文摘
胰腺导管腺癌(PDAC)是最常见的类型的胰腺癌肿瘤内异质性高,预后不良。全面描绘PDAC肿瘤内异质性和底层PDAC进展的机制,我们采用单细胞RNA-seq (scRNA-seq)获得57530个独立的胰腺细胞的转录组图集主要PDAC胰腺肿瘤和控制,和识别不同的恶性和基质细胞类型,包括两个导管亚型分别为异常和恶性肿瘤基因表达谱,在PDAC。我们发现异构恶性亚型是由几个亚种群与微分增殖和迁移潜力。细胞轨迹分析显示组件的多个肿瘤通路和转录因子(TFs)沿着PDAC进展差异表达。此外,我们发现导管细胞具有独特的增殖特性的一个子集与失活状态在肿瘤浸润T细胞,为预测提供新的标记的抗肿瘤免疫反应。在一起,我们的研究结果提供了一个宝贵的资源破译PDAC肿瘤内异质性和揭示肿瘤之间的连接内在转录状态和T细胞的激活,暗示潜在生物标记物抗癌治疗靶向治疗和免疫治疗等。
胰腺导管腺癌(PDAC)是最常见的类型的胰腺癌肿瘤内异质性高,预后不良。全面描绘PDAC肿瘤内异质性和底层PDAC进展的机制,我们采用单细胞RNA-seq (scRNA-seq)获得57530个独立的胰腺细胞的转录组图集主要PDAC胰腺肿瘤和控制,和识别不同的恶性和基质细胞类型,包括两个导管亚型分别为异常和恶性肿瘤基因表达谱,在PDAC。我们发现异构恶性亚型是由几个亚种群与微分增殖和迁移潜力。细胞轨迹分析显示组件的多个肿瘤通路和转录因子(TFs)沿着PDAC进展差异表达。此外,我们发现导管细胞具有独特的增殖特性的一个子集与失活状态在肿瘤浸润T细胞,为预测提供新的标记的抗肿瘤免疫反应。在一起,我们的研究结果提供了一个宝贵的资源破译PDAC肿瘤内异质性和揭示肿瘤之间的连接内在转录状态和T细胞的激活,暗示潜在生物标记物抗癌治疗靶向治疗和免疫治疗等。
介绍
胰腺导管腺癌(PDAC)是癌症死亡的主要原因之一,只有8%的5年生存率。1一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 2" title="2gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e744">2一个>尽管PDAC治疗,手术切除仍是主要的选择只有10 - 15%的新诊断的患者有资格。3一个>大多数患者最终将死于转移,4一个>由于缺乏其他治疗方法改善PDAC患者的预后。5克ydF4y2Ba
基因组和转录组研究表明,关键基因突变或异常信号通路(s)驱动PDAC的发病机制,如喀斯特 司机突变(超过90%)和频繁的失活TP53 ,SMAD4 ,CDKN2A 肿瘤抑制(超过50%)。其他小说反复突变(< 10%)也被确认在PDAC客观的分析。6一个>这些不同的基因突变聚集在特定的途径和过程,包括喀斯特,TGF-β,Wnt,缺口,无袖长衫/缝信号,染色质重塑和DNA修复途径。此外,表观遗传的改变路径是一个新兴的PDAC发展机制。灭活突变PDAC染色质修饰符已确定的病人。这些修饰符包括组蛋白修饰酶(24%的PDAC)和瑞士/ SNF-mediated染色质重塑复合物PDAC (14%)。7一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 8" title="8gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e782">8一个>不幸的是,这些发现被翻译成临床使用,主要是由于对自己的潜在作用非常有限的知识在PDAC进展,而大多数患者已经在晚期的诊断。9一个>
虽然起始metastasis-specific突变开始得到证实,10一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 11" title="11gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e795">11一个>信号转导或特异表达基因表达变化在原发肿瘤细胞对于肿瘤恶化也至关重要。12一个>这是进一步复杂化的信号提示肿瘤微环境和途径调节epithelial-to-mesenchymal过渡(EMT)。13一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="14gydF4y2Ba" href="#ref-CR14" id="ref-link-section-d11112532e803_1">14一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 15" title="15gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e806">15一个>与此同时,在PDAC肿瘤内细胞之间存在异质性。尤其是肿瘤基质构成了超过70%的质量通常嵌入与正常胰腺组织由于渗透性的PDAC的性质。16一个>这种广泛的肿瘤内异质性程度使得它相当具有挑战性的识别基于批量信使rna序列的遗传变异。尽管一些主要治疗突破已经在一些肿瘤类型,促进黑色素瘤等的鉴定致癌司机使用这种方法,17一个>整体进展确定可行的诊断标记和治疗目标仍在很大程度上阻碍了由于体积的限制分析技术捕获肿瘤内异质性。
最近的单细胞基因组学的进步提供了强大的工具的探索遗传和功能异质性,重建罕见的亚种群的进化谱系和检测。18一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 19" title="19gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e824">19一个>此外,scRNA-seq研究在人类肿瘤显示的新见解肿瘤异质性和不同的亚种群,为详细解剖肿瘤机制是关键。20.一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="21gydF4y2Ba" href="#ref-CR21" id="ref-link-section-d11112532e828_1">21一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="22gydF4y2Ba" href="#ref-CR22" id="ref-link-section-d11112532e828_2">22一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="23gydF4y2Ba" href="#ref-CR23" id="ref-link-section-d11112532e828_3">23一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="24gydF4y2Ba" href="#ref-CR24" id="ref-link-section-d11112532e828_4">24一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="25gydF4y2Ba" href="#ref-CR25" id="ref-link-section-d11112532e828_5">25一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="26gydF4y2Ba" href="#ref-CR26" id="ref-link-section-d11112532e828_6">26一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 27" title="27gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e831">27一个>最近的一项研究显示头颈部癌症肿瘤成分包括分组人口与部分epithelial-to-mesenchymal过渡(p-EMT),减少新灯的预测肿瘤的浸润和转移。24一个>除了恶性肿瘤细胞,肿瘤质量还含有巨噬细胞,T细胞和成纤维细胞等,形成肿瘤微环境(时差)支持肿瘤恶化。28一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="29日gydF4y2Ba" href="#ref-CR29" id="ref-link-section-d11112532e839_1">29日一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="30.gydF4y2Ba" href="#ref-CR30" id="ref-link-section-d11112532e839_2">30.一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="31日gydF4y2Ba" href="#ref-CR31" id="ref-link-section-d11112532e839_3">31日一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="32gydF4y2Ba" href="#ref-CR32" id="ref-link-section-d11112532e839_4">32一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="33gydF4y2Ba" href="#ref-CR33" id="ref-link-section-d11112532e839_5">33一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="34gydF4y2Ba" href="#ref-CR34" id="ref-link-section-d11112532e839_6">34一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="35gydF4y2Ba" href="#ref-CR35" id="ref-link-section-d11112532e839_7">35一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 36" title="36gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e842">36一个>例如,在肝癌,单细胞测序已经应用于描述景观11浸润T细胞在时间的子集,在指导有效的免疫疗法可能是有价值的。30.一个>
scRNA-seq最近的一个研究的四个导管内乳头状粘液性肿瘤(IPMNs),和两个PDACs显示上皮细胞内途径改变,免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤出现前的进展和发现一些生物标记物的早期发病机制。37一个>在这里,我们采用单细胞转录组方法解剖PDAC肿瘤内异质性和相关的关键因素在调节PDAC进展。共有57530个细胞的转录组配置文件从24个主要PDAC胰脏肿瘤和11所控制。我们发现PDAC肿瘤质量是高度异构和由不同的恶性和基质细胞类型。此外,恶性导管亚型可以通过观察基因表达谱和包含高度增殖和迁移的亚种。我们进一步确定一系列小说影响几个已知癌基因表达变化途径,并抑制肿瘤T细胞激活与临床病理特征相关联。因此,我们的研究将提高我们目前了解的机制PDAC进展,和潜在的有价值提供新的PDAC预后标记。
胰腺导管腺癌(PDAC)是癌症死亡的主要原因之一,只有8%的5年生存率。
基因组和转录组研究表明,关键基因突变或异常信号通路(s)驱动PDAC的发病机制,如
虽然起始metastasis-specific突变开始得到证实, 最近的单细胞基因组学的进步提供了强大的工具的探索遗传和功能异质性,重建罕见的亚种群的进化谱系和检测。 scRNA-seq最近的一个研究的四个导管内乳头状粘液性肿瘤(IPMNs),和两个PDACs显示上皮细胞内途径改变,免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤出现前的进展和发现一些生物标记物的早期发病机制。
结果
单细胞表达图谱和细胞输入PDAC肿瘤和控制样品
PDAC探索细胞多样性,我们生成的单细胞RNA-seq概要文件从24 PDAC胰脏肿瘤样本和11控制(图没有任何治疗。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1一个>和补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1一个>)。初始质量控制后,我们获得了单细胞转录组共有41986个细胞从PDAC样本和15544个细胞控制胰腺(补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2gydF4y2Ba)。探索肿瘤的细胞组成,我们应用主成分分析在不定地表达基因在所有细胞和发现了10个主要集群包括1型导管、2型导管、腺泡的,内分泌,内皮细胞、纤维母细胞、星状、巨噬细胞、T细胞和B细胞(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1 b一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1a b一个>)。然后生成提供集群范围内的标记基因差异表达基因进行分析,定义每个细胞集群(图的身份。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1 c, d一个>和补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3gydF4y2Ba)。在大多数情况下,著名的细胞类型标记被用来识别细胞集群,例如KRT19 对导管细胞,38一个>PRSS1腺泡的细胞,38一个>等(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1 c, d一个>)。我们还发现了多个附加的标记,如TFF2 导管细胞和CELA3A 腺泡的细胞(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1一个>c和表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3gydF4y2Ba)。值得注意的是,我们识别出了两种不同类型的导管细胞出现在PDAC。这两种类型的导管细胞表现出高水平的导管标记:38一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 39" title="39gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e924">39一个>MMP7,TSPAN8 ,SOX9 和LCN2 (补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1d一个>)。然而,2型细胞更高表达的报道不良预后PDAC标记,如CEACAM1 /5/6 40一个>和KRT19 41一个>(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1e一个>),这表明2型可能是一种恶性导管细胞。相比我们进一步scRNA-seq概要文件的15544个细胞从11胰腺肿瘤控制,和确定6主要细胞类型(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1f g一个>)。T细胞和B细胞是非常有限(< 1%)控制样本,而细胞一半(49.30%)是1型导管细胞(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1h一个>)。2型导管细胞中没有检测到控制样本。相反,2型导管细胞显示超过1型(11315/2646)4.3倍PDAC样品(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1 b一个>),这表明2型导管细胞在PDACs明显扩大。此外,我们比较1型和2型的复合导管细胞PDAC或无糖尿病患者(10和14例)(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1i一个>)。结果表明,1型和2型导管细胞的百分比并没有表现出显著差异(类型1:p = 0.6605,Wilcoxon测试;2型,p = 0.6665,Wilcoxon测试)这两个组之间,不包括糖尿病状态在导管细胞群的影响。
CNV景观区分恶性PDACs导管细胞
