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人类的远端肠道港口大量的微生物(微生物群)提供重要的代谢功能,包括从其它无法消化的膳食多糖提取能量的能力1,2,3,4,5,6。一些无关的研究,在其肠道健康成人显示大量多样性社区,以16 s rRNA基因测序6,7,8,然而这种多样性与功能和其他的集体基因组基因的微生物群(肠道微生物组)仍然是模糊的。精益和肥胖小鼠的研究表明,肠道微生物群影响能量平衡通过影响热量的效率从饮食,收获和如何使用这个收获能量和存储3,4,5。在这里,我们描述的粪便微生物群落成年女性同卵双胞胎和异卵双胞胎整合贫瘠或肥胖,和他们的母亲,解决如何宿主基因型、环境暴露和宿主肥胖影响肠道微生物组。分析全身附近的154人取得了9920年和1937461年部分细菌16 s rRNA序列,从微生物+ 2.14 gb。研究结果表明,人类肠道微生物组是在家庭成员之间共享,但是每个人的肠道微生物群落变化的特定细菌血统,与同等程度的成人同卵和异卵双胞胎之间的共变。然而,有一个广泛的共享微生物基因中采样个人,包括一个广泛的、可识别的核心微生物的基因,而不是生物的血统,水平。肥胖与phylum-level微生物群的变化有关,减少细菌多样性和细菌的基因和代谢途径的改变表示。这些结果说明有机组合的多样性还是能够产生一个核心微生物组在功能层面上,这偏离核心与不同生理状态(肥胖与苗条)。
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整个基因组猎枪项目是存入DDBJ / EMBL的基因库下加入号码32089年。454焦磷酸测序读取存入NCBI短读存档。几乎全身的16 s rRNA基因序列存入基因库在加入数字FJ362604- - - - - -FJ372382。带注释的序列也可以在MG-RAST (http://metagenomics.nmpdr.org/)。454 - 16 s rRNA生成与样本序列标识符也可以http://gordonlab.wustl.edu/SuppData.html。
引用
恩伯,p . j . et al .人类微生物组计划。自然449年804 - 810 (2007)
雷,r . e . et al .肥胖改变肠道微生物生态学。Proc。《科学。美国102年11070 - 11075 (2005)
恩伯,p . j . et al .肥胖相关的肠道微生物与增加能源产量的能力。自然444年1027 - 1031 (2006)
恩伯,p . J。Backhed F。,Fulton, L. & Gordon, J. I. Diet-induced obesity is linked to marked but reversible alterations in the mouse distal gut microbiome.细胞宿主细菌3213 - 223 (2008)
Backhed, f . et al .肠道微生物群作为一个环境因素调节脂肪存储。Proc。《科学。美国101年15718 - 15723 (2004)
雷,r E。,恩伯,p . J。,Klein, S. & Gordon, J. I. Human gut microbes associated with obesity.自然444年1022 - 1023 (2006)
Eckburg, p . b . et al。人类肠道微生物菌群的多样性。科学308年1635 - 1638 (2005)
弗兰克,d . n . et al . Molecular-phylogenetic表征人类炎性肠道疾病的微生物群落失衡。Proc。《科学。美国104年13780 - 13785 (2007)
Bruder, c, e . et al .表型一致和不一致的同卵双胞胎显示不同的DNA拷贝数变异的概要文件。点。j .的嗡嗡声。麝猫。82年763 - 771 (2008)
布沙尔,c . et al .应对长期喂食过多的同卵双胞胎。心血管病。j .地中海。322年1477 - 1482 (1990)
梅斯,H . H。,Neale, M. C. & Eaves, L. J. Genetic and environmental factors in relative body weight and human adiposity.Behav。麝猫。27325 - 351 (1997)
希思,a . c . et al .断定美国中西部的女性青少年酒精研究双队列:评估样本代表性使用出生记录数据。双胞胎Res。5107 - 112 (2002)
Hamady, M。,Walker, J. J., Harris, J. K., Gold, N. J. & Knight, R. Error-correcting barcoded primers for pyrosequencing hundreds of samples in multiplex.自然方法5235 - 237 (2008)
Sogin, m . l . et al .微生物多样性在深海勘探“罕见的生物圈”。Proc。《科学。美国103年12115 - 12120 (2006)
Lozupone C。Hamady, M。&Knight, R. UniFrac-an online tool for comparing microbial community diversity in a phylogenetic context.BMC生物信息学7371 (2006)
沃森,s B。,McCauley, E. & Downing, J. A. Patterns in phytoplankton taxonomic composition across temperate lakes of differing nutrient status.Limnol。Oceanogr。42487 - 495 (1997)
Kanehisa, M。Goto, S。,Kawashima, S., Okuno, Y. & Hattori, M. The KEGG resource for deciphering the genome.核酸Res。32D277-D280 (2004)
