． 2014年8月,32(8):834 - 41。

doi: 10.1038 / nbt.2942。 Epub 2014年7月6日。

人类肠道微生物菌群中参考基因的综合目录

Junhua李¹， Huijue贾²， Xianghang蔡²， Huanzi钟²，羌族冯^3.， Shinichi Sunagawa⁴， Manimozhiyan Arumugam⁵， Jens Roat Kultima⁴， Edi Prifti⁶，三倍的尼尔森⁷，阿格涅斯卡Sierakowska容克⁸， Chaysavanh Manichanh⁹， Bing陈¹⁰， Wenwei张¹⁰，佛罗伦萨Levenez⁶，胡安王¹⁰，荀勖¹⁰，梁萧¹⁰， Suisha梁¹⁰，亚东张¹⁰， Zhaoxi张¹⁰， Weineng陈¹⁰，海龙赵¹⁰，朱马纳优素福Al-Aama¹¹， Sherif Edris¹²， Huanming杨¹³，剑王¹⁴，托本汉森⁷， Henrik Bjørn尼尔森⁸， Søren椰子饼⁸，卡斯滕Kristiansen¹⁵，旧金山Guarner⁹，彼得森Oluf⁷，乔尔·多尔¹⁶，年代Dusko埃利希¹⁷， MetaHIT财团；博克同行¹⁸， 6月王¹⁹， MetaHIT财团

合作者,从属关系

合作者

尼古拉斯·庞斯， Emmanuelle勒夏特列原理， jean - michel Batto，肖恩·肯尼迪，佛罗伦萨Haimet， Yohanan Winogradski，埃里克·佩尔蒂埃，丹尼斯LePaslier，弗朗索瓦Artiguenave，托马斯Bruls，琼Weissenbach，凯斯特纳，朱利安Parkhill，玛丽亚Antolin，弗朗西斯克卡塞拉，纳塔莉亚Borruel， Encarna万利拉，安东尼奥Torrejon，杰拉德Denariaz，穆里尔Derrien， Johan E T van Hylckama Vlieg，帕特里克Viega， Raish软泥， 1月丘， Maria Rescigno博士，基督教Brechot，克里斯汀·M 'Rini，亚历山大Merieux， Takuji Yamada)，塞巴斯蒂安•蒂姆斯， Erwin G Zoetendal，米歇尔•Kleerebezem，威廉·M·德沃斯，安东内拉·Cultrone·拉斯泰利，马里昂勒克莱尔，凯瑟琳的字眼， Eric Guedon，克里斯汀Delorme， Severine Layec， Ghalia Khaci， Maarten van de Guchte， Gaetana Vandemeulebrouck，亚历山大·贾米特， Rozenn Dervyn，尼古拉斯·桑切斯， Herve Blottiere， Emmanuelle Maguin，皮埃尔·雷诺，朱利安丝锥， Daniel R门迪人

从属关系

¹1]北京工业大学，深圳，中国。华大基因香港研究院，中国香港。华南理工大学生物科学与技术学院，广州;[4]。
²1]北京工业大学，深圳，中国。[2]。
^3.1]北京工业大学，深圳，中国。[2]哥本哈根大学生物系，丹麦哥本哈根。[3]。
⁴欧洲分子生物学实验室，海德堡，德国。
⁵1]北京工业大学，深圳，中国。[2]欧洲分子生物学实验室，德国海德堡。[3]丹麦哥本哈根大学健康和医学科学学院诺和诺德基金会基础代谢研究中心。
⁶INRA，国家农业研究研究所，Metagenopolis, Jouy en Josas，法国。
⁷哥本哈根大学健康与医学科学学院诺和诺德基金会基础代谢研究中心，丹麦哥本哈根。
⁸丹麦技术大学生物序列分析中心，康根斯·林格比，丹麦。
⁹消化系统研究部，西班牙巴塞罗那奇贝雷赫德瓦尔德希布伦大学医院。
¹⁰深圳华大基因研究院,深圳,中国。
¹¹1]沙特阿拉伯吉达，阿卜杜勒阿齐兹国王大学医学院遗传医学系。[2]沙特阿拉伯吉达kaau医学院Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步行者- hd)。
¹²1]沙特阿拉伯吉达，kaau医学院，Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步步高)。[2]沙特阿拉伯吉达阿卜杜勒阿齐兹国王大学(KAU)理学院生物科学系。
¹³1]北京工业大学，深圳，中国。[2]沙特阿拉伯吉达kaau医学院Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步行者- hd)。中国杭州，詹姆斯沃森基因组科学研究所。
¹⁴1]北京工业大学，深圳，中国。中国杭州，詹姆斯沃森基因组科学研究所。
¹⁵哥本哈根大学生物系，丹麦哥本哈根。
¹⁶1]中国农业科学研究所，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院。[2]法国国立农业研究所，Unité 14121微生物营养综合研究所Santé，法国约萨斯。
¹⁷1]中国农业科学研究所，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院。[2]英国伦敦桥盖伊医院伦敦国王学院牙科研究所中央办公室宿主-微生物组相互作用中心。
¹⁸1]欧洲分子生物学实验室，德国，海德堡。[2] Max Delbrück德国柏林分子医学中心。
¹⁹1]北京工业大学，深圳，中国。[2]哥本哈根大学生物系，丹麦哥本哈根。[3]丹麦哥本哈根大学健康和医学科学学院诺和诺德基金会基础代谢研究中心。[4]沙特阿拉伯吉达kaau医学院Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步行者- hd)。[5]澳门科技大学，中国澳门。

