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． 2013年11月15日;29(22):2933-5。
doi: 10.1093 /生物信息学/ btt509。 Epub 2013 9月4日。

Infernal 1.1: RNA同源性搜索速度快100倍

Eric P Nawrocki1， 肖恩·R·埃迪
从属关系
免费PMC文章

Infernal 1.1: RNA同源性搜索速度快100倍

Eric P Nawrockiet al。 生物信息学． ．
免费PMC文章

摘要

简介:Infernal构建了一个RNA家族的序列和二级结构的概率轮廓，称为协方差模型(CMs)，从结构上注释的多个序列比对作为输入。Infernal使用CMs在序列数据库中搜索新的家族成员，并创建潜在的大型多序列比对。Infernal 1.1版本引入了一种新的基于加速轮廓隐马尔可夫模型(HMM)方法和HMM-带状CM对齐方法的RNA同源搜索过滤管道。这使得在以前版本的基础上可以加速~ 100倍，在完全无过滤的CM搜索基础上可以加速~ 10000倍。

可用性:源代码、文档和基准测试可从http://infernal.janelia.org下载。Infernal是根据GNU GPLv3自由授权的，应该可以移植到任何posix兼容的操作系统，包括Linux和Mac OS/X。文档包括带有教程的用户指南、文件格式和用户选项的讨论以及软件中实现的方法的附加细节。

联系人:nawrockie@janelia.hhmi.org

数据

图1所示。
图1所示。
基准的ROC-like曲线。图显示了新的Infernal 1.1带过滤器和不带过滤器，旧的Infernal 1.0.2，使用nhmmer(来自Infernal 1.1中包含的HMMER包，默认参数)和使用BLASTN (ncbi-blast-2.2.28+，默认参数)进行profile HMM搜索。缺省Infernal 1.1的最大灵敏度(未显示)为0.81(820个真阳性中发现629个)，这是在0.19/Mb/查询的假阳性率下实现的。对于未过滤的Infernal，在每个查询每Mb 2.9个假阳性时，最大灵敏度为0.87。这表明，在较高的假阳性率下，过滤器阻止了一些真阳性被发现，但阻止了更多的假阳性被发现。CPU时间是在3.0 GHz Intel Xeon处理器上为单个执行线程测量的所有106个系列搜索的总时间。地狱时间不包括模型校准所需的时间。
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