文摘
量化已知和未知微生物了解分辨率使用猎枪测序数据,我们开发了一个方法,建立了宏基因组操作分类单元(运动)基于单副本系统发育标记基因。应用于252个人类粪便样本,该方法显示,平均43%的物种丰度和58%的丰富性genome-based不能被目前的参考方法。的实现方法是可用的http://www.bork.embl.de/software/mOTU/。
这是一个预览的订阅内容,通过访问你的机构
相关的文章
开放获取文章引用这篇文章。
肠道微生物在社交焦虑症:改变构成和功能的证据
转化精神病学开放获取2023年3月20日
Cultivation-independent基因组大大扩大taxonomic-profiling运动在各种环境的能力
微生物组开放获取2022年12月05
通用单副本在细菌基因组基因的重新审视
科学报告开放获取2022年8月25日
访问选项
订阅本杂志
收到12印刷问题和网络访问
每年209.00美元
只有17.42美元的问题
本文租或购买
本文得到只要你需要它
39.95美元
价格可能受当地税收计算在结帐
引用
Klappenbach,正当Saxman,公关,Cole, J.R. & Schmidt, T.M.核酸Res。29日,181 - 184 (2001)。
Engelbrektson, a . et al。ISME J。4,642 - 647 (2010)。
,前景并不乐观M.J. et al。核酸Res。38,而(2010)。
Gevers, d . et al。启Microbiol Nat。3,733 - 739 (2005)。
Arumugam, m . et al。自然473年,174 - 180 (2011)。
刘,B。,Gibbons, T., Ghodsi, M., Treangen, T. & Pop, M.BMC基因组学12(增刊。2),S4 (2011)。
Segata: et al。Nat方法。9,811 - 814 (2012)。
Ciccarelli, f . et al。科学311年,1283 - 1287 (2006)。
4,r . et al。科学318年,1449 - 1452 (2007)。
冯·仅仅c . et al。科学315年,1126 - 1130 (2007)。
,是由,Sunagawa, S。西,G。&Bork, P.Nat方法。10,881 - 884 (2013)。
秦,j . et al。自然464年59 - 65 (2010)。
人类微生物组项目财团。自然486年,215 - 221 (2012)。
纳尔逊动向等。科学328年,994 - 999 (2010)。
沃克,A.W. et al。ISME J。5,220 - 230 (2011)。
Mondot, s . et al。Inflamm。肠道说。17,185 - 192 (2011)。
Schloissnig, s . et al。自然493年,45 - 50 (2013)。
恩伯,P.J. et al。自然457年,480 - 484 (2009)。
Rajilic-Stojanovic, M。、Heilig H.G.蒂姆,S。,Zoetendal, E.G. & de Vos, W.M.环绕。Microbiol。15,1146 - 1159 (2012)。
Manichanh C。Borruel, N。,Casellas, F. & Guarner, F.Nat,启杂志。乙醇。9,599 - 608 (2012)。
Rajilic-Stojanovic, M。沙纳罕,F。,Guarner, F. & de Vos, W.M.Inflamm。肠道说。19,481 - 488 (2013)。
Png、漫画等。点。j .杂志。105年,2420 - 2428 (2010)。
秦,j . et al。自然490年,则高达55 - (2012)。
Forslund, k . et al。基因组Res。23,1163 - 1169 (2013)。
Kultima jr et al。《公共科学图书馆•综合》7e47656 (2012)。
艾迪,狭义相对论。公共科学图书馆第一版。医学杂志。7e1002195 (2011)。
穆勒,J。,Creevey, C.J., Thompson, J.D., Arendt, D. & Bork, P.生物信息学26,263 - 265 (2010)。
鲍威尔,s . et al。核酸Res。40D284-D289 (2012)。
曼德,湄et al。《公共科学图书馆•综合》7e31386 (2012)。
埃德加,直生物信息学26,2460 - 2461 (2010)。
Stamatakis。生物信息学22,2688 - 2690 (2006)。
Stamatakis a &河口,a学报2013年IEEE 27日国际研讨会上并行和分布式处理1195 - 1204 (2013)。
伯杰,S.A. & Stamatakis。生物信息学27,2068 - 2075 (2011)。
伯杰,S.A.,Krompass, D. & Stamatakis, A.系统。医学杂志。60,291 - 302 (2011)。
Letunic, i &博克,P。生物信息学23,127 - 128 (2007)。
确认
我们感谢欧洲分子生物学实验室的成员信息技术核心设施和y元管理高性能计算资源和博克小组的成员富有成果的讨论。这项工作得到了资金从欧洲分子生物学实验室,通过MetaHIT欧盟第七框架计划(健康- f4 - 2007 - 201052)和国际人类微生物组的标准,(健康- f4 - 2010 - 261376)资助,诺和诺德基金会的Lundbeck公司基础上,它是一家机构资助的海德堡理论研究所和德意志Forschungsgemeinschaft赠款STA 860/2和STA 860/3 Metagenopolis anr - 11 - dpbs - 0001格兰特,和欧洲研究委员会高级赠款(MicrobesInside CancerBiome赠款协议编号250172和268985 W.M.d.V.和回堵分别)。
作者信息
作者和联系
贡献
P.B.和S.S.构思研究轮,制图手册,G.Z.,F.I.-C., S.A.B., M.A., J.T. and A.S. designed and performed the analyses, S.S., D.R.M., G.Z., J.R.K., L.P.C. and J.L. developed and implemented the program, O.P., F.G., J.D. and J.W. provided data, S.S., D.R.M., G.Z. and P.B. wrote the manuscript, and M.A., J.T., H.B.N., S.R., O.P., F.G., W.M.d.V., S.D.E. and A.S. gave conceptual advice and revised the manuscript.
相应的作者
道德声明
相互竞争的利益
作者声明没有竞争的经济利益。
权利和权限
关于这篇文章
引用这篇文章
Sunagawa, S。门迪人,D。,Zeller, G.et al。宏基因组物种分析使用通用系统发育标记基因。Nat方法10,1196 - 1199 (2013)。https://doi.org/10.1038/nmeth.2693
收到了:
接受:
发表:
发行日期:
DOI:https://doi.org/10.1038/nmeth.2693
本文引用的
肠道微生物在社交焦虑症:改变构成和功能的证据
转化精神病学(2023)
光养由antenna-containing视紫红质泵在水生环境中
自然(2023)
MetaCRS:无监督聚类的叠连群递归策略减少宏基因组数据集的复杂性
BMC生物信息学(2022)
白蚁肠道微生物群的进化功能
微生物组(2022)
Cultivation-independent基因组大大扩大taxonomic-profiling运动在各种环境的能力
微生物组(2022)
