摘要
在过去二十年中取得的观察结果表明,肠道菌群可能有助于人类宿主的代谢健康,并且在异常时,有助于各种常见代谢疾病的发病机制,包括肥胖、2型糖尿病、非酒精性肝病、心脏代谢疾病和营养不良。然而,为了获得肠道微生物群如何影响宿主代谢的机制理解,研究正在从描述性微生物群普查分析转向因果研究。对高通量人类多组学数据(包括宏基因组学和代谢组学数据)的联合分析,以及对人类、动物和细胞的宿主生理和机制实验的测量,有可能作为识别报告关联背后潜在分子机制的初步步骤。在这篇综述中,我们讨论了目前关于肠道菌群和衍生微生物化合物如何与健康宿主的代谢或常见代谢性疾病的发病机制联系在一起的知识。我们强调了针对微生物群的干预措施的例子,旨在优化代谢健康,我们为未来在新兴和有前途的研究领域的基础和转化研究提供了前景。
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参考文献
Lynch, S. V. & Pedersen, O.人体肠道微生物群在健康和疾病中的作用。心血管病。j .地中海。375, 2369-2379(2016)。
贾克斯,L. M.等。肥胖的转变:全球流行的阶段。《柳叶刀糖尿病内分泌》。7, 231-240(2019)。
尤诺西,Z. M.等。非酒精性脂肪性肝病的全球流行病学——患病率、发病率和结局的荟萃分析评估肝脏病学64, 73-84(2016)。
郑勇,李世华,胡凤波。2型糖尿病及其并发症的全球病因和流行病学。内分泌。14, 88(2018)。
Reddy, K. S. & Yusuf, S.发展中国家新出现的心血管疾病流行。循环97, 596-601(1998)。
Lakka,小时。et al。中年男性代谢综合征与总死亡率和心血管疾病死亡率《美国医学会杂志》288, 2709-2716(2002)。
Müller, O. & Krawinkel, M.发展中国家的营养不良与健康。医疗协会173, 279-286(2005)。
秦,等。2型糖尿病患者肠道菌群宏基因组范围的关联研究。自然490, 55-60(2012)。这是第一个确定肠道微生物组和T2D之间联系的宏基因组范围的关联研究.
秦,等。肝硬化患者肠道微生物群的改变。自然513, 59-64(2014)。
Koeth, R. A.等。肠道菌群代谢l-肉碱,红肉中的一种营养物质,会促进动脉粥样硬化。Nat,地中海。19, 576-585(2013)。
Allin, K. H.等。前驱糖尿病患者肠道菌群异常。Diabetologia61, 810-820(2018)。
Bäckhed, F.等。肠道微生物群是调节脂肪储存的环境因素。国家科学院学报美国101, 15718-15723(2004)。
秦,等。宏基因组测序建立的人体肠道微生物基因目录。自然464, 59-65(2010)。
Pedersen, H. K.等。人体肠道微生物影响宿主血清代谢组和胰岛素敏感性。自然535, 376-381(2016)。这项研究确定了p . copri而且b . vulgatus作为在高脂肪摄入条件下推动BCAAs生物合成和胰岛素抵抗之间联系的主要物种.
Pedersen, H. K.等。一个用于整合高通量“组学”数据集的计算框架,用于识别潜在的机制链接。Protoc Nat。13, 2781(2018)。
Korem, T.等人。从单个宏基因组样本推断健康和疾病中肠道微生物群的生长动态。科学349, 1101-1106(2015)。
泽维,D.等人。肠道微生物组的结构变异与宿主的健康有关。自然568, 43-48(2019)。
胡滕豪尔,C.等。健康人体微生物群的结构、功能和多样性。自然486, 207-214(2012)。
罗斯柴尔德等人。在形成人体肠道菌群方面,环境优于宿主遗传。自然555, 210-215(2018)。
Falony, G., Vieira-Silva, S. & Raes, J.肠道菌群粪便快照的丰富性和生态系统发展。Microbiol Nat。3., 526-528(2018)。
Jakobsson, H. E.等。在剖腹产分娩的婴儿中,肠道菌群多样性降低,拟杆菌门定植延迟,Th1反应降低。肠道63, 559-566(2014)。
Rodríguez, J. M.等。在整个生命过程中肠道菌群的组成,重点是在生命早期。活细胞。生态。健康说。26, 26050(2015)。
弗林特,H. J.,斯科特,K. P.,路易斯,P.和邓肯,S. H.肠道菌群在营养和健康中的作用。胃肠醇。乙醇。9, 577-589(2012)。
Shafquat, A., Joice, R., Simmons, S. L. & Huttenhower, C.人体微生物群落的功能和系统发育组装。Microbiol趋势。22, 261-266(2014)。
克莱门特,J. C.等。与世隔绝的美洲印第安人的微生物群。科学。睡觉。1, e1500183(2015)。
Smits, S. A.等。坦桑尼亚哈扎族狩猎采集者肠道微生物群的季节性循环。科学357, 802-806(2017)。
Tyakht, A. V.等。俄罗斯城市和农村人群肠道微生物群落结构。Commun Nat。4, 1-9(2013)。
勒夏特列,等人。人体肠道微生物丰富度与代谢标志物相关。自然500, 541-546(2013)。这项工作表明,与细菌基因丰富度高的个体相比,肠道微生物组中细菌基因丰富度低的成年人具有胰岛素抵抗、促炎症性血脂异常和身体肥胖增加的特征.