存在两种不同类型的导管细胞PDAC促使我们去调查他们的恶性状态。定义恶性细胞,我们计算大型染色体拷贝数变异(CNV)的每一个细胞类型基于平均跨间隔基因组的表达模式。20.一个>我们发现2型导管细胞表现出CNV水平显著高于1型导管细胞和其他类型的细胞(图<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">2 a, b一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2a b一个>)。相比之下,控制细胞样本显示低CNV评分(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2c一个>)。
然后我们比较1型导管细胞之间PDAC和控制胰腺,和确定1296年调节和183个表达下调基因(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2d一个>)。我们进一步发现1102/1296的这些调节基因也2型导管细胞中高度表达,表明这些基因的失调已经发生在1型导管细胞PDAC(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2e一个>)。调节基因的功能分析说明1型导管细胞PDAC明显丰富几个疾病相关条款,如炎症反应、细胞粘附和迁移,这表明1型导管细胞PDAC表示相对于异常状态的控件(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2f一个>)。
我们下一个研究基因表达模式两种类型的导管细胞PDAC和确定了3107个差异表达基因(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">2摄氏度一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2g一个>)。功能富集分析表明,基因上调2型细胞主要是丰富的癌症相关的功能,如细胞增殖、迁移和缺氧(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">二维一个>),进一步支持这个亚型的恶性状态。相比之下,基因表达在更高层次1比2型细胞与正常的胰腺功能有关,包括消化、胰腺分泌和重碳酸盐传输(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">二维一个>1型),支持细胞仍然具有一定程度的导管细胞功能相比,恶性2型细胞。我们还发现了多个标记,如们 和MUC1 ,可以用来区分异常和恶性导管细胞的基因表达谱(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">2 e一个>)。然后我们进行免疫组织化学染色(包含IHC)标记(MUC1, FXYD3为1型2型导管细胞和们导管细胞)在PDAC和控制样本来验证这两种类型的导管细胞。我们观察到AMBP-positive细胞主要出现在导管结构与正常细胞功能。相比之下,MUC1——或者FXYD3-positive细胞表现出典型的肿瘤细胞的特性和缺席控制样品(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">2 f一个>)。总的来说,这些结果表明,2型导管细胞在PDACs恶性细胞的主要来源。
在导管细胞基因表达模式PDAC进展
我们进一步分析了1型导管细胞PDAC样品和检测到两个不同的子组(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3a一个>)。我们检查了们 和MUC1 表达信号在这两个子组,发现子群2显示更高MUC1 /低们 表达式(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3b一个>),这表明子群2 2型恶性的细胞表现出一些特征导管细胞相对于子群1,这是支持的功能分析显示几个丰富肿瘤方面在本群(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3c一个>)。
现在还没有非常明确的胰腺肿瘤起始细胞类型负责。一些研究支持从导管细胞恶性肿瘤细胞的起源,42一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 43" title="43gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1168">43一个>尽管越来越多的证据表明,PDAC主要来源于胰腺腺泡的细胞。44一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 45" title="45gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1175">45一个>然而,这些研究主要是基于观察从转基因小鼠模型,而不是在人类PDAC进行验证。为了研究肿瘤细胞的起源,我们进行了轨迹分析使用1型(两个子组),2型导管细胞和腺泡的细胞。我们的数据显示和腺泡的的可能性MUC1 - 低的导管细胞可以运输MUC1 -导管细胞,然后变换2型导管细胞恶性。(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3d一个>)。因为只有一个PDAC示例包含超过100个腺泡的细胞和腺泡的细胞总数所有PDAC样品是有限的(512),我们不执行进一步的分析从腺泡的过渡到恶性导管细胞,但主要集中在基因表达模式以及从导管细胞异常基因表达谱转变为恶性导管细胞通过轨迹分析。伪时间导管细胞的异常(1型)和恶性肿瘤(类型2)基因表达谱是重组(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3一个>)。沿着轨迹,上皮细胞标记EPCAM 在持续高水平表达的过渡,而之前报道的基因参与肿瘤进展,如MUC1 沿着PDAC进展,逐渐增加(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3e一个>)。
我们进一步分析了所有基因的基因表达模式沿着轨迹PDAC进展和确定了2299个基因的动态表达变化(补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S4一个>)。我们进一步聚集这些基因为4异常表达模式(P1-P4)和4恶性模式(图(P5-P8)与特定的表达模式。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 b一个>)。功能富集分析表明,与正常的胰腺细胞功能基因,如消化、翻译、和氧化磷酸化,有较高的表达水平在导管细胞异常基因表达谱和衰减凌日时恶性状态。相比之下,我们确定了多个经典致癌途径,包括ErbB和Notch信号通路激活在PDAC进展。特别是,大部分基因负责细胞增殖和迁移时显著激活肿瘤发展到晚期(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 b一个>)。我们还检测到多个关键监管机构和TFs的激活参与肿瘤发生PDACs(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 c, d一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3f一个>),包括多个基因可能与PDAC进展有关,比如PI3K-Akt途径激活YWHAZ 。46一个>
在恶性导管细胞不同的子组
2型导管细胞被进一步分为7组基于t-SNE分析(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 e一个>、补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1a一个>)。通过比较基因表达水平,我们发现每个子群表达特定的基因集,可用于区分这些子组(补充表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5gydF4y2Ba
)。值得注意的是,我们发现小组3细胞的主要人口出现在大多数病人(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3g一个>),这表明这群PDAC患者共享。相比之下,子组1、2、4、5和6只观察到一些病人,这反映了个别病人的肿瘤异质性。此外,我们注意到,子群7细胞比例较低的导管2一般恶性细胞中观察到16/24的病人。
自扩散被发现PDAC的主要特征,然后进行功能富集分析每个子群,发现子群7的独特功能与细胞周期和细胞增殖(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 f一个>),这是进一步扩散的具体表达支持的标记MKI67 ,TOP2A 和细胞周期的标记CCNB1 和CCNB2 (无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 g h一个>)。我们还观察到特定功能基因群1、2或3主要是解毒、上皮细胞分化和翻译。角色群5基因表达与中性粒细胞激活有关,表明可能与免疫反应。值得注意的是,基因子组4和6都是丰富的移民相关条款。具体来说,基因群6丰富等方面去应对缺氧和IL17信号通路,强调其潜在功能迁移和转移。
胰腺上皮内瘤(PanIN),被认为是最常见的肿瘤出现前的胶样病变导管形态。47一个>然而,PanIN不是人类PDAC在分子水平上的特征。我们进行免疫染色使用标记FXYD3 2型导管细胞和PanIN阿尔新蓝染料染色。我们确实发现PDAC肿瘤部分都FXYD3和阿尔新蓝积极或只有FXYD3积极、验证存在PanINs 2型导管细胞(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3h一个>)。我们检查了可能PanIN子组通过检测KRT19 和MUC5AC 表达式47一个>,发现子组的1/2/3显示明显的信号KRT19和MUC5AC (补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3i一个>),表明这三个子组应该表示细胞PanINs状态。我们发现PDAC肿瘤部分都FXYD3和阿尔新蓝积极或只有FXYD3积极支持2型导管细胞组成的细胞在PanIN状态或PDAC阶段(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3i一个>)。此外,我们进行了轨迹分析所有7组2型导管细胞的探索他们的过渡,发现显然stage-specific发展模式。值得注意的是,大多数的细胞PanIN人口(1/2/3)出现在早期发展阶段,而其他人则出现在进展的晚期(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3j一个>)。
基因表达模式分析,TCGA PAAD基于恶性导管标记的样本
我们接下来分析公共入侵胰腺导管腺癌及其变种(PAAD) TCGA的数据(<一个href="https://cancergenome.nih.gov/">https://cancergenome.nih.gov/一个>)研究基因表达模式的临床价值恶性导管细胞,包括癌症表达数据、临床信息和基因突变的数据。总共178份PAAD样本(146 PDAC样本,32 non-PDAC PAAD样本)被用于分析。恶性导管细胞标记用于集群PAAD肿瘤样本(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 a、b一个>和补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S6一个>)。结果表明,所有的样品都可以分配给三个PDAC组(集群1 - 3)和一个non-PDAC组(集群4)基于这些标记。同时,我们注意到,增生性导管标记显然是分开其他标记。具体来说,增生性导管标记中丰富的集群2和3。相比之下,患者在集群4中显示这些导管标记的表达水平非常有限。基因突变的喀斯特 ,TP53 和SMAD4 集群1 - 3中演示了超过82%的患者,但不是在集群4例(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S4a一个>)。在集群4 5年总体生存率明显高于其他3集群(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S4b一个>)。集群4中约89%(8/9)的患者被诊断为胰腺癌其他亚型(有关),86%(145/169)的患者在集群PDACs 1 - 3。这些发现表明,导管标记确定在我们的研究中专门用PDACs表示,而不是其他类型的胰腺癌。综上所述,恶性导管标记可以有效区分PDAC病人和其他类型的胰腺癌患者。
然后我们探讨的预后价值增殖的PDAC患者的导管标记。我们使用无监督非负矩阵分解(NNMF)集群和PDAC患者分为3组根据增殖标记(图的表达水平。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4摄氏度一个>)。我们发现病人在3组显示增殖导管的丰富的标记,连同一个显著的低存活率比其他组(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 d一个>)。这些结果表明,导管与积极的增殖细胞标记与PDAC密切相关的结果。接下来,我们试图确定能够药物目标增生性导管细胞和药物发现,CDK1 PLK1和AURKA可以作为治疗靶点的PDAC使用他们的特定的药物(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 e一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">自己一个>)。然后我们选择CDK1抑制剂,PLK1 AURKA验证他们对胰腺癌细胞的生长抑制作用。结果表明,这些抑制剂可以明显抑制细胞增殖(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 f一个>)。我们还执行CDK1包含IHC染色在胰腺肿瘤组织。Ki67标记是co-immunostained定位增殖的导管细胞。我们发现CDK1-positive导管细胞也Ki67积极(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S4d e一个>),进一步表明CDK1可以用作增生性导管细胞的目标。
我们接下来相比,TCGA转录组数据3组与其他两组之间确定差异表达基因,发现了946 759上调和下调基因3组患者(p。disorderly≤0.01和|日志2 FoldChange |≥0.5)(图<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5一个>和补充表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S7一个>)。基因本体论(去)功能富集分析显示,基因等方面的丰富细胞周期、DNA复制和DNA修复高度上调,而T细胞的表达下调的基因主要是丰富选择和淋巴细胞活化条件(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5 b一个>)。然后我们分析上述差异表达基因的表达模式在我们的单细胞数据(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5度一个>)。我们发现大多数的基因高表达在某些特定的细胞类型。具体地说,许多2型导管细胞差异表达的基因,而抑制基因主要存在于巨噬细胞和T细胞(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5度一个>),这表明导管增生特异表达和免疫反应同时发生的时间。
失活PDAC患者T细胞的增殖导管的丰富的标记
