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环境序列的比较分析:潜力与挑战
Philos Trans R Soc Lond B生物科学．
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摘要
环境测序，也被称为宏基因组学，正越来越多地被用于洞察不同栖息地的生物群落，并在生物技术和医学方面具有各种可预见的潜在应用。第一个公开的大规模数据已经提供了隐藏在这些环境中未知物种的大量DNA碎片中的丰富信息。比较序列分析对于解释这类数据是必不可少的。然而，每个样本固有的不同层次的复杂性要求建立一些基线进行比较:如何对系统发育和功能多样性的差异进行规范化，如何避免不完整数据带来的偏差，以及如何处理物种优势或基因组大小的差异?在这里，我们讨论了其中的一些项目，并描述了四种不同生境的一些简单的判别序列性质。
数据
环境测序方法的潜在应用。
DNA分析的复杂性。这些曲线显示了非聚物出现的模拟累积(每个不同的非聚物只计算一次)，由环境序列中非聚物的随机采样生成。作为对照，酿酒酵母，人类第19号染色体也进行了类似的采样。最大值为262 144 (49)在分析了10个序列长度后，在每个环境样品中得到了不同的非聚物8英国石油公司。
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