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． 2015年11月3;6(34):35684-98。
doi: 10.18632 / oncotarget.5533。

长链非编码rna在胰腺癌中的表达谱及其作为生物标志物的临床意义

Yingxue王1， 志华李2， Shangyou郑1， 于周1， Lei赵3.， Huilin你们1， 晓惠赵4， Wenchao高1， 志强傅1， Quanbo周1， 刘伊敏4， 陈墨头1
从属关系
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长链非编码rna在胰腺癌中的表达谱及其作为生物标志物的临床意义

Yingxue王et al。 Oncotarget． ．
免费PMC文章

摘要

长链非编码rna (Long non-coding RNAs, lncRNAs)作为一种强大的非侵袭性肿瘤标志物已显示出巨大的潜力。然而，人们对其在胰腺癌(PC)中的生物标志物价值知之甚少。我们应用了一个Arraystar Human LncRNA Microarray，它靶向7419个LncRNA，以确定LncRNA在PC中的表达谱，并筛选潜在的生物标志物。PC组织中增加最多的lncRNAs为HOTTIP-005、XLOC_006390和RP11-567G11.1。HOTTIP-005和RP11-567G11.1表达升高是PC患者预后不良的因素(n = 144, p < 0.0001)。同时检测了PC中HOTTIP剪接变体的表达模式。HOTTIP-005和HOTTIP-001分别是第一个和第二个增加最多的HOTTIP拼接变体。血浆HDRF和RDRF (HOTTIP-005和RP11-567G11.1来源于血浆/血清中的RNA片段)以稳定的形式存在。与健康对照组相比，PC患者中其水平显著升高(n = 127和122,p < 0.0001)，高水平来自PC。HDRF和RDRF水平是区分PC患者和非PC患者的有希望的指标。 This study identified HOTTIP-005 and RP11-567G11.1 and their plasma fragments with the potential to be used as prognostic and diagnostic biomarkers of PC. Further large-scale prospective studies are needed to confirm our findings.

关键词:生物标志物;长链非编码RNA;微阵列;胰腺癌;拼接变体。

利益冲突声明

利益冲突

作者声明他们没有经济利益冲突。

数据

图1
图1。慢性胰腺炎与PC组织lncRNA表达谱的差异
一个。热图显示PC组织和慢性胰腺炎组织中不同lncRNA表达谱的分级聚类(折叠变化> 2.5)。红色色标，表达更高;绿色刻度，表达较低。B。高分辨率热图显示XLOC_006390、HOTTIP-005和RP11-567G11.1是PC组织中上调最多的lncRNAs。A1-4:糖尿病相关PC;B1-4: PC无糖尿病;C1-4:慢性胰腺炎。
图2
图2。HOTTIP剪接变体表达水平的鉴定
一个。五种HOTTIP拼接变体及其序列代表图;设计针对HOTTIP-001、HOTTIP-002和HOTTIP-005的特异性qRT-PCR引物。HOTTIP-003和HOTTIP-006序列与HOTTIP-005完全或密切匹配，我们设计了一个同时针对HOTTIP-003、HOTTIP-005和HOTTIP-006的引物。B。PC组织中HOTTIP-001、HOTTIP-002、HOTTIP-003、HOTTIP-005和HOTTIP-006相对于邻近非肿瘤组织的表达水平(n= 10)。HOTTIP-005是PC组织中上调最多的剪接变体，其次是HOTTIP-001。β-肌动蛋白为归一化对照。
图3
图3。XLOC_006390、HOTTIP-005和RP11-567G11.1在PC细胞系和组织中表达增加
一个。qRT-PCR检测PC细胞系XLOC_006390、HOTTIP-005和RP11-567G11.1的表达，并与HPDE6细胞系进行比较。B。XLOC_006390,C。hottip - 005,D。RP11-567G11.1在PC组织中的表达水平均显著高于非肿瘤组织(n= 144,P< 0.0001)。ΔCT值越小，表达式越高。β-肌动蛋白为归一化对照。E。XLOC_006390,F。hottip - 005,G。采用ΔCT法测定RP11-567G11.1相对基因表达量;数据格式为2−ΔΔCT。折变> 1.5视为上调。XLOC_006390、HOTTIP-005、RP11-567G11.1在PC组织样本中分别上调76.4%(110/144)、81.9%(118/144)、66.7%(96/144)。
图4
图4。HOTTIP-005、XLOC_006390和RP11-567G11.1表达的预后意义
比较基因高表达组和低表达组的总生存期一个。hottip - 005 (P< 0.0001,n= 118和26)，B。rp11 - 567 g11.1 (P< 0.0001,n= 110和34)，和C。XLOC_006390 (P= 0.051,n= 96和48)。HOTTIP-005、RP11-567G11.1、XLOC_006390高、低表达亚群的中位生存时间分别为14、45个月、13、30个月、15、17个月。Kaplan-Meier生存估计和log-rank检验确定HOTTIP-005和RP11-567G11.1表达增加预示PC预后不良。
图5
图5。血浆/血清lncRNA片段的一般特征
一个。HOTTIP-005和qRT-PCR检测B。10份PC血浆中RP11-567G11.1片段的表达。HOTTIP-005扩增子9和RP11-567G11.1扩增子3是表达量最高的片段。C。hottip - 005和D。RP11-567G11.1底漆设计原理图。的比较E。HDRF和F。血浆和血清RDRF水平。我们用qRT-PCR方法在10个独立样本中检测其表达水平。采用GAPDH作为归一化控制。
图6
图6。人血浆lncRNA片段的稳定性
HDRF(上)和RDRF(下)血浆水平在长时间暴露于室温或- 80°C和多次冻融后保持稳定。
图7
图7。人血浆lncRNA片段来源
一个。异种移植血浆中HDRF和RDRF的检测(n= 10)，均明显高于对照组(n= 10)。B。PC组织和血浆中HOTTIP-005和RP11-567G11.1水平的Spearman秩相关散点图。数据以ΔCt值表示。PC组织中HOTTIP-005和RP11-567G11.1的表达水平与血浆中HDRF和RDRF水平显著相关。C。PC患者术前及术后7天HDRF和RDRF表达水平(n= 9)。术后HDRF、RDRF水平均显著降低。
图8
图8。HDRF和RDRF作为检测PC的血浆生物标志物的验证
一个。散点图显示127份PC和122份对照血浆样本的qRT-PCR测定的HDRF和RDRF ΔCT值。ΔCT值越小，表达式越高。采用GAPDH作为归一化控制。B。显示HDRF和RDRF诊断性能的ROC曲线。
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参考文献

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