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可以识别微生物宏基因组的测序数据填充微生物群落及其比例,但是现有的分类分析方法是低效的越来越多的大型数据集。我们提出一个方法,使用clade-specific标记基因明确分配读取微生物演化支更准确,> 50×速度比当前的方法。我们验证了宏基因组系统发育分析工具,MetaPhlAn, terabases短读和提供最大的宏基因组分析到目前为止人类肠道。可以访问它http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan/。
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确认
我们想感谢f·斯图尔特和大肠德龙的有用的输入在本研究;d . Gevers赛克斯和k黄的反馈方法和j·雷耶斯和g . Weingart援助与实现。这项工作是由美国国家卫生研究院资助1 r01hg005969和美国国家科学基金会dbi - 1053486 h
作者信息
作者和联系
贡献
n。,A.B., O.J. and C.H. conceived the method; N.S. implemented the software; N.S. and C.H. performed the experiments; N.S., L.W., V.N. and C.H. analyzed the data; and N.S. and C.H. wrote the manuscript.
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作者声明没有竞争的经济利益。
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补充图1 - 7、补充表1和2和补充笔记1 - 3 (PDF 2101 kb)
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Segata, N。,Waldron, L., Ballarini, A.et al。宏基因组微生物群落分析使用独特clade-specific标记基因。Nat方法9,811 - 814 (2012)。https://doi.org/10.1038/nmeth.2066
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DOI:https://doi.org/10.1038/nmeth.2066
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