。 2014年8月,32 (8):822 - 8。

doi: 10.1038 / nbt.2939。 Epub 2014年7月6日。

识别和组装基因组和遗传因素在复杂的宏基因组样本不使用参考基因组

H Bjørn尼尔森¹, 马修阿尔梅达², 阿格涅斯卡Sierakowska容克³, 西蒙·拉斯穆森⁴, Junhua李⁵, Shinichi Sunagawa⁶, Damian R Plichta⁴, Laurent Gautier⁴, 安德斯·彼得森G⁴, Emmanuelle勒夏特列原理⁷, 埃里克·佩尔蒂埃⁸, Ida邦德³, 三倍的尼尔森⁹, Chaysavanh Manichanh¹⁰, Manimozhiyan Arumugam¹¹, jean - michel Batto⁷, 马塞洛B Quintanilha多斯桑托斯⁴, Nikolaj布鲁姆¹², 纳塔莉亚Borruel¹⁰, 克里斯汀S b .⁹, Fouad Boumezbeur⁷, 弗朗西斯克卡塞拉¹⁰, 乔尔·多尔⁷, 彼得亚雷Dworzynski⁴, 旧金山Guarner¹⁰, 托本汉森¹³, 福尔克希尔德布兰德¹⁴, 罗尔夫年代成熟¹⁵, 肖恩·肯尼迪⁷, 卡斯滕Kristiansen¹⁶, Jens Roat Kultima⁶, 皮埃尔·伦纳德⁷, 佛罗伦萨Levenez⁷, 奥伦德⁴, Bouziane Moumen⁷, 丹尼斯·勒Paslier⁸, 尼古拉斯·庞斯⁷, 彼得森Oluf¹⁷, Edi Prifti⁷, 秦俊杰(音)¹⁸, 珀斯Raes¹⁹, Søren Sørensen^20., 朱利安丝锥⁶, 塞巴斯蒂安•蒂姆斯²¹, 大卫·W Ussery⁴, Takuji Yamada)²²; MetaHIT财团; 皮埃尔·雷诺²³, 托马斯Sicheritz-Ponten³, 博克同行²⁴, 6月王²⁵, Søren椰子饼³, 年代Dusko埃利希²⁶; MetaHIT财团

合作者,从属关系

合作者

H Bjørn尼尔森, 马修阿尔梅达, 阿格涅斯卡年代容克, 西蒙·拉斯穆森, Junhua李, Shinichi Sunagawa, Damian R Plichta, Laurent Gautier, 安德斯·彼得森G, Emmanuelle勒夏特列原理, 埃里克·佩尔蒂埃, Ida邦德, 三倍的尼尔森, Chaysavanh Manichanh, Manimozhiyan Arumugam, jean - michel Batto, 马塞洛B Quintanilha多斯桑托斯, Nikolaj布鲁姆, 纳塔莉亚Borruel, 克里斯汀S b ., Fouad Boumezbeur, 弗朗西斯克卡塞拉, 乔尔·多尔, 彼得亚雷Dworzynski, 旧金山Guarner, 托本汉森, 福尔克希尔德布兰德, 罗尔夫年代成熟, 肖恩·肯尼迪, 卡斯滕Kristiansen, Jens Roat Kultima, 皮埃尔·伦纳德, 佛罗伦萨Levenez, 奥伦德, Bouziane Moumen, 丹尼斯·勒Paslier, 尼古拉斯·庞斯, 彼得森Oluf, Edi Prifti, 秦俊杰(音), 珀斯Raes, Søren Sørensen, 朱利安丝锥, 塞巴斯蒂安•蒂姆斯, 大卫·W Ussery, Takuji Yamada), 皮埃尔·雷诺, 托马斯Sicheritz-Ponten, 博克同行, 6月王, Søren椰子饼, 年代Dusko埃利希, 亚历山大·贾米特, 亚历山大Merieux, 安东内拉·Cultrone·拉斯泰利, 安东尼奥Torrejon, Benoit Quinquis, 基督教Brechot, 克里斯汀Delorme, 克里斯汀·M 'Rini, 威廉姆•M•德•沃斯, Emmanuelle Maguin, Encarna万利拉, Eric Guedon, Falony格温, 佛罗伦萨Haimet, 弗朗索瓦Artiguenave, Gaetana Vandemeulebrouck, 杰拉德Denariaz, Ghalia Khaci, Herve Blottiere, Jan Knol, 琼Weissenbach, 约翰E T van Hylckama Vlieg, Jørgensen托本, 朱利安Parkhill, 凯斯特纳, Maarten van de Guchte, 玛丽亚Antolin, Maria Rescigno博士, 米歇尔•Kleerebezem, 穆里尔Derrien, 娜塔莉Galleron, 尼古拉斯·桑切斯, 尼尔斯·Grarup, 帕特里克Veiga, Raish软泥, Rozenn Dervyn, Severine Layec, 托马斯Bruls, Yohanan Winogradski, Zoetendal Erwin G

