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人类癌症中基因和浸润免疫细胞的预后景观

自然医学体积21，页面938 - 945 (2015）引用本文

主题

摘要

肿瘤和肿瘤相关细胞的分子谱作为临床结果的生物标志物具有很大的前景。然而，现有的数据集是碎片化的，难以系统地分析。在这里，我们提出了一个泛癌症资源和表达签名的元分析∼18,000个人类肿瘤，包括39个恶性肿瘤的总体生存结果。通过使用这个资源，我们确定了一个叉头箱MI (FOXM1)调节网络作为不良结果的主要预测因子，我们发现有利预后基因的表达，包括KLRB1(编码CD161)，主要反映肿瘤相关白细胞。通过应用CIBERSORT(一种用于推断大量肿瘤转录组中白细胞表达的计算方法)，我们确定了22种不同白细胞亚群与癌症存活之间的复杂关联。例如，肿瘤相关的中性粒细胞和浆细胞特征是不同实体肿瘤(包括乳腺和肺腺癌)生存的显著但相反的预测因子。此资源及相关的分析工具(http://precog.stanford.edu)可能有助于描述癌症内部和癌症之间的预后基因和白细胞亚群，阐明肿瘤异质性对癌症结局的影响，并促进生物标志物和治疗靶点的发现。

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图1:人类癌症基因表达的预后图景。
图2:与不利和有利生存相关的基因。
图3:推测25种人类癌症的白细胞频率和预后相关性。
图4:在各种实体瘤中，浸润的PMN细胞与PCs的比例是预后的指标。

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确认

我们要感谢S. Galli, I. Weissman, P. Brown, R. Levy和H. Kohrt对手稿的批判性阅读，以及癌症系统生物学中心和pleevtis, Diehn, Levy和Alizadeh实验室的成员提供宝贵的指导和建议。这项工作得到了多丽丝·杜克慈善基金会(A.A.A.)、达蒙·鲁尼恩癌症研究基金会(A.A.A.)、V-Foundation (A.A.A.)的资助;美国公共卫生服务/国家卫生研究院U01 CA194389 (A.A.A.)、R01 CA188298 (M.D.和A.A.A.)、U54 CA149145 (S.K.P.)、U01CA154969 (S.K.P.)和5T32 CA09302-35 (A.M.N.);本特和珍妮特·卡丹肿瘤研究基金(A.A.A.);路德维希癌症研究所(A.A.A.);由国防部批准W81XWH-12-1-0498 (a.m.);并获得了西贝尔干细胞研究所和托马斯和斯泰西·西贝尔基金会(A.M.N.)的资助。

作者信息

作者指出

  1. Scott V Bratman & Chuong D Hoang

    现地址:现地址:加拿大安大略省多伦多多伦多大学玛格丽特公主癌症中心放射肿瘤科(S.V.B.);美国马里兰州贝塞斯达国家癌症研究所胸消化道肿瘤科(C.D.H.)

  2. 安德鲁·J·詹德斯和亚伦·M·纽曼:这些作者对这项工作做出了同样的贡献。

  3. Sylvia K plev炎和Ash A Alizadeh:这些作者共同指导了这项工作。

作者及隶属关系

  1. 癌症系统生物学中心，斯坦福大学，斯坦福，加州，美国

    Andrew J Gentles, Sylvia K plev炎和Ash A Alizadeh

  2. 美国加州斯坦福大学放射学系

    Andrew J Gentles & Sylvia K

  3. 干细胞生物学和再生医学研究所，斯坦福大学，斯坦福，加州，美国

    Aaron M Newman, Chih Long Liu, Scott V Bratman，冯卫国，Kim Dongkyoon, Maximilian Diehn & Ash A Alizadeh