评估PDACs渗透T细胞的功能,我们分析了T细胞激活状态在PDAC TCGA基质使用数据。我们发现样品与高水平的增生性导管标记T细胞标记的相反的表达水平较低(图<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5 d一个>)。此外,这种逆关系也发现在我们的PDAC单细胞测序数据(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5a一个>)。然后我们计算了CD8 T细胞激活的分数31日一个>,发现该集团高增殖的导管细胞表现出显著降低T细胞激活评分(P 值= 0.0081,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5 e一个>)。验证这一发现,我们co-immunostained Ki67和CD3D包含IHC PDAC 10日组织调查导管细胞的增殖状态之间的关系和T细胞浸润。对于每一个病人,我们随机选择5个字段包含肿瘤细胞和量化Ki67的表达水平和CD3D。支持,我们发现一个逆空间关系:Ki67非常有限+ 导管细胞与T细胞浸润与高中Ki67的一部分+ 导管细胞与罕见的T细胞浸润(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5 f一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5b一个>)。我们将病人分成两组基于Ki67的平均强度,然后将他们CD3D表达式(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5c-d一个>)。在符合罕见的T细胞的渗透,我们发现病人Ki67-high组低CD3D表达式(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5e一个>)。因此,增生性的存在性导管细胞和T细胞活化损失可能导致PDAC患者的不良预后。
以前TCGA散装RNA-seq分析报告四个亚型的PDAC样本:鳞状,内分泌外分泌胰腺祖,免疫原性和异常分化(ADEX)。8一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 48" title="48gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1606">48一个>我们使用签名TCGA基因识别从四个亚型患者计算每个单元的成绩中发现我们的单细胞地图类型。一致,祖和ADEX亚型显示更高的分数在两种2型导管细胞和腺泡的细胞,免疫原性亚型显示更高的分数在T细胞和B细胞。值得注意的是,鳞状亚型显示较高得分2型导管细胞,内皮细胞和星状细胞与较低的分数在T细胞和B细胞(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5f一个>),表示一个复杂的肿瘤微环境中的免疫反应。我们然后比较这些亚型患者签名三组的分数高、中、低丰度的增殖标记(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 d一个>),发现鳞状亚型得分最高组3例和免疫原性亚型得分最高组1例(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5克一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5g一个>)。50 - 0%的患者在3组分为鳞状和免疫原性亚型(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5h一个>)。此外,我们比较了增生性导管签名分数TCGA鳞状和免疫原性亚型分数为每个病人。我们发现增殖分数与鳞状亚型有显著的正相关和负相关免疫原性亚型(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5i一个>)。
在PDAC不同亚型的免疫细胞和成纤维细胞
最近的研究表明,基质细胞,如T细胞,巨噬细胞,成纤维细胞,是高度异构,28一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="29日gydF4y2Ba" href="#ref-CR29" id="ref-link-section-d11112532e1637_1">29日一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="30.gydF4y2Ba" href="#ref-CR30" id="ref-link-section-d11112532e1637_2">30.一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="31日gydF4y2Ba" href="#ref-CR31" id="ref-link-section-d11112532e1637_3">31日一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="32gydF4y2Ba" href="#ref-CR32" id="ref-link-section-d11112532e1637_4">32一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="33gydF4y2Ba" href="#ref-CR33" id="ref-link-section-d11112532e1637_5">33一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="34gydF4y2Ba" href="#ref-CR34" id="ref-link-section-d11112532e1637_6">34一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="35gydF4y2Ba" href="#ref-CR35" id="ref-link-section-d11112532e1637_7">35一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 36" title="36gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1640">36一个>然而,这种异质性的程度PDAC特征仍然不佳。我们执行子集的T细胞、B细胞、巨噬细胞和成纤维细胞,并检测到5,6,5和8子集,分别在这些细胞类型(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S6a b一个>)。因为T细胞和巨噬细胞是主要的人口影响肿瘤微环境中的免疫景观,我们划定的特定的两个亚型。T细胞的表达已知的标记建议CD8的两个集群+ 细胞和CD4的三个集群+ 细胞(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S6a b一个>)。我们注意到两个CD8+ 集群共享基因相关效应T细胞(C1-CD8和C5-CD8),高表达的细胞毒性的标记GZMA 和GZMH ,而细胞循环相关基因(CENPA 和CENPE )优先表达集群C5-CD8而不是C1-CD8表明C5-CD8 T细胞仍保留其增殖能力。此外,集群C2-CD4由导航标记CCR7 和出售 代表天真的CD4 T细胞,而C4-CD4表示出售 和IL7R ,像中央记忆T细胞。值得注意的是,集群C3-CD4具有显著的高于Treg签名基因的表达等FOXP3 和IL2RA 。
描绘巨噬细胞在肿瘤微环境的多样性,我们选择与已知的骨髓细胞标记CD68 和FCER1G ,确定5细胞集群(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S6a b一个>)。我们发现基因类II抗原表达(HLA 和CD74 1)参加更高水平集群。相比之下,基因与细胞外基质(ECM)沉积和改造(COL1A 2)优先表达集群。自从myeloid-derived抑制细胞(MDSC)招募和维护通过趋化因子和炎性细胞因子,49一个>我们注意到CCL2 作为主要趋化因子基因MDSC较高的迁移集群3,同时集群5专业产生促炎细胞因子(S100A8 和S100A9 )。集群与髓细胞的招募,4表示更高水平的趋化因子基因负责细胞毒性T细胞的渗透,等CXCL9 和CXCL10 。考虑复杂的成分和巨噬细胞的功能显示在我们的数据集,我们认为传统的M1和M2巨噬细胞可能不是合适的分类反映了巨噬细胞的多样性和单细胞分析使我们能够评估动态的频谱在巨噬细胞分子项目。
此外,我们完成了伪时间分析T细胞的子集和显示从Treg幼稚T细胞和记忆T细胞。同样,B细胞数量的轨迹被命令从一个起点天真的B细胞plasmablast(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S6c一个>)。
单细胞表达图谱和细胞输入PDAC肿瘤和控制样品
PDAC探索细胞多样性,我们生成的单细胞RNA-seq概要文件从24 PDAC胰脏肿瘤样本和11控制(图没有任何治疗。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1一个>和补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1一个>)。初始质量控制后,我们获得了单细胞转录组共有41986个细胞从PDAC样本和15544个细胞控制胰腺(补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2gydF4y2Ba)。探索肿瘤的细胞组成,我们应用主成分分析在不定地表达基因在所有细胞和发现了10个主要集群包括1型导管、2型导管、腺泡的,内分泌,内皮细胞、纤维母细胞、星状、巨噬细胞、T细胞和B细胞(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1 b一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1a b一个>)。然后生成提供集群范围内的标记基因差异表达基因进行分析,定义每个细胞集群(图的身份。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">1 c, d一个>和补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3gydF4y2Ba)。在大多数情况下,著名的细胞类型标记被用来识别细胞集群,例如 存在两种不同类型的导管细胞PDAC促使我们去调查他们的恶性状态。定义恶性细胞,我们计算大型染色体拷贝数变异(CNV)的每一个细胞类型基于平均跨间隔基因组的表达模式。 然后我们比较1型导管细胞之间PDAC和控制胰腺,和确定1296年调节和183个表达下调基因(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2d一个>)。我们进一步发现1102/1296的这些调节基因也2型导管细胞中高度表达,表明这些基因的失调已经发生在1型导管细胞PDAC(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2e一个>)。调节基因的功能分析说明1型导管细胞PDAC明显丰富几个疾病相关条款,如炎症反应、细胞粘附和迁移,这表明1型导管细胞PDAC表示相对于异常状态的控件(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2f一个>)。
我们下一个研究基因表达模式两种类型的导管细胞PDAC和确定了3107个差异表达基因(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">2摄氏度一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S2g一个>)。功能富集分析表明,基因上调2型细胞主要是丰富的癌症相关的功能,如细胞增殖、迁移和缺氧(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">二维一个>),进一步支持这个亚型的恶性状态。相比之下,基因表达在更高层次1比2型细胞与正常的胰腺功能有关,包括消化、胰腺分泌和重碳酸盐传输(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">二维一个>1型),支持细胞仍然具有一定程度的导管细胞功能相比,恶性2型细胞。我们还发现了多个标记,如 我们进一步分析了1型导管细胞PDAC样品和检测到两个不同的子组(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3a一个>)。我们检查了 现在还没有非常明确的胰腺肿瘤起始细胞类型负责。一些研究支持从导管细胞恶性肿瘤细胞的起源, 我们进一步分析了所有基因的基因表达模式沿着轨迹PDAC进展和确定了2299个基因的动态表达变化(补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S4一个>)。我们进一步聚集这些基因为4异常表达模式(P1-P4)和4恶性模式(图(P5-P8)与特定的表达模式。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 b一个>)。功能富集分析表明,与正常的胰腺细胞功能基因,如消化、翻译、和氧化磷酸化,有较高的表达水平在导管细胞异常基因表达谱和衰减凌日时恶性状态。相比之下,我们确定了多个经典致癌途径,包括ErbB和Notch信号通路激活在PDAC进展。特别是,大部分基因负责细胞增殖和迁移时显著激活肿瘤发展到晚期(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 b一个>)。我们还检测到多个关键监管机构和TFs的激活参与肿瘤发生PDACs(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 c, d一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S3f一个>),包括多个基因可能与PDAC进展有关,比如PI3K-Akt途径激活 2型导管细胞被进一步分为7组基于t-SNE分析(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 e一个>、补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1a一个>)。通过比较基因表达水平,我们发现每个子群表达特定的基因集,可用于区分这些子组(补充表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5gydF4y2Ba 自扩散被发现PDAC的主要特征,然后进行功能富集分析每个子群,发现子群7的独特功能与细胞周期和细胞增殖(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">3 f一个>),这是进一步扩散的具体表达支持的标记 胰腺上皮内瘤(PanIN),被认为是最常见的肿瘤出现前的胶样病变导管形态。 我们接下来分析公共入侵胰腺导管腺癌及其变种(PAAD) TCGA的数据(<一个href="https://cancergenome.nih.gov/">https://cancergenome.nih.gov/一个>)研究基因表达模式的临床价值恶性导管细胞,包括癌症表达数据、临床信息和基因突变的数据。总共178份PAAD样本(146 PDAC样本,32 non-PDAC PAAD样本)被用于分析。恶性导管细胞标记用于集群PAAD肿瘤样本(图。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 a、b一个>和补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S6一个>)。结果表明,所有的样品都可以分配给三个PDAC组(集群1 - 3)和一个non-PDAC组(集群4)基于这些标记。同时,我们注意到,增生性导管标记显然是分开其他标记。具体来说,增生性导管标记中丰富的集群2和3。相比之下,患者在集群4中显示这些导管标记的表达水平非常有限。基因突变的 然后我们探讨的预后价值增殖的PDAC患者的导管标记。我们使用无监督非负矩阵分解(NNMF)集群和PDAC患者分为3组根据增殖标记(图的表达水平。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4摄氏度一个>)。我们发现病人在3组显示增殖导管的丰富的标记,连同一个显著的低存活率比其他组(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 d一个>)。这些结果表明,导管与积极的增殖细胞标记与PDAC密切相关的结果。接下来,我们试图确定能够药物目标增生性导管细胞和药物发现,CDK1 PLK1和AURKA可以作为治疗靶点的PDAC使用他们的特定的药物(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 e一个>和补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">自己一个>)。然后我们选择CDK1抑制剂,PLK1 AURKA验证他们对胰腺癌细胞的生长抑制作用。结果表明,这些抑制剂可以明显抑制细胞增殖(无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">4 f一个>)。我们还执行CDK1包含IHC染色在胰腺肿瘤组织。Ki67标记是co-immunostained定位增殖的导管细胞。我们发现CDK1-positive导管细胞也Ki67积极(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S4d e一个>),进一步表明CDK1可以用作增生性导管细胞的目标。