考克斯,L. M. &布拉泽,M. J.抗生素在生命早期与肥胖。内分泌。11, 182-190(2015)。
Ajslev, T., Andersen, C., Gamborg, M., Sørensen, T. & Jess, T.肠道菌群建立后儿童超重:分娩方式、孕前体重和早期抗生素管理的作用。Int。j . ob。35, 522(2011)。
Mor, A.等。丹麦学童产前暴露于全身抗菌药物与超重和肥胖:一项流行病学研究。Int。j . ob。39, 1450(2015)。
Palleja, A.等。抗生素暴露后健康成人肠道菌群的恢复。Microbiol Nat。3., 1255-1265(2018)。
Thuny, F.等人。万古霉素治疗感染性心内膜炎与近期获得性肥胖有关。《公共科学图书馆•综合》5, e9074(2010)。
米克尔森,K. H.等。抗生素对肠道菌群、肠道激素及葡萄糖代谢的影响。《公共科学图书馆•综合》10, e0142352(2015)。
Reijnders, D.等。抗生素操纵肠道菌群对肥胖人群宿主代谢的影响:一项随机双盲安慰剂对照试验细胞金属底座。24, 63-74(2016)。
藤坂,S.等人。抗生素对肠道菌群和代谢的影响取决于宿主。j .中国。投资。126, 4430-4443(2016)。
Yatsunenko, T.等。不同年龄和地理位置的人类肠道微生物组。自然486, 222-227(2012)。
歌迪亚等人。饮食干预对肠道微生物基因丰富度的影响。自然500, 585-588(2013)。
世界卫生组织。肥胖:预防和管理全球流行病世界卫生组织,2000年。
McAllister, E. J.等。肥胖流行的十个假定因素暴击。食品科学减轻。49, 868-913(2009)。
特恩鲍,P. J.等人。与肥胖相关的肠道微生物组具有增加的能量收集能力。自然444, 1027-1031(2006)。
蒂姆斯,S.等人。成年同卵双胞胎的菌群保护和BMI特征。ISME J。7, 707-717(2013)。
柯尼科夫,T. &尼尔森,H. B.。Oscillospira以及相关的细菌——从宏基因组物种到代谢特征。环绕。Microbiol。19, 835-841(2017)。
米勒,T. L.,沃林,M.,德马卡里奥,E. C. &马卡里奥,A.Methanobrevibacter smithii来自人类粪便。达成。环绕。Microbiol。43, 227-232(1982)。
刘,R.等。肥胖和减肥干预后肠道微生物组和血清代谢组的改变。Nat,地中海。23, 859-868(2017)。这项研究将肠道微生物群的改变、循环氨基酸和肥胖联系起来,并表明干预肥胖的一种可能方法是针对肠道微生物群.
辛格霍尔姆,L. B.等。患有2型糖尿病和不患有2型糖尿病的肥胖者表现出不同的肠道微生物功能能力和组成。细胞宿主微生物26, 252 - 264。e10汽油(2019)。
Ridaura, v.k.等。肥胖双胞胎肠道菌群不协调调节小鼠代谢。科学341, 1241214(2013)。这项研究表明,肥胖以饮食依赖的方式从人类传播到小鼠,并与血清BCAAs水平的改变有关.
Vieira-Silva, S.等人。他汀类药物治疗与肠道菌群失调患病率降低相关。自然581, 310-315(2020)。这项研究观察到,肥胖相关的微生物群失调与他汀类药物治疗呈负相关,这表明他汀类药物可能是未来开发基于药物的肠道微生物群调节策略的靶点.
詹森,A. B.等人。结肠切除术后临床记录的2型糖尿病增加。eLife7, e37420(2018)。
泰斯,C. A.等。高血糖可导致肠屏障功能障碍和肠道感染风险。科学359, 1376-1383(2018)。
糖尿病的关联、诊断和分类。糖尿病护理37, s81-s90(2014)。
Deshpande, D., Harris-Hayes, M. & Schootman, M.糖尿病和糖尿病相关并发症的流行病学。理论物理。其他。88, 1254-1264(2008)。
Grarup, N, Sandholt, c.h, Hansen, T. & Pedersen, O. 2型糖尿病和肥胖的遗传易感性:从全基因组关联研究到罕见变异及其他。Diabetologia57, 1528-1541(2014)。
胰岛素抵抗和胰腺β细胞衰竭。j .中国。投资。116, 1756-1760(2006)。
Bornfeldt, K. E. & Tabas, I.胰岛素抵抗,高血糖和动脉粥样硬化。细胞金属底座。14, 575-585(2011)。
拉克索,M. & Kuusisto, J.胰岛素抵抗和高血糖在心血管疾病的发展。内分泌。10, 293-302(2014)。
维拉,A. V.等。常用药物对肠道菌群组成和代谢功能的影响。Commun Nat。11, 1-11(2020)。
钟,H.等。糖尿病前期患者和treatment-naïve 2型糖尿病患者的肠道宏基因组学和宏蛋白质组学特征明显。EBioMedicine47, 373-383(2019)。
Whiting, D. R., Guariguata, L., Weil, C. & Shaw, J. IDF糖尿病地图集:2011年和2030年全球糖尿病患病率估计。糖尿病临床研究。Pract。94, 311-321(2011)。
克鲁塞尔,m.k.w.等。妊娠期糖尿病与妊娠晚期和产后肠道菌群组成的变化有关。微生物组6, 89(2018)。
卡尔森,F. H.等。正常、受损和糖尿病血糖控制的欧洲女性的肠道宏基因组。自然498, 99-103(2013)。
Forslund, K.等人。解开人类肠道菌群中的2型糖尿病和二甲双胍治疗特征。自然528, 262-266(2015)。这项工作概述了一种范式,从药物诱导的微生物组的继发性变化中分离疾病微生物组的特征.
