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．gydF4y2Ba 2019年8月,572(7769):329 - 334。gydF4y2Ba
doi: 10.1038 / s41586 - 019 - 1451 - 5。gydF4y2Ba Epub 2019 7月31日。gydF4y2Ba

人类胎盘没有微生物群，但可能含有潜在的病原体gydF4y2Ba

Marcus C de GoffaugydF4y2Ba#gydF4y2Ba1gydF4y2Ba2gydF4y2Ba，gydF4y2Ba Susanne啤酒gydF4y2Ba#gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba4gydF4y2Ba5gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 乌拉SoviogydF4y2Ba3.gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 弗朗西斯卡GaccioligydF4y2Ba3.gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 艾玛·库克gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 莎伦·J·皮科克gydF4y2Ba1gydF4y2Ba6gydF4y2Ba7gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 朱利安ParkhillgydF4y2Ba8gydF4y2Ba9gydF4y2Ba，gydF4y2Ba D史蒂芬·查诺克-琼斯gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba 戈登·史密斯gydF4y2Ba10gydF4y2Ba11gydF4y2Ba
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人类胎盘没有微生物群，但可能含有潜在的病原体gydF4y2Ba

Marcus C de GoffaugydF4y2Baet al。gydF4y2Ba 自然gydF4y2Ba．gydF4y2Ba 2019年8月gydF4y2Ba．gydF4y2Ba
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排错在gydF4y2Ba

摘要gydF4y2Ba

我们试图确定先兆子痫、自发性早产或分娩胎龄小于胎龄的婴儿是否与人类胎盘中细菌DNA的存在有关。在这里，我们表明没有证据表明细菌存在于绝大多数胎盘样本，从复杂和非复杂妊娠。几乎所有的信号都与分娩过程中细菌的获取有关，或者与实验室试剂被细菌DNA污染有关。无乳链球菌(B组链球菌)是例外，在分娩开始前收集的样本中，约5%检测到无污染信号。我们的结论是，胎盘的细菌感染不是不良妊娠结局的常见原因，人类胎盘没有微生物组，但它确实代表了围产期获得无乳链球菌的潜在部位，无乳链球菌是新生儿败血症的主要原因。gydF4y2Ba

利益冲突声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

JP报告来自辉瑞的拨款，来自Next Gen Diagnostics Llc的个人费用，在提交的工作之外;SJP报告来自Specific的个人费用，来自Next Gen Diagnostics的个人费用，在提交的工作之外;DSC-J报告在提交的工作之外来自葛兰素史克研究和发展有限公司的资助，以及在提交的工作之外来自罗氏诊断有限公司的非财务支持;GCSS报告来自葛兰素史克研究和发展有限公司的赠款和个人费用，来自罗氏诊断有限公司的个人费用和非财务支持，在提交的工作之外;DSC-J和GCSS报告由Sera预后公司提供资助，Illumina公司提供非财务支持，在提交的工作之外。MCG, SL, US, FG和EC没有什么可透露的。gydF4y2Ba

