跳到主要内容

MicroRNA表达与Barrett食管和食管癌鳞状上皮的鉴别

消化系统疾病与科学体积58，页面3178 - 3188 (2013）引用本文

摘要

背景

目前的策略不能识别大多数食道腺癌(EAC)患者在疾病发展到晚期和无法治愈之前。鉴于与EAC相关的预后不佳，需要改进早期食管瘤变的检测。

目的

我们试图评估microRNAs的差异表达是否可以区分鳞状上皮、Barrett 's食管(BE)和EAC。

方法

我们分析了来自36例正常鳞状食管患者的内镜活检样本的发现队列中的microRNA表达(n= 11)， be (n= 14)，以及高度发育不良/EAC (n= 11)。RNA使用代表847个人类microRNAs的微阵列进行评估，然后对9个microRNAs进行定量实时聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证。在第二组研究中(n= 18)，对5个miRNAs进行qRT-PCR验证。在我们的训练队列中评估了文献中59个与BE/EAC相关的microRNAs的表达。用已知的食管细胞系比较miRNA与组织miRNA的表达。

结果

经过多次对照，我们通过微阵列分析发现，鳞状食管和BE/EAC之间有34个miRNAs的差异表达。然而，miRNA表达并不能可靠地区分非发育不良BE和EAC。在验证队列中，选择用于qRT-PCR验证的所有5个microRNAs在鳞状样品和BE/EAC之间进行了区分。微阵列结果支持文献中先前报道的14个与BE/EAC相关的microRNAs。细胞系一般不反映体内发现的miRNA表达。

结论

这些数据表明，mirna在食管鳞状上皮和BE/EAC之间存在差异，但不能区分BE和EAC。我们建议对EAC高危患者的mirna进行前瞻性评估。

这是订阅内容的预览，通过你所在的机构访问．

访问选项

购买单件物品

即时访问全文PDF。

39.95美元

价格不含增值税(美国)
税务计算将在结账时完成。

图1
图2

参考文献

  1. 杜莱，郭哈，卡恩，郭恩拜因，温斯坦。食管腺癌术前Barrett食管患病率:一项系统回顾。胃肠病学．2002; 122:26-33。

    PubMed文章谷歌学者

  2. hvidd - jensen F, Pedersen L, Drewes AM, Sorensen HT, Funch-Jensen P. Barrett食管患者腺癌的发病率。N英语J医学．2011; 365:1375 - 1383。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  3. Spechler SJ, Sharma P, Souza RF, Inadomi JM, Shaheen NJ。美国胃肠病学协会关于巴雷特食管管理的医学立场声明。胃肠病学．2011; 140:1084 - 1091。

    PubMed文章谷歌学者

  4. 国家癌症研究所。SEER癌症统计评论，2011。可以在:http://seer.cancer.gov/csr/1975_2008/；2012.2012年3月14日访问。

  5. 鲁宾斯坦，马泰克，艾森。巴雷特食管内镜指示的年龄和性别特异性产量。Gastrointest Endosc．2010; 71:21-27。

    PubMed文章谷歌学者

  6. Shaheen NJ, Crosby MA, Bozymski EM, Sandler RS. Barrett食道癌症风险的报道是否存在发表偏倚?胃肠病学．2000; 119:333 - 338。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  7. Ben-Menachem T, Decker GA, Early DS，等。上消化道内镜的不良事件。Gastrointest Endosc．2012; 76:707 - 718。

    PubMed文章谷歌学者

  8. Lewis BP, Burge CB, Bartel DP。保守的种子配对通常带有腺苷，这表明成千上万的人类基因都是microRNA的靶标。细胞．2005; 120:15-20。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  9. 陆杰，葛志刚，李志强，等。MicroRNA表达谱对人类癌症进行分类。自然．2005; 435:834 - 838。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  10. Croce厘米。聚光灯下的miRNAs:了解癌症基因的依赖性。Nat地中海．2011; 17:935 - 936。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  11. 张志刚，张志刚，张志刚，等。慢性淋巴细胞白血病中微RNA基因miR15和miR16 13q14位点频繁缺失和下调。美国国家科学研究院．2002; 99:15524 - 15529。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  12. Krichevsky AM, Gabriely G. miR-21:一个小的多面RNA。细胞Mol医学．2009; 13:39-53。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  13. 刘国强，刘国强，等。人类实体肿瘤的microRNA表达特征定义了癌症基因靶点。美国国家科学研究院．2006; 103:2257 - 2261。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  14. Spechler SJ, Sharma P, Souza RF, Inadomi JM, Shaheen NJ。美国胃肠病学协会关于Barrett食管管理的技术综述。胃肠病学．2011; 140: e18-e52。(测试e13)。