吴,H.等。二甲双胍改变治疗初治2型糖尿病患者的肠道微生物群,有助于药物的治疗效果。Nat,地中海。23, 850-858(2017)。
Bryrup, T.等。二甲双胍诱导健康年轻男性肠道菌群的变化:一项非盲、单臂干预研究的结果Diabetologia62, 1024-1035(2019)。
孙,L.等。肠道菌群和肠道FXR调节二甲双胍的临床疗效。Nat,地中海。24, 1919(2018)。
De La Cuesta-Zuluaga, J.等人。二甲双胍与较高的粘蛋白降解相对丰度相关Akkermansia muciniphila以及肠道中几种产生短链脂肪酸的微生物群。糖尿病护理40, 54-62(2017)。
Adeshirlarijaney, A., Zou, J., Tran, h.q, Chassaing, B. & Gewirtz, A. T.二甲双胍对代谢综合征的改善与独立于肠道菌群的低级别炎症指标的降低有关。点。j .杂志。性。金属底座。317, e1121-e1130(2019)。
Pryor, R.等人。宿主-微生物-药物-营养物筛选鉴定二甲双胍治疗的细菌效应。细胞178, 1299 - 1312。e29(2019)。
Herrington, W., Lacey, B., Sherliker, P., Armitage, J. & Lewington, S.动脉粥样硬化的流行病学和降低动脉粥样硬化血栓性疾病全球负担的潜力。中国保监会,Res。118, 535-546(2016)。
范,Y.等。冠状动脉疾病的综合代谢组学特征。j。科尔。心功能杂志。68, 1281-1293(2016)。
Michos, E. D., McEvoy, J. W. & Blumenthal, R. S.预防动脉粥样硬化性心血管疾病的脂质管理。心血管病。j .地中海。381, 1557-1567(2019)。
炎症、动脉粥样硬化与冠状动脉疾病。心血管病。j .地中海。352, 1685-1695(2005)。
Jie, Z.等。动脉粥样硬化性心血管疾病中的肠道微生物群。Commun Nat。8, 845(2017)。
索科尔等人。Faecalibacterium prausnitzii是一种抗炎共生细菌,通过克罗恩病患者肠道菌群分析确定。国家科学院学报美国105, 16731-16736(2008)。
崔,X.等。宏基因组和代谢组学分析揭示慢性心力衰竭患者肠道菌群失调。科学。代表。8, 1-15 (2018)
王哲,等。肠道菌群代谢磷脂酰胆碱促进心血管疾病。自然472, 57-63(2011)。这项工作发现了膳食磷脂酰胆碱的肠道微生物依赖代谢与动脉硬化发病机制之间的关系.
朱,W.等。肠道微生物代谢产物TMAO增强血小板高反应性和血栓形成风险。细胞165, 111-124(2016)。
王哲,等。非致命抑制肠道微生物三甲胺生产治疗动脉粥样硬化。细胞163, 1585-1595(2015)。这项研究发现了胆碱的结构类似物,可以抑制微生物TMA裂解酶和肠道菌群产生TMA.
