doi: 10.1038 / s41587 - 018 - 0009 - 7。
Epub 2019 2月4日。
用于改进宏基因组分析的人类肠道细菌基因组和培养集
从属关系
- PMID:30718869
- PMCID:PMC6785715
- DOI:10.1038 / s41587 - 018 - 0009 - 7
剪贴板中的项目
用于改进宏基因组分析的人类肠道细菌基因组和培养集
生物科技Nat》．
2019年2月．
免费PMC文章
摘要
了解肠道微生物组功能需要培养细菌进行实验验证和参考细菌基因组序列来解释宏基因组数据集并指导功能分析。我们提出了人类胃肠道细菌培养集(HBC)，这是一套完整的737个全基因组测序的细菌分离物，代表人类胃肠道微生物群中发现的31个科的273个物种(105个新物种)。HBC使来自人类胃肠道微生物群的细菌基因组数量增加了37%。由此产生的全球人类胃肠道细菌基因组收集(HGG)在13490个鸟枪测序宏基因组样本中按丰度分类了83%的属，与人类微生物组计划(HMP)基因组收集相比，分类分类提高了61%，并实现了近50%序列的亚种级分类。胃肠道细菌参考序列资源的改进避免了对宏基因组从头组装的依赖，并实现了对人类胃肠道微生物群的精确和经济有效的鸟枪宏基因组分析。
利益冲突声明
s.c.f.， b.a.n.， m.d.， R.D.F.和T.D.L.是Microbiotica Pty Ltd.的员工或顾问。
数据
使用来自737个HBC基因组(绿色外圈)的40个通用核心基因和来自人类胃肠道样本的617个高质量公共基因组生成的最大似然树，它们共同构成了HGG。分支颜色区分放线菌门的细菌门(金色;n= 129个基因组)，拟杆菌门(绿色;n= 231个基因组)，厚壁菌门(蓝色;n= 772个基因组)，梭杆菌(黑色;n= 26个基因组)，增效菌(粉红色;n= 2个基因组)和变形菌门(橙色;n= 194个基因组)显示。
一个，宏基因组样本中读碱基使用率占总读碱基的百分比(n= 13490)，可以映射到它们各自的从头组装contigs(最小，22.23;Q1: 62.87;值,76.89;第三,89.99;max。，99．98） and metagenome-assembled genomes (MAGs; min., 0.16; Q1, 8.17; median, 16.09; Q3, 31.16; max., 65.64).b，使用HGG的分类箱总数(蓝色)，仅从HBC收集的基因组(HBC;橙色)、HMP(紫色)和HMP胃肠道分离株(HMP- gi;绿色)。c使用HGG(蓝色)、HBC(橙色)、HMP(紫色)和HMP- gi(绿色)基因组的次样本集分类的39913个mas的总数。误差条显示平均值和s.d (n= 100个bootstrap)。
一个，来自13490个属宏基因组样本的Contig赋值(90%;分钟,31.35;Q1, 62.92;值,74.48;第三,84.10;max。，One hundred.．0), species (95%; min., 18.94; Q1, 54.80; median, 67.35; Q3, 78.73; max., 100.0) and strain (99%; min., 0.0; Q1, 30.03; median, 40.82; Q3, 54.35; max., 90.77) identity compared to the HGG.b、北美宏基因组测序样本的分类(n= 2064;分钟,1.31;Q1, 79.07;值,88.16;第三,98.42;max。，99．97), Europe (n= 1431;分钟,52.07;Q1, 76.28;值,80.66;第三,84.47;max。，99．52), Asia (n= 191;分钟,72.37;Q1, 86.56;值,90.84;第三,94.13;max。，98．93.) and the other undefined locations (n= 9804;分钟,1.45;Q1, 76.28;值,82.14;第三,88.25;max。，99．94).
优势种，按流行度排序，在13490个人类胃肠道宏基因组样本中发现，以及它们在每个样本中的相对丰度。颜色表示拟杆菌门(绿色)，厚壁菌门(蓝色)，变形菌门(橙色)，放线菌门(金色)。
功能类别的DAPC分析显示，每个优势门(拟杆菌门(绿色;n= 231个基因组)，厚壁菌门(蓝色;772个基因组)，变形菌门(橙色;n= 194个基因组)，放线菌(金;n= 129个基因组))在HGG集合中。
评论
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人类肠道细菌基因组参考。Nat Methods. 2019年4月;16(4):286。doi: 10.1038 / s41592 - 019 - 0384 - 0。 Nat方法，2019。 PMID:30923389 没有摘要。
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