PMID:24997786
DOI:10.1038 / nbt.2942

人类肠道微生物菌群中参考基因的综合目录

Junhua李et al。生物科技Nat》． 2014年8月．

． 2014年8月,32(8):834 - 41。

doi: 10.1038 / nbt.2942。 Epub 2014年7月6日。

作者

合作者

尼古拉斯·庞斯， Emmanuelle勒夏特列原理， jean - michel Batto，肖恩·肯尼迪，佛罗伦萨Haimet， Yohanan Winogradski，埃里克·佩尔蒂埃，丹尼斯LePaslier，弗朗索瓦Artiguenave，托马斯Bruls，琼Weissenbach，凯斯特纳，朱利安Parkhill，玛丽亚Antolin，弗朗西斯克卡塞拉，纳塔莉亚Borruel， Encarna万利拉，安东尼奥Torrejon，杰拉德Denariaz，穆里尔Derrien， Johan E T van Hylckama Vlieg，帕特里克Viega， Raish软泥， 1月丘， Maria Rescigno博士，基督教Brechot，克里斯汀·M 'Rini，亚历山大Merieux， Takuji Yamada)，塞巴斯蒂安•蒂姆斯， Erwin G Zoetendal，米歇尔•Kleerebezem，威廉·M·德沃斯，安东内拉·Cultrone·拉斯泰利，马里昂勒克莱尔，凯瑟琳的字眼， Eric Guedon，克里斯汀Delorme， Severine Layec， Ghalia Khaci， Maarten van de Guchte， Gaetana Vandemeulebrouck，亚历山大·贾米特， Rozenn Dervyn，尼古拉斯·桑切斯， Herve Blottiere， Emmanuelle Maguin，皮埃尔·雷诺，朱利安丝锥， Daniel R门迪人

从属关系

¹1]北京工业大学，深圳，中国。华大基因香港研究院，中国香港。华南理工大学生物科学与技术学院，广州;[4]。
²1]北京工业大学，深圳，中国。[2]。
^3.1]北京工业大学，深圳，中国。[2]哥本哈根大学生物系，丹麦哥本哈根。[3]。
⁴欧洲分子生物学实验室，海德堡，德国。
⁵1]北京工业大学，深圳，中国。[2]欧洲分子生物学实验室，德国海德堡。[3]丹麦哥本哈根大学健康和医学科学学院诺和诺德基金会基础代谢研究中心。
⁶INRA，国家农业研究研究所，Metagenopolis, Jouy en Josas，法国。
⁷哥本哈根大学健康与医学科学学院诺和诺德基金会基础代谢研究中心，丹麦哥本哈根。
⁸丹麦技术大学生物序列分析中心，康根斯·林格比，丹麦。
⁹消化系统研究部，西班牙巴塞罗那奇贝雷赫德瓦尔德希布伦大学医院。
¹⁰深圳华大基因研究院,深圳,中国。
¹¹1]沙特阿拉伯吉达，阿卜杜勒阿齐兹国王大学医学院遗传医学系。[2]沙特阿拉伯吉达kaau医学院Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步行者- hd)。
¹²1]沙特阿拉伯吉达，kaau医学院，Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步步高)。[2]沙特阿拉伯吉达阿卜杜勒阿齐兹国王大学(KAU)理学院生物科学系。
¹³1]北京工业大学，深圳，中国。[2]沙特阿拉伯吉达kaau医学院Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步行者- hd)。中国杭州，詹姆斯沃森基因组科学研究所。
¹⁴1]北京工业大学，深圳，中国。中国杭州，詹姆斯沃森基因组科学研究所。
¹⁵哥本哈根大学生物系，丹麦哥本哈根。
¹⁶1]中国农业科学研究所，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院。[2]法国国立农业研究所，Unité 14121微生物营养综合研究所Santé，法国约萨斯。
¹⁷1]中国农业科学研究所，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院，中国农业科学研究院。[2]英国伦敦桥盖伊医院伦敦国王学院牙科研究所中央办公室宿主-微生物组相互作用中心。
¹⁸1]欧洲分子生物学实验室，德国，海德堡。[2] Max Delbrück德国柏林分子医学中心。
¹⁹1]北京工业大学，深圳，中国。[2]哥本哈根大学生物系，丹麦哥本哈根。[3]丹麦哥本哈根大学健康和医学科学学院诺和诺德基金会基础代谢研究中心。[4]沙特阿拉伯吉达kaau医学院Al-Jawhara AlBrahim公主遗传疾病卓越研究中心(步行者- hd)。[5]澳门科技大学，中国澳门。

PMID:24997786
DOI:10.1038 / nbt.2942

摘要

人类肠道微生物群的许多分析都依赖于参考基因的目录。现有的人类肠道微生物组目录是基于来自单个队列的样本或参考基因组或蛋白质序列，这限制了对全球微生物组多样性的覆盖。在这里，我们将人类肠道宏基因组学(MetaHit)项目的249个新测序样本与1018个之前测序的样本结合起来，创建了一个来自三大洲的队列，其规模至少是以前基因编目中使用的队列的三倍。在此基础上，我们建立了包含9,879,896个基因的综合基因目录(IGC)。该目录包含了几乎完整的大多数肠道微生物的基因集，它们的质量也比以前的目录高得多。使用目录对来自中国和丹麦个体的一组样本进行分析，揭示了国家特有的肠道微生物特征。这一扩大的目录应有助于定量描述来自肠道微生物组的宏基因组、元转录组和元蛋白质组数据，以了解其在人类健康和疾病中在不同人群中的变化。

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1. Nat方法。2013 Dec;10(12):1196-9 -PubMed
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