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比较分析发炎和non-inflamed结肠活检显示强大的蛋白质组炎症在溃疡性结肠炎患者gydF4y2Ba
BMC胃肠病学gydF4y2Ba体积gydF4y2Ba12gydF4y2Ba文章编号:gydF4y2Ba76年gydF4y2Ba(gydF4y2Ba2012年gydF4y2Ba)gydF4y2Ba
文摘gydF4y2Ba
背景gydF4y2Ba
准确的诊断和监控工具对溃疡性结肠炎(UC)失踪。我们的目的是描述加州大学和搜索标记的蛋白质组剖面与疾病恶化。因此,我们的目的是描述特定的与炎症相关的蛋白质从急性UC患者结肠黏膜利用大众spectrometry-based蛋白质组学分析。gydF4y2Ba
方法gydF4y2Ba
活检取样从直肠、乙状结肠、左结肠弯曲从二十活跃proctosigmoiditis和从四个健康对照组患者蛋白质组学和组织学。蛋白质组学的整个结肠活检是使用2 d-gel电泳特点,和肽质量指纹使用matrix-assisted激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)申请鉴定不同表达的蛋白质斑点。gydF4y2Ba
结果gydF4y2Ba
总共有597点被注释的图像分析和222个统计不同蛋白质水平发炎和non-inflamed组织在病人组。主成分分析明确分组non-inflamed样品分开发炎样本表明结肠粘膜急性溃疡性结肠炎的蛋白质组学特征是强大的。完全,43个人蛋白质斑点,包括蛋白质参与能量代谢(glycerol-3-phosphate-dehydrogenase triosephosphate异构酶,α-烯醇酶和L-lactate脱氢酶B-chain)和氧化应激(超氧化物歧化酶、硫氧还蛋白和硒结合蛋白)。gydF4y2Ba
结论gydF4y2Ba
一种独特的蛋白质组学的发炎组织在UC患者被发现。特定的蛋白质参与能量代谢和氧化应激被当成潜在的候选标记加州大学。gydF4y2Ba
背景gydF4y2Ba
溃疡性结肠炎(UC)是一种慢性复发结肠癌的炎性疾病。一起´s克罗恩病(CD),加州大学被称为慢性炎症性肠病(IBD)。在丹麦,加州大学的发生率大约是每100000 (10gydF4y2Ba1gydF4y2Ba]。疾病的基本病理是复杂的和远未完全理解gydF4y2Ba2gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba
高通量基因芯片和蛋白质组学方法等技术可以用来识别疾病标记,可用于诊断和监测目的(gydF4y2Ba8gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba12gydF4y2Ba]。基于这些技术的几个候选标记与IBD相关疾病表型已经透露,主要是确定从血清样本gydF4y2Ba13gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba17gydF4y2Ba),但也从结肠组织gydF4y2Ba18gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba22gydF4y2Ba]。最近,从IBD患者活检成功地进行基因分析导致炎症性肠病的诊断精度gydF4y2Ba18gydF4y2Ba]。因此,7个标记基因,表达在结肠粘膜活检UC患者之间的不同,患者CD和non-IBD患者。此外,通过使用这些标记基因,作者能够区分38 UC患者,患者28 CD患者和20名non-IBD在未来的面板gydF4y2Ba18gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba
粪便calprotectin是一个非常敏感的肠道炎症的标志,但它不是一个特定的标记和增加水平还发现在肿瘤,感染,息肉,使用非甾体抗炎药和年龄增加gydF4y2Ba23gydF4y2Ba]。因此,肠道组织样本的建议是最重要的来源的识别疾病标记为进一步验证(gydF4y2Ba24gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba
标记在IBD可能广泛的用途,如诊断的目的,为疾病活动提供客观的措施,作为治疗效果的指标。因此,一组标记需要覆盖各种临床设置。例如炎症性肠病的症状往往是不具体的,和诊断可能推迟与毁灭性的影响疾病进展结果(gydF4y2Ba25gydF4y2Ba]。因此,快速和可靠的诊断工具是希望gydF4y2Ba26gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba
在加州大学炎症黏膜和黏膜下层会受到影响,导致组织损伤和溃疡,研究基于整个活检可以由于组织复杂性是一个挑战。然而,常规内镜检查整个活检评估使容易。有鉴于此,蛋白质组学是一种理想的hypothesis-free方法阐明肠道炎症的分子鉴定和诊断(gydF4y2Ba24gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba
本研究的目的是应用比较蛋白质组学方法,以描述发炎的蛋白质组学特征与non-inflamed从二十UC患者结肠组织为了建立一个基线的标记,与活跃的加州大学。这是第一个研究分析影响的全球蛋白质组签名和未受感染从不少UC患者结肠组织使用基于二维凝胶电泳(2-DGE)蛋白质组学质谱(MS)。我们发现222个蛋白质斑点发炎和non-inflamed组织表达明显不同。其中43个蛋白质斑点被确定和分配给33个人蛋白质。gydF4y2Ba
方法gydF4y2Ba
病人和控制gydF4y2Ba
20例(1:1两性比例,平均年龄40岁(年龄18 - 67岁),12个非吸烟者,7前吸烟者和1当前吸烟者)与proctosigmoiditis是从Viborg招募地区医院,丹麦。proctosigmoiditis诊断是根据临床、内镜和组织学检查gydF4y2Ba27gydF4y2Ba]。其中,4名患者被诊断为加州大学首次在内窥镜检查。20例中,10个服用5-aminosalicylic酸,salazopyrine (5-ASA)一个,有一种利尿剂和由于动脉高血压、肾素-血管紧张素抑制剂和八个没有日常治疗。此外,四个自愿健康对照组(1:1两性比例,平均年龄32岁(18-50))没有任何家族性格为炎症性肠病,日常药物,或任何已知的疾病被招募公告。他们都没有炎症在内窥镜检查。gydF4y2Ba
样品收集gydF4y2Ba
活组织检查(3 - 10毫克)患者和健康对照组的样本通过内镜进行内科Viborg地区医院,丹麦。所有研究对象内窥镜检查前禁食12小时。采集标本对蛋白质组学及组织学分析从每个位置。从健康对照组复制活检(两个用于蛋白质组学,两个组织学)从直肠(重新)采样,乙状结肠(SI)和左结肠弯曲(低频),分别,从病人,复制活检(两个用于蛋白质组学,两个组织学)采样来自敏锐地从再保险(影响样本)或粘膜发炎non-inflamed粘膜从低频(控制样本),分别。活检标本立即存储在干冰,随后储存在−直到准备2-DGE 80°C。gydF4y2Ba
组织学评价gydF4y2Ba
发炎的组织学检查,non-inflamed和正常组织进行标本被在同一地区的用于蛋白质组学分析和完全同意的临床评估。切除活检进行评估的一个训练有素的病理学家使用苏木精和伊红染色。病理学家是盲的临床评估患者和蛋白质组学的结果。标本被常规组织学评估标准,包括地下室失真,杯状细胞损失,炎症的粘膜固有层,subcryptal白细胞浸润和缺乏变化等其他疾病的特定肉芽肿(gydF4y2Ba28gydF4y2Ba,gydF4y2Ba29日gydF4y2Ba]。此外,活检组织学分级使用一个简化的方法评估炎症在加州大学(gydF4y2Ba28gydF4y2Ba),包括地下室失真(得分0 - 4),地下室炎症(得分0 - 3)和subcryptal白细胞浸润(得分0 - 2)(最大比分是7)。活检得分从0(25%——健康的人gydF4y2Ba7gydF4y2Ba百分位数0 - 0 5%)从左结肠活检挠曲,乙状结肠和直肠。活检患者的得分中值0(25% - -75%百分位数0 - 1)从左结肠弯曲和中位数5(25% - -75%百分位数4 - 5)直肠。gydF4y2Ba
样品制备和凝胶电泳gydF4y2Ba
