宏基因组微生物群落分析使用独特clade-specific标记基因
从属关系
- PMID:22688413
- PMCID:PMC3443552
- DOI:10.1038 / nmeth.2066
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宏基因组微生物群落分析使用独特clade-specific标记基因
Nat方法。
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文摘
可以识别微生物宏基因组的测序数据填充微生物群落及其比例,但是现有的分类分析方法是低效的越来越多的大型数据集。我们提出一个方法,使用clade-specific标记基因明确分配读取微生物演化支更准确,> 50×速度比当前的方法。我们验证了宏基因组系统发育分析工具,MetaPhlAn, terabases短读和提供最大的宏基因组分析到目前为止人类肠道。它可以访问http://huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan/。
数据
我们用10总合成基因组比较MetaPhlAn PhymmBL,爆炸,theRITA管道和NBC。a - b)绝对和根均方(rms)错误对100总生物合成metagenome物种类(a)和(b)的水平c8日)相关性推断和真正的物种丰度non-evenly分布式合成基因组;。d单cpu)每秒读取率的测试方法。
MetaPhlAn属物种丰度和16 s phylotype丰度51健康阴道微生物从人类微生物组的项目。样本天真按分配每个分组基于其主导(> 50%)乳酸菌物种或任何的缺失(< 2%)乳酸菌。每个集群(叫我到V)我们报告平均跨样本为所有属物种推断MetaPhlAn,属,估计mothur和RDP的组合分类器(见方法)应用于16 s rRNA的基因序列相同的标本。
一个)分类进化分枝图报告所有演化支出现在一个或两个组(≥1中丰富示例≥0.5%)。圆的大小成正比的对数平均丰度;颜色代表相对富集的最丰富的类群(≥1中平均队列≥1%)之间的高熔点(139)和MetaHIT(仅85年健康)的人口。c)属- (b和了解c)分类资料最丰富的演化支等级与Bray-Curtis相似性揭示集群(平均链接)组和样品相似的微生物群落组成。除了集群由属拟杆菌(b . vulgatus和b . ovatus特别是),这两项研究的样本是存在于所有组织,确认大量的肠道微生物群的一致性特点是独立和地理上遥远的西方饮食无症状人群。只有物种,属丰度在95年至少7.5%th百分位分布的报道。
评论
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