从属关系

¹1)生物序列分析中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。[2]诺和诺德基金会Biosustainability中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。[3]。
²1)INRA国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。[2]INRA,国家科学研究所Agronomique,我们1367 Metagenopolis Jouy Josas,法国。[3]的计算机科学,生物信息学和计算生物学中心,美国马里兰大学。[4]。
³1)生物序列分析中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。[2]诺和诺德基金会Biosustainability中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。
⁴生物序列分析中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。
⁵1]香港华大基因研究院研究所、中国香港。[2]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[3]生物科学和生物技术学院,华南理工大学,广州,中国。
⁶欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。
⁷1)INRA国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。[2]INRA,国家科学研究所Agronomique,我们1367 Metagenopolis Jouy Josas,法国。
⁸1)粮食l 'Energie Atomique等辅助能源替代品,研究所de Genomique埃夫里市,法国。[2]中心国家de la任职,法国埃夫里市。[3]大学d 'Evry Val d 'Essonne,法国埃夫里市。
⁹诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
¹⁰消化系统的研究单位,大学医院Vall d ' hebron, Ciberehd,西班牙巴塞罗那。
¹¹1]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[2]欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。[3]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
¹²诺和诺德基金会Biosustainability中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。
¹³1]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[2]大学健康科学学院、南加州大学丹麦,丹麦欧登塞。
¹⁴1]结构生物学,VIB,比利时布鲁塞尔。[2]生物科学工程系,sccp,比利时布鲁塞尔。
¹⁵国家食品研究所流行病学和微生物基因组学部门,丹麦技术大学的国王,丹麦。
¹⁶1]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[2]生物学系,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
¹⁷1]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[2]Hagedorn研究所、根措夫特、丹麦。[3]生物医学科学研究所的健康和医学科学,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[4]学院健康、奥尔胡斯大学、丹麦奥尔胡斯。
¹⁸1]香港华大基因研究院研究所、中国香港。[2]深圳华大基因研究院,深圳,中国。
¹⁹1)生物科学工程系,sccp,比利时布鲁塞尔。[2]的微生物学和免疫学,君威研究所KU鲁汶,比利时。[3]VIB疾病的生物学中心比利时鲁汶。
^20.部分微生物学,生物学系,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
²¹微生物学实验室,瓦赫宁根大学,荷兰瓦赫宁根。
²²1)欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。[2]生物信息学系东京理工学院、日本横滨。
²³INRA,国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。
²⁴1)欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。[2]马克斯·德尔布吕克分子医学中心,德国柏林。
²⁵1]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[2]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[3]生物学系,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[4]公主Al Jawhara卓越中心的遗传研究的障碍,阿卜杜拉国王大学,吉达,沙特阿拉伯。
²⁶1)INRA国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。[2]INRA,国家科学研究所Agronomique,我们1367 Metagenopolis Jouy Josas,法国。[3]伦敦国王学院、中心Host-Microbiome交互,牙科学院中央办公室,医院,联合王国。

