摘要
肠道微生物群落是人类遗传和代谢多样性的一个来源。为了研究人类肠道微生物群的差异,我们在这里描述了来自531个人的粪便样本中的细菌种类,以及其中110个的基因含量。研究对象包括来自委内瑞拉亚马逊地区、马拉维农村地区和美国大都市地区的健康儿童和成年人,其中包括单卵双胞胎和异卵双胞胎。在这三个人群中,在生命的前三年发现了肠道微生物组功能成熟的共同特征,包括与维生素生物合成和代谢相关的基因的年龄相关变化。美国居民与其他两个国家的居民在细菌组合和功能基因库方面存在显著差异。这些特征在婴儿早期和成年期都很明显。我们的研究结果强调,在评估人类发展、营养需求、生理变化和西方化的影响时,需要考虑微生物组。
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DNA序列已存入MG-RAST (http://metagenomics.anl.gov/),登录号为' qiime:850 '的Illumina V4 16S rRNA数据集,以及' qiime:621 '的粪便微生物组鸟枪测序数据集。
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确认
我们感谢S. Wagoner和J. Manchester的高超技术援助,以及B. Muegge、A. Grimm、A. Hsiao、N. Griffin和P. Tarr的建议,以及M. Ndao、T. Tinnin和R. Mkakosya的病人招募和/或技术援助。这项工作得到了美国国立卫生研究院(DK078669, T32-HD049338)、圣路易斯儿童发现研究所(MD112009-201)、霍华德休斯医学研究所、美国克罗恩氏病和结肠炎基金会以及比尔和梅林达盖茨基金会的部分资助。这项工作的一部分使用了Janus超级计算机,由国家科学基金会拨款CNS-0821794、科罗拉多大学博尔德分校、科罗拉多大学丹佛分校和国家大气研究中心支持。
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贡献
t.y., R.K.和J.I.G.设计了实验,m.j.m., i.t., M.G.D.-B。,M.C., M.M., G.H., A.C.H., A.P.A., R.K., R.N.B., C.A.L., C.L. and B.W. participated in patient recruitment, T.Y. generated the data, T.Y., F.E.R., J.R., J.K., J.G.C., J.C.C., D.K., R.K. and J.I.G. analysed the results, T.Y., R.K. and J.I.G. wrote the paper.
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Yatsunenko, T, Rey, F, Manary, M。et al。不同年龄和地理位置的人类肠道微生物组。自然486, 222-227(2012)。https://doi.org/10.1038/nature11053
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