我们接下来相比,TCGA转录组数据3组与其他两组之间确定差异表达基因,发现了946 759上调和下调基因3组患者(p。disorderly≤0.01和|日志 评估PDACs渗透T细胞的功能,我们分析了T细胞激活状态在PDAC TCGA基质使用数据。我们发现样品与高水平的增生性导管标记T细胞标记的相反的表达水平较低(图<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="figure anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">5 d一个>)。此外,这种逆关系也发现在我们的PDAC单细胞测序数据(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S5a一个>)。然后我们计算了CD8 T细胞激活的分数 以前TCGA散装RNA-seq分析报告四个亚型的PDAC样本:鳞状,内分泌外分泌胰腺祖,免疫原性和异常分化(ADEX)。 最近的研究表明,基质细胞,如T细胞,巨噬细胞,成纤维细胞,是高度异构, 描绘巨噬细胞在肿瘤微环境的多样性,我们选择与已知的骨髓细胞标记 此外,我们完成了伪时间分析T细胞的子集和显示从Treg幼稚T细胞和记忆T细胞。同样,B细胞数量的轨迹被命令从一个起点天真的B细胞plasmablast(补充信息,无花果。<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S6c一个>)。
CNV景观区分恶性PDACs导管细胞
在导管细胞基因表达模式PDAC进展
在恶性导管细胞不同的子组
基因表达模式分析,TCGA PAAD基于恶性导管标记的样本
失活PDAC患者T细胞的增殖导管的丰富的标记
在PDAC不同亚型的免疫细胞和成纤维细胞
讨论
PDAC的特点是高度的肿瘤内异质性,构成有效的PDAC治疗的主要障碍。因此,它是非常可取的探讨肿瘤内异质性和底层机制关键的PDAC预后的改善。在这项研究中,我们建立了全面的PDAC各种细胞类型的基因表达图谱,特征和基因表达谱的特点在每一个细胞类型基于scRNA-seq分析。值得注意的是,两个导管细胞类型不同的转录组的概要文件,命名类型1和2导管细胞,被确定。进一步CNV-based分析表明,1型导管细胞相对正常,出现在非肿瘤和肿瘤组织,而2型导管细胞扩大PDAC是恶性的。有趣的是,2型导管细胞也含有高度增殖的亚种。另外,我们观察到抑制T细胞的活化与临床病理特征有关。
多个信号通路以前涉及胰腺肿瘤发生和转移,包括PI3K,刺猬,Wnt和Notch通路,50一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="51gydF4y2Ba" href="#ref-CR51" id="ref-link-section-d11112532e1748_1">51一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="52gydF4y2Ba" href="#ref-CR52" id="ref-link-section-d11112532e1748_2">52一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 53" title="53gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1751">53一个>这也证明了我们的发现。值得注意的是,我们进一步确定数量的小说基因参与PDAC致癌作用等EGLN3 ,MMP9 和PLAU ,因在恶性导管细胞特异表达基因的表达。我们确定了多个之前报道TFs PDAC进展,如HMGA1、安全系数 ,KLF5 等。HMGA1被发现肿瘤progression-related蛋白与肿瘤分级和减少先进生存有关。54一个>击倒的表达在人类胰腺癌细胞阻止肿瘤的生长和转移过程。55一个>”丛书基因被发现,促进细胞生长,细胞周期和迁移的胰腺癌细胞。56一个>KLF5最近显示诱导小鼠胰腺癌细胞增殖和导管表型。57一个>除了这些已知TFs,我们还发现了几个TFs的激活可能与PDAC有关。结合TCGA PDAC数据,我们进一步证明患者更高的丰富的增生性导管标记显示存活率明显降低,表明PDACs潜在预后的生物标志物。
T细胞浸润状态和T细胞特征通常有不同的预后结果。58一个>它已经表明,T细胞浸润的程度与疾病进展的变化相关联的PDAC病人。8一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="59gydF4y2Ba" href="#ref-CR59" id="ref-link-section-d11112532e1804">59一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="60gydF4y2Ba" href="#ref-CR60" id="ref-link-section-d11112532e1804_1">60一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 61" title="61年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1807">61年一个>PDAC肿瘤患者高微卫星不稳定性(MSI)水平显示T细胞浸润和免疫治疗更敏感。62年一个>这些观察强调的重要性,了解不同的肿瘤调节免疫的异质性。PDAC小鼠模型还透露,类似的致癌突变的肿瘤克隆显示能力差在策划一个T cell-inflamed肿瘤微环境。63年一个>转录组和表观遗传比较T-cell-inflamed和non-T-cell-inflamed肿瘤克隆表明T细胞浸润较低的肿瘤显示增强E2F 和MYC 有针对性的基因签名。在PDAC患者中,我们观察到肿瘤之间成反比关系内在导管增生转录组变化特性和并发免疫渗透。尽管增殖的肿瘤细胞和免疫之间的因果关系仍是未知的渗透,PDAC降低导管增生患者得分和更高的免疫签名显示延迟肿瘤进展和预后更好。旁边的另一项研究发现在乳腺癌传统功能,细胞周期抑制剂能增强肿瘤免疫原性和促进肿瘤细胞T-cell-meditated间隙。64年一个>我们观察T cell-inflamed肿瘤扩散导管签名提出了一个潜在的新组合策略包括细胞循环抑制剂和免疫疗法。
许多研究基于大量测序显示inter-tumoral异质性的存在,并基于不同的基因表达模式,PDACs分为4个亚型:(1)鳞状;(2)胰腺祖;(3)免疫原性;(4)ADEX。8一个>然而,大部分测序澄清哪种类型的细胞有其局限性异常的基因表达,使它很难找到潜在的治疗靶点。scRNA-seq方法已成功地用于描述遗传和功能异质性在细胞决议。18一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 19" title="19gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1840">19一个>使用这种技术,我们观察到不同的集群模式2型导管细胞在每个PDAC耐心,支持inter-tumoral异质性的存在。10×基因组RNA用于单细胞测序技术有一定的局限性,如只有测序3′末端和相对低覆盖率。尽管存在这些缺点,10×基因组铬已评估显示最佳的性能在几个方面,包括分子敏感性,精度和最低噪音技术,相比其他的超高度大规模单细胞RNA-seq inDrop和Drop-seq等。65年一个>
总体而言,我们的研究结果提供有价值的参考资料解译综合基因表达景观异质细胞类型的PDAC PDAC肿瘤内异质性和底层机制。同时,我们揭示了关键信号通路可能协调调节肿瘤内异质性的发生,进一步在PDAC肿瘤恶化。因此,这些发现可能有价值不仅在推进我们的当前理解PDAC进展相关的关键基因网络,但也在PDAC预后转化使用。
PDAC的特点是高度的肿瘤内异质性,构成有效的PDAC治疗的主要障碍。因此,它是非常可取的探讨肿瘤内异质性和底层机制关键的PDAC预后的改善。在这项研究中,我们建立了全面的PDAC各种细胞类型的基因表达图谱,特征和基因表达谱的特点在每一个细胞类型基于scRNA-seq分析。值得注意的是,两个导管细胞类型不同的转录组的概要文件,命名类型1和2导管细胞,被确定。进一步CNV-based分析表明,1型导管细胞相对正常,出现在非肿瘤和肿瘤组织,而2型导管细胞扩大PDAC是恶性的。有趣的是,2型导管细胞也含有高度增殖的亚种。另外,我们观察到抑制T细胞的活化与临床病理特征有关。
多个信号通路以前涉及胰腺肿瘤发生和转移,包括PI3K,刺猬,Wnt和Notch通路, T细胞浸润状态和T细胞特征通常有不同的预后结果。 许多研究基于大量测序显示inter-tumoral异质性的存在,并基于不同的基因表达模式,PDACs分为4个亚型:(1)鳞状;(2)胰腺祖;(3)免疫原性;(4)ADEX。 总体而言,我们的研究结果提供有价值的参考资料解译综合基因表达景观异质细胞类型的PDAC PDAC肿瘤内异质性和底层机制。同时,我们揭示了关键信号通路可能协调调节肿瘤内异质性的发生,进一步在PDAC肿瘤恶化。因此,这些发现可能有价值不仅在推进我们的当前理解PDAC进展相关的关键基因网络,但也在PDAC预后转化使用。
材料和方法
PDAC患者样本
病人的北京协和医学院医院普通外科(PUMCH)签署了同意书和提出研究伦理委员会批准(js - 1491)。年龄和性别的患者参与上市(补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1一个>)。
新鲜标本的收集控制胰腺和PDAC手术切除时的监督下一个合格的病理学家。控制胰腺样品在我们的研究都是从3例non-pancreatic肿瘤患者(如胆管肿瘤或十二指肠肿瘤)和8例良性胰腺肿瘤患者(如胰腺囊肿)接收pancreatoduodenectomy或远端胰腺切除术。控制胰腺样品没有明显炎症被收集到一个合格的病理学家。
组织分离和细胞净化
组织运输在RPMI 1640 (Gibco,猫。不。11875 - 093年)与1毫米蛋白酶抑制剂(Solarbio,猫。不。P6730)在冰上保持生存能力,与磷酸盐缓冲盐水洗2 - 3次(PBS;Hyclone,猫。不。SH30256.01),然后剁碎冰。我们使用游离酶鸡尾酒1毫克/毫升类型八世胶原酶(Sigma-Aldrich,猫。不。 C2139), 2 mg/ml Dispase II (Sigma-Aldrich, Cat. no.4942078001), 1 mg/ml Trypsin Inhibitor (Sigma-Aldrich, Cat. no. T6522) and 1 unit/ml DNase I (NEB, Cat. no. M0303S) dissolved in PBS with 5% Fetal Bovine Serum (FBS; Gibco, Cat. no. 16000–044) to digest the tissues. Neoplastic tissues were dissociated at 37 °C with a shaking speed of 50 r.p.m for about 40 min. We repeatedly collected the dissociated cells at interval of 20 min to increase cell yield and viability. As for control pancreases, minced tissues were incubated with the same digestion buffer at 37 °C without shaking for about 40 min. We repeatedly collected the dissociated cells at interval of 10 min. Cell suspensions were filtered using a 40 μm nylon cell strainer (Falcon, Cat. no. 352340) and red blood cells (RBC) were removed by RBC lysis buffer (Invitrogen, Cat. no. 1966634) with 1 unit/ml DNase I. Dissociated cells were washed with PBS containing 0.04% Bovine Serum Albumin (BSA; Sigma-Aldrich, Cat. no. B2064) with step by step descending centrifuging speed and increasing time. Cells were stained with 0.4% Trypan blue (Invitrogen, Cat. no. T10282) to check the viability, and then diluted with PBS containing 0.04% BSA to about 1 × 106细胞/毫升单细胞测序。
10×图书馆准备和测序
单个细胞悬液的浓度计算使用伯爵夫人(热)和1000个细胞/μl调整。细胞被加载的标准协议铬单细胞3′工具包为了捕捉5000细胞- 10000细胞/芯片位置(V2化学)。所有剩下的程序包括图书馆建设进行根据制造商的标准协议。
单细胞RNA-seq数据处理
单个细胞库测序在Illumina公司HiSeqXTen使用150元paired-end测序仪器。读取处理使用细胞Ranger 2.1.0的管道和违约和推荐参数。FASTQs Illumina公司产生输出对齐到人类参考基因组排序(hg19)使用星算法。66年一个>
接下来,Gene-Barcode矩阵被计算为每个样本生成独特的分子标识符(umi)和过滤non-cell相关的条形码。最后,我们生成一个gene-barcode矩阵包含编码细胞和基因表达。
如果这个输出然后导入到修(2.3.0)R工具包质量控制和下游分析我们的单细胞RNA-seq数据。67年一个>所有功能都使用默认的参数运行,除非另有指定。低质量的细胞(< 200个基因/细胞,线粒体基因< 3细胞/基因和> 10%)被排除在外。将样本纳入我们的合并数据集之前,我们单独检查每个作为一个修的cells-by-genes矩阵对象。
识别细胞类型和子类型的非线性降维(t-SNE)
