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． 2016年7月,13(7):581 - 3。
doi: 10.1038 / nmeth.3869。 Epub 2016 5月23日。

DADA2: Illumina扩增子数据的高分辨率样本推断

本杰明·J·卡拉汉1， 保罗·J·麦克默迪2， 迈克尔·J·罗森3.， Andrew W Han2， 艾米·乔·约翰逊2， 苏珊·P·霍姆斯1
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DADA2: Illumina扩增子数据的高分辨率样本推断

本杰明·J·卡拉汉et al。 Nat方法． 2016年7月．
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摘要

我们提出了用于建模和纠正illumina测序扩增子错误的开源软件包DADA2 (https://github.com/benjjneb/dada2)。DADA2精确地推断样本序列，并解决低至1个核苷酸的差异。在几个模拟社区中，DADA2识别了更多的真实变体，输出的假序列比其他方法更少。我们将DADA2应用于一组孕妇的阴道样本，揭示了以前未检测到的crispatus乳杆菌变体的多样性。

数据

图1
图1。由DADA2推断的序列变体与由usparse构造的otu相比较
由DADA2输出的合并序列被绘制为三个Illumina扩增子数据集:(a) Balanced， (b) HMP和(c) Extreme。频率在y轴上;到x轴上最接近的更丰富序列的汉明距离。形状代表精度(方法)。当变量与群落中的其他成员很好地分离时，DADA2推断的序列变量与usparse输出的OTUs(黑色)基本一致。然而，DADA2解决了额外的变化(蓝色)，特别是在usparse的OTU半径内(虚线)，同时输出更少的假序列(One Off和Other)。
图2
图2。怀孕期间人类阴道群落中的crispatus乳杆菌序列变异
DADA2识别了六种乳酸菌crispatus16S rRNA序列变异存在于多个样本中，并且在所有reads中占显著比例(L1: 19.7%， L2: 11.1%， L3: 6.5%， L4: 3.1%， L5: 1.3%， L6: 0.4%)。(a) L1-L6在每个样本中的频率。底部的黑条链接来自同一主题的样本。(b) L1 vs. L2和(c) L1 vs. L3的频率，按样本。虚线表示总频率为1。
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参考文献

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