背景结肠镜检查是评估炎症性肠病(IBDs)炎症的金标准，但需要繁琐的准备工作和损伤风险。现有的非侵入性预后工具的诊断能力有限。此外，结肠活组织检查的转录组学与临床特征的关系尚无定论。

目标评估IBD患者与对照组比较粪便洗涤样本宿主转录组学的效用。

方法在这项前瞻性队列研究中，我们从接受下内镜检查的IBD患者和对照组中获得了活检和粪便洗涤样本。我们对活检和匹配的粪便冲洗进行了RNAseq，并将其与内窥镜和组织学炎症状态联系起来。我们还对一部分样本进行了粪便质谱蛋白质组学分析。我们使用计算反褶积来推断细胞组成，并使用分类算法来识别信息基因。

结果我们分析了39例患者的活检和粪便冲洗(20例IBD, 19例对照组)。宿主粪便转录组携带的信息不同于活检rna - eq和粪便蛋白质组学。来自组织学炎症患者的粪便冲洗的转录组学，而不是活检的转录组学，彼此显著相关(p=5.3×10)⁻¹²)。粪便转录组在识别组织学炎症方面的统计能力明显高于肠道活检的转录组(粪便样本中150个基因的曲线下面积为>.9，而活检的RNAseq为10个基因)。这些结果在22例患者(10例IBD, 12例对照)的验证队列中得到了重复。粪便样品富含炎性单核细胞、调节性T细胞、自然杀伤细胞和先天淋巴样细胞。

结论粪洗宿主转录组是一个统计上强有力的反映组织学炎症的生物标志物。此外，它还为识别可能被活检转录组学掩盖的重要相关性和治疗靶点开辟了道路。