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比较研究
。 2015年12月,110 (12):1718 - 29;1730年测试。
doi: 10.1038 / ajg.2015.357。 Epub 2015年11月3。

广泛的调制在克罗恩病患儿粪便Metagenome独家肠内营养

克里斯托弗•海棠1, 欧麦尔Zeeshan Ijaz2, 尼克·鲁曼3, 一个Murat Eren4, 戴尔芬Saulnier5, 朱莉·罗素2, 莎拉·J黑格2, Szymon T Calus3, 约书亚快速3, 安德鲁·巴克利6, 马丁Bertz5, 迈克尔Blaut5, 理查德•汉森6, Paraic McGrogan6, 理查德·K·罗素6, 克里斯汀的爱德华7, Konstantinos Gerasimidis7
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广泛的调制在克罗恩病患儿粪便Metagenome独家肠内营养

克里斯托弗•海棠et al。 是杂志。 2015年12月。
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文摘

目的:探讨肠道微生物群之间的联系和结肠炎症和评估顺序变化独家肠内营养(甚至)可能提供线索到微生物克罗恩病(CD)的起源。

方法:收集粪便样本(n = 117)从23 CD和21个健康的孩子。从CD之前孩子收集粪便样本,即使期间,当病人回到他们的饮食习惯。微生物群组成和功能能力特点使用16 s rRNA基因和猎枪宏基因组的测序。

结果:微生物多样性较低甚至在CD比控制(P = 0.006);差异中观察到36属、141操作分类单元(辣子鸡),44 oligotypes。即使期间,CD儿童的微生物多样性进一步减少,和社区的结构变得更加不同的控制。即使每10天,0.6属多样性等价物丢失;即使期间34属减少和增加。粪便calprotectin与35个辣子鸡,14占78%的变异。辣子鸡,积极的还是消极的相关calprotectin在甚至有所下降。CD患者整体功能的微生物群能力比健康对照组,但是即使多样性降低。基因参与膜运输、减少硫、和营养之间的生物合成不同病人和控制。大量的基因参与生物素(P = 0.005)和硫胺素生物合成下降(P = 0.017),而那些参与亚精胺、腐胺生物合成(P = 0.031),或shikimate通路(P = 0.058),即使期间增加。

结论:治疗后疾病改善甚至与肠道微生物的广泛调制相关联。

利益冲突声明

担保人的文章:Konstantinos Gerasimidis博士,MSc,二元同步通信。

特定作者的贡献:kg。,C.Q., N.L., R.K.R., C.A.E., and P.M. contributed to study concept and design; K.G., S.J.H., S.T.C., J.Q., J.R., D.S., and M.B. contributed to acquisition of data; all authors contributed to the analysis and interpretation of data, drafting, and critical revision of the manuscript for important intellectual content; A.M.E., C.Q., N.L., and U.Z.I. contributed to bioinformatics and statistical analysis; K.G., A.B., R.K.R., C.A.E., and P.M. obtained funding; K.G., J.R., S.J.H., J.Q., and M.B. contributed to technical aspects of the study; K.G., C.Q., C.A.E., N.L., and R.K.R. contributed in study supervision.

潜在的利益冲突:上面罗素已收到的费用,旅游支持和参与医疗与雀巢公司董事会会议。p . McGrogan收到议长费、旅游支持和参与医疗与雀巢公司董事会会议。其余作者声明没有利益冲突。

金融支持:研究和k . Gerasimidis希腊政府奖学金资助的基金会,希腊胃肠病学的基础,和营养,巴尔养老基金Yorkhill儿童基金会和克罗恩病的儿童研究协会。c .海棠由MRC奖学金资助的一部分爬财团格兰特裁判:/ L015080/1先生。U.Z. Ijaz由NERC IRF NE / L011956/1。R K罗素支持一个NHS研究苏格兰职业奖学金奖和MRC格兰特皮克特(G0800675)。

数据

图1
图1
属香农多样性、丰富性等价物(一个)")和多维标度(nmd)操作分类单位(OTU)社区结构(b甚至)为每个样本时间克罗恩病(CD)儿童和健康对照组。(一个)在物种多样性,等价物,减少在独家肠内营养(即使;P= 0.037),高于健康儿童和CD孩子时(P= 0.009)。(b)nmd阴谋使用Bray-Curtis距离3%的OTU社区结构。
图2
图2
相对丰富的20个最丰富的细菌属(一个)、操作分类单元(辣子鸡)(b)和MetaPhlAn物种猎枪metagenome样品(c)对于每一个独家肠内营养(甚至)样例克罗恩病(CD)的儿童和健康对照组。辣子鸡作业请参见表S14系列补充。
图3
图3
日志大量OTU3 (双歧杆菌属。)(一个),OTU122 (Atopobium spp)(b)和OTU4 (Ruminoccocus gnavus)(c)的函数天甚至歧视的话题。调整P价值观:OTU122 = 0.0338;OTU3 = 0.00573;OTU4 = 0.0897。全彩色版的这个数字是可用的美国胃肠病学杂志》在线》杂志上。甚至,独家肠内营养;OTU,操作分类单位。
图4
图4
KEGG模块为每个甚至样品时间和参与者(香农多样性一个)和日志模块的相对丰度,即使期间显著改变(b)。(一个即使期间)多样性没有影响(P= 0.260),但有一个区别H和CD之前甚至(P= 0.05)。(b):M00123,生物素生物合成,P= 0.005;M00127,硫胺素生物合成,P= 0.0166;M00299,亚精胺/腐胺传输系统,P= 0.0307;M00022 shikimate通路,P= 0.058。P值是基于线性回归KEGG模块日志相对丰度对天与subject-dependent即使截获与至少两个猎枪metagenome样品11个孩子。Benjamini-Hochberg错误发现率是用来调整多个意义值比较。所有的模块平均丰度> 1.0×10−9进行了测试;只有调整P值< 0.1所示。全彩色版的这个数字是可用的美国胃肠病学杂志》在线》杂志上。CD,克罗恩病;甚至,独家肠内营养;KEGG,京都基因和基因组的百科全书。
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评论

  • 应对Kaakoush et al。
    Gerasimidis K, Ijaz是乌斯,爱德华兹C,罗素RK,海棠C,汉森R。 Gerasimidis K, et al。 杂志。2016年7月,111 (7):1033 - 4。doi: 10.1038 / ajg.2016.169。 杂志。2016。 PMID:27356826 没有可用的抽象。
  • 减少肠道微生物多样性作为独家肠内营养的作用机制。
    Kaakoush不,天,浸出圣米切尔Lemberg哒,嗯。 Kaakoush et al。 杂志。2016年7月,111 (7):1033。doi: 10.1038 / ajg.2016.61。 杂志。2016。 PMID:27356827 没有可用的抽象。

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