PMID:24997787
DOI:10.1038 / nbt.2939

识别和组装基因组和遗传因素在复杂的宏基因组样本不使用参考基因组

H Bjørn尼尔森et al。生物科技Nat》。 2014年8月。

。 2014年8月,32 (8):822 - 8。

doi: 10.1038 / nbt.2939。 Epub 2014年7月6日。

作者

合作者

H Bjørn尼尔森, 马修阿尔梅达, 阿格涅斯卡年代容克, 西蒙·拉斯穆森, Junhua李, Shinichi Sunagawa, Damian R Plichta, Laurent Gautier, 安德斯·彼得森G, Emmanuelle勒夏特列原理, 埃里克·佩尔蒂埃, Ida邦德, 三倍的尼尔森, Chaysavanh Manichanh, Manimozhiyan Arumugam, jean - michel Batto, 马塞洛B Quintanilha多斯桑托斯, Nikolaj布鲁姆, 纳塔莉亚Borruel, 克里斯汀S b ., Fouad Boumezbeur, 弗朗西斯克卡塞拉, 乔尔·多尔, 彼得亚雷Dworzynski, 旧金山Guarner, 托本汉森, 福尔克希尔德布兰德, 罗尔夫年代成熟, 肖恩·肯尼迪, 卡斯滕Kristiansen, Jens Roat Kultima, 皮埃尔·伦纳德, 佛罗伦萨Levenez, 奥伦德, Bouziane Moumen, 丹尼斯·勒Paslier, 尼古拉斯·庞斯, 彼得森Oluf, Edi Prifti, 秦俊杰(音), 珀斯Raes, Søren Sørensen, 朱利安丝锥, 塞巴斯蒂安•蒂姆斯, 大卫·W Ussery, Takuji Yamada), 皮埃尔·雷诺, 托马斯Sicheritz-Ponten, 博克同行, 6月王, Søren椰子饼, 年代Dusko埃利希, 亚历山大·贾米特, 亚历山大Merieux, 安东内拉·Cultrone·拉斯泰利, 安东尼奥Torrejon, Benoit Quinquis, 基督教Brechot, 克里斯汀Delorme, 克里斯汀·M 'Rini, 威廉姆•M•德•沃斯, Emmanuelle Maguin, Encarna万利拉, Eric Guedon, Falony格温, 佛罗伦萨Haimet, 弗朗索瓦Artiguenave, Gaetana Vandemeulebrouck, 杰拉德Denariaz, Ghalia Khaci, Herve Blottiere, Jan Knol, 琼Weissenbach, 约翰E T van Hylckama Vlieg, Jørgensen托本, 朱利安Parkhill, 凯斯特纳, Maarten van de Guchte, 玛丽亚Antolin, Maria Rescigno博士, 米歇尔•Kleerebezem, 穆里尔Derrien, 娜塔莉Galleron, 尼古拉斯·桑切斯, 尼尔斯·Grarup, 帕特里克Veiga, Raish软泥, Rozenn Dervyn, Severine Layec, 托马斯Bruls, Yohanan Winogradski, Zoetendal Erwin G

