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doi: 10.1111 / 1574 - 6976.12075。
Epub 2014 6月27日。
首批培养的1000种人类胃肠菌群
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- PMID:24861948
- PMCID:PMC4262072
- DOI:10.1111 / 1574 - 6976.12075
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首批培养的1000种人类胃肠菌群
FEMS微生物版本。
2014年9月。
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摘要
居住在人类胃肠道中的微生物构成了一个复杂的生态系统，其功能对我们的系统代谢有重大贡献，并对健康和疾病有影响。鉴于其重要性，人类胃肠道微生物群已被广泛研究。尽管肠道微生物的很大一部分尚未被培养，但目前已经确定了1000多种不同的微生物可以居住在人类胃肠道中。本文根据核糖体小亚单位RNA基因序列的系统发育框架，对真核生物(92种)、古细菌(8种)和细菌(957种)共1057种肠道物种进行了系统概述和详细参考。此外，它统一了关于这些胃肠道微生物的普遍性、丰度、稳定性、生理学、遗传学以及与人类健康的关系的知识，这些知识目前分散在过去150年发表的大量文献中。这些详细的生理和遗传信息将有助于提高我们对胃肠道微生物群的认识。此外，它还为未来的比较宏基因组和功能宏基因组以及其他需要系统和生理基础才能产生影响的高通量方法开辟了道路。
关键词:多样性;函数;肠胃;肠道;微生物;微生物群。
©2014作者。由John Wiley & Sons有限公司代表欧洲微生物学会联合会出版的FEMS微生物学评论。
数据
从培养的物种累积数量的图形表示细菌，古生菌和真核生物从人体胃肠道作为时间的函数。箭头表示胃肠菌群研究的转折点:(1)第一个胃肠菌种的分离，(2)严格厌氧技术的引入，(3)胃肠菌群研究领域分子技术的引入。
人类胃肠菌群的系统发育树。括号内的数字为每门的培养种数。饼图显示了具有全基因组序列的物种数量(全扇区)、具有部分基因组序列的物种数量(半全扇区)和没有任何基因组序列的物种数量(空扇区)之间的分布古生菌，真核生物每门为细菌。派的颜色代码对应于系统发育树的颜色代码。
系统发育树的人的胃肠种，属于该目双歧杆菌和科氏杆菌。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。
系统发育树的一部分人属胃肠道的种目放线菌目。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。对于其他人类胃肠道内的物种聚集放线菌目见图5。
系统发育树的一部分人属胃肠道的种目放线菌目。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。对于其他人类胃肠道内的物种聚集放线菌目见图4。
系统发育树的人的胃肠道种，属于类Bacteroidia。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。根深蒂固的拟杆菌基于SSU rRNA基因序列在远系统发育群中的聚类的spp.在灰色区域被描述。
人胃肠种的系统发育树，属于Cytophagia和Sphingobacteria。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。
系统发育树的一部分人属胃肠道的种目Lactobacillales。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。为其它胃肠道种，属Lactobacillales见图9。
人类胃肠道物种的系统发育树，这些物种属于链球菌科和Enterococcaceae。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。为其它胃肠道种，属Lactobacillales见图8。
系统发育树的一部分人属胃肠道的种目Bacillales。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在图中指定的家族中的聚类，与他们的官方分类形成对比。为其它胃肠道种，属Bacillales见图11。
系统发育树的一部分人属胃肠道的种目Bacillales。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。为其它胃肠道种，属Bacillales顺序见图10。
系统发育树中人类胃肠道的物种属于Clostridiaceae。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在图中指定的家族中的聚类，与他们的官方分类形成对比。根深蒂固的梭状芽胞杆菌基于SSU rRNA基因序列在远系统发育群中的聚类的spp.被描绘在灰色区域。
系统发育树中，人类胃肠道的物种属于该家族Lachnospiraceae。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在图中指定的家族中的聚类，与他们的官方分类形成对比。
系统发育树中人类的胃肠种属梭状芽胞杆菌群集IV，其中大部分属于Ruminococcaceae。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在图中指定的家族中的聚类，与他们的官方分类形成对比。根深蒂固的瘤胃球菌属基于SSU rRNA基因序列在远系统发育群中的聚类的spp.被描绘在灰色区域。
系统发育树中，人类胃肠道的物种属于该家族Eubacteriaceae和梭菌属的家庭十三世Incertae基准。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在图中指定的家族中的聚类，与他们的官方分类形成对比。根深蒂固的真细菌基于SSU rRNA基因序列在远系统发育群中的聚类的spp.在灰色区域被描述。
系统发育树中，人类胃肠道的物种属于各科Peptostreptococcaceae和梭菌属的家庭ξIncertae基准。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在图中指定的家族中的聚类，与他们的官方分类形成对比。
系统发育树部分打开，人类属胃肠道种厚壁菌门门，上面的五个种聚集在低多样性的三个科内。
系统发育树表明，人类胃肠的种属该目Negativicutes。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。
系统发育树表明，人类胃肠的种属该目Erysipelotrichi。GenBank为每个物种提供SSU rRNA基因序列的Accession number，而科是分的梭状芽胞杆菌集群(柯林斯et al。, 1994)。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列聚类在Erysipelotrichi与他们的官方分类相反。
系统发育树，人类胃肠道的种，属于Fusobacteria。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在图中指定的家族中的聚类，与他们的官方分类形成对比。
系统发育树中认为人的胃肠种属于该纲Alphaproteobacteria类。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。
系统发育树中认为人的胃肠种属于该纲Betaproteobacteria。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。
系统发育树中，人类胃肠道的物种属于该家族肠杆菌科。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。
系统发育树中认为人的胃肠种属于该纲Gammaproteobacteria没有肠杆菌科家庭。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。
系统发育树表明，人的胃肠种属于该纲Deltaproteobacteria和Epsilonproteobacteria。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了科名。粗体显示的物种是基于SSU rRNA基因序列在指定家族内的聚类，而不是其官方分类。
系统发生树的人类胃肠道物种，属于不同的细菌门，具有有限的多样性，和两个古菌门。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了门名。
人类胃肠道真菌的系统发育树。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了门名。
人类胃肠道微真核生物系统发育树。提供了每个物种SSU rRNA基因序列的GenBank登录号，并注明了门名。
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