． 2016年5月12日;11(5):e0155362。

doi: 10.1371 / journal.pone.0155362。 eCollection 2016。

结直肠癌和人类肠道微生物组:全基因组霰弹枪测序的可重复性

艾米丽Vogtmann¹²，邢华¹， Georg西^3.， Shinichi Sunagawa^3.，安妮塔·Y·福格特^3.456，劳伊娜Hercog⁷，詹姆斯·J·戈德特¹，所施¹，博克同行^3.689， Rashmi Sinha¹

从属关系

¹美国马里兰州贝塞斯达国家癌症研究所癌症流行病学和遗传学分部。
²美国马里兰州贝塞斯达国家癌症研究所癌症预防部。
^3.结构和计算生物学单元，欧洲分子生物学实验室，海德堡，德国。
⁴德国海德堡大学附属医院病理研究所应用肿瘤生物学科。
⁵应用肿瘤生物学临床合作单位，德国癌症研究中心(DKFZ)，德国海德堡。
⁶分子医学合作单位(MMPU)，海德堡大学医院和欧洲分子生物学实验室，海德堡，德国。
⁷基因组学核心设施，欧洲分子生物学实验室，德国海德堡。
⁸Max Delbrück分子医学中心，柏林，德国。
⁹德国Würzburg大学生物信息系生物中心，Würzburg。

PMID:27171425
PMCID:PMC4865240
DOI:10.1371 / journal.pone.0155362

免费PMC文章

结直肠癌和人类肠道微生物组:全基因组霰弹枪测序的可重复性

艾米丽Vogtmannet al。《公共科学图书馆•综合》． 2016．

免费PMC文章

． 2016年5月12日;11(5):e0155362。

doi: 10.1371 / journal.pone.0155362。 eCollection 2016。

作者

从属关系

¹美国马里兰州贝塞斯达国家癌症研究所癌症流行病学和遗传学分部。
²美国马里兰州贝塞斯达国家癌症研究所癌症预防部。
^3.结构和计算生物学单元，欧洲分子生物学实验室，海德堡，德国。
⁴德国海德堡大学附属医院病理研究所应用肿瘤生物学科。
⁵应用肿瘤生物学临床合作单位，德国癌症研究中心(DKFZ)，德国海德堡。
⁶分子医学合作单位(MMPU)，海德堡大学医院和欧洲分子生物学实验室，海德堡，德国。
⁷基因组学核心设施，欧洲分子生物学实验室，德国海德堡。
⁸Max Delbrück分子医学中心，柏林，德国。
⁹德国Würzburg大学生物信息系生物中心，Würzburg。

PMID:27171425
PMCID:PMC4865240
DOI:10.1371 / journal.pone.0155362

摘要

越来越多的证据表明，肠道菌群影响结直肠癌的发展，但之前的研究在人群、技术方法和与癌症的关系方面存在差异。了解这些变化对于比较和跨研究的潜在汇集是必要的。因此，我们对来自华盛顿特区的52例治疗前结直肠癌病例和52例匹配对照的粪便样本进行了全基因组鸟枪测序。我们将先前发表的16S rRNA研究结果与同一种群内的宏基因组衍生分类学进行了比较。此外，华盛顿特区病例和对照中的宏基因组预测基因、模块和途径与法国招募的病例和对照进行了比较，后者的标本使用相同的平台进行处理。宏基因组学重现了粪便梭杆菌、梭杆菌和卟啉单胞菌与16S rRNA检测到的结直肠癌之间的关联，而基于16S rRNA的癌症病例中梭状芽孢杆菌的相对丰度较高只是基于宏基因组学的边缘。这表明，在同一样本集中，大多数，但不是所有的分类关联都可以用两种方法看到。考虑到最近发表的法国宏基因组学数据集中基因、模块和通路的相对丰度与癌症的显著相关性，在华盛顿特区人群中，10个基因中有4个基因，9个模块中有3个基因，17个通路中有7个基因被检测到具有统计学意义的相关性。总的来说，在华盛顿特区的研究中，大肠癌的状况与法国研究中确定的39%的宏基因组预测基因、模块和途径相关。需要在人群内部和人群之间进行更多的比较，以确定变异的来源和尽管存在这些变异，但仍可以复制的疾病关联。 Future studies should have larger sample sizes or pool data across studies to have sufficient power to detect associations that are reproducible and significant after correction for multiple testing.

利益冲突声明

利益冲突:作者宣称不存在竞争利益。

数据

图1所示。比较人类微生物组计划(HMP)一期(N = 94)、MetaHIT (N = 292)粪便样本的Shannon多样性指数、物种丰富度和群落均匀性，以及WGSS DC和F群体的结直肠癌病例和对照。
用Kruskal-Wallis检验结直肠癌病例和对照组之间的统计学差异。

**图2所示。人群WGSS DC和人群F的粪便样本中KEGG基因、模块和途径的相对丰度(上)和存在/不存在(下)与结直肠癌病例状态之间关系的p值的QQ图。**

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参考文献

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