冯·仅仅c . et al .字符串7-recent集成和预测蛋白质相互作用的发展。核酸Res。35D358-D362 (2007)
•德•胡恩m . J。,并且绕着圆圈圈打转,S。,Nolan, J. & Miyano, S. Open source clustering software.生物信息学20.1453 - 1454 (2004)
吉尔,s . r . et al。人类远端肠道微生物宏基因组分析。科学312年1355 - 1359 (2006)
Kurokawa, k等。一般比较宏基因组显示基因集富集在人类肠道微生物组。DNA Res。14169 - 181 (2007)
Dinsdale e·a . et al。九生物群落的功能宏基因组分析。自然452年629 - 632 (2008)
Rodriguez-Brito B。,Rohwer, F. & Edwards, R. A. An application of statistics to comparative metagenomics.BMC生物信息学7162 (2006)
Zoetandal, e . G。,Akkermans, A. D. L., Akkermans-van Vliet, W. M., de Visser, J. A. & de Vos, W. M. The host genotype affects the bacterial community in the human gastrointestinal tract.活细胞。生态。健康说。13129 - 134 (2001)
帕默,C。,Bik, E. M., Digiulio, D. B., Relman, D. A. & Brown, P. O. Development of the human infant intenstinal microbiota.公共科学图书馆杂志。5e177 (2007)
斯图尔特,j . A。,Chadwick, V. S. & Murray, A. Investigations into the influence of host genetics on the predominant eubacteria in the faecal microflora of children.j . Microbiol地中海。541239 - 1242 (2005)
雷,r . e . et al .哺乳动物和他们的肠道微生物的进化。科学320年1647 - 1651 (2008)
李,w . & Godzik Cd-hit:快速聚类和比较大的组蛋白或核苷酸序列。生物信息学221658 - 1659 (2006)
DeSantis, t . z等。绿色煤电,chimera-checked 16 s rRNA基因数据库和工作台与ARB兼容。达成。环绕。Microbiol。72年5069 - 5072 (2006)
张,Z。,Schwartz, S., Wagner, L. & Miller, W. A greedy algorithm for aligning DNA sequences.j .第一版。医学杂志。7203 - 214 (2000)
Sheneman, L。,Evans, J. & Foster, J. A. Clearcut: a fast implementation of relaxed neighbor joining.生物信息学222823 - 2824 (2006)
信仰,d . p .保护评价和系统发育多样性。医学杂志。Conserv。61年1 - 10 (1992)
皮尔森,w·R。、木、T。,张,Z。&Miller, W. Comparison of DNA sequences with protein sequences.基因组学4624-36 (1997)
骑士,r . et al . PyCogent:工具箱进行从序列。基因组医学杂志。8R171 (2007)
确认
我们感谢:瓦格纳和j .曼彻斯特技术支持;马里昂和d对招募的参与者和样本收集料斗;a·古德曼,b . Muegge和m .马浩德建议;美国休斯(海洋生物实验室),f并美国提亚(454生命科学),c·马尔科维奇,l·富尔顿b·富尔顿e .理智型和r·威尔逊(华盛顿大学基因组测序中心)和s . Macmil g·威利,c .曲和p·王(俄克拉荷马大学)的援助与测序;和p . m . Coutinho(法国普罗旺斯大学)帮助CAZy分析。深吃水参考肠道基因组的组装生成的国家人类基因组研究所(NHGRI)为其提供赞助的人类肠道微生物组计划(http://genome.wustl.edu/pub/organism/Microbes/Human_Gut_Microbiome/)。这项工作是由美国国立卫生研究院的支持部分(DK78669 / ES012742 / AA09022 / HD049024),美国国家科学基金会(OCE0430724)、高家俊凯克基金会和美国的克罗恩氏和结肠炎基金会。
作者的贡献P.J.T.,A.C.H., R.K. and J.I.G. designed the experiments. P.J.T., T.Y., A.D., R.E.L., M.L.S., W.J.J., B.A.R., J.P.A. and M.E. generated the data. P.J.T., M.H., M.L.S., B.L.C., A.D., B.H., A.C.H., R.K. and J.I.G. analysed the data. P.J.T., A.C.H., R.K. and J.I.G. wrote the manuscript with input from the other members of the team.
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恩伯,P。Hamady, M。,Yatsunenko, T.et al。肥胖和苗条的核心肠道微生物组双胞胎。自然457年,480 - 484 (2009)。https://doi.org/10.1038/nature07540
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