修包中实现R用于识别主要的细胞类型。高度可变基因生成和使用进行主成分分析。重要原则确定组件使用稻草人分析和可视化的热图关注电脑1到20。电脑1到10被用于基于集群(res = 0.8 PDAC样本和1混合细胞PDACs和控制)来识别不同种类的细胞。这些团体被投射到t-SNE分析使用之前计算原理组件运行1到10。我们的身份特征这些团体基于表达的细胞类型已知的标记:们 ,雌性生殖道 ,MMP7 (导管细胞1),38一个>KRT19,KRT7 ,TSPAN8 ,SLPI (导管细胞2),38一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 39" title="39gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1944">39一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="68年gydF4y2Ba" href="#ref-CR68" id="ref-link-section-d11112532e1947">68年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="69年gydF4y2Ba" href="#ref-CR69" id="ref-link-section-d11112532e1947_1">69年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="70年gydF4y2Ba" href="#ref-CR70" id="ref-link-section-d11112532e1947_2">70年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 71" title="71年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1950">71年一个>PRSS1,CTRB1 ,CTRB2 ,REG1B (腺泡的),38一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 69" title="69年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1970">69年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 71" title="71年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1973">71年一个>CHGB,CHGA ,INS ,IAPP (内分泌细胞),38一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 72" title="72年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1993">72年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 73" title="73年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e1996">73年一个>RGS5,ACTA2 ,PDGFRB ,ADIRF (星状细胞),38一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 74" title="74年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2016">74年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 75" title="75年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2019">75年一个>亮度,宽带运 ,COL1A1 (成纤维细胞),33一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 76" title="76年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2035">76年一个>CDH5,PLVAP ,VWF ,CLDN5 (内皮细胞),AIF1 ,CD64 ,CD14 ,CD68 (巨噬细胞)78年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="79年gydF4y2Ba" href="#ref-CR79" id="ref-link-section-d11112532e2065_1">79年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 80" title="80年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2068">80年一个>CD3D33一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 38" title="38gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2077">38一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 76" title="76年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2080">76年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 77" title="77年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2083">77年一个>,CD3E ,CD4 ,CD8 (T细胞),79年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 81" title="81年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2100">81年一个>MS4A1,CD79A ,CD79B ,CD52 (B细胞)。82年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" title="83年gydF4y2Ba" href="#ref-CR83" id="ref-link-section-d11112532e2117_1">83年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 84" title="84年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2120">84年一个>子集的T细胞,巨噬细胞,B细胞和成纤维细胞进一步执行相同的方法。此外,subclusters T细胞不表达CD4 或CD8A 和subclusters巨噬细胞不表达已知的髓系标记CD68 和FCER1G 被排除在进一步分析。
集群标记识别
提供集群范围内的标记基因被确定通过运行FindAllMarkers函数修包的标准化的基因表达数据。确定两个集群之间的差异表达基因,我们使用“找到。标记的功能。我们使用大卫(<一个href="https://david.ncifcrf.gov/home.jsp">https://david.ncifcrf.gov/home.jsp一个>)85年一个>,<一个d一个t一个-track="click" data-track-action="reference anchor" data-track-label="link" data-test="citation-ref" aria-label="Reference 86" title="86年gydF4y2Ba" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y" id="ref-link-section-d11112532e2154">86年一个>和Metascape (<一个href="http://metascape.org">http://metascape.org一个>)87年一个>进行生物过程浓缩分析前100个差异表达基因在每个集群或子集。
度视总体测序分析
的基因表达水平视总体是由单细胞测序数据随机排列。在这项研究中,我们创建了视总体样本结合每20个细胞一个细胞类型,并使用平均表达水平作为散点图的表达水平。差异表达基因(度)被磨边机的包装问题88年一个>和度过滤|褶皱变化| > 2和罗斯福< 0.05 (Bonferroni调整)。
CNV估计
初始基因拷贝数异变每个区域被inferCNV R估计方案。20.一个>总细胞类型的CNV的计算是通过表达水平从每个细胞单细胞测序数据截止0和0.2 -noise_filter。对于每一个样本,基因表达的细胞是re-standardized−1比1和价值是有限的。计算每个单元的CNV分数CNV的平方和地区 。
为了研究CNV水平在导管细胞1和导管细胞2为每个单独的示例中,我们使用细胞除了1/2导管细胞和腺泡的细胞作为背景,消除个体体细胞CNV和回馈CNV的水平。
构建单个细胞在PDAC轨迹
Monocle2包(v2.8.0)89年一个>被用来分析单细胞轨迹以发现形态转换。我们用前100个差异表达基因1型,2型导管细胞和腺泡的细胞被修细胞伪时间顺序进行排序。导管状态通知我们的起点在第一轮的orderCells伪时间。然后设置这些导管细胞与root_state异常基因表达谱参数,称为“orderCells”了。“DDRTree”应用于减少维度和可视化功能“plot_cell_trajectory”被用来情节细胞上的最小生成树。从导管细胞差异表达基因在伪时间异常基因表达谱恶性导管细胞过渡计算Monocle2 (“differentialGeneTest”功能的问 值< 10−20 )。2型导管细胞7子组的轨迹分析,前50名在每个子群的差异表达基因。在T细胞和B细胞的轨迹分析,我们使用基因会议mean_expression的阈值≥0.5和dispersion_empirical≥1 * dispersion_fit被Monocle2细胞伪时间顺序进行排序。
恶性肿瘤相关的TFs的识别
为了确定恶性肿瘤相关的转录因子,我们提取所有识别转录因子的列表从动物TFDB 2.0。90年一个>我们比较前1000个基因差异表达的函数与转录因子的伪时间列表,然后我们确定了恶性肿瘤转录因子。
TCGA数据分析
PAAD矩阵被用来表达剧情的热图pheatmap R包kmeans聚类结果。是由maftools突变信息。91年一个>为每个PDAC肿瘤样本,非负矩阵分解(使用rNMF R包和许多因素设置为5和伽马设置为0.025)应用于相对表达矩阵,通过将所有负面的值为零。通过集成样本临床信息,完成生存生存分析R包。差异表达基因被DESeq2计算。92年一个>显著差异基因决定的阈值|日志2 FoldChange |≥0.5和调整P 值≤0.01。在Metascape富集分析完成(<一个href="http://metascape.org">http://metascape.org一个>)。87年一个>根据阿齐兹提到的方法等。31日一个>每个样本的相关基因集分数意味着在这组基因表达式。计算的CD8 T细胞激活基因集获得阿齐兹et al。31日一个>和rlog规范化使用表达式的值。TCGA四个亚型签名的计算是通过比较一个给定的子类型的其他三个亚型(DESeq2日志2 FoldChange≥2和调整P 值≤0.01)。TCGA的皮尔森相关样本计算基于亚型签名非负矩阵分解的价值。和细胞基因设置分数计算通过使用Jerby-Amon et al。”方法。93年一个>
免疫组织化学染色
组织切片,免疫组织化学染色(包含IHC)福尔马林固定石蜡包埋(FFPE) PDAC和正常胰腺标本进行遵循标准协议。所有部分都是4μm厚和deparaffinized通过二甲苯、乙醇梯度。抗原检索进行高压热修复过程中使用柠檬酸缓冲液pH值6.0。内源性过氧化物酶被孵化后10分钟3% H2 O2 ,幻灯片孵化主要抗体HRP-linked二级抗体和diaminobenzidine紧随其后(轻拍;中山金桥生物技术有限公司,猫没有。zli - 9018)染色。用苏木精复染色。幻灯片与连续脱水乙醇冲洗1分钟每从75%开始,紧随其后的是有80%和100%乙醇洗完。
抗体和试剂使用列出如下:们(Abcam ab129059), MUC1(细胞信号技术,4538年代),FXYD3(罗福斯生物制品,nbp2 - 01991)、胰岛素(细胞信号技术,3014年代),胰高血糖素细胞信号技术,2760年代,CDK1 (Proteintech, 19532 - 1 - ap), Ki67(中山金桥生物技术、ZM0166) CD3D (Abcam ab109531),阿尔新蓝(Leagene DG0041)。
量化CD3D和Ki67表达的免疫组织化学染色
轻拍(3,3′-diaminobenzidine)和私人助理(周期性Acid-Schiff)染色强度分析颜色反褶积算法在斐济,j .导数软件图像背景强度扣除,意味着民建联和PAS强度转化成光密度(OD)。
扩散分析
米娅PaCa-2细胞培养在37°C公司为5%2 被播种在96孔板(5000个细胞/)前12 h添加抑制剂(Selleckchem)。抑制剂浓度被列如下:Dinaciclib(猫。S2768 10 nM), Milciclib(猫。S2751 10μM)、AZD5438(猫。S2621 5μM)、Flavopiridol(猫。S1230 500海里),NMS-P937(猫。S7255 10μM), amg - 900(猫。S2719 1μM)、MLN8054(猫。S1100 1μM)。细胞计数工具包(CCK-8)试剂添加10μL / 0, 24、48、72 h后电镀。 After adding CCK-8 reagent for 2.5 h, the optical density (OD) at the 450 nm wavelength (OD450) was measured using a microplate reader (Wellscan MK3, Thermo/Labsystems, Finland). OD630 was served as a reference, and the OD of the blank well was used as the base level.
PDAC患者样本
病人的北京协和医学院医院普通外科(PUMCH)签署了同意书和提出研究伦理委员会批准(js - 1491)。年龄和性别的患者参与上市(补充信息表<一个d一个t一个-track="click" data-track-label="link" data-track-action="supplementary material anchor" href="//www.marcconsult.com/articles/s41422-019-0195-y">S1一个>)。
新鲜标本的收集控制胰腺和PDAC手术切除时的监督下一个合格的病理学家。控制胰腺样品在我们的研究都是从3例non-pancreatic肿瘤患者(如胆管肿瘤或十二指肠肿瘤)和8例良性胰腺肿瘤患者(如胰腺囊肿)接收pancreatoduodenectomy或远端胰腺切除术。控制胰腺样品没有明显炎症被收集到一个合格的病理学家。
组织分离和细胞净化
组织运输在RPMI 1640 (Gibco,猫。不。11875 - 093年)与1毫米蛋白酶抑制剂(Solarbio,猫。不。P6730)在冰上保持生存能力,与磷酸盐缓冲盐水洗2 - 3次(PBS;Hyclone,猫。不。SH30256.01),然后剁碎冰。我们使用游离酶鸡尾酒1毫克/毫升类型八世胶原酶(Sigma-Aldrich,猫。不。 C2139), 2 mg/ml Dispase II (Sigma-Aldrich, Cat. no.4942078001), 1 mg/ml Trypsin Inhibitor (Sigma-Aldrich, Cat. no. T6522) and 1 unit/ml DNase I (NEB, Cat. no. M0303S) dissolved in PBS with 5% Fetal Bovine Serum (FBS; Gibco, Cat. no. 16000–044) to digest the tissues. Neoplastic tissues were dissociated at 37 °C with a shaking speed of 50 r.p.m for about 40 min. We repeatedly collected the dissociated cells at interval of 20 min to increase cell yield and viability. As for control pancreases, minced tissues were incubated with the same digestion buffer at 37 °C without shaking for about 40 min. We repeatedly collected the dissociated cells at interval of 10 min. Cell suspensions were filtered using a 40 μm nylon cell strainer (Falcon, Cat. no. 352340) and red blood cells (RBC) were removed by RBC lysis buffer (Invitrogen, Cat. no. 1966634) with 1 unit/ml DNase I. Dissociated cells were washed with PBS containing 0.04% Bovine Serum Albumin (BSA; Sigma-Aldrich, Cat. no. B2064) with step by step descending centrifuging speed and increasing time. Cells were stained with 0.4% Trypan blue (Invitrogen, Cat. no. T10282) to check the viability, and then diluted with PBS containing 0.04% BSA to about 1 × 106细胞/毫升单细胞测序。