  4. 美国加利福尼亚州斯坦福大学斯坦福癌症研究所肿瘤科医学系

    Aaron M Newman, Chih Long Liu & Ash A Alizadeh

  5. 美国加州斯坦福大学放射肿瘤科

    Scott V Bratman，冯伟国和Maximilian Diehn

  6. 美国加利福尼亚州斯坦福大学肺与危重病医学部医学系

    Viswam S Nair

  7. 美国加州斯坦福大学胸外科心胸外科

    徐玥，邝阿曼达，黄仲德

  8. 斯坦福癌症研究所，斯坦福大学，美国加州斯坦福

    Maximilian Diehn & Ash A Alizadeh

  9. 美国加州斯坦福大学病理学系

    罗伯特·韦斯特

  10. 美国加利福尼亚州斯坦福大学斯坦福癌症研究所血液科医学系

    阿什·阿利扎德

作者
  1. Andrew J Gentles
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  2. 艾伦·M·纽曼
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  3. 刘志龙
    查看作者出版物

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  4. 斯科特vs布拉特曼
    查看作者出版物

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  5. 上海市冯
    查看作者出版物

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  6. Dongkyoon金
    查看作者出版物

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  7. Viswam S Nair
    查看作者出版物

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  8. 徐曰
    查看作者出版物

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  9. 阿曼达Khuong
    查看作者出版物

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  10. 中部黄
    查看作者出版物

    您也可以在PubMed谷歌学者

  11. 马克西米利安Diehn
    查看作者出版物

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  12. 罗伯特·韦斯特
    查看作者出版物

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  13. 胸膜炎
    查看作者出版物

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  14. 阿什·阿利扎德
    查看作者出版物

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贡献

a.j.g.、S.K.P.和A.A.A.构想了PRECOG, A.M.N.和A.A.A.构想了免疫PRECOG。a.j.g.、A.M.N.和A.A.A.设计了框架，收集和整理了主要数据，并在相关实验中制定了实施和优化的策略，分析了数据，并撰写了论文。A.M.N.和A.J.G.编写了所有用于PRECOG和相关分析的生物信息学软件。A.J.G.和C.L.L.为托管PRECOG实现了web基础设施。S.V.B、V.S.N、r.b.w和M.D.组织了NSCLC肿瘤GEP和TMA数据，包括临床注释。Y.X, A.K.和C.D.H.鉴定并提供了存活的NSCLC患者标本。D.K.和W.F.协助流式细胞术鉴定原发NSCLC肿瘤标本，并列举相应的als。V.S.N.和R.B.W.构建了NSCLC TMA, R.B.W.进行了手术原位tal的杂交和免疫组化特征。A.A.A.和S.K.P.作为资深作者，在监督和资助项目方面同样做出了贡献。所有作者都讨论了结果及其含义，并在各个阶段对手稿进行了评论。

相应的作者

对应到阿什·阿利扎德．

道德声明

相互竞争的利益

作者声明没有相互竞争的经济利益。

补充信息

补充文字及图表

补充图1-8 (PDF 16275kb)

补充数据1

PRECOG meta -z矩阵及源数据(xlsx10437kb)

补充数据2

多种癌症或特定于个别癌症的共享预后基因，以及相关分析(XLSX 88 kb)

补充数据3

预后基因簇及其功能注释(XLSX 616 kb)

补充数据4

二元模型FOXM1而且KLRB1不同癌症类型间的表达水平，以及aFOXM1-KLRB1带临床参数的多变量模型评分(XLSX 26 kb)

补充数据5

PRECOG中主要泛癌预后基因的蛋白-蛋白关联数据;PRECOG转录因子及其靶基因分析(XLSX 186 kb)

补充数据6

25种恶性肿瘤肿瘤相关白细胞的cibersort推断片段(XLSX 48 kb)

补充数据7

肺腺癌TMA分析，包括临床数据和标志物量化，临床协变量的多变量生存分析，以及与循环白细胞TAL水平的比较(XLSX 36 kb)

权利和权限

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引用本文

绅士，A，纽曼，A，刘，C。et al。人类癌症中基因和浸润免疫细胞的预后景观。Nat地中海21， 938-945(2015)。https://doi.org/10.1038/nm.3909

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