤邦 , 列侬 新泽西 , 等 。 准确估计真菌多样性和丰富通过改进lineage-specific Illumina公司扩增子测序引物优化。:环境Microbiol 2016年; 82年: 7217年- - - - - - 26。 doi: 10.1128 / AEM.02576-16 卡拉汉 BJ , McMurdie PJ , 罗森 乔丹 , 等 。 从Illumina公司扩增子数据DADA2:高分辨率样本推断。Nat方法 2016年; 13: 581年- - - - - - 3。 doi: 10.1038 / nmeth.3869 尼尔森 RH , 拉赫松 k - h , 泰勒 AFS , 等 。 真菌的分子识别的统一数据库:处理黑暗类群和并行分类分类。核酸Res 2019年; 47: D259- - - - - - 64年。 doi: 10.1093 / nar / gky1022 王 XW , 杨 财政年度 , 梅耶尔 米 , 等 。 重新定义Humicola理智这篇和相关属毛壳菌科。螺栓Mycol 2019年; 93年: 65年- - - - - - 153年。 doi: 10.1016 / j.simyco.2018.07.001 伯恩斯 N , 亚瑟 我 , 梁 米 , 等 。 腹膜透析相关性腹膜炎的Humicola sp.作为原因。中国Microbiol 2015年; 53: 3081年- - - - - - 5。 doi: 10.1128 / JCM.01253-15 Katt J , Schwinge D , Schoknecht T , 等 。 增加辅助T类型17病原体刺激患者的原发性硬化性胆管炎。肝脏病学 2013年; 58: 1084年- - - - - - 93年。 doi: 10.1002 / hep.26447 纳库姆托 N , 佐佐木 N , 青木 R , 等 。 肠道pathobionts构成肠道屏障功能障碍17和肝脏辅助T细胞免疫反应在原发性硬化性胆管炎。Nat Microbiol 2019年; 4: 492年- - - - - - 503年。 doi: 10.1038 / s41564 - 018 - 0333 - 1