    PubMed文章谷歌学者

  15. Opitz L, Salinas-Riester G, Grade M，等。RNA降解对基因表达谱的影响。BMC医学基因组学．2010; 3:36。

    PubMed文章谷歌学者

  16. R_Core_Team。R:统计计算的语言和环境．纽约:R统计计算基金会;2012.

    谷歌学者

  17. RC先生，Carey VJ先生，Bates DM先生，等。生物导体:用于计算生物学和生物信息学的开放软件开发。基因组医学杂志．2004; 5: R80。

    PubMed文章谷歌学者

  18. Gautier L, Cope L, Bolstad BM, Irizarry RA。探针级Affymetrix基因芯片数据的仿射分析。生物信息学．2004; 20:307 - 315。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  19. 王娥，赵艳，马林科拉，兰迪MT. microRNA实验室检测方法的优势与局限性。癌症流行病学生物标志物．2010; 19:907 - 911。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  20. 艾瑞扎里，霍布斯B，柯林F，等。高密度寡核苷酸阵列探针水平数据的探索、归一化和总结。生物统计学．2003; 4:249 - 264。

    PubMed文章谷歌学者

  21. 陈德华，陈德华，陈德华，等。互补链microRNAs介导结肠腺癌转移潜能的获得。胃肠外科．2012; 16:905 - 912。(912 - 913)的讨论。

    PubMed文章谷歌学者

  22. 格里菲斯-琼斯S，格罗考克RJ，范东恩S，贝特曼A，恩莱特AJ。miRBase: microRNA序列，靶标和基因命名法。核酸测定．2006年,34:D140-D144。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  23. 格里菲思-琼斯S, Saini HK, van Dongen S, Enright AJ。miRBase: microRNA基因组学工具。核酸测定．2008年,36:D154-D158。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  24. 一种新的等级相关性测量方法。生物统计学．1938; 30:81 - 89。

    谷歌学者

  25. 王晓明，王晓明，王晓明，等。食管癌MicroRNA表达谱。胸心外科杂志．2008; 135:255 - 260。(讨论260)。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  26. 杨华，顾军，王桂坤，等。MicroRNA在Barrett食管和食管腺癌中的表达特征。临床癌症研究．2009; 15:5744 - 5752。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  27. 李晓霞，李志强，李志强，等。MicroRNAs作为Barrett食管进展的生物标志物的可行性:一项试点横断面2期生物标志物研究是胃肠醇吗．2011; 106:1055 - 1063。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  28. 李志强，李志强，等。MiR-31和MiR-375是Barrett食管癌发生的候选标记物。基因染色体癌症．2012; 51:473 - 479。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  29. 王志强，王志强，王志强，等。人Barrett癌发生过程中的MicroRNA表达谱分析。肿瘤．2011; 129:1661 - 1670。

    谷歌学者

  30. 马文华，阮春华，李文华，等。MicroRNA在食管鳞状细胞癌和腺癌中的表达:与生存相关。临床癌症研究．2009; 15:6192 - 6200。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  31. Wijnhoven BP, Hussey DJ, Watson DI, Tsykin A, Smith CM, Michael MZ。Barrett食管和食管腺癌的MicroRNA分析。Br J外科．2010; 97:853 - 861。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  32. 霍X，张海燕，张曦，等。酸和胆盐诱导的CDX2在Barrett食管患者和非Barrett食管患者的食管鳞状细胞中表达不同。胃肠病学．2010, 139 (194 - 203): e191。

    谷歌学者

  33. 张海燕，张旭，陈旭，等。Barrett食管与非Barrett食管GERD患者食管鳞状细胞MAPK酶活性及磷酸化的差异Am J Physiol胃肠肝脏物理．2008; 295: G470-G478。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  34. Jaiswal KR, Morales CP, Feagins LA，等。端粒酶永生，非肿瘤性，人巴雷特细胞系(BAR-T)的特征。Dis食道．2007; 20:256 - 264。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  35. 张晓霞，张海燕，等。与食管鳞状细胞不同，Barrett的上皮细胞通过激活核因子- kappab通路来抵抗凋亡。癌症Res．2009; 69:672 - 677。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  36. Jonckheere A.无分布k样本测试再次订购了替代方案。生物统计学．1954; 41:133 - 145。

    谷歌学者

  37. 肯德尔检验对趋势的渐近正态性和一致性，当在一个排名中出现并列时。Indag数学．1952; 14:327 - 333。

    谷歌学者

  38. Clinfun:临床试验设计和数据分析功能．R包版本为1.0.3。可以在:http://CRAN.R-project.org/package=clinfun；2012.2012年11月8日访问。

  39. Sarkar D。格:R的多元数据可视化．纽约:施普林格;2008.

    谷歌学者

  40. 吴霞，阿佳妮，顾娟，等。从Barrett食管到食管腺癌恶性进展过程中的MicroRNA表达特征。癌症预防措施(Phila)．2013; 6:196 - 205。

