转座子辅助捕获(TRACA)驻留在人类肠道移动宏基因组中的质粒
Nat方法．
2007年1月．
摘要
人类肠道的细菌群落是一个复杂的生态系统，由> 1000个物种组成，其中大多数是革兰氏阳性和未培养的。为了研究该群落中存在的质粒，我们开发了一种不依赖于任何质粒编码特征的培养独立转座子辅助捕获方法(TRACA)。TRACA促进了从宏基因组DNA提取物中获得质粒，并在大肠杆菌宿主中进行后续的维护和选择。我们证实了在捕获的质粒中存在转座子，并证明这些质粒主要是革兰氏阳性起源。对pTRACA10 (7 kb)和pTRACA17 (2.7 kb)质粒进行测序，发现了参与质粒动员和复制的基因。从这些基因的同源性我们得出结论，pTRACA17源于一个属于厚壁菌科的革兰氏阳性宿主。pTRACA10有两个额外的开放阅读框，与一个保守的假设蛋白和磷酸酯酶或磷酸水解酶相似(同源基团簇数4186)。这两种质粒都缺乏任何传统的可选择标记。
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