跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

点政府

gov意味着它的官员。
联邦政府网站经常在gov或mil。共享敏感信息之前,确保你在一个联邦政府网站。

Https

这个网站是安全的。
的https://确保你连接到官方网站,您提供的任何信息是加密和传输安全。

访问键 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
。 2010年3月10;5 (3):e9490。
doi: 10.1371 / journal.pone.0009490。

FastTree大约2——最大似然树大联盟

摩根N价格1, Paramvir年代Dehal, 亚当P阿金
从属关系
免费的PMC的文章

FastTree大约2——最大似然树大联盟

摩根N价格et al。 《公共科学图书馆•综合》。 。
免费的PMC的文章

文摘

背景:我们最近描述FastTree,推断的发展史的工具与成百上千的序列比对。在这里,我们描述FastTree改进提高其准确性不牺牲可伸缩性。

方法/主要结果:FastTree 1使用加权交换(NNIs)和minimum-evolution标准提高树,FastTree 2添加minimum-evolution subtree-pruning-regrafting (spr)和最大似然NNIs。FastTree 2使用启发式限制寻找更好的树木和估计每个站点的进化速率(“猫”近似)。然而,模拟和真正的比对,FastTree 2比标准更准确实现最大似然NNIs (PhyML 3默认设置)。尽管FastTree 2是不准确的方法,使用最大似然spr,大多数不同意不支持的分裂,大联盟,FastTree 2是100 - 1000倍。FastTree 2推断一个拓扑结构和基于可能性当地支持disti值237882nct 16S核糖体rna在台式电脑在22小时和5.8 gb的内存。

结论/意义:FastTree 2允许的最大似然推理的发展史为巨大的比对。FastTree 2是免费的http://www.microbesonline.org/fasttree。

利益冲突声明

利益冲突:作者宣称没有利益冲突存在。

数据

图1
图1所示。本地支持分裂值发现通过PhyML SPR和/或FastTree移动。
我们检查了本地支持的值将推断PhyML 3.0公式的形象+ spr模拟与250个蛋白质序列比对。我们分类PhyML分裂正确和发现PhyML和FastTree正确但FastTree所忽略,或不正确的。我们为每个类显示支持的分布值。最右边本包括强烈支持分裂(0.95 - 1.0),和灰色虚线显示了均匀分布。支持值PhyML近似的最小似然比检验和SH-like,当地的支持。
图2
图2。可能随着时间的推移,真正的比对。
每一行显示了不同的工具的时间达到一个给定的可能性。齿轮对齐,所有时间和可能七对齐的平均值。FastTree,我们显示的时间和可能的改善minimum-evolution拓扑和最后一个(approximately-ML)拓扑。RAxML,我们显示的最大吝啬拓扑开始,SPR移动的前两轮,和最终的拓扑(注意打断公式的形象轴)。为RAxML FastTree (minimum-evolution)树开始,我们开始显示拓扑和RAxML SPR的前两轮动作。
图3
图3。与up-posteriors遍历树。
FastTree优化树附近节点N通过分析子树的后验分布,B, C,以及“up-posterior”D。
看到这张图片在PMC和版权信息

类似的文章

看到所有类似的文章

引用的

看到所有“引用”的文章

引用

    1. 老科尔伯DL Nawrocki EP,艾迪的1.0:推理的RNA对齐。生物信息学。2009;15:1335-7。- - - - - -PMC- - - - - -PubMed
    1. 价格MN, Dehal PS,阿金美联社。FastTree:计算大最小进化树配置文件,而不是一个距离矩阵。另一个星球杂志。2009;26:1641-50。- - - - - -PMC- - - - - -PubMed
    1. 斋藤N, Nei m . neighbor-joining方法:重建系统发育树的新方法。另一个星球杂志。1987;4:406 - 425。- - - - - -PubMed
    1. 这种是的,开普勒KJ。:注意在斋藤和Nei neighbor-joining算法。另一个星球杂志。1988;5:729-31。- - - - - -PubMed
    1. Felsenstein j .从dna序列进化树:最大似然方法。J摩尔另一个星球。1981;17:368 - 376。- - - - - -PubMed

发布类型

物质