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多中心研究
。 2015年1月29日,160 (3):447 - 60。
doi: 10.1016 / j.cell.2015.01.002。 Epub 2015年1月22日。

针对疾病的改变肠virome在炎症性肠病

杰森M诺曼1, 斯科特·汉德里1, 梅根T Baldridge1, 林赛所有权1, 凯瑟琳Y刘1, 布莱恩·C·凯勒2, 阿玛尔Kambal1, 辛西娅·L摩纳哥2, 国研赵3, 菲利普Fleshner4, 撒迪厄斯年代Stappenbeck1, 德莫特·P B麦戈文5, 阿里沙6, Ece一Mutlu6, 珍妮索克人7, Gevers德克8, Ramnik J泽维尔9, 大卫•王3, 英里Parkes10, 赫伯特W处女11
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多中心研究

针对疾病的改变肠virome在炎症性肠病

杰森M诺曼et al。 细胞。 。
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文摘

减少肠道细菌种群的多样性是观察患者的克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)。还不知道这种virome在这些疾病。我们表明,肠virome CD和UC患者的异常。深入分析肠道准备免费浓缩病毒粒子的相关显示CD和加州大学的大幅扩张Caudovirales噬菌体。viromes CD和UC患者疾病和特定群体。重要的是,它没有出现肠virome的扩张和多元化是次要的细菌数量的变化。这些数据支持一个模型的变化virome可能导致肠道炎症和细菌失调。我们得出这样的结论:virome导致候选人,或作为一个生物标志物,人类炎症性肠病和推测,肠virome可能在其他疾病中发挥作用。

数据

图1
图1所示。在IBD病毒分类作业和不平衡
相对丰富的序列)分配给指定的病毒分类单元。误差线代表平均值+ /−SD。B)关联的情节Caudovirales和Microviridae所有样本相对丰富。线性回归+ /−95%置信区间和斯皮尔曼相关系数。C)Microviridae和Caudovirales相对丰富的英国家庭控制,加州大学和CD(上);洛杉矶和芝加哥IBD(底部)。酒吧表示中位数和四分位范围。统计学意义是由Mann-Whitney测试。参见表S1、S2和S3。
图2
图2。深入,纵向队列研究图形的时间表
)英国IBD粪便样本和non-IBD家庭控制大便收集在出现症状(弹)和收集症状解决表示。每个IBD耀斑的长度由红色阴影椭圆表示。样品由家庭注释ID和样本数量。B)芝加哥大学样本收集第一再次在不活跃的疾病和症状加剧。样品是由主题和注释的样本数量。参见表S1和S2。
图3
图3。噬菌体的扩张与CD和加州大学相关联
一)Presence-absence热图序列分配到Caudovirales分类群在车牌区域准备从英国家庭控制,CD和加州大学粪便样本。稀疏曲线B和C)Caudovirales丰富和越来越多的灰度与更换。B)Caudovirales基于单个序列的丰富性。C)基于组装的丰富性Caudovirales重叠群。500次迭代的曲线代表平均在每个样本的深度。D)的维恩图Caudovirales类群在家居控制、CD和加州大学样本。N =样本在每个子群的数量。E和F)块的相对丰度35最丰富Caudovirales分类群在英国加州大学和CD的家庭。酒吧是由家庭ID和注释的样本数量。绿色数字=家庭控制;紫色数字= CD;红色数字=加州大学。参见图S1,表S4, S5, S6。
图4
图4。改变的细菌群落组成在炎症性肠病
一)α多样性(左)和细菌物种丰富度(右)基于16 s rRNA基因序列在凳子上家庭控制,CD和UC患者。统计学意义是由克鲁斯卡尔-沃利斯检验邓恩的校正比较所有样本所有样品。* * = p > 0.01。B和C)块α多样性规范化多样性的家庭控制(上)和细菌的家庭相对丰度(底部)的英国家庭和B) CD C)加州大学家庭。绿色数字=家庭控制;紫色数字= CD;红色数字=加州大学。参见表S5, S7、S8。
图5
图5。特定疾病在IBD Bacteria-Caudovirales模式
斯皮尔曼相关的情节Caudovirales丰富,Caudovirales香农多样性、细菌α多样性和细菌物种丰富度对英国家庭控制,CD,和加州大学样本。为所有成对比较确定统计学意义;那些p值< 0.05。积极的价值观(蓝圈)表示正相关和负相关值(红圈)表明逆相关性。圆的大小和阴影显示的大小相关,深色调比浅色更相关。B)斯皮尔曼相关块的相对丰度50个最丰富的Caudovirales类群和细菌的家庭确定与疾病密切相关。英国家庭控制(上),CD(中间)和加州大学(底部)样本。灰色条指示任何类群中没有检测到群子群。为所有成对比较确定统计学意义;仅显示显著(p值< 0.05)。也参见图S2。
图6
图6。验证细菌失调的另外两个军团
A和B)信仰的系统发育α多样性(左)和细菌物种丰富度(右)基于16 s rRNA基因序列的凳子)芝加哥健康对照组,CD,和UC患者和健康对照组B)波士顿,CD,和UC患者。统计学意义是由克鲁斯卡尔-沃利斯检验邓恩的校正比较所有样本所有样品。* * = * = p > 0.05, p > 0.01。C)的α多样性规范化健康受试者的平均多样性(上)和相对细菌家庭富足芝加哥和波士顿军团(底部)。健康的控制、加州大学和CD样品。纵向样本相同的主题被组合在一起。参见表S5, S7、S8。
图7
图7。的验证Caudovirales在两个额外的临床队列的扩张
A和B)稀疏曲线Caudovirales灰度丰富与越来越多的替代芝加哥(上)和波士顿(底部)军团。一)Caudovirales基于单个序列的丰富性。丰富的基础上Caudovirales重叠群。C)的维恩图Caudovirales分类群在健康控制、CD和加州大学芝加哥样本(上)和波士顿(底部)。N =样本在每个子群的数量。参见表S4, S5, S6。
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评论

  • 炎症性肠病。肠道微生物群在IBD病毒。
    雷K。 雷K。 Nat牧师杂志。2015年3月,12 (3):122。doi: 10.1038 / nrgastro.2015.26。Epub 2015 2月10。 Nat牧师杂志》2015。 PMID:25666643 没有可用的抽象。
  • 肠Virome在炎症性肠病。
    布鲁克斯J,沃森AJ。 布鲁克斯J,等。 胃肠病学。2015年10月,149 (4):1120 - 1。doi: 10.1053 / j.gastro.2015.08.022。Epub 2015年8月25日。 胃肠病学》2015。 PMID:26319032 免费的PMC的文章。 没有可用的抽象。

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