单个细胞悬液的浓度计算使用伯爵夫人(热)和1000个细胞/μl调整。细胞被加载的标准协议铬单细胞3′工具包为了捕捉5000细胞- 10000细胞/芯片位置(V2化学)。所有剩下的程序包括图书馆建设进行根据制造商的标准协议。
单个细胞库测序在Illumina公司HiSeqXTen使用150元paired-end测序仪器。读取处理使用细胞Ranger 2.1.0的管道和违约和推荐参数。FASTQs Illumina公司产生输出对齐到人类参考基因组排序(hg19)使用星算法。10×图书馆准备和测序
单细胞RNA-seq数据处理
如果这个输出然后导入到修(2.3.0)R工具包质量控制和下游分析我们的单细胞RNA-seq数据。 修包中实现R用于识别主要的细胞类型。高度可变基因生成和使用进行主成分分析。重要原则确定组件使用稻草人分析和可视化的热图关注电脑1到20。电脑1到10被用于基于集群(res = 0.8 PDAC样本和1混合细胞PDACs和控制)来识别不同种类的细胞。这些团体被投射到t-SNE分析使用之前计算原理组件运行1到10。我们的身份特征这些团体基于表达的细胞类型已知的标记: 提供集群范围内的标记基因被确定通过运行FindAllMarkers函数修包的标准化的基因表达数据。确定两个集群之间的差异表达基因,我们使用“找到。标记的功能。我们使用大卫(<一个href="https://david.ncifcrf.gov/home.jsp">https://david.ncifcrf.gov/home.jsp一个>) 的基因表达水平视总体是由单细胞测序数据随机排列。在这项研究中,我们创建了视总体样本结合每20个细胞一个细胞类型,并使用平均表达水平作为散点图的表达水平。差异表达基因(度)被磨边机的包装问题 初始基因拷贝数异变每个区域被inferCNV R估计方案。 为了研究CNV水平在导管细胞1和导管细胞2为每个单独的示例中,我们使用细胞除了1/2导管细胞和腺泡的细胞作为背景,消除个体体细胞CNV和回馈CNV的水平。
Monocle2包(v2.8.0) 为了确定恶性肿瘤相关的转录因子,我们提取所有识别转录因子的列表从动物TFDB 2.0。 PAAD矩阵被用来表达剧情的热图pheatmap R包kmeans聚类结果。是由maftools突变信息。 组织切片,免疫组织化学染色(包含IHC)福尔马林固定石蜡包埋(FFPE) PDAC和正常胰腺标本进行遵循标准协议。所有部分都是4μm厚和deparaffinized通过二甲苯、乙醇梯度。抗原检索进行高压热修复过程中使用柠檬酸缓冲液pH值6.0。内源性过氧化物酶被孵化后10分钟3% H 抗体和试剂使用列出如下:们(Abcam ab129059), MUC1(细胞信号技术,4538年代),FXYD3(罗福斯生物制品,nbp2 - 01991)、胰岛素(细胞信号技术,3014年代),胰高血糖素细胞信号技术,2760年代,CDK1 (Proteintech, 19532 - 1 - ap), Ki67(中山金桥生物技术、ZM0166) CD3D (Abcam ab109531),阿尔新蓝(Leagene DG0041)。
轻拍(3,3′-diaminobenzidine)和私人助理(周期性Acid-Schiff)染色强度分析颜色反褶积算法在斐济,j .导数软件图像背景强度扣除,意味着民建联和PAS强度转化成光密度(OD)。
米娅PaCa-2细胞培养在37°C公司为5%识别细胞类型和子类型的非线性降维(t-SNE)
集群标记识别
度视总体测序分析
CNV估计
构建单个细胞在PDAC轨迹
恶性肿瘤相关的TFs的识别
TCGA数据分析
免疫组织化学染色
量化CD3D和Ki67表达的免疫组织化学染色
扩散分析
数据可用性
测序数据的数量加入报告摘要GSA: CRA001160。这些数据被存入基因组序列项目PRJCA001063下存档。
测序数据的数量加入报告摘要GSA: CRA001160。这些数据被存入基因组序列项目PRJCA001063下存档。
改变历史
2019年8月13日
修改这篇论文已经发表,可以通过访问一个链接的顶部。
2019年8月13日
修改这篇论文已经发表,可以通过访问一个链接的顶部。
引用
Rahib, l . et al . 2030年预测癌症发病率和死亡:甲状腺的意想不到的负担,肝脏和胰腺癌症在美国。癌症Res。 74年,2913 - 2921 (2014)。
西格尔,r . L。,Miller, K. D. & Jemal, A. Cancer statistics, 2018.CA癌症j .中国。68年7-30 (2018)。
冬天,j . m . et al .生存后切除的胰腺腺癌:结果从一个机构超过三十年。安。Surg.杂志。 19,169 - 175 (2012)。
Makohon-Moore, a & Iacobuzio-Donahue c . a .胰腺癌生物学和遗传学从进化的角度来看。Nat。启癌症 16,553 - 565 (2016)。
卡斯特罗,E。,Berlin, J. & Cardin, D. B. Current treatment options for pancreatic carcinoma.咕咕叫。肿瘤防治杂志。代表。13,195 - 205 (2011)。
邓恩,r . f . & Hezel a . f .遗传学和生物学的胰腺导管腺癌。内科杂志。肿瘤防治杂志。中国。n。 29日,595 - 608 (2015)。
Waddell: et al。整个基因组重新定义胰腺癌的突变景观。自然 518年,495 - 501 (2015)。
贝利,p . et al .基因组分析识别分子亚型的胰腺癌。自然 531年47-52 (2016)。
Ryan d P。,Hong, T. S. & Bardeesy, N. Pancreatic adenocarcinoma.心血管病。j .地中海。371年,1039 - 1049 (2014)。
坎贝尔,p . j . et al .基因组不稳定性的模式和动态转移性胰腺癌。自然 467年,1109 - 1113 (2010)。
Makohon-Moore, a . p . et al。有限的已知驱动基因突变的异质性在胰腺癌患者的转移。Nat,麝猫。 49,358 - 366 (2017)。
Neureiter D。贼鸥,T。,Ocker, M. & Kiesslich, T. Epigenetics and pancreatic cancer: pathophysiology and novel treatment aspects.世界j .杂志。20.,7830 - 7848 (2014)。
香港、美国l . et al .细胞重新编程的联合行动ERα,FOXA1, GATA3 ligand-inducible增长状态。摩尔。系统。医学杂志。 7526 (2011)。
吧,D。,Elyada, E. & Tuveson, D. Fibroblast heterogeneity in the cancer wound.j . Exp。地中海。211年,1503 - 1523 (2014)。
克雷布斯,a . m . et al . EMT-activator Zeb1是细胞可塑性的关键因素,促进胰腺癌的转移。Nat,细胞生物。 19,518 - 529 (2017)。
Biankin a . v . & Maitra a子类型化胰腺癌。癌症细胞 28,411 - 413 (2015)。
查普曼,p . b . et al .改善与vemurafenib的生存在黑色素瘤BRAF V600E突变。心血管病。j .地中海。 364年,2507 - 2516 (2011)。
纳文:大肠第一个五年的单细胞癌症基因组学和超越。基因组Res。 25,1499 - 1507 (2015)。
塔纳,a . & Regev a .缩放单细胞基因组学从现象学机制。自然 541年,331 - 338 (2017)。
帕特尔,a . p . et al .单细胞RNA-seq强调在原发性胶质母细胞瘤瘤内异质性。科学 344年,1396 - 1401 (2014)。
劳森,d . a . et al .单细胞分析揭示了一个在人类转移性乳腺癌细胞干细胞项目。自然 526年,131 - 135 (2015)。
Tirosh, i . et al .单细胞RNA-seq支持发展层次结构在人类间胶质瘤。自然 539年,309 - 313 (2016)。
Tirosh, i . et al .解剖的多细胞生态系统由单细胞RNA-seq转移性黑素瘤。科学 352年,189 - 196 (2016)。
Puram, s . v . et al .单细胞转录组分析,主要在头部和颈部癌症和转移性肿瘤的生态系统。细胞 171年,1611 - 1624 e24 (2017)。
Venteicher a . s . et al .脱钩遗传学、血统和微环境由单细胞RNA-seq IDH-mutant神经胶质瘤。科学 355年eaai8478 (2017)。
Filbin, m . g . et al .发育和致癌项目由单细胞RNA-seq H3K27M神经胶质瘤解剖。科学 360年,331 - 335 (2018)。
年轻,m . d . et al .单细胞转录组从人类肾脏揭示肾肿瘤的细胞的身份。科学 361年,594 - 599 (2018)。
拉文,y . et al .先天免疫景观在早期肺腺癌由成对的单细胞分析。细胞 169年,750 - 765 e17 (2017)。
Stubbington, m . j . T。,Rozenblatt-Rosen, O., Regev, A. & Teichmann, S. A. Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease.科学358年58 - 63 (2017)。
郑、et al。景观浸润T细胞在肝癌了单细胞测序。细胞 169年,1342 - 1356 e16天(2017)。
阿齐兹,大肠et al。单细胞的地图不同的乳腺肿瘤微环境中免疫表型。细胞 174年,1293 - 1308 e36 (2018)。
郭,x等。全球描述非小细胞肺癌的T细胞单细胞测序。Nat,地中海。 24,978 - 985 (2018)。
Lambrechts, d . et al .表现型成型的基质细胞肺肿瘤微环境。Nat,地中海。 24,1277 - 1289 (2018)。
帕蒂尔,v . s . et al。人类CD4的前兆+ 细胞毒性T淋巴细胞被单细胞转录组分析。科学。Immunol。 3eaan8664 (2018)。
速度,l . et al . CD8具备干细胞的表观遗传控制+ T细胞命运的承诺。科学 359年,177 - 186 (2018)。
Slowikowski, K。魏,K。,Brenner, M. B. & Raychaudhuri, S. Functional genomics of stromal cells in chronic inflammatory diseases.咕咕叫。当今。Rheumatol。30.,65 - 71 (2018)。
伯纳德,诉et al。单细胞转录组的胰腺癌前兆表明上皮和微环境异质性肿瘤进展的早期事件。中国。癌症Res。 25,2194 - 2205 (2018)。
Segerstolpe, a . et al .单细胞转录组分析人类胰岛细胞的健康和2型糖尿病。细胞金属底座。 24,593 - 607 (2016)。
Reichert, m & Rustgi a . k .胰腺导管细胞的发展,再生和肿瘤。j .中国。投资。 121年,4572 - 4578 (2011)。
Gebauer, f . et al .癌胚antigen-related细胞粘附分子(CEACAM) 1、5和6是胰腺癌生物标记。《公共科学图书馆•综合》 9e113023 (2014)。
姚明,h . et al。Glypican-3和KRT19标记与转移和胰腺导管腺癌预后不良。癌症Biomark。 17,397 - 404 (2016)。
Pylayeva-Gupta, y . et al .致癌Kras-induced gm - csf生产促进胰腺肿瘤的发展。癌症细胞 21,836 - 847 (2012)。
冯·Figura g . et al .染色质监管机构缺失抑制导管内乳头状粘液性肿瘤的形成和胰腺导管腺癌。Nat,细胞生物。 16,255 - 267 (2014)。
Habbe: et al .自发诱导小鼠胰腺的腺泡细胞上皮内瘤(mPanIN)针对成年老鼠致癌喀斯特。Proc。《科学。美国 105年,18913 - 18918 (2008)。
科普,j·l . et al .识别Sox9-dependent acinar-to-ductal重组作为起始的胰腺导管腺癌的主要机制。癌症细胞 22,737 - 750 (2012)。
郭,f . et al . YWHAZ沉默的抗癌效应通过诱导细胞凋亡和自噬在胃癌细胞。赘生物 65年,693 - 700 (2018)。
魏,d . et al . KLF4对诱导细胞至关重要身份变化和acinar-to-ductal重组在早期胰腺癌生成。癌症细胞 29日,324 - 338 (2016)。
癌症基因组图谱的研究网络。集成化的胰腺导管腺癌基因特征。癌症细胞 32,185 - 203 (2017)。
Ostrand-Rosenberg, s & Sinha p Myeloid-derived抑制细胞:连接炎症和癌症。j . Immunol。 182年,4499 - 4506 (2009)。
莫里斯,j . Pt Wang s c & Hebrok m .喀斯特刺猬,Wnt和扭曲的发育生物学的胰腺导管腺癌。Nat。启癌症 10,683 - 695 (2010)。
阿维拉,j·l . & Kissil j·l·Notch信号在胰腺癌:致癌基因或肿瘤抑制?趋势地中海摩尔。。 19,320 - 327 (2013)。
您正在,l . et al . NF-kappaB在胰腺癌中的作用至关重要。Oncotarget 5克ydF4y2Ba,10969 - 10975 (2014)。
Thillai, K。林,H。,Sarker, D. & Wells, C. M. Deciphering the link between PI3K and PAK: An opportunity to target key pathways in pancreatic cancer?Oncotarget8,14173 - 14191 (2017)。
Hristov, a . c . et al . HMGA1与肿瘤分级和减少先进生存在胰腺导管腺癌。现代病理学研究。 23,98 - 104 (2010)。
Liau S S。,Jazag, A. & Whang, E. E. HMGA1 is a determinant of cellular invasiveness and in vivo metastatic potential in pancreatic adenocarcinoma.癌症Res。66年,11613 - 11622 (2006)。
你,l .等人c-Fos / ERK促进胰腺上皮内瘤进展到胰腺导管腺癌。肿瘤防治杂志。代表。 36,3413 - 3420 (2016)。
他,P。,Yang, J. W., Yang, V. W. & Bialkowska, A. B. Kruppel-like factor 5, increased in pancreatic ductal adenocarcinoma, promotes proliferation, acinar-to-ductal metaplasia, pancreatic intraepithelial neoplasia, and tumor growth in mice.胃肠病学154年,1494 - 1508 e13 (2018)。
沙玛,p &埃里森,j.p.免疫检查点瞄准癌症治疗:对组合策略与治疗的潜力。细胞 161年,205 - 214 (2015)。
