。 2019年11月13日,26 (5):666 - 679. - e7。

doi: 10.1016 / j.chom.2019.08.018。 Epub 2019 10月10。

普氏菌的copri复杂包括四个不同的演化支代表西化的人口

从属关系

¹特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利。电子地址:adrianjames.tett@unitn.it。
²特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利;可持续农业生态系统和生物学系基金会埃德蒙•马赫1 38010年代,圣米歇尔序列,不但揭开意大利。
³特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利。
⁴Kimmel史葛柏研究所的生物学和医学中心纽约大学医学院,纽约,纽约10016,美国。
⁵麻省理工和哈佛、剑桥、马02115,美国;那不勒斯大学农业科学学系“费德里科•II”, Portici,意大利。
⁶那不勒斯大学农业科学学系“费德里科•II”, Portici,意大利;工作组在微生物研究中,那不勒斯大学“费德里科•II”,那不勒斯,意大利。
⁷计算生物学中心熨斗研究所,美国纽约,纽约,10010年。
⁸计算生物学中心熨斗研究所,纽约,纽约10010年,美国;部门的生物学和计算机科学,纽约大学,纽约,纽约10003,美国。
⁹国立医学研究所、坦噶中心、坦桑尼亚。
¹⁰库马西热带医学合作研究中心,恩克鲁玛科技大学,加纳。
¹¹哈丁大厅,自然资源学院的内布拉斯加州大学林肯,68583 - 0987,美国。
¹²多维数据集,计算系统生物学,微生物学和生态系统科学,维也纳大学Althanstrasse 14, 1090年奥地利的维也纳。
¹³微生物转化微生物研究中心部门肿瘤和细胞生物学,卡罗林斯卡医学院,171 65桑纳,斯德哥尔摩,瑞典。
¹⁴木乃伊研究所EURAC研究Viale Druso 1, 39100博尔扎诺,意大利。
¹⁵农业化学和食品技术研究所,国家研究委员会(IATA-CSIC), 46980 Paterna,瓦伦西亚,西班牙。
¹⁶传染病流行病学、Bernhard Nocht热带医学研究所20359年汉堡,德国;德国感染研究中心,20359年Hamburg-Borstel-Lubeck-Riems汉堡,德国。
¹⁷可持续农业生态系统和生物学系基金会埃德蒙•马赫1 38010年代,圣米歇尔序列,不但揭开意大利。
¹⁸麻省理工和哈佛、剑桥、马02115,美国;生物统计学,哈佛T.H.陈公共卫生学院,波士顿,MA 02115,美国。
¹⁹特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利。电子地址:nicola.segata@unitn.it。

PMID:31607556
PMCID:PMC6854460
DOI:10.1016 / j.chom.2019.08.018

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普氏菌的copri复杂包括四个不同的演化支代表西化的人口

Adrian邰蒂et al。细胞宿主细菌。 2019年。

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。 2019年11月13日,26 (5):666 - 679. - e7。

doi: 10.1016 / j.chom.2019.08.018。 Epub 2019 10月10。

作者

Adrian邰蒂¹, 库恩D黄², 弗朗西斯科·Asnicar³, 汉娜Fehlner-Peach⁴, Edoardo Pasolli³, 尼科莱因为Karcher³, Federica Armanini³, 保罗Manghi³, 凯文·博纳姆⁵, 莫雷诺Zolfo³, 弗朗西斯卡·德·菲利皮主持⁶, 卡拉Magnabosco⁷, 理查德·邦⁸, 约翰Lusingu⁹, 约翰Amuasi¹⁰, 卡尔莱因哈德¹¹, 托马斯Rattei¹², 弗雷德里克·Boulund¹³, 佬司Engstrand¹⁴, 阿尔伯特·辛克¹⁴, 玛丽亚卡门Collado¹⁵, 丹李曼荣R⁴, 丹尼尔另¹⁶, 达尼洛Ercolini⁶, 奥马尔Rota-Stabelli¹⁷, 柯蒂斯Huttenhower¹⁸, 弗兰克Maixner¹⁴, 尼古拉Segata¹⁹

从属关系

¹特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利。电子地址:adrianjames.tett@unitn.it。
²特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利;可持续农业生态系统和生物学系基金会埃德蒙•马赫1 38010年代,圣米歇尔序列,不但揭开意大利。
³特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利。
⁴Kimmel史葛柏研究所的生物学和医学中心纽约大学医学院,纽约,纽约10016,美国。
⁵麻省理工和哈佛、剑桥、马02115,美国;那不勒斯大学农业科学学系“费德里科•II”, Portici,意大利。
⁶那不勒斯大学农业科学学系“费德里科•II”, Portici,意大利;工作组在微生物研究中,那不勒斯大学“费德里科•II”,那不勒斯,意大利。
⁷计算生物学中心熨斗研究所,美国纽约,纽约,10010年。
⁸计算生物学中心熨斗研究所,纽约,纽约10010年,美国;部门的生物学和计算机科学,纽约大学,纽约,纽约10003,美国。
⁹国立医学研究所、坦噶中心、坦桑尼亚。
¹⁰库马西热带医学合作研究中心,恩克鲁玛科技大学,加纳。
¹¹哈丁大厅,自然资源学院的内布拉斯加州大学林肯,68583 - 0987,美国。
¹²多维数据集,计算系统生物学,微生物学和生态系统科学,维也纳大学Althanstrasse 14, 1090年奥地利的维也纳。
¹³微生物转化微生物研究中心部门肿瘤和细胞生物学,卡罗林斯卡医学院,171 65桑纳,斯德哥尔摩,瑞典。
¹⁴木乃伊研究所EURAC研究Viale Druso 1, 39100博尔扎诺,意大利。
¹⁵农业化学和食品技术研究所,国家研究委员会(IATA-CSIC), 46980 Paterna,瓦伦西亚,西班牙。
¹⁶传染病流行病学、Bernhard Nocht热带医学研究所20359年汉堡,德国;德国感染研究中心,20359年Hamburg-Borstel-Lubeck-Riems汉堡,德国。
¹⁷可持续农业生态系统和生物学系基金会埃德蒙•马赫1 38010年代,圣米歇尔序列,不但揭开意大利。
¹⁸麻省理工和哈佛、剑桥、马02115,美国;生物统计学,哈佛T.H.陈公共卫生学院,波士顿,MA 02115,美国。
¹⁹特兰托CIBIO部门,大学38123特兰托,意大利。电子地址:nicola.segata@unitn.it。

