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我们目前的开源软件包DADA2建模和纠正Illumina-sequenced扩增子错误(https://github.com/benjjneb/dada2)。DADA2推断和解决差异的样本序列1核苷酸。在几个模拟社区,DADA2识别更真实变异和输出伪序列比其他方法少。我们应用DADA2阴道样本群体的孕妇,揭示先前未被发现的多样性乳酸菌crispatus变体。
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确认
我们感谢m . Schirmer和d·麦金太尔生产对应。这项工作是支持的NSF S.P.H. (dms - 1162538),美国国立卫生研究院(R01AI112401 S.P.H.),和Samarth基金会(斯坦福大学微生物种子格兰特B.J.C. S.P.H.)。
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贡献
B.J.C. S.P.H.设计研究;B.J.C.,P.J.M., and M.J.R. implemented the algorithm; B.J.C. performed the analysis; B.J.C., P.J.M., M.J.R., and S.P.H. wrote the paper; and A.W.H. and A.J.A.J. generated the Extreme data set designed by B.J.C., P.J.M., and A.W.H.
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卡拉汉,B。,McMurdie, P., Rosen, M.et al。从Illumina公司扩增子数据DADA2:高分辨率样本推断。Nat方法13,581 - 583 (2016)。https://doi.org/10.1038/nmeth.3869
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DOI:https://doi.org/10.1038/nmeth.3869
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