    文章中科院谷歌学者

  41. 李志强，李志强，等。MicroRNAs控制肠上皮分化、结构和屏障功能。胃肠病学．2010; 139:1654 - 1664。

    谷歌学者

  42. van Baal JW, Verbeek RE, Bus P等。Barrett食管中的microRNA-145:通过GATA6调节BMP4信号。肠道．2010; 62:664 - 675。

    文章谷歌学者

  43. 王晓明，王晓明，等。初级保健中Barrett食管非内镜筛查试验的可接受性和准确性:队列研究。BMJ．2010; 341: c4372。

    PubMed文章谷歌学者

  44. Montgomery E, Bronner MP, Goldblum JR. Barrett食管发育不良诊断的可重复性:再次确认。哼分册．2001; 32:368 - 378。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  45. Ozsolak F, Milos PM。RNA测序:进展、挑战和机遇。Nat Rev Genet．2011; 12:87 - 98。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  46. 陆震，刘敏，Stribinskis V，等。MicroRNA-21通过靶向程序性细胞死亡4基因促进细胞转化。致癌基因．2008; 27:4373 - 4379。

    PubMed文章中科院谷歌学者

  47. 范珊，皮兹，巴塔利亚，等。多步Barrett癌发生过程中程序性细胞死亡4 (PDCD4)的表达。临床病理．2010; 63:692 - 696。

    PubMed文章中科院谷歌学者

下载参考

致谢

这项工作得到了美国消化病学学院初级教师发展奖(KG)和Emeline Brown癌症基因组学研究基金(KG)的支持。国家癌症研究所U54CA163060 (NS)也提供了支持。

利益冲突

一个也没有。

作者信息

作者及隶属关系

  1. 杜克大学医学系消化内科，DUMC 3913, Durham, NC, 27710, USA

    凯瑟琳·s·加曼，安娜·梅·迪尔和道恩·普罗文扎尔

  2. 达勒姆VA医疗中心，达勒姆，北卡罗来纳州，27705，美国

    凯瑟琳·s·加曼，伊丽莎白·r·豪瑟和道恩·普罗文扎尔

  3. VA北德克萨斯医疗保健系统，美国德克萨斯州达拉斯

    朗达·f·索萨

  4. 德克萨斯大学西南医学中心，达拉斯，德克萨斯州，美国

    朗达·f·索萨

  5. 北卡罗来纳大学教堂山分校，梅森农场路130号，CB 7080，教堂山，北卡罗来纳州，27599-7080，美国

    尼古拉斯·j·沙欣

  6. 生物统计学和生物信息学，杜克大学，DUMC 2721，达勒姆，北卡罗来纳州，27710，美国

    青年雕像Owzar

  7. 杜克大学人类遗传学中心，DUMC 3445，达勒姆，北卡罗来纳州，27710，美国

    伊丽莎白·r·豪瑟

  8. 杜克大学医学系消化内科，杜克箱93695，北卡罗来纳州达勒姆，27708，美国

    克里斯汀威斯特法

  9. 杜克大学人类遗传学中心，905 S. LaSalle街GSRB1, 3044室，达勒姆，北卡罗来纳州，27710，美国

    布莱尔·r·安德森

作者
  1. 凯瑟琳·s·加曼
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  2. 青年雕像Owzar
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  3. 伊丽莎白·r·豪瑟
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  4. 克里斯汀威斯特法
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  5. 布莱尔·r·安德森
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  6. 朗达·f·索萨
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  7. 安娜·梅·迪尔
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  8. 黎明Provenzale
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  9. 尼古拉斯·j·沙欣
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

相应的作者

对应到凯瑟琳·s·加曼．

电子辅助材料

下面是电子补充资料的链接。

补充资料1 (docx78 kb)

权利和权限

转载及权限

关于本文

引用本文

加曼，k.s.，奥扎尔，K.，豪瑟，E.R.et al。MicroRNA表达与Barrett食管和食管癌鳞状上皮的鉴别挖掘科学58岁的3178 - 3188(2013)。https://doi.org/10.1007/s10620-013-2806-7

下载引用

  • 收到了：

  • 接受：

  • 发表：

  • 发行日期：

  • DOI：https://doi.org/10.1007/s10620-013-2806-7

关键字

  • 巴雷特食管
  • 食管肿瘤
  • 微阵列分析
  • 小分子核糖核酸