数据gydF4y2Ba

扩展数据图1gydF4y2Ba
扩展数据图1。分析了两组胎盘样本。gydF4y2Ba
队列1 (n=80)仅包含产前CS和gydF4y2Ba美国bongorigydF4y2Ba在DNA分离前添加到样品中作为阳性对照。队列1的样本通过宏基因组学和16S rRNA扩增子测序进行分析。队列2 (n=498)包含来自CS和阴道分娩的胎盘样本。用两种不同的DNA提取试剂盒从每个胎盘样本中分离两次DNA。对样品进行16S rRNA扩增子测序。CS =剖腹产，SGA =小胎龄(出生体重<5gydF4y2BathgydF4y2BaPE =子痫前期(使用ACOG 2013定义)，早产=妊娠<37周出生。gydF4y2Ba
扩展数据图2gydF4y2Ba
扩展数据图2。宏基因组学与16S扩增子测序的阳性对照实验比较。gydF4y2Ba
添加大约1100 CFU的gydF4y2Ba美国bongorigydF4y2Ba在DNA分离之前gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)宏基因组测序平均180 reads (SD: 90 reads) (n=80)或gydF4y2BabgydF4y2Ba)，平均54%的16S rRNA扩增子测序reads (~33,000 reads)被识别为gydF4y2Ba美国bongorigydF4y2Ba(SD: 13%;n = 79)。方框表示四分位范围。在两个图中，胡须代表最大值/最小值。gydF4y2Ba
扩展数据图3gydF4y2Ba
扩展数据图3。应变分析gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba宏基因组学发现的读数。gydF4y2Ba
Kraken在80个样本中鉴定出的所有读数为gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba被提取并映射到最接近的位置gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba参考基因组(Genbank: CP02409.1)。红色所示的单核苷酸多态性(SNPs)在整个基因组的所有样本中都是一致的。除了淡红色表示的毛状伴侣蛋白基因(EcpD)外，很少有SNPs。序列差异表现为零星的短红线，表示测序错误。应变变化会导致虚线垂直。gydF4y2Ba
扩展数据图4gydF4y2Ba
扩展数据图4。详细的热图宏基因组数据。gydF4y2Ba
热图显示宏基因组检测到的所有非人类reads的丰度。过滤后剩余的人工读取(89.8%，SD: 1.5%)没有显示在缩放目的中。大多数类群(如右侧所示)在第1组和/或第2组(分别在左侧用浅蓝色和紫色表示)中具有较高的丰度。紫色框突出显示了与第2组相关的样本和物种。每个样本的lane ID由第一个数字(x轴)表示。4、5车道的所有样本组成第2组，8、9车道的所有样本组成第3组(见图1a-b)。gydF4y2Ba
扩展数据图5gydF4y2Ba
扩展数据图5。通过主成分分析可见的与批量效应相关的物种也不显示出信号的可重复性。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba)从队列2 (16S)中选择样本，或如图所示的所有队列2样本的主成分分析，允许识别批次效应，并允许识别与使用特定DNA分离方法/试剂盒和/或其他试剂相关的污染物种。对所有样本的分析表明，主成分3 (x轴)和4 (y轴)与Qiagen或特定Mpbio DNA分离试剂盒的使用密切相关。gydF4y2Bab)gydF4y2Ba用Qiagen (x轴)和/或Mpbio (y轴)DNA分离试剂盒处理时检测到高丰度和高频率的细菌的例子。缺乏正相关的模式(与图2a相比)表明信号不是样本相关，而是批量相关。gydF4y2Ba
扩展数据图6gydF4y2Ba
扩展数据图6。散点图表示a)缓生根瘤菌和b)伯克霍尔德氏菌在测序运行批效应方面的丰度，c)阴道乳酸菌和d)阴道病细菌在16S扩增子测序期间发现的分娩方式方面的丰度。gydF4y2Ba
在gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba＆gydF4y2BabgydF4y2Ba括号中的数字表示在给定运行中测序的样本数量。0的值没有显示在对数轴上。gydF4y2Bac, d)gydF4y2Ba通过Mann-Whitney U检验进行了分娩方式之间的比较，其中低于1%的值被视为0%(不具有生物学相关性)。* p < 0.05， *** p < 0.001。gydF4y2Ba
扩展数据图7gydF4y2Ba
扩展数据图7。细菌信号的传递方式和检测。gydF4y2Ba
a、bgydF4y2Ba)阴道乳酸菌与分娩方式的关系，通过对466个样本进行16S扩增子测序分析确定，这些样本使用Mpbio成功测序两次(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)和Qiagen (gydF4y2BabgydF4y2BaDNA分离。Mpbio和Qiagen DNA分离的比较强调，在与分娩方式的关联中观察到相同的模式。比较还表明，Qiagen DNA分离更敏感，导致超过1%阈值的信号增加了一倍。数据gydF4y2BacgydF4y2Ba-gydF4y2BahgydF4y2Ba使用所有498个胎盘样本，对每个样本的每个细菌群使用两种DNA分离方法的最高值。gydF4y2Bac, dgydF4y2Ba）gydF4y2Ba美国agalactiaegydF4y2Ba与分娩方式无关，无论是否使用0.1%的阈值(16S检测限，与分娩过程中检测污染痕迹相关)或是否使用1%的阈值(被认为具有潜在生态相关性的最低百分比)。gydF4y2BaegydF4y2Ba，gydF4y2BafgydF4y2Ba)gydF4y2BaUreaplasmagydF4y2Ba属与给药方式相关，可与图2相比较gydF4y2BacgydF4y2Ba它描述了所有与阴道病相关的细菌的组合。gydF4y2BaggydF4y2Ba，gydF4y2BahgydF4y2Ba）gydF4y2Baf . nucleatumgydF4y2Ba与分娩方式无关，与阈值无关。通过Mann-Whitney U检验对不同分娩方式进行比较。* p < 0.05， ** p < 0.01， *** p < 0.001。gydF4y2Ba
扩展数据图8gydF4y2Ba