之前2-DGE整个黏膜活检是均质和细胞溶解在缓冲(1毫克活检/ 10μl裂解缓冲)组成的7 M尿素,2 M硫脲,1.5% (wt /卷)pharmalyte (pH值3 - 10,通用电气医疗集团,乌普萨拉,瑞典),0.8% (wt /卷)3 - [(3-chol-amidpropyl) dimethylammonium] 1-propansulfonate家伙(Applichem,达姆施塔特,德国)和1% (wt /卷)dithioerythritol在水里。在室温下2 h孵化后,细胞溶解细胞离心20分钟10000×gydF4y2BaggydF4y2Ba在4°C,上层清液吸气。总蛋白质含量由BCA蛋白质化验(BioRad),和100年μg提取蛋白质从个人活检随后被分开用2-DGE最初在第一维分离根据蛋白质等电点聚焦使用固定化pH-gradient IPG条(pH值5到8、11厘米,BioRad,大力神,CA)。为了达到最佳的聚焦和梯度流,运行条件5 h在200 V, 3 h 500 V和16 h 3500 V。以下,12.5%钠十二烷基硫酸聚丙烯酰胺凝胶(sds - page)标准(BioRad)被用于二维分离蛋白质竞选1 h在200 V。沾了可视化的蛋白质斑点分析凝胶粉红色火烈鸟(BioRad),并在适当的波长扫描荧光图像(FX Pro荧光扫描仪,BioRad)。gydF4y2Ba
图像分析gydF4y2Ba
凝胶图像处理和凝胶点检测和量化初期发育SameSpot(3.3版本,非线性动力学、纽卡斯尔、英国)。最初几个锚点手动定义和紧随其后的是内置自动调整过程。点创建边框线从一个选定的参考凝胶和应用于所有凝胶。背景减法后,凝胶凝胶正常化基于对数现货量进行的相对丰度以减少偏见如吸量错误,当加载示例中,转移或不一致的蛋白质从第一到第二个维度。输出数据集包含没有缺失值因为所有现货领域,在所有凝胶和量化。随后产生的规范化现货成交量分析以识别点与不同群体之间的蛋白表达。gydF4y2Ba
为胶液消化和肽质量指纹图谱gydF4y2Ba
肽质量指纹(及感兴趣的蛋白质受到凝固态由添加胰蛋白酶消化使用凝固态协议,本质上所描述的詹森et al。gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba]。定制的色谱柱是用于脱盐和前肽混合物的浓度分析[女士gydF4y2Ba31日gydF4y2Ba]。此后,肽筛选了在0.5μL矩阵解决方案(15 - 20 g / Lα-cyano-4-hydroxycinnamic酸;西格玛奥德里奇,圣路易斯,美国在70%乙腈)直接到MALDI目标板(力量Daltonics GmbH,不来梅,德国)。质谱得到使用Ultraflex MALDI-TOF串联质谱仪在反射模式(力量Daltonics,不来梅,德国)。肽校准标准从1046.54到3147.47克/摩尔被发现分别到MALDI目标板上。ion-accelerating电压是25 kV和200 50 Hz的激光频率激光点为每个谱累积。串联质谱分析(MS / MS,提升模式),离子加速电压19岁kV,蛋白质被确定基于肽的吉祥物分数进行MS / MS分析。gydF4y2Ba
数据分析gydF4y2Ba
为了识别点明显不同蛋白质水平和无焰粘膜发炎的UC患者,采用单向方差分析(gydF4y2BatgydF4y2Ba以及)使用的对数归一化点卷。错误发现率(罗斯福)的比例显著特性是由于多个测试计算错误gydF4y2Ba问gydF4y2Ba值(gydF4y2Ba32gydF4y2Ba]。我们还应用多元统计,它是理想的2-DGE组成的数据集通常长和精益数据与观测相对较少(样品)和多变量(蛋白质斑点)。规范化现货成交量导入SIMCA 9.0 (Umetrics)和预处理意味着定心。蛋白质组学数据的主成分分析(PCA)从控制人,数据自动定量,而集团扩展被认为是一个更优的PCA方法从患者的蛋白质组学数据。而自动定量是基于总体标准差,集团扩展基于类内标准偏差,因此给出了一个更高的体重group-dependent蛋白(gydF4y2Ba33gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba
及质量进行了搜索的吉祥物离子搜索引擎(美国波士顿矩阵科学)使用Swiss-Prot数据库(瑞士生物信息学研究所,瑞士日内瓦)。吉祥物软件使用评分算法来确定最接近的匹配和识别重要的蛋白质。离子得分是10−*日志(P), P是概率,观察到的匹配是一个随机事件。在这项研究中蛋白质分数P < 0.05的显著性水平表明身份或广泛的同源性。MS / MS鉴定、父离子碎片之后,大规模的搜索在数据库中。gydF4y2Ba
道德的考虑gydF4y2Ba
所有受试者收到书面和口头信息,给书面知情同意。这项研究是符合赫尔辛基宣言和丹麦地区伦理委员会的批准(VN 20060041)。gydF4y2Ba
