文摘
食管腺癌的分子遗传关系(EAC)及其前体病变,巴雷特食管,知之甚少。使用全基因组测序巴雷特食管和EAC配对样本,23日一起深入巴雷特食管的案例研究在时间和空间采样,我们提供了以下新见解:(i)巴雷特食管是多克隆和高度突变即使没有发育不良;(2)当癌症发展,拷贝数增加和异质性存在的光谱变异通常显示了很少的重叠EAC和相邻巴雷特食管;和(3)尽管差异在特定编码突变,突变上下文得出了一个共同的潜在病因侮辱这两个条件。从临床的角度来看,发育不良的组织病理学评估似乎是一个贫穷的反射巴雷特的上皮细胞内的分子的混乱,和分子Cytosponge技术克服了抽样偏差并有能力来反映整个克隆体系结构。
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确认
我们感谢人类研究组织银行支持的国家卫生研究所(NIHR)剑桥大学生物医学研究中心。这项研究部分由英国癌症研究项目给予资助。R.C.F.已经程序化的资金来自英国医学研究理事会和基础设施支持生物医学研究中心和实验医学中心。我们要感谢所有的患者参与了这项研究。我们感谢m·邓宁生物信息学援助。我们感谢爱丁堡实验癌症医学中心。
作者信息
作者和联系
财团
贡献
R.C.F.构思整体研究和负责数据的完整性。C.S.R.-I。,J.B.一个nd R.K.C. analyzed the data. C.S.R.-I. extracted the samples for patient AHM1051. A.W. developed the targeted sequencing data visualization tool. C.S.R.-I., J.B., R.K.C., H.N., J.M.J.W., M.R., S.H., D.B. and R.C.F. designed various aspects of the study. H.N. performed the TruSeq Custom Amplicon (TSCA) assay. C.S.R.-I., J.B. and A.G.L. performed the statistical analysis. M.d.P. collected endoscopic samples for patient AHM1051. M.O'D. and S.M. performed the histopathological diagnosis. S.I. developed the copy number pipeline, and R.K.C. and M.H. performed the copy number analysis. Z.K. ran the whole-genome sequencing of patient AHM1051. R.C.F., S.H., D.B. and M.R. supervised the study. C.S.R.-I., J.B., R.K.C. and R.C.F. wrote the manuscript. All authors approved the final version of the manuscript.
相应的作者
道德声明
相互竞争的利益
R.C.F. Cytosponge技术开发,已授权MRC-Technology Covidien。R.C.F.没有直接的经济利益。J.B.,A.W., R.K.C., H.N., S.I., M.H., Z.K., M.R., S.H. and D.B. are employees of Illumina.
综合补充信息
补充图1五个病人的多个样本(P4, P8,好,P15和P17)与巴雷特食管和相邻EAC重叠显示,穷人不是抽样偏差的结果。
酒吧图表显示的SNVs数量样本的巴雷特食管(是)和癌症(C),要么是出现在所有样本(蒂尔),存在于所有样本并没有在所有癌症样本(粉红色),或出现在所有癌症样本和缺席都为每个特定的病人样本(灰色)。紫条显示剩余的数量变异不占其他组(例如,在样本的比例)。
补充图2 EAC样本显示多个拷贝数畸变相比,巴雷特的配对样本。
(一个)拷贝数块显示两个例子多数的巴雷特食管的基因组拷贝数2,匹配EAC样品相比,含有多种收益和损失。(b)对患者类似的情节,但拷贝数事件中可以看到巴雷特食管的样本以及EAC样本(但不足够重要打电话)。(c)拷贝数的例子事件巴雷特食管的样本中未见匹配EAC样本。轨道顶部显示了深度比在20 kb窗口,和底部跟踪显示了b比率。
补充图3突变的主成分分析上下文。
项不同突变上下文的三套SNVs(常见,巴雷特食管(是)的独特,独特EAC)被用作输入的主成分分析。有一些分离常见SNVs和独特SNVs第二组件,但团体之间的差异不显著(6.9%在第二分量方差)。(b)情节表现出96种不同的突变情况下的权重。四个突变contexts-C (> C) C、G (C > G) G和C (T >) C(所有顶部右边的情节)和T (C > G)(右下角)似乎被分离的主要原因在第二个组件。
补充图4拷贝数图一的巴雷特食管与低度发育不良样品。
拷贝数图一的巴雷特食管与低度发育不良样品,发送全基因组测序。大删除多个染色体,包括染色体5、11、13、18和21,可以看到。
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Ross-Innes C。Becq, J。,Warren, A.et al。全基因组测序提供了新的见解的克隆架构巴雷特食管和食管腺癌。Nat麝猫47岁的1038 - 1046 (2015)。https://doi.org/10.1038/ng.3357
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DOI:https://doi.org/10.1038/ng.3357
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