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UPARSE:高精度OTU从微生物扩增子序列读取

文摘

放大的标志基因序列可用于理解微生物群落结构,但是他们受到高水平的测序和放大工件。UPARSE管道运营报告分类单元(OTU)序列≤1%错误的基地在人工微生物群落的测试中,相比之下,> 3%错误的基地的常见的其他方法。提高精度导致更少的辣子鸡,不断接近预期的一个社区的物种数量。

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图1:结果16 s模拟社区。
图2:结果人类微生物组计划(HMP)数据集。

引用

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下载参考

确认

作者感谢n.a Bokulich J.G. Caporaso和d . Gevers有用的讨论和提供正式出版前的数据;警察局与mothur城堡寻求帮助;c .海棠与AmpliconNoise寻求帮助;l . Dethlefsen和克里休斯有用的讨论;美国Yourstone手稿草案的一个深刻的批判;斯隆基金会和微生物学的建筑环境项目(,马丁·索金说海洋生物实验室)提供计算资源。

作者信息

作者和联系

作者

贡献

R.C.E.研究的构思,进行分析和写的手稿。

相应的作者

对应到罗伯特·C埃德加

道德声明

相互竞争的利益

作者声明没有竞争的经济利益。

补充信息

补充文本和数字

补充讲义1 - 3 (PDF 1505 kb)

辅助软件

UPARSE管道(焦油1350 kb)

权利和权限

再版和权限

关于这篇文章

引用这篇文章

埃德加,r . UPARSE:高精度OTU从微生物扩增子序列读取。Nat方法10,996 - 998 (2013)。https://doi.org/10.1038/nmeth.2604

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