。 2014年8月1;30 (15):2114 - 20。

doi: 10.1093 /生物信息学/ btu170。 Epub 2014 4月1。

Trimmomatic:一个灵活的微调Illumina公司序列数据

安东尼·M·博尔格¹, Marc Lohse², Bjoern Usadel¹

从属关系

¹部门的代谢网络,马克斯普朗克研究所的分子植物生理学,瑞米伦贝格1,14476歌,皮毛生物研究所,亚琛工业,不用Weg 3, 52074亚琛和生物和地质研究所:植物科学,Forschungszentrum j, Leo-Brandt-Straße, 52425 j, GermanyDepartment代谢网络,马克斯普朗克研究所的分子植物生理学,瑞米伦贝格1,14476歌,皮毛生物研究所,亚琛工业,不用Weg 3, 52074亚琛和生物和地质研究所:植物科学,Forschungszentrum j, Leo-Brandt-Straße, 52425 j,德国。
²部门的代谢网络,马克斯普朗克研究所的分子植物生理学,瑞米伦贝格1,14476歌,皮毛生物研究所,亚琛工业,不用Weg 3, 52074亚琛和生物和地质研究所:植物科学,Forschungszentrum j, Leo-Brandt-Straße, 52425 j,德国。

PMID:24695404
PMCID:PMC4103590
DOI:10.1093 /生物信息学/ btu170

免费的PMC的文章

Trimmomatic:一个灵活的微调Illumina公司序列数据

安东尼·M·博尔格et al。生物信息学。 2014年。

免费的PMC的文章

。 2014年8月1;30 (15):2114 - 20。

doi: 10.1093 /生物信息学/ btu170。 Epub 2014 4月1。

作者

安东尼·M·博尔格¹, Marc Lohse², Bjoern Usadel¹

从属关系

¹部门的代谢网络,马克斯普朗克研究所的分子植物生理学,瑞米伦贝格1,14476歌,皮毛生物研究所,亚琛工业,不用Weg 3, 52074亚琛和生物和地质研究所:植物科学,Forschungszentrum j, Leo-Brandt-Straße, 52425 j, GermanyDepartment代谢网络,马克斯普朗克研究所的分子植物生理学,瑞米伦贝格1,14476歌,皮毛生物研究所,亚琛工业,不用Weg 3, 52074亚琛和生物和地质研究所:植物科学,Forschungszentrum j, Leo-Brandt-Straße, 52425 j,德国。
²部门的代谢网络,马克斯普朗克研究所的分子植物生理学,瑞米伦贝格1,14476歌,皮毛生物研究所,亚琛工业,不用Weg 3, 52074亚琛和生物和地质研究所:植物科学,Forschungszentrum j, Leo-Brandt-Straße, 52425 j,德国。

PMID:24695404
PMCID:PMC4103590
DOI:10.1093 /生物信息学/ btu170

文摘

动机:尽管许多下一代测序(上天)读预处理工具已经存在,我们找不到任何工具或工具的组合,满足我们的需求的灵活性,正确处理paired-end数据和高性能。我们已经开发出Trimmomatic作为一个更加灵活和高效的预处理工具,可以正确处理paired-end数据。

结果:门店读预处理的价值证明reference-based和reference-free任务。Trimmomatic显示生成的输出至少是竞争,在很多情况下优于,由其他工具,在所有场景测试。

可用性和实现:Trimmomatic许可在GPL下V3。它是跨平台(需要Java 1.5 +)和http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic

联系人:usadel@bio1.rwth-aachen.de

补充信息:在生物信息学在线补充数据是可用的。

数据

**图1所示。**
假定的序列比对测试简单的模式。部分重叠的对齐过程开始的5′端读取(一个),增加一个完整长度的5′重叠(B),其次是完全重叠位置(C)和结束部分重叠的3′末端读(D)。注意,上游“适配器”序列仅供说明,不是读或一致的一部分地区

**图2所示。**
假定的序列比对回文的测试模式。适配器完全重叠的对齐过程开始读取(一个收益)测试立即“通读”,然后通过检查后重叠(B),包括部分适配器通读(C),完成当重叠表示没有通读到适配器(D)

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