跳到主要内容

感谢您访问nature.com。您使用的是对CSS支持有限的浏览器版本。为了获得最好的体验,我们建议您使用最新的浏览器(或关闭Internet Explorer的兼容性模式)。同时,为了确保持续的支持,我们将在没有样式和JavaScript的情况下显示站点。

社区策划的生物信息学管道的nf-core框架

这是订阅内容的预览,通过你所在的机构访问

相关的文章

引用本文的开放获取文章。

访问选项

买条

在ReadCube上获得时间限制或全文访问。

32.00美元

所有价格均为净价格。

图1:nf-core的主要概念。

数据可用性

本研究期间未生成或分析任何数据集。

代码的可用性

nf-core框架和所有nf-core管道的源代码可以在https://github.com/nf-core/.在适用的情况下,Zenodo doi可以在各自的管道存储库中使用。

参考文献

  1. 桑松,美国。et al。生物科技Nat。》。37, 358-367(2019)。

    文章中科院谷歌学者

  2. 佩克尔,j.m.。自然560, 513-515(2018)。

    文章中科院谷歌学者

  3. 贝克,M。自然533, 452-454(2016)。

    文章中科院谷歌学者

  4. Ison, J.等。核酸测定。44, d38-d47(2016)。

    文章中科院谷歌学者

  5. 亨利,V.J,班德罗斯基,A.E,佩平,a.s。冈萨雷斯,B.J. &德福,A。数据库(牛津)https://doi.org/10.1093/database/bau069(2014)。

    文章中科院谷歌学者

  6. 布兰肯伯格等人。基因组医学杂志。15, 403(2014)。

    文章谷歌学者

  7. Van der Auwera, g.a.等。咕咕叫。Protoc。Bioinforma。43, 11.10.1-11.10.33(2013)。

    文章谷歌学者

  8. 莱比锡J。简短。Bioinform。18, 530-536(2017)。

    PubMed谷歌学者

  9. Di Tommaso, P.等人。生物科技Nat。》。35, 316-319(2017)。

    文章中科院谷歌学者

  10. 费德里科,A.等。前面。麝猫。10, 614(2019)。

    文章谷歌学者

  11. Köster, J. & Rahmann, S. in德国生物信息学会议,2012(Dagstuhl-Leibniz-Zentrum fuer information, 2012)。

  12. Afgan, E.等。核酸测定。46, w537-w544(2018)。

    文章中科院谷歌学者

  13. 斯隆,c.a.等人。核酸测定。44, d726-d732(2016)。

    文章中科院谷歌学者

  14. Grüning, B.等。细胞系统。6, 631-635(2018)。

    文章中科院谷歌学者

  15. Möller, S.等。科学数据。Eng。2, 232-244(2017)。

    文章谷歌学者

  16. 威尔逊,G.等人。公共科学图书馆杂志。12, e1001745(2014)。

    文章谷歌学者

  17. 波特,M. &史密斯,T。Zenodohttps://doi.org/10.5281/zenodo.45042(2015)。

  18. Grüning, B.等。Nat方法。15, 475-476(2018)。

    文章中科院谷歌学者

  19. 奥康纳,b.d.等人。F1000 Res。6, 52(2017)。

    文章谷歌学者

  20. da Veiga Leprevost, F.等。生物信息学33, 2580-2582(2017)。

    文章中科院谷歌学者

下载参考

确认

作者还想感谢以下人士的贡献:F. Bonath, O. Contreras-López, S. Haglund, R. Hammarén, A. Jemt, R. A. Olsen, S. Paneerselvam, M. Proks, J. Wan, C. Wang, J. Westholm和D. Yuen(瑞典斯德哥尔摩生命科学实验室);施忠忠(A*STAR基因研究所);M. Hoeppner (für Klinische分子生物学研究所,基尔,德国);V. Malladi(德克萨斯大学西南医学中心,达拉斯);邓肯(安大略癌症研究所);H. Gourlé(瑞典农业科学大学,乌普萨拉);G. Gabernet, S. Heumos, T. Koch, C. Mohr和D. Straub(定量生物学中心,Tübingen,德国);G.凯利(伦敦弗朗西斯克里克研究所);赵问(中山大学癌症中心,广州,中国);E. Floden(西班牙巴塞罗那基因组调控比较生物信息学实验室中心)。 A.P., S.F. and S.N. acknowledge funding from the Deutsche Forschungsgemeinschaft (German Research Foundation, DFG; core facilities initiative, KO-2313/6-1 and KO- 2313-2, Institutional Strategy of the University of Tübingen, ZUK 63). A.P. and S.N. acknowledge funding by the Sonderforschungsbereich SFB/TR 209 “Liver cancer” of the DFG. S.N. acknowledges funding from the DFG Project ID 398967434 – TRR 261 and the DFG im Rahmen der Exzellenzstrategie des Bundes und der Länder EXC 2180 – 390900677 and EXC 2124 – 390838134. P.D. acknowledges the support of the Spanish Ministry of Economy, Industry and Competitiveness (MEIC) to the EMBL partnership, the Centro de Excelencia Severo Ochoa and the CERCA Programme / Generalitat de Catalunya. P.D.’s work is supported by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 815668 (BovReg), the Spanish Ministry of Economy, Industry and Competitiveness (BFU2017-88264-P) and the Secretaria d’Universitats i Recerca del Departament d’Economia i Coneixement de la Generalitat de Catalunya (2017 SGR 447).

作者信息

作者及隶属关系

作者

相应的作者

对应到斯文Nahnsen

补充信息

补充信息

补充说明,补充图1 - 4和补充表1、2

权利和权限

转载及权限

关于本文

通过CrossMark验证货币和真实性

引用本文

Ewels, p.a., Peltzer, A, Fillinger, S。et al。社区策划的生物信息学管道的nf-core框架。生物科技Nat》38, 276-278(2020)。https://doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x

下载引用

  • 发表

  • 发行日期

  • DOIhttps://doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x

进一步的阅读

搜索

快速链接

自然简报

报名参加自然简报时事通讯-什么重要的科学,免费到您的收件箱每天。

获取当天最重要的科学故事,免费在您的收件箱。 注册《自然简报》