PMID:31607556
PMCID:PMC6854460
DOI:10.1016 / j.chom.2019.08.018

文摘

普氏菌copri是一种常见的人类肠道微生物,正面和负面与主机相关的健康。在跨洲荟萃分析利用> 6500基因组,我们获得> 1000基因组和p . copri的遗传和人口结构进行了探讨。p . copri包含四个不同的演化支inter-clade遗传差异(> 10%),我们建议构成了p copri复杂,和所有的演化支经隔离测序。这些演化支几乎无处不在,co-present non-Westernized人群。基因分析显示大量的功能多样性的复杂碳水化合物代谢有着显著的不同,表明多代饮食修改可能开车减少西化人群的患病率。古老的基因组分析强调了p . copri存在模式符合现代non-Westernized人口和一个进化枝描述时间可以走出非洲的人类迁徙浪潮。这些发现表明,p . copri展品高多样性,未被充分代表的西方生活方式的人群。

关键词:冰人;普氏菌copri;西化;古代DNA;细菌pangenome;细菌系统发生学;比较微生物基因组学;肠道微生物;人类微生物组;宏基因组组装; metagenomics.

利益冲突声明

作者宣称没有利益冲突。

数据

图1
的四个截然不同的演化支*p . copri*复杂的(一个)全基因组的种系发生树代表的四个子集*p . copri*演化支组成*p . copri*复杂的相对于其他测序属的成员*普氏菌*,*Alloprevotella*,*Paraprevotella*。红色圆圈表示*p . copri*分离序列(使用400万能细菌标记基因序列,见星方法)。包含所有的发展史*p . copri*基因组可用如图印地和 http://segatalab.cibio.unitn.it/data/Pcopri_Tett_et_al.html(见数据和代码的可用性;方法详细信息)。(B)遗传距离在一个进化枝(intra-clade)之间的演化支(inter-clade),和之间的演化支和其他物种(表示操作系统)*普氏菌*,*Alloprevotella*,*Paraprevotella*(跨物种),显示为成对平均核苷酸身份距离(ANI)的距离。虚线表示5% ANI距离。基于核心基因(C)成对SNV距离对齐内部和之间的演化支(见明星方法)。(D) Jaccard距离基于成对基因内容(见星方法)之间和内*p . copri*演化支。

图2
所有1023的系统表示*p . copri*为每一个进化枝的基因组分离*p . copri*复杂的外环是由大陆彩色颜色的起源和内圈的国家。径向灰色酒吧表示最近分离的基因组测序,并公开可用的参考基因组用黑色的星星。

图3
流行的*p . copri*复杂的人口及其与Non-Westernized协会(一个)*p . copri*患病率在non-Westernized和西化的数据集。“所有”是指任何四个演化支的患病率。(B)的比例个人窝藏多个*p . copri*演化支。(C)*p . copri*复杂pangenome大小non-Westernized个人数据集比较西化的个人。

图4
功能的多样性*p . copri*复杂的(A)的存在和没有蛋酒四之间的功能明显不同*p . copri*演化支(黄色,现在;黑色,缺席)(见明星方法)。(B)多维标度(MDS)任命基于CAZy家庭出现在每个基因组显示不同的国际米兰-和intra-clusteringp . copri复杂。(C)所有CAZy家庭大大丰富(左)或减少(右)在至少一个进化枝的相对其他三个(见明星方法)。流行的定义是基因组的进化枝的比例,至少一个基因属于给定CAZy家庭。每个进化枝CAZy患病率的完整列表,参见表S3。

图5
古老的微生物的进化历史*p . copri*复杂的(A)古代墨西哥粪化石样本和肠道和肺组织样本的冰人,自然冰木乃伊。(B)的比例正的*p . copri*clade-specific标记标识在每个古老的宏基因组样本。(C)的时间分辨系统树*p . copri*复杂;洋红色星表明古代粪化石样本,2180(见明星方法)。

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奇怪的普氏菌copri:基尔医生和海德先生吗?
老人SP。老人SP。细胞宿主细菌。2019年11月13日,26 (5):577 - 578。doi: 10.1016 / j.chom.2019.10.020。细胞微生物。2019。 PMID:31726027

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