摘要
DAVID生物信息学资源包括一个集成的生物知识库和分析工具,旨在系统地从大型基因/蛋白质列表中提取生物学意义。该协议解释了如何使用DAVID,一个高通量和集成的数据挖掘环境,来分析从高通量基因组实验中获得的基因列表。该过程首先需要上传包含任意数量的通用基因标识符的基因列表,然后使用一个或多个文本和路径挖掘工具(如基因功能分类、功能注释图或聚类和功能注释表)进行分析。通过遵循这一协议,研究人员能够深入了解基因组规模研究中丰富的基因列表中的生物学主题。
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参考文献
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确认
我们非常感谢裁判的建设性意见,并感谢ABCC组的Robert Stephens, David Bryant和David Liu对Web服务器的支持。感谢免疫发病机制与生物信息学实验室(LIB)组的郑鑫和杨军的讨论。我们也感谢Bill Wilton和Mike Tartakovsky在信息技术和网络方面的支持。该项目由美国国家过敏和传染病研究所(NIAID)和国立卫生研究院(NIH)提供的联邦资金资助,合同编号为:一号门将- co - 56000。本工具和出版物的注释不一定反映美国卫生与公众服务部的观点或政策,也不意味着提及商品名称、商业产品或组织就意味着得到美国政府的认可。
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的集合∼68个类似的富集分析工具。这些工具根据其后端算法大致分为三类。提供了关于每个工具的更多信息的参考链接。(xls101kb)
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∼400 Affymetrix IDs16用于本文(XLS 71 kb)
补充数据
从微阵列研究获得的基因列表与随机生成的相同大小基因列表之间的富集p值的比较。一个“好的”基因列表应该始终包含比相同大小的随机列表更丰富的生物。(PDF 383kb)
补充数据
DAVID系统支持的基因标识符类型和注释类别摘要。(xls38kb)
补充数据
根据手稿中的描述,各主要分析步骤的截图。(PDF 1600kb)
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基因列表的输入格式示例。(PDF 69kb)
权利和权限
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黄D,谢尔曼,B. & Lempicki, R.利用DAVID生物信息学资源对大型基因列表进行系统和综合分析。Nat Protoc4, 44-57(2009)。https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211
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DOI:https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211
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