结果gydF4y2Ba
蛋白质组学概要文件控制人员和UC患者gydF4y2Ba
最初的蛋白质组进行调查控制人表明,个体之间的蛋白质含量不同的位置在正常结肠粘膜不突出,因为蛋白质组数据从控制人的PCA得分图演示了一个分组根据个人和不特定的结肠的位置(图gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。系统变异个体变异有关,比结肠癌位置之间的差异,尽管前两个组件解释数据只有23%的变异。gydF4y2Ba
主成分分析的蛋白质组的健康控制人。gydF4y2Ba结果是基于2-DGE现货卷。复制从直肠活检进行分析(RE),乙状结肠(SI)和左结肠弯曲(低频)。1(+),控制人控制人2(■),4人3(♦)和控制(gydF4y2Ba▴gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
活检的蛋白质组成的UC患者不同non-inflamed和粘膜发炎。手动凝胶检验点对齐后,图像分析注释597点。统计学意义(P < 0.05),实现222点在差异表达与non-inflamed粘膜发炎,和这些39位非常显著(P < 0.0001)。罗斯福多个测试,校正后的比例显著点估计误报4.1%的统计显著性水平为0.05 (q = 0.041)和0.05%统计显著性水平为0.0001 (q = 0.0005)。gydF4y2Ba
PCA的蛋白质组的活检UC患者分组控制样品分别从左结肠弯曲,远离直肠发炎组织,与一分之二组件(图解释33%的变异gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。尽管如此明显的分组的粘膜,同样明显的是,一些炎症病人活检似乎并没有表现出一个发炎概要(重新活检的病人21到35),相应的分组和低频活检。此外,如果活检的病人20像重新活检比低频活检。因为我们这些活检组织病理学检查不支持例外状况,我们没有排除这些病人,但认为它在生物材料的自然变化。此外,没有明显的分组的患者十5-ASA(数据未显示),因此病人组被评为一组。gydF4y2Ba
主成分分析的UC患者的蛋白质组配置文件。gydF4y2Ba结果是基于结果2-DGE现货卷。从直肠活检被(重新)和左结肠弯曲(低频)。低频(gydF4y2Ba▴gydF4y2Ba)和(■)。gydF4y2Ba
二十统计上显著的蛋白质斑点显示超过双重的增加或减少在蛋白质水平比较和non-inflamed病人组织发炎,这些景点都是手工切割和trypsinated女士为进一步鉴定。总共14的蛋白质斑点确定使用MALDI-TOF MS分析(表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba),以上两个不同蛋白质水平因此观察glycerol-3-phosphate-dehydrogenase(2次),b细胞抗原受体蛋白质β链复杂联系,膜联蛋白A6,浆细胞诱导居民endoplasmatic网蛋白质,细胞质肌动蛋白、α-烯醇酶(2次),L-lactate脱氢酶B-chain,β微管蛋白5-chain hydroxymethylglutaryl辅酶a合成酶,硒结合蛋白(2次)和碳酸酐酶2。这些斑点glycerol-3-phosphate-dehydrogenase显示最高(3.3折)和alpha-enolase(10点)的最低水平(3.7折)发炎组织相比non-inflamed组织。除了一个(b细胞抗原受体蛋白质复杂联系,β链)的确认点重要的吉祥物分数和斑点通常是强的统计学意义。gydF4y2Ba
29个附加点成功识别(表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。其中的几个统计都强烈支持一个不同的蛋白质含量,而另一些点现货量高,因此适合MALDI-TOF识别。膜联蛋白A1(现货35)是唯一现货没有显著的吉祥物分数蛋白质鉴定。MS / MS进行两个蛋白质斑点导致积极的识别glycerol-3-phosphate-dehydrogenase(现货1)和血清白蛋白(现货23)。gydF4y2Ba
蛋白质组学特征的变化控制人与UC患者gydF4y2Ba
