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信
COVID-19患者肠道菌群丰富度随访6个月
  1. Yanfei陈1，
  2. Silan顾1，
  3. 云波陈1，
  4. 海丰路1，
  5. 丁史1，
  6. 郭京1，
  7. Wen-Rui吴1，
  8. 丫杨1，
  9. Yongtao李1，
  10. Kai-Jin徐1，
  11. 程叮1，
  12. 瑞罗1，
  13. 家务黄1，
  14. 凌昱1，
  15. 许敏1，
  16. 萍易2，
  17. 刘骏3.，
  18. 晶晶道4，
  19. 华张1，
  20. 龙现Lv4，
  21. Baohong王1，
  22. Jifang盛1，
  23. Lanjuan李1
  1. 1传染病诊疗国家重点实验室，传染病诊疗协同创新中心，国家传染病临床研究中心，浙江大学医学院第一附属医院，杭州，浙江,中国
  2. 2传染病诊疗协同创新中心，第一附属医院，浙江大学，杭州，浙江,中国
  3. 3.国家传染病临床研究中心，传染病诊疗协同创新中心，浙江大学医学院第一附属医院，杭州，浙江,中国
  4. 4传染病诊治国家重点实验室，浙江大学医学院第一附属医院，杭州，浙江,中国
  1. 对应到李兰娟教授，国家传染病临床研究中心，传染病诊治协同创新中心，浙江大学第一附属医院传染病诊治国家重点实验室，浙江杭州;ljli在}{zju.edu.cn

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2021-324090

来自Altmetric.com的统计

    我们饶有兴趣地阅读了杨紫琼最近在《Gut》上发表的一篇文章等表明康复的COVID-19患者的肠道菌群组成与未感染的对照组仍然显著不同。1据报告，相当一部分患者在出院后出现持续症状，也称为“长COVID-19”。2 3肠道菌群失调可能与COVID-19长期风险有关。1很少有研究关注SARS-CoV-2感染后肠道菌群的恢复过程。

    在这里，我们进行了一项前瞻性研究，使用16S rDNA测序纵向监测COVID-19患者肠道菌群的变化(详细方法见在线补充材料)．分别在急性期(从发病到病毒清除)、恢复期(从病毒清除到出院后2周)、恢复期(出院后6个月)监测粪便菌群。

    Chao 1指数测定的肠道菌群丰富度明显降低(p<0.01, Wilcoxon秩和检验;图1一个)与未感染对照组(中位数432,IQR 332-468)相比，处于COVID-19急性期(中位数217,IQR 164-266)。从急性期(中位数217,IQR 164-266)到恢复期(中位数241,IQR 202-279)和恢复期(中位数259,IQR 193-302)， Chao 1指数无显著升高。基于布雷-柯蒂斯的主协调分析显示，COVID-19患者的总体微生物组成偏离了未感染对照组(相似性分析，R = - 0.20, p=0.001，图1 b)．从急性期到恢复期，肠道菌群组成有沿第一主坐标向对照组移动的趋势。值得注意的是，用Chao 1指数估算的物种丰富度可以解释沿第一主坐标(图1 c)．

    Changes of faecal microbial communities in different stages (acute, convalescence, postconvalescence) of patients with COVID-19 (n=30), compared with uninfected controls (n=30). (A) α-Diversity, illustrated by microbiota richness (Chao 1 index), was reduced in COVID-19 (p<0.01, Wilcoxon rank-sum test). Boxes represent the 25th–75th percentile of the distribution; the median is shown as a thick line in the middle of the box; whiskers extend to values with 1.5 times the difference between the 25th and 75th percentiles. ***P<0.001. (B) Principal coordinate analysis (PCoA) of Bray-Curtis distance analysis demonstrated that the overall microbial composition of patients with COVID-19 deviated from the uninfected controls (analysis of similarities, R = – 0.201, p=0.001). (C) The same PCoA plot as (B), coloured by α-diversity measured by Chao 1 index.
    " data-icon-position="" data-hide-link-title="0">图1
    图1

