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． 2004年2月25日,32(4):1363 - 71。
doi: 10.1093 / nar / gkh293。 打印2004。

ARB:序列数据的软件环境

沃尔夫冈•路德维希1， 奥利弗·斯特伦克， 拉尔夫Westram， 洛萨里克特， 哈拉尔德迈耶， Yadhukumar， 阿诺毕希纳， 蒂娜赖， Susanne Steppi， Gangolf戳， Wolfram福斯特， Igor Brettske， Stefan嘉宝， 安东W Ginhart， 奥利弗总值， Silke Grumann， 斯特凡•赫尔曼， 拉尔夫Jost， 安德烈亚斯•康尼锡， 托马斯·丽丝， 拉尔夫Lussmann， 迈克尔可能， Bjorn Nonhoff， 鲍里斯Reichel， 罗伯特Strehlow， Alexandros Stamatakis， 诺伯特•Stuckmann， 亚历山大Vilbig， 迈克尔Lenke， 托马斯·路德维希， 阿恩特波德， 卡尔Schleifer
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ARB:序列数据的软件环境

沃尔夫冈•路德维希et al。 核酸Res． ．
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摘要

ARB(源自拉丁语arbor，树)项目大约在10年前启动。ARB程序包包含多种直接交互的软件工具，用于序列数据库的维护和分析，它们由一个通用的图形用户界面控制。虽然它最初是为核糖体RNA数据设计的，但它也可以用于任何核酸和氨基酸序列数据。中央数据库包含处理过的(对齐的)主结构数据。任何额外的描述性数据都可以存储在分配给单个序列的数据库字段中，或者通过本地或全球网络链接。主窗口中的系统发育树可用于数据访问和可视化。该软件包包括用于数据导入和导出、序列比对、一级和二级结构编辑、剖面和过滤器计算、系统发育分析、特定杂交探针设计和评估以及其他数据分析组件的附加工具。目前，该软件包被世界各地的许多工作组使用。

数据

图1
图1
ARB软件包和数据库的交互组件和工具。
图2
图2
数据可视化窗口的示例。显示了存储在各自数据库字段中的书目数据。数据库字段的选择、数据的提取和可视化窗口的布局都可以由用户定制。
图3
图3
ARB主窗口显示ARB简约生成树状图的一部分。矩形代表“在线压缩”的单系群，可以通过点击鼠标“展开”。数据库字段条目，如EMBL(1)、RDP(3)和欧洲rRNA数据库(DEW)(4,5)中报道的分类学名称、公共数据库登录号和菌株命名，在“展开的”Desulfohalobiaceae的终端节点上可视化。
图4
图4
ARB主结构编辑器。作为一个突出显示搜索字符串的例子，探测目标站点是通过背景颜色显示的。完美和不匹配的配对也有颜色编码。
图5
图5
二级结构编辑器。在一级结构编辑器中选择的序列(图4)会自动拟合到一致的二级结构模型中。
图6
图6
探头设计与评价结果。为目标生物体显示了包含探针靶位点的主要结构对齐的部分Desulfohalobium retbaense非靶生物包含最相似的序列延伸。
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