为了评估点是否显示不同蛋白质水平在UC患者可以从控制人支持的信息,确认点进行再保险和低频控制人员和UC患者。这样,蛋白质斑点,仅仅反映位置效应(即显示相同的差异控制集团)或无意义的模式(例如当对照组类似病人RE)而不是明显的炎症概要文件可以被评估。使用这种方法确定的五个点(alpha-enolase(点10点43),hydroxymethylglutaryl-CoA合酶、组织蛋白酶D和60 kDa热休克蛋白)不符合候选标记。Alpha-enolase(10点)和hydroxymethylglutaryl-CoA合酶都有一个显著的不同的蛋白质水平的控制活检以及病人活检对比再保险和低频时,两组表现出类似的模式,可以表明这些蛋白质标记位置标记,而不是疾病。关于alpha-enolase(现货43),组织蛋白酶D和60 kDa热休克蛋白,粘膜发炎的蛋白质含量(RE)类似于再保险和低频级别从控制人。gydF4y2Ba
候选标记和生物学途径的影响gydF4y2Ba
43蛋白斑点确定被分配到33个人蛋白质,因为多个同种型是公认的数的蛋白质。高水平的glycerol-3-phosphate-dehydrogenase(点1和点4)粘膜发炎的患者相比,non-inflamed粘膜高度显著(图gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。同样,几个亚型的硒结合蛋白,但发现低蛋白质含量比non-inflamed组织粘膜发炎。一般来说,蛋白质识别可以分配给生物能量代谢等途径,氧化应激反应和应激反应机制(表gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
不同蛋白质水平在直肠和左从控制人员和UC患者结肠弯曲。gydF4y2Ba(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)Glycerol-3-phosphate-dehydrogenase(位置1)和(gydF4y2BaBgydF4y2Ba)Glycerol-3-phosphate-dehydrogenase(4)现货。代表2-DGE图像四组和正常的蛋白表达相同的组平均值±标准误差。控制人员(REC和利物浦)和UC患者(代表和联赛。gydF4y2Ba
讨论gydF4y2Ba
在这项研究中样本发炎和non-inflamed组织每个病人进行了分析。活检证实的组织学评估病人活检从左侧结肠弯曲可以评估non-inflamed并没有显示任何sub-inflammation的迹象。这是第一个研究来评估数量相对较高的UC患者使用这种方法,尽管大型个体异质性我们发现统计支持组织特定水平的许多蛋白质与疾病恶化。最近,蛋白质组学研究的贡献与前途的候选人与疾病表型标记,在IBD患者一般来说,特别在UC患者或加州大学之间,CD和控制人员(gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba22gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba
在这项研究中,特征点的比两个差异蛋白质水平被列为最有前途的标记。这些斑点加上额外的斑点确定包括已知的蛋白质与炎症有关的炎症性肠病(如triosephosphate异构酶、α-烯醇酶、硒结合蛋白、超氧化物歧化酶、过氧化thioredoxin-dependent还原酶,Hsp60, Hsp70) (gydF4y2Ba19gydF4y2Ba,gydF4y2Ba22gydF4y2Ba,gydF4y2Ba34gydF4y2Ba),以及新颖的蛋白质(如glycerol-3-phosphate-dehydrogenase、异柠檬酸脱氢酶、L-lactate脱氢酶B-chain,无机焦磷酸酶,enoyl-CoA水合酶,peroxiredoxin-4, peroxiredoxin-6),与加州大学和炎症需要复制。集成切除活检从控制人被用来加强我们的结论,因为蛋白质斑点显示不同的蛋白质含量再保险和低频结肠黏膜之间的控制人可以排除只是位置特定的标记,标记而不是疾病。此外,有一种强烈的支持对我们重要的景点真阳性因为只有九假阳性预计222点(q = 0.041),和只有0.02点39非常重要(q = 0.0005)。gydF4y2Ba