    新冠肺炎患者(n=30)与未感染对照组(n=30)在不同阶段(急性期、恢复期、恢复期)粪便微生物群落的变化。(A)以菌群丰富度(Chao 1指数)表示的α-多样性在COVID-19中降低(p<0.01, Wilcoxon秩和检验)。方框代表分布的25 - 75个百分位;中位数显示为方框中间的粗线;须延伸到第25百分位和第75百分位之间的差值的1.5倍。* * * P < 0.001。(B) Bray-Curtis距离分析的主坐标分析(PCoA)显示，COVID-19患者的总体微生物组成与未感染对照组存在偏差(相似性分析，R = - 0.201, p=0.001)。(C)与(B)相同的PCoA图，用Chao 1指数测定的α-多样性着色。

    恢复期Chao 1指数中位数为259。根据患者恢复期Chao - 1指数分为低组(≤259,n=15)和高组(>259,n=15) (表1)．恢复期丰富度降低的患者CRP水平较高(p=0.01)，急性期入住重症监护室(p=0.03)和高流量鼻导管氧疗(p=0.03)的发生率较高。在恢复期，低丰富度与用力肺活量(p=0.03)、呼气前1s用力呼气容积(p=0.02)、吸气肺活量(p=0.05)和总肺活量(p=0.05)的肺功能降低有关。

    把这个表:
    表1

    恢复期微生物丰富度高低患者的临床特征比较

    本研究发现，在恢复6个月后，菌群丰富度并没有恢复到正常水平。恢复期丰富度较低的患者在急性期CRP水平和疾病严重程度较高，表明COVID-19的炎症反应与肠道失调密切相关，如既往研究所示。1 - 4微生物多样性是微生物生态系统稳定性的关键决定因素。5稳定的生态系统提供了对机会性病原体的定植抗性。6因此，在COVID-19大流行期间，肠道菌群丰富度的持续降低可能会产生长期的生物学影响。73个月和6个月的随访研究显示，COVID-19患者的肺功能受损和心脏异常。2 8本研究结果提示恢复期后微生物丰富度较低的患者肺功能较差。肠道菌群通过多种潜在机制参与急性肺损伤的发病，包括细菌从肠道到肺的直接易位和微生物相关代谢物的免疫调节作用。9日10我们的研究证实了越来越多的证据，即肠道菌群失调与COVID-19的恢复过程有关。由于样本量相对较小，我们的结果需要在更大样本量和更多技术的进一步研究中得到证实。靶向操作促进微生物多样性可能是治疗长时间COVID-19和加速康复的重要策略。

    伦理语句

    病人同意发表

    伦理批准

    传染病诊治国家重点实验室，国家传染病临床研究中心，传染病诊治协同创新中心，浙江大学医学院第一附属医院传染病科。经浙江大学医学院附属第一医院机构审查委员会(IIT20200069A-R1)伦理批准。

    致谢

    感谢浙江大学医学院第一附属医院感染科的凌宇、任程和徐婷为组织患者随访所做的努力。

    参考文献

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    补充材料

    • 补充数据

      这个网络仅文件已由BMJ出版集团从作者提供的电子文件生产(s)，并没有编辑的内容。

    脚注

    • 推特@Baohong王

    • YC和SG贡献相当。

    • 贡献者概念及设计:LL。数据的获取和解释:所有作者。撰写稿件:YC和SG。对手稿的批判性修改:LL。最终批准:所有作者。

    • 资金本研究由国家自然科学基金(U20A20343)资助;浙江省重点研发计划应急项目(No. 2020C03123);国家科技重大专项(2017Zx10204401)。

    • 相互竞争的利益没有宣布。

    • 来源和同行评审不是委托;外部同行评议。

    • 补充材料本内容由作者提供。它没有经过BMJ出版集团有限公司(BMJ)的审查，也可能没有经过同行评审。讨论的任何意见或建议仅仅是那些作者(s)和不被BMJ认可。BMJ放弃从放在内容上的任何依赖产生的所有责任和责任。如果内容包含任何翻译材料，BMJ不保证翻译的准确性和可靠性(包括但不限于当地法规、临床指南、术语、药品名称和药物剂量)，并且不对翻译和改编或其他原因引起的任何错误和/或遗漏负责。

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