从属关系

¹1)生物序列分析中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。[2]诺和诺德基金会Biosustainability中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。[3]。
²1)INRA国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。[2]INRA,国家科学研究所Agronomique,我们1367 Metagenopolis Jouy Josas,法国。[3]的计算机科学,生物信息学和计算生物学中心,美国马里兰大学。[4]。
³1)生物序列分析中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。[2]诺和诺德基金会Biosustainability中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。
⁴生物序列分析中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。
⁵1]香港华大基因研究院研究所、中国香港。[2]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[3]生物科学和生物技术学院,华南理工大学,广州,中国。
⁶欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。
⁷1)INRA国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。[2]INRA,国家科学研究所Agronomique,我们1367 Metagenopolis Jouy Josas,法国。
⁸1)粮食l 'Energie Atomique等辅助能源替代品,研究所de Genomique埃夫里市,法国。[2]中心国家de la任职,法国埃夫里市。[3]大学d 'Evry Val d 'Essonne,法国埃夫里市。
⁹诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
¹⁰消化系统的研究单位,大学医院Vall d ' hebron, Ciberehd,西班牙巴塞罗那。
¹¹1]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[2]欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。[3]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
¹²诺和诺德基金会Biosustainability中心,丹麦技术大学的国王,丹麦。
¹³1]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[2]大学健康科学学院、南加州大学丹麦,丹麦欧登塞。
¹⁴1]结构生物学,VIB,比利时布鲁塞尔。[2]生物科学工程系,sccp,比利时布鲁塞尔。
¹⁵国家食品研究所流行病学和微生物基因组学部门,丹麦技术大学的国王,丹麦。
¹⁶1]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[2]生物学系,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
¹⁷1]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[2]Hagedorn研究所、根措夫特、丹麦。[3]生物医学科学研究所的健康和医学科学,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[4]学院健康、奥尔胡斯大学、丹麦奥尔胡斯。
¹⁸1]香港华大基因研究院研究所、中国香港。[2]深圳华大基因研究院,深圳,中国。
¹⁹1)生物科学工程系,sccp,比利时布鲁塞尔。[2]的微生物学和免疫学,君威研究所KU鲁汶,比利时。[3]VIB疾病的生物学中心比利时鲁汶。
^20.部分微生物学,生物学系,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。
²¹微生物学实验室,瓦赫宁根大学,荷兰瓦赫宁根。
²²1)欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。[2]生物信息学系东京理工学院、日本横滨。
²³INRA,国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。
²⁴1)欧洲分子生物学实验室,德国海德堡。[2]马克斯·德尔布吕克分子医学中心,德国柏林。
²⁵1]深圳华大基因研究院,深圳,中国。[2]诺和诺德基金会基本代谢研究中心,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[3]生物学系,哥本哈根大学,哥本哈根,丹麦。[4]公主Al Jawhara卓越中心的遗传研究的障碍,阿卜杜拉国王大学,吉达,沙特阿拉伯。
²⁶1)INRA国家科学研究所Agronomique, UMR 14121 MICALIS Jouy Josas,法国。[2]INRA,国家科学研究所Agronomique,我们1367 Metagenopolis Jouy Josas,法国。[3]伦敦国王学院、中心Host-Microbiome交互,牙科学院中央办公室,医院,联合王国。

PMID:24997787
DOI:10.1038 / nbt.2939

文摘

最新方法分析宏基因组数据依赖比较参考基因组,但是许多环境的微生物多样性远远超出了参考数据库。新创分离复杂的宏基因组数据转换成特定的生物实体,如特定的菌株或病毒,仍然是一个很大程度上未解决的问题。在这里,我们提出一个方法,基于面元co-abundant基因在一系列的宏基因组样本,使综合新发现的微生物有机体,艾滋病病毒和因此而遗传基因实体和微生物基因组的组装不需要参考序列。我们证明了方法的数据从396年人类肠道微生物组样本,确定7381年co-abundance基因组(cag),包括741种基因变体(毫克)。我们使用这些组装238高质量的微生物基因组和识别出来和数以百计的病毒或基因实体之间的关系。我们的方法提供了多样性的手段综合分析复杂的宏基因组样本。

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引用

1. 《公共科学图书馆•综合》。2012;7 (10):e47656 -PubMed
1. BMC生物信息学。2007年6月18日,8:209 -PubMed
1. 生物信息学。2009年8月1;25 (15):1966 - 7PubMed
1. J Bacteriol。2011年10月,193 (19):5560 - 1 -PubMed
1. 活细胞生态。2010年11月,60 (4):708 - 20 -PubMed

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