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食管腺癌的发病率(EAC)在过去的30年里上涨了600%。的5年生存率∼15%,EAC的新治疗靶点的识别非常重要。我们分析了突变谱从149对EAC tumor-normal whole-exome测序,其中15也已受到全基因组测序。我们确定突变签名定义的高患病率的AA二核苷酸> C颠换。外显子组数据的统计分析确定26显著突变基因。这些基因,五(TP53,CDKN2A,SMAD4,ARID1A和PIK3CA)曾被卷入EAC。新的显著突变基因包括chromatin-modifying因素和候选人贡献者SPG20,TLR4,ELMO1和DOCK2。EAC-derived突变的功能分析ELMO1确定增加细胞的入侵。因此,我们建议的潜在激活RAC1 EAC肿瘤发生途径作为一个贡献者。
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确认
感谢m·迈尔逊有用的讨论和审查的手稿和成员的Broad研究所生物样品平台,遗传分析平台和基因组测序平台的援助。我们也感谢医生和医院工作人员的努力收集这些样品对这项研究至关重要。这项工作是由美国国家人类基因组研究所(NHGRI)大规模测序计划(U54 HG003067 Broad研究所,E.S.L.),美国国家癌症研究所(K08 CA134931 A.J.B.),格雷戈里乌家庭基金会(A.J.B.) Karin Grunebaum癌症研究基金会(A.J.B.),目标癌症(A.J.B.)和康涅狄格征服癌症(A.J.B.)。S.O.和Y.I.支持的国家癌症研究所(R01 CA151993 S.O.)和胃肠道癌症dana - farber哈佛大学癌症中心的专业卓越计划的研究(美国国家卫生研究院(NIH)授予P50 CA127003)。D.G.B.由国家卫生研究院的基金支持CA163059 CA46592。支持J.D.L. NIH格兰特CA090665。支持T.E.G. NIH格兰特CA130853。
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注:,S.P., M.S.L., C.F., C. Stewart, S.E.S., A.M., K.C., A.S., S.L.C., G.S., D.V., A.H.R. and R.B. performed computational analyses. E.S., D.A., K.T., C. Sougnez, R.C.O., C.G. and S.B.G. processed samples and supervised exome sequencing. A.M.D., S.B., D.Z., L.L., J.L., R.R., A.C., R.L., J.D.L., A.P., D.G.B., T.E.G. and A.J.B. coordinated sample acquisition, processing, pathological review and analysis. Y.I. and S.O. performed MSI testing. A.M.D., P.S., T.R.G., S.B.G., E.S.L., G.G. and A.J.B. designed the study. A.M.D., P.S., S.P., M.S.L., G.G. and A.J.B. analyzed the data and wrote the manuscript.
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