Haghikia, A.等。肠道微生物依赖的三甲胺N-氧化物预测中风患者心血管事件的风险,并与促炎单核细胞有关。Arterioscl。Throm。血管。医学杂志。38, 2225-2235(2018)。
Senthong, V.等人。肠道微生物群生成的代谢物三甲胺N-氧化物和稳定型冠状动脉疾病的5年死亡风险:肠道微生物群在courage样患者队列中的贡献作用j。心脏协会。5, e002816(2016)。
柯林斯,H. L.等。l-肉碱摄入和高三甲胺N-氧化物血浆水平与ApoE的低主动脉病变相关−−/表达CETP的转基因小鼠。动脉粥样硬化244, 29-37(2016)。
他,k等人。鱼类消费与冠心病死亡率的累积证据:队列研究的荟萃分析循环109, 2705-2711(2004)。
Koay, Y. C.等。“健康”和“不健康”饮食均可增加血浆氧化三甲胺水平,且与动脉粥样硬化程度无关,但与斑块不稳定有关。Cardiovasc。Res。8, cvaa094(2020)。
唐,W. W.等。磷脂酰胆碱肠道微生物代谢与心血管风险。心血管病。j .地中海。368, 1575-1584(2013)。
布伦特,E. M.等。非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的活性评分和组织病理学诊断:不同的临床病理意义肝脏病学53, 810-820(2011)。
蒋,W.等。非酒精性脂肪性肝病患者肠道菌群失调与炎症和黏膜免疫功能受损相关科学。代表。5, 8096(2015)。
朱,L.等。非酒精性脂肪性肝炎(NASH)患者肠道微生物群的特征:内源性酒精与NASH之间的联系肝脏病学57, 601-609(2013)。
Del Chierico, F.等人。基于综合元组学的方法揭示了儿童非酒精性脂肪性肝病和肥胖患者的肠道微生物群特征。肝脏病学65, 451-464(2017)。
Nair, S, Cope, K, Terence, R. H. & Diehl, a.m.肥胖和女性增加呼吸乙醇浓度:对非酒精性脂肪性肝炎发病机制的潜在影响。点。j .杂志。96, 1200-1204(2001)。
饶,R, Seth, A. & Sheth, P.酒精性肝病的最新进展I.肠通透性和内毒素血症在酒精性肝病中的作用。点。j .杂志。Gastrointest。肝脏杂志。286, g881-g884(2004)。
徐杰,等。尽管脂联素和p-AMPK增加,但中度肥胖和酒精对小鼠脂肪性肝炎的协同作用j .乙醇。55, 673-682(2011)。
非酒精性脂肪肝是内源性酒精性脂肪肝吗?-机械假说。地中海。假设85, 148-152(2015)。
Schwenger, K. J., Clermont-Dejean, N. & Allard, J. P.肠道微生物组在慢性肝病中的作用:临床证据修订。JHEP代表。1, 214-226(2019)。
勒罗伊,T.等人。肠道菌群决定小鼠非酒精性脂肪肝的发展。肠道62, 1787-1794(2013)。
袁,等。高酒精含量引起的脂肪肝肺炎克雷伯菌.细胞金属底座。30., 675 - 688。e7(2019)。
霍伊尔斯等人。非糖尿病肥胖女性肝脏脂肪变性的分子表型和宏基因组学研究。Nat,地中海。24, 1070-1080(2018)。这项研究表明,肝脏脂肪变性的个体具有较低的微生物基因丰富度和较高的遗传潜力,用于处理膳食脂质和内毒素生物合成,肝脏炎症和芳香族和BCAA代谢失调.
联合国儿童基金会-世卫组织-世界银行集团:儿童营养不良联合评估——儿童营养不良水平和趋势:2015年版的主要发现全球儿童生长和营养不良数据库(世卫组织,2015年)。
布莱克,R. E.等。孕产妇和儿童营养不足:全球和区域风险及其健康后果。《柳叶刀》371, 243-260(2008)。
百万,M, Diallo, A. & Raoult, D.肠道菌群与营养不良。活细胞。Pathog。106, 127-138(2017)。
史密斯,m.i.等人。马拉维双胞胎夸希奥科病肠道微生物群不一致。科学339, 548-554(2013)。
李,黄永发。,Li, X. & O’Sullivan, D. J. Transcription analysis of a lantibiotic gene cluster from双歧杆菌longumDJO10A。达成。环绕。Microbiol。77, 5879-5887(2011)。
马塔,L. J.等。蛋白质热量营养不良儿童胃肠道菌群的研究。点。j .中国。减轻。25, 1118-1126(1972)。
凯利,D.等人。共生厌氧肠道细菌通过调节PPAR-γ和RelA的核胞质穿梭来减轻炎症。Immunol Nat。5, 104-112(2004)。
Martens黄永发。,Barg, H., Warren, M. A. & Jahn, D. Microbial production of vitamin B 12.达成。Microbiol。Biotechnol。58, 275-285(2002)。
施特彻,B. &哈特,w . d。微生物群在传染病中的作用。Microbiol趋势。16, 107-114(2008)。
Gehrig, J. L.等。以微生物群为导向的食物对非生物动物和营养不良儿童的影响。科学365, eaau4732(2019)。
Jumpertz, R.等人。能量平衡研究揭示了人体肠道微生物、热量负荷和营养吸收之间的联系。点。j .中国。减轻。94, 58-65(2011)。
林,H. V.等。丁酸盐和丙酸盐可以防止饮食引起的肥胖,并通过游离脂肪酸受体3独立机制调节肠道激素。《公共科学图书馆•综合》7, e35240(2012)。
熊毅,等。短链脂肪酸通过G蛋白偶联受体GPR41刺激脂肪细胞产生瘦素。国家科学院学报美国101, 1045-1050(2004)。
维诺洛,m.a.r.等。三丁酸甘油酯可降低高脂喂养小鼠的肥胖相关炎症和胰岛素抵抗。点。j .杂志。性。金属底座。303, e272-e282(2012)。
马斯洛斯基,k.m.等。肠道菌群和趋化受体GPR43对炎症反应的调节。自然461, 1282-1286(2009)。
Macia, L.等。代谢物传感受体GPR43和GPR109A通过调节炎症小体促进膳食纤维诱导的肠道稳态。Commun Nat。6, 6734(2015)。
肾和心血管感觉受体与血压调节。点。j .杂志。任。杂志。305, f439-f444(2013)。
Byndloss, M. X.等。微生物激活的PPAR-γ信号通路抑制肠杆菌科的异常生长。科学357, 570-575(2017)。
Tang T. W.等。肠道菌群的丧失改变了免疫系统的组成,并使梗死后心脏修复瘫痪。循环139, 647-659(2019)。
钱伯斯,e.s.等人。丙酸靶向递送对人结肠食欲调节、体重维持和超重成人肥胖的影响。肠道64, 1744-1754(2015)。
Sanna, S.等。肠道微生物群、短链脂肪酸和代谢性疾病之间的因果关系Nat,麝猫。51, 600(2019)。本研究提供的数据为肠道微生物组对代谢性状的因果效应提供了证据.
