利用16S rDNA文库和T-RFLP对老年人粪便菌群进行分子分析
- PMID:14524616
- DOI:10.1111 / j.1348-0421.2003.tb03418.x
利用16S rDNA文库和T-RFLP对老年人粪便菌群进行分子分析
摘要
采用16S rDNA文库和末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析对6例老年人的粪便微生物区系进行了分析。从3例老年人粪便中提取全基因组DNA，用通用引物PCR扩增，随机分离16S rRNA基因序列克隆。这些克隆进行了部分测序(约500 bp)。T-RFLP分析使用来自6名受试者的16S rDNA扩增。末端限制性片段(T-RF)经HhaI和MspI消化后进行长度分析。在获得的240个无性系中，约46%属于27个已知物种。其他克隆中约54%为56个新的“系统型”(至少98%的克隆序列同源性)。这些文库包括83个物种或系统型。此外，在这些文库中，约有13%(30个系统型)是新发现的。在老年人的粪便中存在着大量未知的物种。 16S rDNA libraries and T-RFLP analysis revealed that the majority of bacteria were Bacteroides and relatives, Clostridium rRNA cluster IV, IX, Clostridium rRNA subcluster XIVa, and "Gammaproteobacteria". The proportion of Clostridium rRNA subcluster XIVa was lower than in healthy adults. In addition, although Ruminococcus obeum and its closely related phylotypes were detected in high frequency in healthy young subjects, hardly any were detected in our elderly individuals. "Gammaproteobacteria" were detected at high frequency.
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