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比较分析环境序列:潜在的和挑战
发表:2006年2月01
https://doi.org/10.1098/rstb.2005.1809
文摘
环境测序,也被称为宏基因组,是越来越多的被用于获得洞察有机体的社区不同的栖息地,并且有各种各样的可预见潜在的应用在生物技术和医学。第一个公开大规模数据已经提供了一个丰富的信息隐藏在大量分散的未知物种的DNA片段驻留在这些环境中。比较序列分析这些数据的解释是必要的。然而,不同层固有的复杂性每个样品需要建立一些基线进行比较:如何规范化的系统发育和功能多样性的差异,如何避免偏见不完整的数据,以及如何处理不同的物种优势或基因组大小?这里我们讨论其中的几个项目和描绘一些简单的歧视序列属性四个不同的栖息地。
脚注
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