泰鲁什,A.等人。短链脂肪酸丙酸增加了胰高血糖素和FABP4的产生,损害了小鼠和人类的胰岛素作用。科学。Transl地中海。11, eaav0120(2019)。
布特,K.等人。口服丁酸盐治疗在瘦肉与代谢综合征受试者中的差异代谢效应。中国。反式。杂志9, 155(2018)。
高,X.等。醋酸盐作为表观遗传代谢物在缺氧条件下促进脂质合成。Commun Nat。7, 11960(2016)。
佩里,R. J.等。醋酸盐介导微生物-大脑- β细胞轴促进代谢综合征。自然534, 213-217(2016)。
弗里兰,K. R. & Wolever, T. M.静脉和直肠醋酸盐对胰高血糖素样肽-1,肽YY,胃饥饿素,脂联素和肿瘤坏死因子-α的急性影响。Br。j .减轻。103, 460-466(2010)。
李德隆,j.m.,康,d.j.。人肠道细菌对胆盐的生物转化。脂质Res;47, 241-259(2006)。
Fiorucci, S., Mencarelli, A., Palladino, G. & Cipriani, S.胆酸激活受体:在脂质和葡萄糖紊乱中靶向TGR5和法尼类x受体。趋势杂志。科学。30., 570-580(2009)。
Prawitt, J.等人。法尼索X受体缺乏改善肥胖小鼠模型的葡萄糖稳态。糖尿病60, 1861-1871(2011)。
托马斯,C.等。tgr5介导的胆汁酸感应控制葡萄糖稳态。细胞金属底座。10, 167-177(2009)。
Makishima, M.等。胆汁酸核受体的鉴定。科学284, 1362-1365(1999)。
Kawamata, Y.等人。一种对胆汁酸有反应的G蛋白偶联受体。生物。化学。278, 9435-9440(2003)。
Pathak, P.等人。肠法尼类X受体激动剂和肠道菌群激活g蛋白胆汁酸受体-1信号以改善代谢。肝脏病学68, 1574-1588(2018)。
Modica, S., Gadaleta, R. M. & Moschetta, A.破译核胆汁酸受体FXR范式。诊断。感受。信号。https://doi.org/10.1621/nrs.08005(2010)。
Spinelli, V.等人。Roux-en-Y胃旁路术对血浆胆汁酸谱的影响:大鼠、猪和人之间的比较研究Int。j . ob。40, 1260(2016)。
金德尔,T. L.等。甘氨酸酰胺化乙酰胆酸增加与袖状胃切除术后早期体重减轻改善相关。Surg. Endosc。32, 805-812(2018)。
Canfora, E. E, Meex, R. C, Venema, K. & Blaak, E. E.肥胖,NAFLD和T2DM中的肠道微生物代谢产物。内分泌。15, 261-273(2019)。
Bansal, T., Alaniz, R. C., Wood, T. K. & Jayaraman, A.细菌信号吲哚增加上皮细胞紧密连接耐药并减弱炎症指标。国家科学院学报美国107, 228-233(2010)。
岛田,Y.等。共生细菌依赖性吲哚的产生增强结肠上皮屏障功能。《公共科学图书馆•综合》8, e80604(2013)。
Chimerel, C.等人。细菌代谢物吲哚调节肠内分泌L细胞的肠促胰岛素分泌。细胞的代表。9, 1202-1208(2014)。
德梅洛,V. D.等人。在芬兰糖尿病预防研究中,吲哚丙酸和新型脂质代谢物与2型糖尿病的低风险相关。科学。代表。7, 46337(2017)。这项研究表明,微生物吲哚丙酸和其他代谢物与较低的T2D发病风险相关.
王廷杰等。代谢物特征和患糖尿病的风险。Nat,地中海。17, 448(2011)。
孙,H.等。支链氨基酸分解代谢缺陷促进心力衰竭。循环133, 2038-2049(2016)。
Koh, A.等。微生物生产的丙酸咪唑通过mTORC1破坏胰岛素信号。细胞175, 947 - 961。e17(2018)。这项研究表明,在肠道模拟器中,当使用T2D患者的粪便微生物群时,组氨酸产生的丙酸咪唑浓度高于未使用T2D患者的粪便微生物群时,并且对小鼠施用咪唑丙酸咪唑会损害糖耐量.