甘德森,a . j . et al .布鲁顿酪氨酸kinase-dependent免疫细胞相声驱动器胰腺癌症。癌症。 6,270 - 285 (2016)。
Balli D。,Rech, A. J., Stanger, B. Z. & Vonderheide, R. H. Immune cytolytic activity stratifies molecular subsets of human pancreatic cancer.中国。癌症Res。23,3129 - 3138 (2017)。
Stromnes, i m . et al . t细胞定位、激活,克隆人类胰腺导管腺癌扩张。癌症Immunol。Res。 5克ydF4y2Ba,978 - 991 (2017)。
勒,d . t . et al .错配修复缺陷预测反应的固体肿瘤PD-1封锁。科学 357年,409 - 413 (2017)。
李,j . et al .肿瘤细胞内在因素构成异质性免疫治疗的免疫细胞浸润和响应。免疫力 49,178 - 193 e7 (2018)。
高尔,s . et al . CDK4/6抑制触发抗肿瘤免疫力。自然 548年,471 - 475 (2017)。
张x等。比较分析droplet-based超高度大规模单细胞RNA-seq系统。摩尔。细胞 73年,130 - 142 e5 (2019)。
多布林,a . et al .明星:超速普遍RNA-seq对准器。生物信息学 29日,15至21 (2013)。
Satija, r . et al .空间单细胞基因表达数据的重建。生物科技Nat。》。 33,495 - 502 (2015)。
雷尔,c . et al .隔离主要胰腺细胞类型和长期culture-initiating使用新颖的人体表面标记细胞。干细胞Res。 1,183 - 194 (2008)。
雷尔,c . et al .转录组的主要人类胰腺癌细胞类型。Diabetologia 54,2832 - 2844 (2011)。
雷尔,c . et al .隔离小鼠胰腺α,β,导管和腺泡的人群与细胞表面标记。摩尔。细胞。性。 339年,144 - 150 (2011)。
方,z . et al .单细胞异质性分析和CRISPR屏幕识别关键beta-cell-specific疾病基因。细胞的代表。 26,3132 - 3144 e7 (2019)。
Muraro, m . j . et al。人类胰腺的单细胞转录组图集。细胞系统。 3,385 - 394年e3 (2016)。
鑫,y . et al。单一人类胰岛细胞的RNA序列揭示了2型糖尿病的基因。细胞金属底座。 24,608 - 615 (2016)。
巴拉米,a . j . et al .调节器的g蛋白signaling-5是肝星状细胞的标记和表达介导对肝损伤的反应。《公共科学图书馆•综合》 9e108505 (2014)。
男爵,m . et al .单细胞转录组的人类和小鼠胰腺地图揭示了国米,intra-cell人口结构。细胞系统。 3,346 - 360 e4 (2016)。
Vanlandewijck, m . et al .分子图谱大脑血管的细胞类型和分带。自然 554年,475 - 480 (2018)。
Stevant, et al .破译细胞谱系规范在男性性别决定与单细胞RNA序列。细胞的代表。 22,1589 - 1599 (2018)。
多诺万,k . m . et al .同种异体移植物炎性因子1作为巨噬细胞的免疫组织化学标记在多个组织和实验室动物物种。广告样稿,地中海。 68年,341 - 348 (2018)。
高,s . et al .追踪人类的时空转录组景观使用单细胞RNA-sequencing胎儿消化道。Nat,细胞生物。 20.,721 - 734 (2018)。
吻,M。,Van Gassen, S., Movahedi, K., Saeys, Y. & Laoui, D. Myeloid cell heterogeneity in cancer: not a single cell alike.细胞Immunol。330年,188 - 201 (2018)。
Noutsias, m . et al .表达功能的t细胞标记和t细胞受体vβ曲目endomyocardial活检的患者急性心肌炎和扩张型心肌病。欧元。j .心脏失败。 13,611 - 618 (2011)。
巴特勒。,Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E. & Satija, R. Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.Nat,生物技术。36,411 - 420 (2018)。
粉丝,x等。空间由单细胞转录组的调查人类胚胎大脑皮层RNA-seq分析。细胞Res。 28,730 - 745 (2018)。
斯蒂芬森,w . et al .单细胞RNA-seq风湿性关节炎滑膜组织使用低成本的微流控仪表。Commun Nat。 9791 (2018)。
黄达,W。,Sherman, B. T. & Lempicki, R. A. Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists.诊断。酸Res。371-13 (2009)。
黄达,W。,Sherman, B. T. & Lempicki, R. A. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources.Protoc Nat。444-57 (2009)。
特里帕西,s . et al .元——正交集成流感“组学”的数据定义了一个角色UBR4病毒出芽。宿主细胞的微生物。 18,723 - 735 (2015)。
罗宾逊,m D。,McCarthy, D. J. & Smyth, G. K. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.生物信息学26,139 - 140 (2010)。
杰尔et al。细胞命运决定的动力学和监管者pseudotemporal排序显示的单个细胞。生物科技Nat。》。 32,381 - 386 (2014)。
张,h . m . et al . AnimalTFDB 2.0:表达式,预测资源和功能研究动物的转录因子。诊断。酸Res。 43D76-D81 (2015)。
a . et al . Maftools Mayakonda:体细胞变异在癌症的有效和全面的分析。基因组Res。 28,1747 - 1756 (2018)。
爱,我。,Huber, W. & Anders, S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2.基因组医学杂志。15550 (2014)。
Jerby-Arnon, l . et al .癌细胞项目促进T细胞排斥和抵抗检查点封锁。细胞 175年,984 - 997 e24 (2018)。
Rahib, l . et al . 2030年预测癌症发病率和死亡:甲状腺的意想不到的负担,肝脏和胰腺癌症在美国。
癌症Res。 74年,2913 - 2921 (2014)。西格尔,r . L。,Miller, K. D. & Jemal, A. Cancer statistics, 2018.CA癌症j .中国。68年7-30 (2018)。
冬天,j . m . et al .生存后切除的胰腺腺癌:结果从一个机构超过三十年。
安。Surg.杂志。 19,169 - 175 (2012)。Makohon-Moore, a & Iacobuzio-Donahue c . a .胰腺癌生物学和遗传学从进化的角度来看。
Nat。启癌症 16,553 - 565 (2016)。卡斯特罗,E。,Berlin, J. & Cardin, D. B. Current treatment options for pancreatic carcinoma.咕咕叫。肿瘤防治杂志。代表。13,195 - 205 (2011)。
邓恩,r . f . & Hezel a . f .遗传学和生物学的胰腺导管腺癌。
内科杂志。肿瘤防治杂志。中国。n。 29日,595 - 608 (2015)。Waddell: et al。整个基因组重新定义胰腺癌的突变景观。
自然 518年,495 - 501 (2015)。贝利,p . et al .基因组分析识别分子亚型的胰腺癌。
自然 531年47-52 (2016)。Ryan d P。,Hong, T. S. & Bardeesy, N. Pancreatic adenocarcinoma.心血管病。j .地中海。371年,1039 - 1049 (2014)。
坎贝尔,p . j . et al .基因组不稳定性的模式和动态转移性胰腺癌。
自然 467年,1109 - 1113 (2010)。Makohon-Moore, a . p . et al。有限的已知驱动基因突变的异质性在胰腺癌患者的转移。
Nat,麝猫。 49,358 - 366 (2017)。Neureiter D。贼鸥,T。,Ocker, M. & Kiesslich, T. Epigenetics and pancreatic cancer: pathophysiology and novel treatment aspects.世界j .杂志。20.,7830 - 7848 (2014)。
香港、美国l . et al .细胞重新编程的联合行动ERα,FOXA1, GATA3 ligand-inducible增长状态。
摩尔。系统。医学杂志。 7526 (2011)。吧,D。,Elyada, E. & Tuveson, D. Fibroblast heterogeneity in the cancer wound.j . Exp。地中海。211年,1503 - 1523 (2014)。
克雷布斯,a . m . et al . EMT-activator Zeb1是细胞可塑性的关键因素,促进胰腺癌的转移。
Nat,细胞生物。 19,518 - 529 (2017)。Biankin a . v . & Maitra a子类型化胰腺癌。
癌症细胞 28,411 - 413 (2015)。查普曼,p . b . et al .改善与vemurafenib的生存在黑色素瘤BRAF V600E突变。
心血管病。j .地中海。 364年,2507 - 2516 (2011)。纳文:大肠第一个五年的单细胞癌症基因组学和超越。
基因组Res。 25,1499 - 1507 (2015)。塔纳,a . & Regev a .缩放单细胞基因组学从现象学机制。
自然 541年,331 - 338 (2017)。帕特尔,a . p . et al .单细胞RNA-seq强调在原发性胶质母细胞瘤瘤内异质性。
科学 344年,1396 - 1401 (2014)。劳森,d . a . et al .单细胞分析揭示了一个在人类转移性乳腺癌细胞干细胞项目。
自然 526年,131 - 135 (2015)。Tirosh, i . et al .单细胞RNA-seq支持发展层次结构在人类间胶质瘤。
自然 539年,309 - 313 (2016)。Tirosh, i . et al .解剖的多细胞生态系统由单细胞RNA-seq转移性黑素瘤。
科学 352年,189 - 196 (2016)。Puram, s . v . et al .单细胞转录组分析,主要在头部和颈部癌症和转移性肿瘤的生态系统。
细胞 171年,1611 - 1624 e24 (2017)。Venteicher a . s . et al .脱钩遗传学、血统和微环境由单细胞RNA-seq IDH-mutant神经胶质瘤。
科学 355年eaai8478 (2017)。Filbin, m . g . et al .发育和致癌项目由单细胞RNA-seq H3K27M神经胶质瘤解剖。
科学 360年,331 - 335 (2018)。年轻,m . d . et al .单细胞转录组从人类肾脏揭示肾肿瘤的细胞的身份。
科学 361年,594 - 599 (2018)。拉文,y . et al .先天免疫景观在早期肺腺癌由成对的单细胞分析。
细胞 169年,750 - 765 e17 (2017)。Stubbington, m . j . T。,Rozenblatt-Rosen, O., Regev, A. & Teichmann, S. A. Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease.科学358年58 - 63 (2017)。
郑、et al。景观浸润T细胞在肝癌了单细胞测序。
细胞 169年,1342 - 1356 e16天(2017)。阿齐兹,大肠et al。单细胞的地图不同的乳腺肿瘤微环境中免疫表型。
细胞 174年,1293 - 1308 e36 (2018)。郭,x等。全球描述非小细胞肺癌的T细胞单细胞测序。
Nat,地中海。 24,978 - 985 (2018)。Lambrechts, d . et al .表现型成型的基质细胞肺肿瘤微环境。
Nat,地中海。 24,1277 - 1289 (2018)。帕蒂尔,v . s . et al。人类CD4的前兆
+ 细胞毒性T淋巴细胞被单细胞转录组分析。科学。Immunol。 3eaan8664 (2018)。速度,l . et al . CD8具备干细胞的表观遗传控制
+ T细胞命运的承诺。科学 359年,177 - 186 (2018)。Slowikowski, K。魏,K。,Brenner, M. B. & Raychaudhuri, S. Functional genomics of stromal cells in chronic inflammatory diseases.咕咕叫。当今。Rheumatol。30.,65 - 71 (2018)。
伯纳德,诉et al。单细胞转录组的胰腺癌前兆表明上皮和微环境异质性肿瘤进展的早期事件。
中国。癌症Res。 25,2194 - 2205 (2018)。Segerstolpe, a . et al .单细胞转录组分析人类胰岛细胞的健康和2型糖尿病。
细胞金属底座。 24,593 - 607 (2016)。Reichert, m & Rustgi a . k .胰腺导管细胞的发展,再生和肿瘤。
j .中国。投资。 121年,4572 - 4578 (2011)。Gebauer, f . et al .癌胚antigen-related细胞粘附分子(CEACAM) 1、5和6是胰腺癌生物标记。
《公共科学图书馆•综合》 9e113023 (2014)。姚明,h . et al。Glypican-3和KRT19标记与转移和胰腺导管腺癌预后不良。
癌症Biomark。 17,397 - 404 (2016)。Pylayeva-Gupta, y . et al .致癌Kras-induced gm - csf生产促进胰腺肿瘤的发展。
癌症细胞 21,836 - 847 (2012)。冯·Figura g . et al .染色质监管机构缺失抑制导管内乳头状粘液性肿瘤的形成和胰腺导管腺癌。
Nat,细胞生物。 16,255 - 267 (2014)。Habbe: et al .自发诱导小鼠胰腺的腺泡细胞上皮内瘤(mPanIN)针对成年老鼠致癌喀斯特。
Proc。《科学。美国 105年,18913 - 18918 (2008)。科普,j·l . et al .识别Sox9-dependent acinar-to-ductal重组作为起始的胰腺导管腺癌的主要机制。
癌症细胞 22,737 - 750 (2012)。郭,f . et al . YWHAZ沉默的抗癌效应通过诱导细胞凋亡和自噬在胃癌细胞。
赘生物 65年,693 - 700 (2018)。魏,d . et al . KLF4对诱导细胞至关重要身份变化和acinar-to-ductal重组在早期胰腺癌生成。
癌症细胞 29日,324 - 338 (2016)。癌症基因组图谱的研究网络。集成化的胰腺导管腺癌基因特征。
癌症细胞 32,185 - 203 (2017)。Ostrand-Rosenberg, s & Sinha p Myeloid-derived抑制细胞:连接炎症和癌症。
j . Immunol。 182年,4499 - 4506 (2009)。莫里斯,j . Pt Wang s c & Hebrok m .喀斯特刺猬,Wnt和扭曲的发育生物学的胰腺导管腺癌。
Nat。启癌症 10,683 - 695 (2010)。阿维拉,j·l . & Kissil j·l·Notch信号在胰腺癌:致癌基因或肿瘤抑制?
