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比较研究
。 2015年12月21日,25日(24):3161 - 9。
doi: 10.1016 / j.cub.2015.10.060。 Epub 2015年12月6日。

的微生物群落中多样性夏安族和阿拉帕霍个人从俄克拉何马州西部

Krithivasan Sankaranarayanan领导1, 安德鲁·T Ozga1, 克里斯蒂娜Warinner1, 劳尔Y铁托1, 亚历山德拉J Obregon-Tito1, Jiawu徐1, 帕特里克·米加2, Lori L杰维斯3, Derrell考克斯4, 枪骑兵斯蒂芬斯5, 莫里斯福斯特6, 格洛丽亚Tallbull7, 保罗Spicer3, 塞西尔M刘易斯8
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的微生物群落中多样性夏安族和阿拉帕霍个人从俄克拉何马州西部

Krithivasan Sankaranarayanan领导et al。 咕咕叫杂志。 。
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文摘

描述现有的研究肠道微生物变化在美国遭受人口确定偏差,个人最弱势的美国印第安人的祖先。在这里,我们描述了首次肠道微生物多样性研究的一个印第安人社区。我们与夏安族和阿拉帕霍(C&A),联邦政府承认美国印第安部落在俄克拉何马州,并比较肠道微生物多样性和代谢功能的C&A参与者个人非血统在俄克拉何马州(NNIs)。虽然C&A和NNI参与者共享微生物特性普遍工业化人口,C&A参与者分类配置文件以减少大量的抗炎细菌属Faecalibacterium,随着粪便代谢物概要文件类似于dysbiotic状态描述代谢紊乱。美国印第安人,代谢紊乱的风险升高。虽然许多方面的健康差距仍然知之甚少,我们的研究结果支持需要进一步研究微生物因素。作为治疗微生物研究领域的转换,它引发的担忧是,继续排斥和缺乏美国印第安人社区参与这些研究将进一步加剧健康差异。增加动量在培养这些急需的伙伴关系,至关重要的是,科学界积极参与和招募这些弱势群体在基础研究策略,促进相互信任和理解,在这项研究中。

利益冲突声明

披露声明

作者宣称没有利益冲突。

数据

图1
图1所示。topshop的微生物群落中多样性
(一)门级别分类总结。每一列表示一个独立的个体。个人按城镇分组。阴影酒吧以下图表显示个人的元数据值。黑暗与光明颜色对应自述T2D(正/负),抗生素的使用(正/负),分别和性别(女性/男性)。BMI状态阴影光线黑暗,相应的正常、超重和肥胖类别分别。参见表S1, S2和图S1。(B)的相对丰度分布属C&A之间普遍观察到的前15名。误差线表明95%置信区间(C)和(D) PCoA情节产生加权UniFrac距离矩阵。个人颜色由吸烟状态(C),并使用抗生素(D),红色和蓝色描绘,描绘。 All analyses were performed on OTU tables rarefied to 10,000 reads per individual.
图2
图2。微生物多样性对比C&A,此前公布的数据从NNI和南美土著人口(说mateses Tunapuco)
[7]。所有分析OTU表稀薄10000读/个人。所有的分析仅限于成年人(18岁>)。个人是由人口的颜色。(一)PCoA情节产生加权UniFrac距离矩阵。topshop和NNI个人说mateses和Tunapuco分开集群。(B)微生物丰富的系统发育多样性。topshop和NNI相比减少了微生物丰富说mateses和Tunapuco人口。误差线表明95%的置信区间。门级分类总结图提供了S2。
图3
图3。摘要肠道微生物功能潜在的重叠群装配齿轮产生的注释
在C&A NNI,个人分层集群。分析齿轮表上稀薄的重叠群总丰度1000000个人。S3组装和注释提供了统计数据表。
图4
图4。热图描绘代谢物显示C&A和NNI种群之间的显著差异
代谢产物颜色的功能的途径。生代谢物提供数据表S4。饮食代谢物和Taxa-metabolite C&A S5总结在表内的相关性,分别和S6。
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