扩展数据图8。通过16S rRNA扩增子测序发现的细菌信号的Spearman rho相关系数热图。gydF4y2Ba
如补充表4所示，样本相关信号(红色条)通常由升高的kappa评分识别。试剂污染物用蓝色条表示。阴道病相关细菌(紫色条)之间呈正相关(紫色方)，gydF4y2Ba乳酸菌内心gydF4y2Ba粪便细菌(棕色条)。乳酸菌(黄条)与粪便细菌呈有限正相关。试剂污染物主要与Qiagen(浅蓝色)或Mpbio试剂盒(绿色)相关，形成不同的簇。2012-2013年与样本采集污染密切相关的物种用橙色表示。对于每个物种，使用Qiagen或Mpbio DNA分离试剂盒发现的最高值(%)被用作输入(使用所有498个样本)。gydF4y2Ba
扩展数据图9gydF4y2Ba
扩展数据图9。细菌信号与不良妊娠结局。gydF4y2Ba
的散点图表示gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba）gydF4y2Ba美国agalactiaegydF4y2BaSGA,gydF4y2BabgydF4y2Ba）gydF4y2Ba美国anginosusgydF4y2BaSGA,gydF4y2BacgydF4y2Ba）gydF4y2Bal .内心的gydF4y2Ba子痫前期，还有gydF4y2BadgydF4y2Ba）gydF4y2BaUreaplasmagydF4y2Ba肺结核。没有显示信号为0%的样本。在McNemar测试中，信号高于1%(虚线)被视为阳性(gydF4y2Ba得了gydF4y2Ba)，低于1%的信号被认为是0% (gydF4y2BadgydF4y2Ba)．gydF4y2Ba
图1gydF4y2Ba
图1所示。批效应检测宏基因组和16S rRNA扩增子测序数据，队列1样本。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba-gydF4y2BacgydF4y2Ba宏基因组学数据汇总。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)汇总科级Kraken输出的主成分分析。gydF4y2BabgydF4y2Ba) MiSeq序列运行(n=8每运行)。gydF4y2BacgydF4y2Ba)所有非人类阅读丰度的热图(参见扩展数据图4)。gydF4y2BadgydF4y2Ba，gydF4y2BaegydF4y2Ba)按时间顺序通过run和DNA分离方法(Mpbio或Qiagen)读取丰度，(gydF4y2BadgydF4y2Ba）gydF4y2BaBradyrhizobium,gydF4y2Ba和(gydF4y2BaegydF4y2Ba）gydF4y2Ba洋葱gydF4y2Ba．散点图见扩展数据图6。gydF4y2BafgydF4y2Ba)之间的联系gydF4y2BaThiohalocapsa halophilagydF4y2Ba和Q5缓冲器或gydF4y2BaTaqgydF4y2Ba聚合酶。四分位范围显示。* p < 0.001。gydF4y2BaggydF4y2Ba）gydF4y2Bad . geothermalisgydF4y2Ba按交货年份检测(>0.1%读数)。每组样本数(n)。gydF4y2Ba
图2gydF4y2Ba
图2所示。16S rRNA扩增子测序阴道细菌的释放方式和检测。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba)通过Qiagen (x轴)和Mpbio (y轴)对阴道乳酸菌和所有阴道病相关细菌的联合检测，仅在分析右上象限(>0.1%)时，Spearman的rho相关系数分别为0.37和0.59。gydF4y2BabgydF4y2Ba，gydF4y2BacgydF4y2Ba)与阴道相关细菌和分娩方式的比较。采用Mann-Whitney U检验，其中低于1%的值被视为0%。* p < 0.05， *** p < 0.001。散点图见扩展数据图6。使用Qiagen或Mpbio DNA分离试剂盒(使用所有498个样品)根据给定物种的较高值进行百分比读取计数。gydF4y2Ba
图3gydF4y2Ba
图3所示。细菌信号与不良妊娠结局。gydF4y2Ba
模拟gydF4y2Ba)调整了关联的优势比gydF4y2Ba美国agalactiaegydF4y2Ba，gydF4y2Bal .内心的gydF4y2Ba，gydF4y2Ba美国anginosusgydF4y2Ba而且gydF4y2BaUreaplasmagydF4y2Baspp与PTB, SGA和PE。PE和SGA均有100个匹配的病例和对照。PTB分析包括56例早产病例和136例不匹配对照(均为阴道分娩)。通过logistic回归对临床特征进行比值比调整。优势比及其置信区间无法计算gydF4y2Ba美国anginosusgydF4y2Ba和SGA，因为其中一个不协调值为零。其他详细信息见补充表5。gydF4y2Ba
图4gydF4y2Ba
图4所示。人类胎盘样本中检测到的细菌信号来源。gydF4y2Ba
有时可能会有细菌gydF4y2Ba在子宫内gydF4y2Ba，例如gydF4y2Ba美国agalactiaegydF4y2Ba．细菌或细菌DNA也经常在分娩和分娩过程中污染胎盘。gydF4y2Ba乳酸菌gydF4y2Ba)，在样本收集期间(例如gydF4y2Bad . geothermalisgydF4y2Ba)，并且总是在样本处理过程中(例如:gydF4y2Bab . silvatlanticagydF4y2Ba而且gydF4y2Bat . halophilagydF4y2Ba)．污染也可能发生在图书馆准备或从其他项目在设施(例如。gydF4y2Ba诉霍乱gydF4y2Ba在宏基因组测序)。gydF4y2Ba
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评论gydF4y2Ba

  • 健康的胎盘中没有发现细菌。gydF4y2Ba
    Segata N。gydF4y2Ba Segata N。gydF4y2Ba 《自然》2019年8月;572(7769):317-318。doi: 10.1038 / d41586 - 019 - 02262 - 8。gydF4y2Ba 自然》2019。gydF4y2Ba PMID:gydF4y2Ba31406307gydF4y2Ba 没有摘要。gydF4y2Ba

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