炎症组织的蛋白质组剖面非常独特的以37%的带注释的蛋白质斑点有显著不同的蛋白质含量在比较和non-inflamed病人黏膜发炎。关注地方发现至少有超过两个病人活检,在蛋白质水平70%(14点20可能)成功地识别。进一步识别额外的蛋白质斑点与强大的统计支持加强整体的了解炎症变化的蛋白质组签名UC患者结肠活检。我们发现,除了高度丰富的蛋白质如血清白蛋白和细胞质肌动蛋白,切除点主要可以分配给参与应激反应机制和能量代谢的蛋白质。不同级别的这些蛋白质可以推断UC患者的急性炎症特别是损害和影响这些生物过程的监管。gydF4y2Ba
不同的蛋白质的几个糖酵解酶(glycerol-3-phosphate-dehydrogenase triosephosphate异构酶,α-烯醇酶)和其他蛋白质参与能源发电(异柠檬酸脱氢酶、L-lactate脱氢酶B-chain无机焦磷酸酶,enoyl-CoA水合酶)可能表明炎症在UC患者的能量代谢改变有关。这可能是由于故障n-butyrate的利用率,这是远端结肠colonocytes[的首选燃料gydF4y2Ba36gydF4y2Ba]。观察到的降低enoyl-CoA水合酶在炎症组织中推断出受损的脂肪酸氧化和能量不足是由糖酵解途径的变化反映了进一步加强作为糖酵解酶的高表达在粘膜发炎。按照目前的发现,谢长廷et al。gydF4y2Ba22gydF4y2Ba)观察triosephosphate异构酶的下调UC-diseased结肠粘膜,而Nanni et al。gydF4y2Ba35gydF4y2Ba观察一个老年病相同的酶在肠道上皮细胞从CD患者。此外,改变监管alpha-enolase与炎症性肠病(有关gydF4y2Ba37gydF4y2Ba),已建议反映厌氧糖酵解在UC患者发炎袋(gydF4y2Ba34gydF4y2Ba]。然而,alpha-enolase水平的变化也可以反映non-glycolytic机制,也由于蛋白质诱导热休克蛋白在低氧的压力(gydF4y2Ba38gydF4y2Ba]。由于细胞应激诱导热休克蛋白的表达可能会预期在IBD患者gydF4y2Ba39gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba41gydF4y2Ba),进一步反映在60和70 kDa的低表达热休克蛋白在炎症组织。gydF4y2Ba
炎症在IBD患者通常会增加活性氧代谢产物的水平由于抗氧化剂之间的不平衡导致氧化应激和活性氧gydF4y2Ba42gydF4y2Ba,gydF4y2Ba43gydF4y2Ba]。不同级别的几个抗氧化蛋白(硒结合蛋白、超氧化物歧化酶、过氧化thioredoxin-dependent还原酶,peroxiredoxin-4和peroxiredoxin-6)建议增加UC患者的氧化应激水平,和早期的研究专门记录规定selenium-binding蛋白质和superperoxide歧化酶与IBD患者(gydF4y2Ba26gydF4y2Ba,gydF4y2Ba44gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2Ba46gydF4y2Ba]。受损的氧化代谢和抗氧化防御系统从而影响似乎发挥重要作用在炎症性肠病疾病的发病机理,并改变涉及蛋白质的表达很可能刺激细胞相关活动(如中性粒细胞)由于严重的炎症。gydF4y2Ba
一般来说,控制人员演示了一个高个体之间的差异反映出个体蛋白质签名,而不是一个强势地位的特定蛋白质组的活检从同一肠切除的位置在不同的个体。然而,有些蛋白质还发现明显再保险和低频组织之间的不同表达,表明这些可以指定位置标记。的两个地点发现代表不同的蛋白质含量在UC患者属于这一类别(α-enolase(10点)和羟甲基glutaryl-CoA合酶)。这些蛋白质可能错误地认为适合使用疾病标记如果控制人不考虑。无论需要实际控制人验证标记的疾病标记,而不只是位置标记,内部控制在同一病人似乎是一个健壮的和更简单的方法来实现。这里,控制人是健康的,而在其他的研究中,控制已如结直肠癌患者(gydF4y2Ba19gydF4y2Ba,gydF4y2Ba45gydF4y2Ba],复杂的解释结果,因为加州大学和结直肠癌是条件密切相关,甚至癌症患者的肿瘤自由组织可能偏离正常组织(gydF4y2Ba47gydF4y2Ba]。我们还没有解决病人之间的个体变异的蛋白质水平,这可能是实质性的(gydF4y2Ba19gydF4y2Ba),而是侧重于蛋白质斑点在病人有健壮的签名。gydF4y2Ba