MacDonald, M. J, Fahien, L. A, Mertz, R. J. & Rana, R. S.琥珀酸酯和其他柠檬酸循环中间体对胰岛胰岛素释放和肌醇磷酸酯形成的影响。拱门。物化学。Biophys。269, 400-406(1989)。
米尔斯,e.l.等。琥珀酸盐的积累控制脂肪组织产热的激活。自然560, 102-106(2018)。
坦纳希尔,G.等人。琥珀酸是一种通过HIF-1α诱导IL-1β的炎症信号。自然496, 238-242(2013)。
Suárez-Zamorano, N.等。微生物群减少促进白色脂肪组织褐变,减少肥胖。Nat,地中海。21, 1497(2015)。
李,B.等。微生物群耗竭损害棕色脂肪组织的产热作用和白色脂肪组织的褐变。细胞的代表。26, 2720 - 2737。e5(2019)。
神尾,y,二阶堂,h鼠伤寒沙门氏菌:外部介质中磷脂头基团对磷脂酶C和溴化氰活化的右旋糖酐的可及性。生物化学15, 2561-2570(1976)。
Cani, P. D.等。代谢性内毒素血症引起肥胖和胰岛素抵抗。糖尿病56, 1761-1772(2007)。
幸运,H.等人。内脏相关IgA+免疫细胞调节与肥胖相关的胰岛素抵抗。Commun Nat。10, 1-17(2019)。
韦娜娜,蔡秀珍,蔡秀珍。肥胖与胰岛素抵抗的肠道免疫系统研究。细胞金属底座。23, 413-426(2016)。
布雷顿,J.等。肠道共生的大肠杆菌蛋白质在营养诱导的细菌生长后激活宿主的饱腹感通路。细胞金属底座。23, 324-334(2016)。
tennounen, N.等。细菌ClpB热休克蛋白,厌食性肽α-MSH的抗原模拟物,在饮食失调的起源。Transl Psychiat。4, e458-e458(2014)。
布雷顿,J.等。饮食失调患者血浆细菌ClpB蛋白浓度升高。Int。j .吃。Disord。49, 805-808(2016)。
科恩,L. J.等。人类微生物组中细菌效应物的功能宏基因组发现和GPCR G2A/132激动剂嘉德酰胺的分离。国家科学院学报美国112, e4825-e4834(2015)。
科恩,L. J.等。共生细菌制造模仿人类信号分子的GPCR配体。自然549, 48(2017)。
强,X.等。的新类黑素皮质肽大肠杆菌可以通过哺乳动物黑素皮质素-1受体(MC1R)抑制炎症:肠道微生物可能具有内分泌样功能。生物膜微生物组3., 31(2017)。
埃尔斯登,S. R.希尔顿,M. G. &沃勒,J. M.梭状芽孢杆菌代谢芳香族氨基酸的最终产物。拱门。Microbiol。107, 283-288(1976)。
林,C.-J。,Wu, V., Wu, P.-C. & Wu, C.-J. Meta-analysis of the associations ofp-硫酸甲酯(PCS)和硫酸吲哚酚(IS)与慢性肾衰竭患者心血管事件和全因死亡率的关系。《公共科学图书馆•综合》10, e0132589(2015)。
Krisko, t.i.等人。在缺乏微生物组的小鼠中,适应性产热与葡萄糖稳态的分离。细胞金属底座。31, 592 - 604。e9(2020)。
Vojinovic, D.等人。人群队列中肠道菌群与循环代谢物的关系。Commun Nat。10, 1-7(2019)。
Vandeputte, D.等。定量微生物组分析将肠道群落变化与微生物负荷联系起来。自然551, 507(2017)。本研究建立了粪便物质定量微生物组分析的工作流程,表明定量微生物组分析对共现分析和疾病相关微生物群扰动的表征具有重大影响.
Zhou, W.等。前驱糖尿病患者宿主-微生物动态的纵向多组学研究。自然569, 663-671(2019)。
Flint, A, Raben, A, Rehfeld, J, Holst, J. & Astrup, A.胰高血糖素样肽-1对人体能量消耗和底物代谢的影响。Int。j . ob。24, 288(2000)。
巴特汉姆,R. L.等。肠道激素pyy3 -36在生理上抑制食物摄入。自然418, 650(2002)。
Holz, i.v. IV, G. G., Kiihtreiber, W. M. & Habener, J. F.胰腺β细胞被胰岛素性激素胰高血糖素样肽-1转化为葡萄糖能力(7-37)。自然361, 362(1993)。
麦克法兰,S. &麦克法兰,G. T.细菌生物膜在人类肠道中定植食物残留物的成分和代谢活动。达成。环绕。Microbiol。72, 6204-6211(2006)。
Roager, h.m.等人。结肠转运时间与肠道内细菌代谢和黏膜周转有关。Microbiol Nat。1, 16093(2016)。本研究表明,结肠转运时间是微生物组学和代谢组学研究中需要考虑的重要因素.
