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原始研究
UC粪便微生物群移植中有效供体的微生物决定因素

摘要

客观的粪便微生物群移植(FMT)治疗UC的疗效不一。最近,口服冻干FMT被发现可诱导UC患者缓解,其中一种供体的疗效为100%,而另一种供体的疗效为36%。我们描述了这两个供体肠道微生物群的差异,目的是改善FMT供体的选择。

设计在44周(供者1)或70周(供者2)期间收集两名供者的粪便样本。使用散弹枪宏基因组学和非靶向代谢组学对微生物组和代谢组进行了分析

结果在有效供体中,肠道微生物群的长期稳定性非常明显。在两项针对UC的FMT临床试验中,供体菌群物种的均匀性是与临床疗效相关的一个强大特征,导致患者供体菌种植入增加。供体肠道菌群α多样性和β多样性差异显著。90种细菌和1种古细菌在供体间的相对丰度存在差异,其中44种细菌的相对丰度为0.0.1%。44个物种中有17个在有效供体中富集,其中11个(64.7%)被组装成高质量的基因组,在该供体中普遍存在(≥75%的样本),6个物种在患者中有植入证据。供体之间的分类差异转化为代谢组学验证的实质性微生物功能差异。

结论供体微生物群稳定性和物种均匀性被确定为与UC治疗效果相关的新指标,超越了单个微生物物种或代谢物。这些指标可能代表了社区的弹性,转化为更好地在宿主体内植入。

试验注册号ACTRN12619000611123。

  • 溃疡性结肠炎
  • 结肠微生物区系
  • 炎症性肠病

数据可用性声明

数据可以在一个公共的、开放访问的存储库中获得。原始的散弹枪宏基因组reads和相关的宏基因组组装基因组提交给欧洲核苷酸档案馆(ENA),注册号为PRJEB50699。16S rRNA基因扩增子reads在ENA公开,编号为PRJEB48134。

来自Altmetric.com的统计数据

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