doi: 10.1093 / nar / gkw989。
Epub 2016年10月24日
proGenomes:原核基因组一致功能和分类注释的资源
从属关系
- PMID:28053165
- PMCID:PMC5210662
- DOI:10.1093 / nar / gkw989
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proGenomes:原核基因组一致功能和分类注释的资源
核酸保留区．
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摘要
微生物基因组的可用性为微生物学研究开辟了许多新的途径。这主要是由比较基因组学方法驱动的，这种方法依赖于基因组序列的准确和一致的表征。然而，对于已定义的原核分支，很难获得一致的分类学和完整的功能注释。因此，我们开发了proGenomes，这是一个提供对当前25038个高质量基因组的用户友好访问的资源，其序列和一致的注释可以单独检索或按分类学分支检索。根据之前建立的方法，这些基因组被分配到5306个一致和准确的分类物种簇。proGenomes还包含了近8000万个蛋白质编码基因的功能信息，包括一套全面的通用注释和更有针对性的碳水化合物活性酶和抗生素耐药性基因注释。此外，还为许多基因组提供了广泛的栖息地信息。所有基因组和相关信息可以通过用户选择的分支或多个栖息地特定的代表性基因组集下载。我们期望具有全面功能注释的高质量基因组的可用性将促进临床微生物基因组学、功能进化和其他微生物子领域的进展。proGenomes可在http://progenomes.embl.de获得。
©作者(s) 2016。由牛津大学出版社代表《核酸研究》出版。
数据
随着时间的推移，测序基因组和物种簇的可用性。颜色代表基因组/物种簇的栖息地注释。
工作流来生成数据库的底层数据。
根据NCBI分类学的代表性基因组集概述。GC含量、生境信息、基因组大小和抗生素耐药基因载体作为附加数据集显示。不同的门显示为交替的浅灰色和深灰色枝在树(28)。
proGenomes网站上的分支/特定物种集群视图。在一个分支/特定物种集群内的所有基因组序列和注释都可以直接下载。单个成员基因组可以在页面底部访问。
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