罗素,W. R.等人。人体肠道中主要的苯丙类代谢物可由蛋白质的微生物发酵产生。摩尔。减轻。食物Res。57, 523-535(2013)。
弗勒默,B.等人。结直肠癌的口腔微生物群具有独特性和预见性。肠道67, 1454-1463(2018)。
广场Oñate, F.等。MSPminer:从鸟枪宏基因组数据中基于丰度的微生物泛基因组重构。生物信息学35, 1544-1552(2018)。
Truong, D. T., Tett, A., Pasolli, E., Huttenhower, C. & Segata, N.微生物菌株水平的种群结构和宏基因组的遗传多样性。基因组Res。27, 626-638(2017)。
Zolfo, M., Tett, A., Jousson, O., Donati, C. & Segata, N. MetaMLST:来自宏基因组样本的多位点菌株水平细菌分型。核酸测定。45, e7-e7(2016)。
Truong, D. T.等。用于增强宏基因组分类分析的MetaPhlAn2。Nat方法。12, 902(2015)。
Greenblum, S., Carr, R. & Borenstein, E.人类肠道微生物群落物种间广泛的菌株水平拷贝数变化。细胞160, 583-594(2015)。
朗菲尔德,P.和霍瓦特,S. WGCNA:加权相关网络分析的R包。BMC Bioinforma。9, 559(2008)。
维科夫,W. R.等人。二乙酰精胺是一种新型的非小细胞肺癌预诊断血清生物标志物,与前表面活性剂蛋白B具有可加性。j .中国。肿瘤防治杂志。33, 3880(2015)。
德霍夫曼,E.串联质谱:引物。j .质量。范围。31, 129-137(1996)。
多尼亚,m.s. &费施巴赫,m.a.人类微生物群中的小分子。科学349, 1254766(2015)。
Cani, P. D.等。肠道菌群的变化控制代谢内毒素诱导的炎症在高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病小鼠。糖尿病57, 1470-1481(2008)。
沃尔特斯等人。膳食脂肪、肠道菌群和代谢健康——在MyNewGut项目中进行的系统回顾。中国。减轻。38, 2504-2520(2018)。
jølbæk, L.等。阿拉伯木聚糖寡糖和多不饱和脂肪酸对有代谢综合征迹象的超重个体肠道微生物群和代谢标志物的影响:一项随机交叉试验中国。减轻。39, 67-79(2019)。
迪特里希,W.等人。低FODMAP和无麸质饮食对非乳糜泻麸质敏感患者疾病活动和肠道微生物群的影响中国。减轻。38, 697-707(2019)。
汉森,L. B.等。低麸质饮食会引起健康丹麦成年人肠道微生物群的变化。Commun Nat。9, 4630(2018)。
Roager, h.m.等人。富含全谷物的饮食可以减少体重和全身低度炎症,而不会引起肠道微生物组的重大变化:一项随机交叉试验。肠道68, 83-93(2019)。
桑德斯,M. E,梅伦斯坦,D. J.,里德,G.,吉布森,G. R. &拉斯托尔,R. A.肠道健康和疾病中的益生菌和益生元:从生物学到临床。胃肠醇。乙醇。16, 605-616(2019)。
Martín, R.等。小说的功能刻画Faecalibacterium prausnitzii从健康志愿者中分离出的菌株:在使用上向前迈进了一步f . prausnitzii作为下一代益生菌。前面。Microbiol。8, 1226(2017)。
deommier, C.等。补充与Akkermansia muciniphila超重和肥胖人类志愿者:概念验证探索性研究。Nat,地中海。25, 1096-1103(2019)。这项概念验证研究表明,补充答:muciniphila改善一些代谢障碍的特征.
Cani, P. D. & Van Hul, M.针对代谢综合征的新一代益生菌的新机会。咕咕叫。当今。Biotechnol。32, 21-27(2015)。
克里斯滕森,n.b.等人。健康成年人补充益生菌对粪便微生物群组成的改变:随机对照试验的系统回顾。基因组医学。8, 52(2016)。
Zmora, N.等人。个性化的肠道粘膜定植抵抗经验的益生菌是与独特的宿主和微生物组特征。细胞174, 1388 - 1405。e21(2018)。
苏伊士等。抗生素后肠道粘膜微生物群重建被益生菌破坏,并通过自体FMT改善。细胞174, 1406 - 1423。e16天(2018)。
Everard, A.等人。遗传肥胖和饮食诱导瘦素抵抗小鼠肠道微生物群和糖脂代谢对益生元的反应。糖尿病60, 2775-2786(2011)。
德沃夫,E. M.等人。对益生元概念的洞察:来自肥胖妇女菊粉型果聚糖的探索性双盲干预研究的教训。肠道62, 1112-1121(2013)。
尼科鲁奇,a.c.等人。在超重或肥胖的儿童中,益生元可减少身体脂肪并改变肠道微生物群。胃肠病学153, 711-722(2017)。
Tsilingiri, K.等。健康和疾病中的益生菌和生物后活性:一种新型极化体外器官培养模型的比较。肠道61, 1007-1015(2012)。
Plovier, H.等人。纯化的膜蛋白Akkermansia muciniphila或者巴氏杀菌细菌可以改善肥胖和糖尿病小鼠的新陈代谢。Nat,地中海。23, 107(2017)。
