一种改进的多路复用16 s rRNA dual-indexing方法在Illumina公司MiSeq基因测序平台
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- PMID:24558975
- PMCID:PMC3940169
- DOI:10.1186 / 2049-2618-2-6
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一种改进的多路复用16 s rRNA dual-indexing方法在Illumina公司MiSeq基因测序平台
微生物组。
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文摘
背景:利用可负担得起的高通量的下一代测序技术来描述微生物群落组成通常需要改进的方法来克服技术的发展局限性固有的测序平台。测序序列低多样性库等16 s rRNA扩增子Illumina公司MiSeq平台上一直有问题,经常产生序列的非最优质量。
结果:这里我们提出一种改进的dual-indexing扩增和测序的方法来评估微生物群落的组成使用V3-V4地区从临床样本的16 s rRNA基因Illumina公司MiSeq平台。我们引入了一个0到7英国石油公司“异质性垫片”指数序列,允许将同等比例的样品测序的阶段。
结论:我们的方法产量高质量从16 s rRNA基因扩增子序列数据使用250个基点和300个基点paired-end MiSeq协议和提供了一个灵活的和具有成本效益的排序选项。
数据
Dual-indexed 16 s rRNA基因PCR扩增策略与异质性间隔引物测序的MiSeq平台。(一)Dual-indexed PCR扩增引物针对V3-V4 16 s rRNA基因的变异度高的区域包含一个异质性间隔区域优化和链接器序列测序的Illumina公司MiSeq平台。使用这种方法可以使用标准的Illumina公司HP10和HP11测序引物测序允许额外的测序的灵活性。(B)示意图显示第一个三十测序周期8个模拟扩增子准备使用dual-indexed方法。这个图表说明了指数序列和异质性垫片(彩色字母,白色背景)有助于缓解“低序列多样性”与MiSeq平台相关问题通过创建一个更基础的成分在每个周期运行。
流程图描述序列数据分析过程。预处理的序列生成250个基点paired-end读(250体育;左面板)和300 bp paired-end读取(300体育;右面板)MiSeq协议。R1和R2指读1和读2。
临床样本分类任务。(一)十个肛交样品测序使用250个基点paired-end读(250 pe) MiSeq协议池(199 - 205)。十个阴道测序样品使用(B)250体育和(C)300个基点paired-end读(300 pe) MiSeq协议池(235 - 240)和分析使用QIIME 1.6.0(版本)。
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引用
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- Illumina公司。高速多路16 s微生物测序MiSeq系统。注意:应用DNA测序。http://res.illumina.com/documents/products/appnotes/appnote_miseq_16s.pdf。