总的来说,2-DGE分析与再现性有所提高,重复性和更好的图像分析,在这个研究相关的限制及使用MALDI-TOF MS技术,是由于蛋白质斑点的数量和敏感的仪器,这对成功的蛋白质识别起到了重要作用。尽管存在缺陷,但MS-based蛋白质组学技术是有效的在提供新见解疾病发病机理不仅通过识别潜在影响的蛋白质,还涉及不同的亚型,像转录后修饰gydF4y2Ba48gydF4y2Ba]。我们观察到几个人蛋白质被分配到多个地点(如alpha-enolase),但潜在的修改没有进一步研究。一些蛋白质水平模式可以为例,表明磷酸化,改变蛋白质的电荷在火车分配给硒结合蛋白的蛋白质斑点。gydF4y2Ba
蛋白质提取从整个结肠活检进行这意味着隔离一个冗长而乏味的过程如肠上皮细胞是可以避免的。另一方面从不同细胞类型的蛋白质组学概要和肠道免疫的起源可能导致更大的样本之间的差异和有限控制的细胞特定的签名,与一些细胞类型否决的风险重要他人的表达模式(gydF4y2Ba8gydF4y2Ba]。从本质上讲,整个IBD患者活检包含多个细胞的数量,包括炎症细胞,从而蛋白质识别可能反映其他机制造成即细胞死亡或血清。避免引入的错误来源整个活检优先供临床使用。因此我们的研究在这方面类似于临床。预防措施与收集、处理和存储应该认真对待最小化潜在因素可能会改变组织的分子组成材料(gydF4y2Ba49gydF4y2Ba]。这里,切片存储收集后立即在干冰−80°C,随后,结合温和的操作服务在所有分析确保高质量的收集到的材料。gydF4y2Ba
UC组的患者纳入本研究得到了不同的医学治疗,这可能会影响他们的蛋白质概要文件。基于PCA的情节,病人组5-ASA处理之间的差异是,然而,不是不同于其余的病人,因此尚不明显,治疗有强烈影响蛋白质组分析活检的签名。gydF4y2Ba
总之,我们产生的见解活跃的加州大学的潜在机制。整个蛋白质组结肠黏膜发炎的签名是强大的。这样的评估疾病的活性部位的活检显示相关的蛋白质标记组织发炎,和可能是一个重要的新发现的入口点和改进非侵入性标记物(gydF4y2Ba24gydF4y2Ba]。因此,未来的研究进一步解决标记蛋白质的发现至关重要的评估疾病特异性和临床意义。gydF4y2Ba
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出版前的历史gydF4y2Ba
这篇论文的出版历史可以访问:gydF4y2Bahttp://www.biomedcentral.com/1471 - 230 x/12/76/prepubgydF4y2Ba
确认gydF4y2Ba
患者和健康对照组感谢参与。我们感谢工作人员在图书馆和信息部门,Viborg地区医院,丹麦宝贵的援助。我们感谢顾问Lars Vinter-Jensen援助与健康对照组的内窥镜检查。我们感谢丹麦结肠炎克罗恩氏基金会。gydF4y2Ba
作者信息gydF4y2Ba
作者和联系gydF4y2Ba
相应的作者gydF4y2Ba
额外的信息gydF4y2Ba
相互竞争的利益gydF4y2Ba
作者宣称没有利益冲突。gydF4y2Ba
作者´贡献gydF4y2Ba
打盹,弗吉尼亚州,SP和LBL设计和执行的研究;VA患者进行招聘,活检取样,应用程序和道德;JCM进行活检的病理评价;FJ进行数据分析;HSM 2-DGE和MS进行分析;所有作者的手稿和批准了最终版本。gydF4y2Ba
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保尔森,附加说明,一个ndersen, V., Møller, J.C.et al。gydF4y2Ba比较分析发炎和non-inflamed结肠活检显示强大的蛋白质组炎症在溃疡性结肠炎患者。gydF4y2BaBMC杂志gydF4y2Ba12gydF4y2Ba76 (2012)。https://doi.org/10.1186/1471 - 230 x - 12 - 76gydF4y2Ba
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发表gydF4y2Ba:gydF4y2Ba
DOIgydF4y2Ba:gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1186/1471 - 230 x - 12 - 76gydF4y2Ba
关键字gydF4y2Ba
- 炎症性肠病gydF4y2Ba
- 溃疡性结肠炎gydF4y2Ba
- 结肠活检gydF4y2Ba
- 候选标记gydF4y2Ba
- MS-based蛋白质组学gydF4y2Ba