范努德,等人。十二指肠输注供者粪便治疗复发艰难梭状芽胞杆菌.心血管病。j .地中海。368, 407-415(2013)。
库特,R. S.等。代谢综合征患者瘦肉供体粪便后胰岛素敏感性的改善是由基线肠道菌群组成驱动的。细胞金属底座。26, 611 - 619。e6(2017)。
段芳芳,刘俊华,马建昌,工程共生菌重组肠细胞为葡萄糖反应胰岛素分泌细胞治疗糖尿病。糖尿病641794-1803(2015)。
Górski, A.等。噬菌体治疗在非细菌感染中的应用前景。前面。Microbiol。https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.03306(2018)。
Ramachandran, G. & Bikard, D.用CRISPR的方式编辑微生物群。费罗斯。反式。r . Soc。Lond。B杂志。科学。374, 20180103(2019)。
确认
本研究由Marie skodorska - curie个人奖学金797267(授予Y.F.)资助。诺和诺德基金会基础代谢研究中心是哥本哈根大学的一个独立研究中心,部分资金由诺和诺德基金会无限制捐赠。
作者信息
作者及隶属关系
贡献
作者对文章的各个方面都作了同样的贡献。
相应的作者
道德声明
相互竞争的利益
作者声明没有利益竞争。
额外的信息
同行评审信息
自然微生物学评论感谢M. Nieuwdorp, C. Thaiss和其他匿名审稿人对这项工作的同行评审所做的贡献。
出版商的注意
施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。
术语表
- 监督式机器学习
-
一种应用人工智能的形式,算法根据经验学习,根据先前的标签对新数据进行分类。
- 随机森林
-
一种机器学习方法,其中使用大量算法(决策树)来优化,例如,数据集的分类或回归。
- 京都基因与基因组百科全书
-
一个公开的生物信息学和系统医学驱动分析数据库,包含组学生成的数据、生物途径、化学物质和药物的信息。
- Dysmetabolism
-
代谢功能障碍通常包括腹部肥胖,血脂异常和高血糖和高于正常血压。
- Endotoxaemia
-
血液中存在内毒素,如细菌脂多糖。
- 血脂异常
-
血脂不正常血液中各种脂类的数量和相对分布不正常
- 动脉粥样化形成
-
形成动脉粥样硬化(也称为斑块)的动态过程,即在动脉壁上积聚炎症细胞、脂质、细胞碎片、矿物质和结缔组织,形成肿胀,使动脉腔变窄,限制血液流动。
- 血栓形成
-
血栓在血管内形成的血凝块,称为血栓。由血小板、红细胞和纤维蛋白组成的血凝块阻碍了血液在血管中的流动。
- 中风
-
一种急性脑损伤,动脉粥样硬化动脉血流受阻或脑动脉出血导致脑组织损伤,常导致各种麻痹。
- 心肌梗死
-
(也称为急性心脏病发作或急性冠状动脉综合征)。当心肌(心肌)的血液流动严重受阻或完全停止时发生的一种事件,对心脏造成严重损害。
- 动脉粥样硬化
-
胆固醇、其他脂质、炎症细胞和钙在动脉壁上的积聚,会限制血液流动。
- 壁血栓
-
血栓:受动脉硬化影响的动脉内血栓的形成
- 斑块不稳定
-
易损动脉壁鼠疫,间歇性破裂引起循环斑块碎片,称为栓子,可引起心肌梗死或中风。
- 内膜
-
血管壁的最内层,包括腔内的内皮表面。
- 脂肪变性
-
脂质在器官内的异常滞留这个词最常用于形容脂肪肝。
- 门户endotoxaemia
-
内毒素,主要是细菌脂多糖,从肠道吸收进入经络和肝静脉(门脉引流)。
- 肝硬化
-
一种慢性肝病,例如由酗酒或病毒感染引起的,由于正常肝组织被疤痕组织取代而损害多个肝功能。
- 肝性脑病
-
一系列认知和神经精神异常,如性格变化、焦虑、困惑、疲劳、手抖或肝功能严重受损引起的癫痫发作。
- 共生功能体
-
一个大生物体(宿主)和以大生物体为栖息地的复杂微生物群落的独特而离散的集体。
- 使食欲减退的激素
-
这些降低食欲的激素包括胰高血糖素样肽1 (GLP-1)和肽YY (PYY),两者都是由特化肠细胞产生的,瘦素是由脂肪细胞和肠细胞产生的。
- 瘦素
-
脂肪素一种主要在小肠中的脂肪细胞和肠细胞中合成的激素,通过抑制饥饿来帮助调节能量平衡,从而减少脂肪细胞中的脂肪储存
- 高胰岛素血症
-
胰岛素在血液中的浓度高于正常水平的状态。
- 食欲过盛
-
对食物异常强烈的渴望
- 生长激素释放多肽
-
一种主要由胃细胞产生的循环激素,能刺激食欲并促进脂肪储存
权利和权限
关于本文
引用本文
范勇,裴德森,O.肠道菌群在人类代谢健康和疾病中的作用。Nat Rev微生物19, 55-71(2021)。https://doi.org/10.1038/s41579-020-0433-9
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DOI:https://doi.org/10.1038/s41579-020-0433-9
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肿瘤相关抗原和微生物源性表位之间的分子拟态
转化医学杂志(2022)
在一项人类纵向队列研究中,肥胖、肠道菌群和胰岛素抵抗之间的时间关系
BMC医学(2022)