趋势地中海摩尔。。 19,320 - 327 (2013)。您正在,l . et al . NF-kappaB在胰腺癌中的作用至关重要。
Oncotarget 5克ydF4y2Ba,10969 - 10975 (2014)。Thillai, K。林,H。,Sarker, D. & Wells, C. M. Deciphering the link between PI3K and PAK: An opportunity to target key pathways in pancreatic cancer?Oncotarget8,14173 - 14191 (2017)。
Hristov, a . c . et al . HMGA1与肿瘤分级和减少先进生存在胰腺导管腺癌。
现代病理学研究。 23,98 - 104 (2010)。Liau S S。,Jazag, A. & Whang, E. E. HMGA1 is a determinant of cellular invasiveness and in vivo metastatic potential in pancreatic adenocarcinoma.癌症Res。66年,11613 - 11622 (2006)。
你,l .等人c-Fos / ERK促进胰腺上皮内瘤进展到胰腺导管腺癌。
肿瘤防治杂志。代表。 36,3413 - 3420 (2016)。他,P。,Yang, J. W., Yang, V. W. & Bialkowska, A. B. Kruppel-like factor 5, increased in pancreatic ductal adenocarcinoma, promotes proliferation, acinar-to-ductal metaplasia, pancreatic intraepithelial neoplasia, and tumor growth in mice.胃肠病学154年,1494 - 1508 e13 (2018)。
沙玛,p &埃里森,j.p.免疫检查点瞄准癌症治疗:对组合策略与治疗的潜力。
细胞 161年,205 - 214 (2015)。甘德森,a . j . et al .布鲁顿酪氨酸kinase-dependent免疫细胞相声驱动器胰腺癌症。
癌症。 6,270 - 285 (2016)。Balli D。,Rech, A. J., Stanger, B. Z. & Vonderheide, R. H. Immune cytolytic activity stratifies molecular subsets of human pancreatic cancer.中国。癌症Res。23,3129 - 3138 (2017)。
Stromnes, i m . et al . t细胞定位、激活,克隆人类胰腺导管腺癌扩张。
癌症Immunol。Res。 5克ydF4y2Ba,978 - 991 (2017)。勒,d . t . et al .错配修复缺陷预测反应的固体肿瘤PD-1封锁。
科学 357年,409 - 413 (2017)。李,j . et al .肿瘤细胞内在因素构成异质性免疫治疗的免疫细胞浸润和响应。
免疫力 49,178 - 193 e7 (2018)。高尔,s . et al . CDK4/6抑制触发抗肿瘤免疫力。
自然 548年,471 - 475 (2017)。张x等。比较分析droplet-based超高度大规模单细胞RNA-seq系统。
摩尔。细胞 73年,130 - 142 e5 (2019)。多布林,a . et al .明星:超速普遍RNA-seq对准器。
生物信息学 29日,15至21 (2013)。Satija, r . et al .空间单细胞基因表达数据的重建。
生物科技Nat。》。 33,495 - 502 (2015)。雷尔,c . et al .隔离主要胰腺细胞类型和长期culture-initiating使用新颖的人体表面标记细胞。
干细胞Res。 1,183 - 194 (2008)。雷尔,c . et al .转录组的主要人类胰腺癌细胞类型。
Diabetologia 54,2832 - 2844 (2011)。雷尔,c . et al .隔离小鼠胰腺α,β,导管和腺泡的人群与细胞表面标记。
摩尔。细胞。性。 339年,144 - 150 (2011)。方,z . et al .单细胞异质性分析和CRISPR屏幕识别关键beta-cell-specific疾病基因。
细胞的代表。 26,3132 - 3144 e7 (2019)。Muraro, m . j . et al。人类胰腺的单细胞转录组图集。
细胞系统。 3,385 - 394年e3 (2016)。鑫,y . et al。单一人类胰岛细胞的RNA序列揭示了2型糖尿病的基因。
细胞金属底座。 24,608 - 615 (2016)。巴拉米,a . j . et al .调节器的g蛋白signaling-5是肝星状细胞的标记和表达介导对肝损伤的反应。
《公共科学图书馆•综合》 9e108505 (2014)。男爵,m . et al .单细胞转录组的人类和小鼠胰腺地图揭示了国米,intra-cell人口结构。
细胞系统。 3,346 - 360 e4 (2016)。Vanlandewijck, m . et al .分子图谱大脑血管的细胞类型和分带。
自然 554年,475 - 480 (2018)。Stevant, et al .破译细胞谱系规范在男性性别决定与单细胞RNA序列。
细胞的代表。 22,1589 - 1599 (2018)。多诺万,k . m . et al .同种异体移植物炎性因子1作为巨噬细胞的免疫组织化学标记在多个组织和实验室动物物种。
广告样稿,地中海。 68年,341 - 348 (2018)。高,s . et al .追踪人类的时空转录组景观使用单细胞RNA-sequencing胎儿消化道。
Nat,细胞生物。 20.,721 - 734 (2018)。吻,M。,Van Gassen, S., Movahedi, K., Saeys, Y. & Laoui, D. Myeloid cell heterogeneity in cancer: not a single cell alike.细胞Immunol。330年,188 - 201 (2018)。
Noutsias, m . et al .表达功能的t细胞标记和t细胞受体vβ曲目endomyocardial活检的患者急性心肌炎和扩张型心肌病。
欧元。j .心脏失败。 13,611 - 618 (2011)。巴特勒。,Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E. & Satija, R. Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.Nat,生物技术。36,411 - 420 (2018)。
粉丝,x等。空间由单细胞转录组的调查人类胚胎大脑皮层RNA-seq分析。
细胞Res。 28,730 - 745 (2018)。斯蒂芬森,w . et al .单细胞RNA-seq风湿性关节炎滑膜组织使用低成本的微流控仪表。
Commun Nat。 9791 (2018)。黄达,W。,Sherman, B. T. & Lempicki, R. A. Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists.诊断。酸Res。371-13 (2009)。
黄达,W。,Sherman, B. T. & Lempicki, R. A. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources.Protoc Nat。444-57 (2009)。
特里帕西,s . et al .元——正交集成流感“组学”的数据定义了一个角色UBR4病毒出芽。
宿主细胞的微生物。 18,723 - 735 (2015)。罗宾逊,m D。,McCarthy, D. J. & Smyth, G. K. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.生物信息学26,139 - 140 (2010)。
杰尔et al。细胞命运决定的动力学和监管者pseudotemporal排序显示的单个细胞。
生物科技Nat。》。 32,381 - 386 (2014)。张,h . m . et al . AnimalTFDB 2.0:表达式,预测资源和功能研究动物的转录因子。
诊断。酸Res。 43D76-D81 (2015)。a . et al . Maftools Mayakonda:体细胞变异在癌症的有效和全面的分析。
基因组Res。 28,1747 - 1756 (2018)。爱,我。,Huber, W. & Anders, S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2.基因组医学杂志。15550 (2014)。
Jerby-Arnon, l . et al .癌细胞项目促进T细胞排斥和抵抗检查点封锁。
细胞 175年,984 - 997 e24 (2018)。
确认
我们感谢李洞经项目协调。我们感激林琮、通用电气,仙林汉,丫,Ziwen Liu Xiequn徐,爱他执行胰腺手术,Zhixuan宣,曹Dingyan收集胰腺标本。感谢病理学系PUMCH的中心实验室,并捐赠彭日成和王应Mengqing太阳对于包含IHC染色的援助,冰冻切片和示意图。我们感谢金杨和Qiuhui气与单细胞RNA-seq寻求帮助。这项工作得到了中国科学院的主要研究项目(KJZD-SW-L01),战略重点研究项目的中国科学院(XDA16000000 Y.-G.Y。)、中国医学科学院(摄像头)主动创新医学(CAMS-I2M) 2017 - i2m - 1 - 001,中国国家自然科学基金(31625016号Y.-G.Y。,81672443号Y.P.Z.,81773292号W.M.W.,31701171号J.Y.P.,No. 91853132 to D.-L.H.), Youth Innovation Promotion Association, CAS (2016097 to B.-F.S.), CAS Hundred Talent Program (to D.-L.H.), National Key Research and Development Program of China, Stem Cell and Translational Research (2018YFA0109700 to D.-L.H.) and Open Project of Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine of the CAS.
作者的贡献
Y.P.Z.,Y.-G.Y. and W.M.W. conceived this project. J.Y.P., H.C., L.L.L., D.H., J.L.J., G.-S.C, Y.Y., W.Z.W., D.G., M.H.D., J.C.G., T.P.Z., Q.L., Y.L., Y.-L.Z. perform experiments under the supervision of W.M.W. and Y.P.Z. B.-F.S., C.-Y.C., J.-Y.Z. and Y.-S.C. perform bioinformatics analysis under the supervision of D.-L.H. and Y.-G.Y. D.-L.H., Y.P.Z., Y.-G.Y. and W.M.W. wrote the manuscript.
我们感谢李洞经项目协调。我们感激林琮、通用电气,仙林汉,丫,Ziwen Liu Xiequn徐,爱他执行胰腺手术,Zhixuan宣,曹Dingyan收集胰腺标本。感谢病理学系PUMCH的中心实验室,并捐赠彭日成和王应Mengqing太阳对于包含IHC染色的援助,冰冻切片和示意图。我们感谢金杨和Qiuhui气与单细胞RNA-seq寻求帮助。这项工作得到了中国科学院的主要研究项目(KJZD-SW-L01),战略重点研究项目的中国科学院(XDA16000000 Y.-G.Y。)、中国医学科学院(摄像头)主动创新医学(CAMS-I2M) 2017 - i2m - 1 - 001,中国国家自然科学基金(31625016号Y.-G.Y。,81672443号Y.P.Z.,81773292号W.M.W.,31701171号J.Y.P.,No. 91853132 to D.-L.H.), Youth Innovation Promotion Association, CAS (2016097 to B.-F.S.), CAS Hundred Talent Program (to D.-L.H.), National Key Research and Development Program of China, Stem Cell and Translational Research (2018YFA0109700 to D.-L.H.) and Open Project of Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine of the CAS.
作者的贡献
Y.P.Z.,Y.-G.Y. and W.M.W. conceived this project. J.Y.P., H.C., L.L.L., D.H., J.L.J., G.-S.C, Y.Y., W.Z.W., D.G., M.H.D., J.C.G., T.P.Z., Q.L., Y.L., Y.-L.Z. perform experiments under the supervision of W.M.W. and Y.P.Z. B.-F.S., C.-Y.C., J.-Y.Z. and Y.-S.C. perform bioinformatics analysis under the supervision of D.-L.H. and Y.-G.Y. D.-L.H., Y.P.Z., Y.-G.Y. and W.M.W. wrote the manuscript.
作者信息
道德声明
相互竞争的利益
作者宣称没有利益冲突。
相互竞争的利益
作者宣称没有利益冲突。
权利和权限
关于这篇文章
引用这篇文章
彭,J。,Sun, BF., Chen, CY.et al。单细胞RNA-seq突出肿瘤内异质性,在胰腺导管腺癌恶性发展。细胞Res 29日,725 - 738 (2019)。https://doi.org/10.1038/s41422 - 019 - 0195 - y
收到了:
接受:
发表:
发行日期:
DOI一个bbr>:https://doi.org/10.1038/s41422 - 019 - 0195 - y
引用这篇文章
彭,J。,Sun, BF., Chen, CY.et al。单细胞RNA-seq突出肿瘤内异质性,在胰腺导管腺癌恶性发展。
收到了
: 接受
: 发表
: 发行日期
: DOI一个bbr>:https://doi.org/10.1038/s41422 - 019 - 0195 - y
本文引用的
整合转录分析显示巨噬细胞异质性和macrophage-tumor细胞相互作用在胰腺导管腺癌的进展一个>
BMC癌症(2023)
肿瘤相关髓细胞癌症免疫疗法一个>
血液学和肿瘤学杂志》上(2023)
免疫分析和胰腺癌的预后模型使用RNA定量病理学和单细胞测序一个>
转化医学杂志》(2023)
高glucose-upregulated PTRH1导致差别通过RAS signaling-driven PD-L1表达式对这些肿瘤抑制T细胞的细胞毒性作用的环境一个>
转化医学杂志》(2023)
单细胞转录组分析揭示了干细胞的子集的进展Waldenstrom巨球蛋白血一个>
实验血液学和肿瘤(2023)
整合转录分析显示巨噬细胞异质性和macrophage-tumor细胞相互作用在胰腺导管腺癌的进展一个>
BMC癌症(2023)
肿瘤相关髓细胞癌症免疫疗法一个>
血液学和肿瘤学杂志》上(2023)
免疫分析和胰腺癌的预后模型使用RNA定量病理学和单细胞测序一个>
转化医学杂志》(2023)
高glucose-upregulated PTRH1导致差别通过RAS signaling-driven PD-L1表达式对这些肿瘤抑制T细胞的细胞毒性作用的环境一个>
转化医学杂志》(2023)
单细胞转录组分析揭示了干细胞的子集的进展Waldenstrom巨球蛋白血一个>
实验血液学和肿瘤(2023)