LD评分回归在全基因组关联研究中区分混杂与多基因性
合作者,从属关系
- PMID:25642630
- PMCID:PMC4495769
- DOI:10.1038 / ng.3211
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LD评分回归在全基因组关联研究中区分混杂与多基因性
Nat麝猫．
2015年3月．
免费的PMC的文章
摘要
在全基因组关联研究(GWAS)中，多基因性(许多小的遗传效应)和混淆性偏差，如隐性亲缘性和群体分层，都可能产生测试统计数据的膨胀分布。然而，目前的方法不能区分膨胀与真正的多基因信号和偏倚。我们开发了一种方法，LD评分回归，通过检查测试统计量和链接不平衡(LD)之间的关系来量化每个贡献。LD评分回归截距可用于估计比基因组对照更强大和更准确的校正因子。我们发现有力的证据表明，在许多大样本量的GWAS中，多基因性是检验统计量膨胀的主要原因。
数据
选定模拟的结果。(一)带有人口分层的QQ图(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.30)。(b)QQ图的多基因遗传结构与0.1%的SNPs因果关系(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.006)(c)具有人口分层的LD评分图。每个点表示一个LD分数分位数，其中x点的-坐标为该分位数和y-coordinate是均值χ2分位数的变异。颜色对应回归权重，红色表示权重大。黑线为LD评分回归线。(d)与c组相同，但具有多基因遗传结构的LD评分图。
选定模拟的结果。(一)带有人口分层的QQ图(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.30)。(b)QQ图的多基因遗传结构与0.1%的SNPs因果关系(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.006)(c)具有人口分层的LD评分图。每个点表示一个LD分数分位数，其中x点的-坐标为该分位数和y-coordinate是均值χ2分位数的变异。颜色对应回归权重，红色表示权重大。黑线为LD评分回归线。(d)与c组相同，但具有多基因遗传结构的LD评分图。
选定模拟的结果。(一)带有人口分层的QQ图(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.30)。(b)QQ图的多基因遗传结构与0.1%的SNPs因果关系(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.006)(c)具有人口分层的LD评分图。每个点表示一个LD分数分位数，其中x点的-坐标为该分位数和y-coordinate是均值χ2分位数的变异。颜色对应回归权重，红色表示权重大。黑线为LD评分回归线。(d)与c组相同，但具有多基因遗传结构的LD评分图。
选定模拟的结果。(一)带有人口分层的QQ图(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.30)。(b)QQ图的多基因遗传结构与0.1%的SNPs因果关系(λGC= 1.32, LD得分回归截距= 1.006)(c)具有人口分层的LD评分图。每个点表示一个LD分数分位数，其中x点的-坐标为该分位数和y-coordinate是均值χ2分位数的变异。颜色对应回归权重，红色表示权重大。黑线为LD评分回归线。(d)与c组相同，但具有多基因遗传结构的LD评分图。
D评分回归图用于当前精神分裂症meta分析。每个点表示一个LD分数分位数，其中x点的-坐标为该分位数和y-coordinate是均值χ2分位数的变异。颜色对应回归权重，红色表示权重大。黑线为LD评分回归线。这条线看起来低于右边的点，因为这是一个加权回归，其中左边的点得到最大的权重(在线方法)。
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